BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-142N07
Chromosome7 (Build37)
Map Location 17,109,991 - 17,243,600
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrlf1, LOC670915, LOC100038912
Upstream geneObox1, LOC100042765, Obox3, LOC100042771, Obox5, EG638338, Obox6, Crx, Crxos1, Sepw1, Gltscr2, Ehd2, Gltscr1, Zfp541, Napa, Kptn, Slc8a2, Mrg2, Dhx34, Gpr77, C5ar1, 2610014I16Rik, Ccdc9, Bbc3, Sae1, BC057627, Tmem160, Npas1, LOC629352
Downstream geneCeacam15, EG666641, LOC434127, Ceacam9, Ap2s1, Slc1a5, Fkrp, Strn4, Prkd2, Dact3, Gng8, Ptgir, Calm3, EG434128, 0710005I19Rik, LOC100042835, LOC434130, Ppp5c, Hif3a, Psg16, LOC100042844, LOC640145, Ceacam3, Psg29, LOC414361, LOC671132
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-142N07.bB6Ng01-142N07.g
ACCDH940928DH940929
length3891,110
definitionDH940928|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142N07, 5' end.DH940929|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142N07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,109,991 - 17,110,385)(17,242,481 - 17,243,600)
sequence
catttatctggatcatgaaagagctggcaagatgaccacctggctatgtg
gcagtgaggactttttggaatgcaagtgacttgtgcttgcttcacttaca
aggaagcaggagggtgttaagggatgtgtatgcgaaggtatacaaaaaaa
agcaccttatgggggggtgggtatgggggacctttgggatagcattgaaa
atgtaaacgaggaaaatacctaattaaaaaaaaaaaccttagaactggag
gtgatattaagtcatacagacccctccaactacattttatgaaattacac
accttatattctagtatcttaacatcaatggaaagggtacttgggaggtg
atcatttgcagtgggtctgctggttgtgtccaatcttgg
gaattcactctgtagaccaggctggcctcgagctcagagatccacctgcc
tctgcctcccaagtgctgggattaaaggtgtggtgtggccaatgcctggc
tcatatagaacttttttcattttaattttatatgtaatcgtgctttgcct
ggctgcctgtaggtctgattaagggtgttagatcccacggaactggattc
acagtcagtcgtgagctgcgatgtggctgctgagaatttaacttgggtct
tctggaagagtagccatcttccccaccctgagatatagaacttttaaggt
atcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacatacaca
taaaacacttctaaaggtgacagtcctgggaagagactatcagactggcc
tgagggcatgtcagtggcacattctcatgattactgattgatgtgggagg
tcccagccccctgtggacctctcatccataggtaactgagtctagactgt
ttaagaaatagtgaacgtgatcctggaagtagggcagtaaacataattcc
cccacggactctgcttcagttcctgcctcctggtttcagccttcagttcc
atggatgttgagctgtaaactgtccctggaagggacaggaagcagtaggc
atgggatgagagaaaacatgacccatagtcctgtgactctgggaagggct
cccatggctcaggtgtgaaggaataagagcagcacaggtgtgaggcagag
ctggagatgagacaagcaggcacagagaacatggtgtcctctcctctcct
tttcttcaagggctcctgctcacaggtgagacaagccctgaccgtgtctg
ggaagaggggacctcagaggacagagggccccaaggggattcattttctt
cctgatcctgaggagacaggacacagaggccgaacagggcctgtgcagct
ggaagctttggggacaggagtattcaagggcaggggagcatgtatacttt
attcaaaccgagtcaacattacctgttgtagtttctattgctgaagcctg
gggtcagagaggggcctctatgacaaatgtgggggaccagggggttgcgt
ttgcaggctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_17109991_17110385
seq2: B6Ng01-142N07.b_47_441

seq1  GAATTCCATTTATCTGGATCATGAAAGAGCTGGCAAGATGACCACCTGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTTATCTGGATCATGAAAGAGCTGGCAAGATGACCACCTGGC  50

seq1  TATGTGGCAGTGAGGACTTTTTGGAATGCAAGTGACTTGTGCTTGCTTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGCAGTGAGGACTTTTTGGAATGCAAGTGACTTGTGCTTGCTTCA  100

seq1  CTTACAAGGAAGCAGGAGGGTGTTAAGGGATGTGTATGCGAAGGTATACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAAGGAAGCAGGAGGGTGTTAAGGGATGTGTATGCGAAGGTATACA  150

seq1  AAAAAAAGCACCTTATGGGGGGGTGGGTATGGGGGACCTTTGGGATAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAGCACCTTATGGGGGGGTGGGTATGGGGGACCTTTGGGATAGCA  200

seq1  TTGAAAATGTAAACGAGGAAAATACCTAATTAAAAAAAAAAACCTTAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAATGTAAACGAGGAAAATACCTAATTAAAAAAAAAAACCTTAGAA  250

seq1  CTGGAGGTGATATTAAGTCATACAGACCCCTCCAACTACATTTTATGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGGTGATATTAAGTCATACAGACCCCTCCAACTACATTTTATGAAA  300

seq1  TTACACACCTTATATTCTAGTATCTTAACAGCAATGGAAAGGGTACTTGG  350
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTACACACCTTATATTCTAGTATCTTAACATCAATGGAAAGGGTACTTGG  350

seq1  GAGGTGATCATTTGCAGTGGGTCTGCTGGTTGTGTCCAGTCTTGG  395
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GAGGTGATCATTTGCAGTGGGTCTGCTGGTTGTGTCCAATCTTGG  395

seq1: chr7_17242481_17243600
seq2: B6Ng01-142N07.g_67_1176 (reverse)

seq1  AAGCCTGCAAAACGC-ACCCCCTGTGTCCCCCACATTGGTCATAGAGACC  49
      |||||||| |||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||
seq2  AAGCCTGC-AAACGCAACCCCCTG-GTCCCCCACATTTGTCATAGAGGCC  48

seq1  CCTCTCTGGACCCCAGCTGTCAGCACATAGGAAAACTACAACAGGTAATG  99
      ||||||| ||||||||   |||||| ||||  ||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCT-GACCCCAGGCTTCAGCA-ATAG--AAACTACAACAGGTAATG  94

seq1  TTGACTCGGTTTGAATAAAGTATAACATGGCTCCCCTGCCCTTG-ATACT  148
      ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||| 
seq2  TTGACTCGGTTTGAATAAAGTAT-ACAT-GCTCCCCTGCCCTTGAATAC-  141

seq1  TCCTGTCCCCAAAGCTTCCAGCTGCACAGGCCCTGTTCGGCCTCTGTGTC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTCCCCAAAGCTTCCAGCTGCACAGGCCCTGTTCGGCCTCTGTGTC  191

seq1  CTGTCTCCTCAGGATTCAGGAAGAAAGTGAATCCCCTTGGGGCCCTCTTG  248
      |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
seq2  CTGTCTCCTCAGGA-TCAGGAAGAAAATGAATCCCCTTGGGGCCCTC-TG  239

seq1  TCCTCTGAGGTCCCCTTCTCCCAGACACGGTCAGGGCTTGTCTCACCTGT  298
      ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTGAGGTCCCCTCTTCCCAGACACGGTCAGGGCTTGTCTCACCTGT  289

seq1  GAGCAGGAGCCCCTTGAAGAAAAGGAGAGGAGAGGACACCATGTTCTCTG  348
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGGAG-CCCTTGAAGAAAAGGAGAGGAGAGGACACCATGTTCTCTG  338

seq1  TGCCTGCTTGTCTCATCTCCAGCTCTGCCTCACACCTGTGCTGCTCTTAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGCTTGTCTCATCTCCAGCTCTGCCTCACACCTGTGCTGCTCTTAT  388

seq1  TCCTTCACACCTGAGCCATGGGAGCCCTTCCCAGAGTCACAGGACTATGG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCACACCTGAGCCATGGGAGCCCTTCCCAGAGTCACAGGACTATGG  438

seq1  GTCATGTTTTCTCTCATCCCATGCCTACTGCTTCCTGTCCCTTCCAGGGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGTTTTCTCTCATCCCATGCCTACTGCTTCCTGTCCCTTCCAGGGA  488

seq1  CAGTTTACAGCTCAACATCCATGGAACTGAAGGCTGAAACCAGGAGGCAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTACAGCTCAACATCCATGGAACTGAAGGCTGAAACCAGGAGGCAG  538

seq1  GAACTGAAGCAGAGTCCGTGGGGGAATTATGTTTACTGCCCTACTTCCAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGAAGCAGAGTCCGTGGGGGAATTATGTTTACTGCCCTACTTCCAG  588

seq1  GATCACGTTCACTATTTCTTAAACAGTCTAGACTCAGTTACCTATGGATG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACGTTCACTATTTCTTAAACAGTCTAGACTCAGTTACCTATGGATG  638

seq1  AGAGGTCCACAGGGGGCTGGGACCTCCCACATCAATCAGTAATCATGAGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTCCACAGGGGGCTGGGACCTCCCACATCAATCAGTAATCATGAGA  688

seq1  ATGTGCCACTGACATGCCCTCAGGCCAGTCTGATAGTCTCTTCCCAGGAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCCACTGACATGCCCTCAGGCCAGTCTGATAGTCTCTTCCCAGGAC  738

seq1  TGTCACCTTTAGAAGTGTTTTATGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCTTTAGAAGTGTTTTATGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  788

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATACCTTAAAAGTTCTATATCTCAGGGTGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATACCTTAAAAGTTCTATATCTCAGGGTGG  838

seq1  GGAAGATGGCTACTCTTCCAGAAGACCCAAGTTAAATTCTCAGCAGCCAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGATGGCTACTCTTCCAGAAGACCCAAGTTAAATTCTCAGCAGCCAC  888

seq1  ATCGCAGCTCACGACTGACTGTGAATCCAGTTCCGTGGGATCTAACACCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGCAGCTCACGACTGACTGTGAATCCAGTTCCGTGGGATCTAACACCC  938

seq1  TTAATCAGACCTACAGGCAGCCAGGCAAAGCACGATTACATATAAAATTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCAGACCTACAGGCAGCCAGGCAAAGCACGATTACATATAAAATTA  988

seq1  AAATGAAAAAAGTTCTATATGAGCCAGGCATTGGCCACACCACACCTTTA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAAAAAGTTCTATATGAGCCAGGCATTGGCCACACCACACCTTTA  1038

seq1  ATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATCTCTGAGCTCGAGGCCA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATCTCTGAGCTCGAGGCCA  1088

seq1  GCCTGGTCTACAGAGTGAATTC  1120
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGTCTACAGAGTGAATTC  1110