BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-140H12
Chromosome7 (Build37)
Map Location 139,685,181 - 139,845,053
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOat, Nkx1-2, 2310007H09Rik
Upstream geneHmx3, Hmx2, Bub3, LOC677073, LOC100043679, Gpr26, Cpxm2, 4631426J05Rik, LOC100043682, LOC100043683
Downstream geneA930008G19Rik, 2010208K18Rik, C430003P19Rik, Zranb1, Ctbp2, LOC668747, 4930404H21Rik, LOC100043237, 2700050L05Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-140H12.bB6Ng01-140H12.g
ACCDH939193DH939194
length1,1091,100
definitionDH939193|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140H12, 5' end.DH939194|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140H12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(139,685,181 - 139,686,315)(139,843,943 - 139,845,053)
sequence
tcttccttttatctttcctcctccccttgtaaattcccaagggaagaagg
ggccaccagtctccctcttcaaggccccagagtcagttaaggcgtgtacc
aactgcttcaacagaacaactcagaatctcaagacccctgcctgcatagt
gaccaccgaggtctcatgccatgtacagtgtccatgtttctcccaagtag
ccttccccagagtcattctgacacccagtccctcccaatgagccttgaag
tgctctaactgcatttagttagcaagaacttaccacttatctcacactgg
ggaagtgagactataaccatgtggtgggcactgctgcctgttgataacag
ggaaaaacagatcttctccagatacatgtgtgtacaaatgaggcccagga
agtgtgcatggaatgtacacacaaagaggctagaaagaggcttaaggcag
gcagcagggaagctctaacgattatgtgctaatatgtgctgggtacagag
agacaaggactttagagccacatagtcgggtagcgatccctgacctgagc
atagacagttccaagcctgggcagttcatgattagcccaaaaccttgtct
gatattttcatgaaatgaattaacacccactctaagacctaatacagaga
gttattcaagaacaaggaaatactggtatttaccttatatgatgctatca
taggaaaccagaacctcaaatcccttgggcctcttgcccagttataagtg
gccaagccagaacctatcccaaagctgcactctcaccaggactgcataca
gctcctcgggtctttccaaaggtattcctccacctctcagctcgaacccc
agtaaaatacaaagaacctagagtccctcctggactctggtctcctctga
cctctcactacaaaccatacgttatcagccaaacacaggaggcctccatc
cacatcgcagcttctgtttacagccctgcctcctgactggtcccctccac
ttcatcactgaactgtacagctgtatcaccactgatcatcctccaatgct
cgtctctcagagtcagactgcaacattccatctctctcagtcctccctct
tggctcaca
gaattctccctccagtgcaagctccgtcagtggacatcacttcccgcttg
ttgattgtgacttttacggtgctgggagttgcgtctcacacatgcttggt
aagcattctacggaactacaccccaccccactgacacttccctctcagtg
gcacgcagaaggcagatctctacaaaggggaactagagatggtggattcc
cccccatcctacctgtgtataggcctccctaccgtagtgtggggtcttcc
tcagagactctgcagcctagaggctcattctggccaagaggaaaggcaca
gttcactctggggacactagacacatgggtttggaatggcctgatagacc
ccaacattggacgcattccctcaactcaattaagacatgttttccttaaa
gaaactagagtggccctacttctgggttttcaaacacaaatgtgccactc
atgtttgaccggtaagttgaaacacacactgagcatgtgctagctgagtt
cccacttctgagcagcaggggacaccgccatacacagagcacagccctga
agggtgccgagtcccactgccctgtgaggagctctctggccaggagcaca
gcagaatcaggctttgcgactctggggaaaaggagggatcagggacctta
aggtctgctacggcctggacgtatcccctaatttctggtgttggaaatta
ctcctggttcacagtgttggcctttataggtgtttggtcatgagataata
cctgttgaggtttggtccattgctacatactgtaatgctatgcactataa
tgctatgtactataatgctatgtactataattctatgtactgtaatgcta
tgtactgtaatgctatgtactgtaatgctatgtactgtattgctatgcac
tataatgctatgtactgtatgctgtgtaccgaatgctatggtctttatgc
tatgtactgtaatgctatgtactgtaatgctaaagctgttcccaccacca
cccctaggtctgcttgtctaggatggggaaatcttatgtaaccaagtagt
gctatgtactcaggctctttaatttaaacttatggttgaaaataatattc

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_139685181_139686315
seq2: B6Ng01-140H12.b_60_1168

seq1  TCTTCCTTTTATCTTTCCTCCTCCCCTTGTAAATTCCCAAGGGAAGAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTTTTATCTTTCCTCCTCCCCTTGTAAATTCCCAAGGGAAGAAGG  50

seq1  GGCCACCAGTCTCCCTCTTCAAGGCCCCAGAGTCAGTTAAGGCGTGTACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACCAGTCTCCCTCTTCAAGGCCCCAGAGTCAGTTAAGGCGTGTACC  100

seq1  AACTGCTTCAACAGAACAACTCAGAATCTCAAGACCCCTGCCTGCATAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCTTCAACAGAACAACTCAGAATCTCAAGACCCCTGCCTGCATAGT  150

seq1  GACCACCGAGGTCTCATGCCATGTACAGTGTCCATGTTTCTCCCAAGTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACCGAGGTCTCATGCCATGTACAGTGTCCATGTTTCTCCCAAGTAG  200

seq1  CCTTCCCCAGAGTCATTCTGACACCCAGTCCCTCCCAATGAGCCTTGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCCCAGAGTCATTCTGACACCCAGTCCCTCCCAATGAGCCTTGAAG  250

seq1  TGCTCTAACTGCATTTAGTTAGCAAGAACTTACCACTTATCTCACACTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTAACTGCATTTAGTTAGCAAGAACTTACCACTTATCTCACACTGG  300

seq1  GGAAGTGAGACTATAACCATGTGGTGGGCACTGCTGCCTGTTGATAACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTGAGACTATAACCATGTGGTGGGCACTGCTGCCTGTTGATAACAG  350

seq1  GGAAAAACAGATCTTCTCCAGATACATGTGTGTACAAATGAGGCCCAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAACAGATCTTCTCCAGATACATGTGTGTACAAATGAGGCCCAGGA  400

seq1  AGTGTGCATGGAATGTACACACAAAGAGGCTAGAAAGAGGCTTAAGGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGCATGGAATGTACACACAAAGAGGCTAGAAAGAGGCTTAAGGCAG  450

seq1  GCAGCAGGGAAGCTCTAACGATTATGTGCTAATATGTGCTGGGTACAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAGGGAAGCTCTAACGATTATGTGCTAATATGTGCTGGGTACAGAG  500

seq1  AGACAAGGACTTTAGAGCCACATAGTCGGGTAGCGATCCCTGACCTGAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAGGACTTTAGAGCCACATAGTCGGGTAGCGATCCCTGACCTGAGC  550

seq1  ATAGACAGTTCCAAGCCTGGGCAGTTCATGATTAGCCCAAAACCTTGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACAGTTCCAAGCCTGGGCAGTTCATGATTAGCCCAAAACCTTGTCT  600

seq1  GATATTTTCATGAAATGAATTAACACCCACTCTAAGACCTAATACAGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTTTCATGAAATGAATTAACACCCACTCTAAGACCTAATACAGAGA  650

seq1  GTTATTCAAGAACAAGGAAATACTGGTATTTACCTTATATGATGCTATCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTCAAGAACAAGGAAATACTGGTATTTACCTTATATGATGCTATCA  700

seq1  TAGGAAACCAGAACCTCAAATCCCTTGGGCCTCTTGCCCAGTTATAAGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAACCAGAACCTCAAATCCCTTGGGCCTCTTGCCCAGTTATAAGTG  750

seq1  GCCAAGCCAGAACCTATCCCAAAGCTGCACTCTCACCAGGACTGCATACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGCCAGAACCTATCCCAAAGCTGCACTCTCACCAGGACTGCATACA  800

seq1  GCTCCTCGGGTCTTTCCAAAGGTATTCCTCCAACCTCTCAGCTCGAACCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTCGGGTCTTTCCAAAGGTATTCCTCC-ACCTCTCAGCTCGAACCC  849

seq1  CAGTAAAATACAAAGAACCTAGAGTCCCTCCTGGACTCTGGTCTCCCTCT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CAGTAAAATACAAAGAACCTAGAGTCCCTCCTGGACTCTGGTCT-CCTCT  898

seq1  GACCTCTCACCTACAAAACCATACGTTATCAGCCAAACACA-GAGGCCTC  949
      ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GACCTCTCA-CTAC-AAACCATACGTTATCAGCCAAACACAGGAGGCCTC  946

seq1  CATCCACATCGCAGGCTTCCTGTTTACAGCCCTGCCTCCCTGACTGGTCC  999
      ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  CATCCACATCGCA-GCTT-CTGTTTACAGCCCTGCCT-CCTGACTGGT-C  992

seq1  CCCTCCACTTTCCATCACTGAACCTGTACAAGCTGTATTCACCACTGATC  1049
      ||||||||||  |||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  CCCTCCACTT--CATCACTGAA-CTGTAC-AGCTGTA-TCACCACTGATC  1037

seq1  ATCCTCCACATGCTCTGTCTCCTCAGAGTCAAGACTGCAGACCAATTCCC  1099
      |||||||| |||||| |||| ||||||||| |||||||| ||  ||| ||
seq2  ATCCTCCA-ATGCTC-GTCT-CTCAGAGTC-AGACTGCA-AC--ATT-CC  1079

seq1  ATCTCTCCTTTCAAGTCCTCCCTCTATGGGCTCACA  1135
      |||||||   || |||||||||||  | ||||||||
seq2  ATCTCTC---TC-AGTCCTCCCTC--TTGGCTCACA  1109

seq1: chr7_139843943_139845053
seq2: B6Ng01-140H12.g_66_1165 (reverse)

seq1  GAATATT-TATTCAACCAATAGTTTTAAATTAAGGAGCCTGGTTACATAG  49
      ||||||| | ||||||| |||  |||||||||| |||||||  |||||||
seq2  GAATATTATTTTCAACC-ATAAGTTTAAATTAAAGAGCCTGAGTACATAG  49

seq1  CACTACTTGGTGTACATAAGGATTTCCCCATCCCTAGGGCAAGCCAGACC  99
      ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| | |||| ||||||
seq2  CACTACTTGGT-TACATAA-GATTTCCCCAT-CCTA-GACAAG-CAGACC  94

seq1  TGGGGGTGGTGGTGGGGAACAGCATTTAGCATTACAGTACATAGCATTAC  149
      | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGTGGTGGT-GGGAACAGC-TTTAGCATTACAGTACATAGCATTAC  142

seq1  AGTACATAGCATTAAGGTACATAGCATTACGGTACACAGCATTACAGTAC  199
      ||||||||||| ||| |  ||||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  AGTACATAGCA-TAAAGACCATAGCATT-CGGTACACAGCA-TACAGTAC  189

seq1  ATAGCATTATAGTGCATAGCATTACAGTACATAGCATTACAGTACATAGC  249
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCATTATAGTGCATAGCAATACAGTACATAGCATTACAGTACATAGC  239

seq1  ATTACAGTACATAGCATTACAGTACATAGCATTATAGTACATAGCATTAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGTACATAGCATTACAGTACATAGAATTATAGTACATAGCATTAT  289

seq1  AGTACATAGCATTATAGTGCATAGCATTACAGTATGTAGCAATGGACCAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACATAGCATTATAGTGCATAGCATTACAGTATGTAGCAATGGACCAA  339

seq1  ACCTCAACAGGTATTAATCTCATGACCAAACACCTATAAAGGCCAACACT  399
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAACAGGTATT-ATCTCATGACCAAACACCTATAAAGGCCAACACT  388

seq1  GTGAACCAGGAGTTAGTTTCCAACACCAGAATTTAGGGGATACGTCCAGG  449
      |||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTGAACCAGGAG-TAATTTCCAACACCAGAAATTAGGGGATACGTCCAGG  437

seq1  CCGTAGCAGACCTTAAGGTCCCTGATCCCTCCTTTTCCCCAGAGTCGCAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTAGCAGACCTTAAGGTCCCTGATCCCTCCTTTTCCCCAGAGTCGCAA  487

seq1  AGCCTGATTCTGCTGTGCTCCTGGCCAG-GGGCTCCTCACAGGGCAGTGG  548
      |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGATTCTGCTGTGCTCCTGGCCAGAGAGCTCCTCACAGGGCAGTGG  537

seq1  GACTCGGCACCCTTCAGGGCTGTGCTCTGTGTATGGCGGTGTCCCCTGCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCGGCACCCTTCAGGGCTGTGCTCTGTGTATGGCGGTGTCCCCTGCT  587

seq1  GCTCAGAAGTGGGAACTCAGCTAGCACATGCTCAGTGTGTGTTTCAACTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGAAGTGGGAACTCAGCTAGCACATGCTCAGTGTGTGTTTCAACTT  637

seq1  ACCGGTCAAACATGAGTGGCACATTTGTGTTTGAAAACCCAGAAGTAGGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGGTCAAACATGAGTGGCACATTTGTGTTTGAAAACCCAGAAGTAGGG  687

seq1  CCACTCTAGTTTCTTTAAGGAAAACATGTCTTAATTGAGTTGAGGGAATG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCTAGTTTCTTTAAGGAAAACATGTCTTAATTGAGTTGAGGGAATG  737

seq1  CGTCCAATGTTGGGGTCTATCAGGCCATTCCAAACCCATGTGTCTAGTGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCCAATGTTGGGGTCTATCAGGCCATTCCAAACCCATGTGTCTAGTGT  787

seq1  CCCCAGAGTGAACTGTGCCTTTCCTCTTGGCCAGAATGAGCCTCTAGGCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGAGTGAACTGTGCCTTTCCTCTTGGCCAGAATGAGCCTCTAGGCT  837

seq1  GCAGAGTCTCTGAGGAAGACCCCACACTACGGTAGGGAGGCCTATACACA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGTCTCTGAGGAAGACCCCACACTACGGTAGGGAGGCCTATACACA  887

seq1  GGTAGGATGGGGGGGAATCCACCATCTCTAGTTCCCCTTTGTAGAGATCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGATGGGGGGGAATCCACCATCTCTAGTTCCCCTTTGTAGAGATCT  937

seq1  GCCTTCTGCGTGCCACTGAGAGGGAAGTGTCAGTGGGGTGGGGTGTAGTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCTGCGTGCCACTGAGAGGGAAGTGTCAGTGGGGTGGGGTGTAGTT  987

seq1  CCGTAGAATGCTTACCAAGCATGTGTGAGACGCAACTCCCAGCACCGTAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTAGAATGCTTACCAAGCATGTGTGAGACGCAACTCCCAGCACCGTAA  1037

seq1  AAGTCACAATCAACAAGCGGGAAGTGATGTCCACTGACGGAGCTTGCACT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCACAATCAACAAGCGGGAAGTGATGTCCACTGACGGAGCTTGCACT  1087

seq1  GGAGGGAGAATTC  1111
      |||||||||||||
seq2  GGAGGGAGAATTC  1100