BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-143H18
Chromosome7 (Build37)
Map Location 79,722,717 - 79,858,920
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042880, LOC233391, LOC665570
Upstream geneLOC665535, Mctp2, LOC100042873
Downstream geneLOC100042029, EG384643, LOC625243, 4930429H19Rik, LOC665588, Rgma, Chd2, 1810026B05Rik, EG665610, LOC244061
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-143H18.bB6Ng01-143H18.g
ACCDH941407DH941408
length9871,123
definitionDH941407|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143H18, 5' end.DH941408|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143H18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,722,717 - 79,723,713)(79,857,803 - 79,858,920)
sequence
gaattctgtctttgtgtttacctgtccaaagggattttaattcttatttg
tgaggttatcagaaagatgaagataatcaaatcaataccacacactcaac
tctttcaatgtcagccatgtagataggggatcaagaaatgttaggttttt
attttttctcacttcagtgtaagtgaagatagtgttttagtataatagct
gagtcacaggacagctgtaagaccaaggatttttgggggcagtgtgattc
agcatcatgaacttcttcaaagaggtaaaataaaagattagtgtttggaa
ttgtttgactgtgctgagcaattaaagttcttatattgatatgctgatat
atatcagtacctatcatacatgtattcaatatgagagcatgaataagcac
acgtatgaatggaaaccccaaccttgtaggaaaagaaatgtgtcctcata
agctatctcattgggaaagttattatctgagaatttctgtatcaagctga
caacagtactgaaagtttgtgaaatgcttactggatgcccgacattgttg
taaccatttttttcatagctgtcactatttttccaaagctactggcattc
actcaccttccagcagttactcagtgacagaagtaggtttctcattgaga
taagcccttgtgctaatctcttactccacagttctgccttttgagacctg
gcaaggtctgtcacagtgagccaaaggagcaagggtttgagaaattgctc
agcagtgactgccatgtttcatgaacggctgttgaatagagcagggaatg
ccagcagctgctgcttatcttattggcttcccattctaagggctggcttc
tacattgcctatgtggattgcatttgaaagtagggcatgggtctttcatg
catgcactaccttgatataagaaatcagcagctctttatccacactccta
tgtactgacatgatggagagctcagatcaacttctca
gaattccaggatcccaaggctaattttcagaaggaaaaccaagagacaag
gatagggtagactggcatgaagtctgggagttggagttcagatactctgc
ctataagtttagctgggctcctggggtccaactttatgacatgggatgag
tccaggcttcagtatttttatagctaaaaataaggactcaggcagtaact
gcagtgccaagtaaataataaaatgtagtgagagaacatttaatgttggc
tgatactaaattaaacactttatgacatatctatttaattttcataacaa
tcccagcaagtctgtttaagtgagagaagaagaaaaacaaagttctctgc
tcctccccgttttagagacagccacatcttcttgtgcagtgccagcctca
tcccatagacaaaatggtgaaggccagtgtgagcagaattggccgtattg
gacgcctgcttaccagggctgccatctgctctccacttgacaaagtggag
attgttgccatcaaaaatcccttcattgaccttaactacatggtctacat
gttccaggatgactccacccacggcaaattcaacggcacagtcaaggctg
agaatgggaagcttgtcatcaacgggaaacccatcaccatcttccaggag
cgagatcctgctaacatcaaatgggggtgaggccggtgctgagtatgtca
tggagcctactagtgtcttcaccaccatggagaaagctgggggcccactt
gaagggtgaagccaaaagggtcatcatctccacctttctgctgatacctc
catgtctgtgatgtgaaatatgaaaactcgttcaagattgtcagtaatgc
attctgcaccagctgcttatccacaatggccaaagtcattcaatgaacaa
cttctggcatcatggaagggctcatgaccattggtccatggcatactgcc
actagaaaactgtgtggatggcccctctggaaagctgtggtgtgatgtcg
tggggctgctcagaatataatctctgcatcaaacggtgctgtaaaggctg
gggcaggtaatagagctgaatcagaaacctacttggcatggccttccatg
ctactacccccaatgtgaactgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_79722717_79723713
seq2: B6Ng01-143H18.b_51_1037

seq1  GAATTCTGTCTTTGTGTTTACCTGTCCAAAGGGATTTTAATTCTTATTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTCTTTGTGTTTACCTGTCCAAAGGGATTTTAATTCTTATTTG  50

seq1  TGAGGTTATCAGAAAGATGAAGATAATCAAATCAATACCACACACTCAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTTATCAGAAAGATGAAGATAATCAAATCAATACCACACACTCAAC  100

seq1  TCTTTCAATGTCAGCCATGTAGATAGGGGATCAAGAAATGTTAGGTTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCAATGTCAGCCATGTAGATAGGGGATCAAGAAATGTTAGGTTTTT  150

seq1  ATTTTTTCTCACTTCAGTGTAAGTGAAGATAGTGTTTTAGTATAATAGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTCTCACTTCAGTGTAAGTGAAGATAGTGTTTTAGTATAATAGCT  200

seq1  GAGTCACAGGACAGCTGTAAGACCAAGGATTTTTGGGGGCAGTGTGATTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCACAGGACAGCTGTAAGACCAAGGATTTTTGGGGGCAGTGTGATTC  250

seq1  AGCATCATGAACTTCTTCAAAGAGGTAAAATAAAAGATTAGTGTTTGGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCATGAACTTCTTCAAAGAGGTAAAATAAAAGATTAGTGTTTGGAA  300

seq1  TTGTTTGACTGTGCTGAGCAATTAAAGTTCTTATATTGATATGCTGATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGACTGTGCTGAGCAATTAAAGTTCTTATATTGATATGCTGATAT  350

seq1  ATATCAGTACCTATCATACATGTATTCAATATGAGAGCATGAATAAGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCAGTACCTATCATACATGTATTCAATATGAGAGCATGAATAAGCAC  400

seq1  ACGTATGAATGGAAACCCCAACCTTGTAGGAAAAGAAATGTGTCCTCATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTATGAATGGAAACCCCAACCTTGTAGGAAAAGAAATGTGTCCTCATA  450

seq1  AGCTATCTCATTGGGAAAGTTATTATCTGAGAATTTCTGTATCAAGCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATCTCATTGGGAAAGTTATTATCTGAGAATTTCTGTATCAAGCTGA  500

seq1  CAACAGTACTGAAAGTTTGTGAAATGCTTACTGGATGCCCGACATTGTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGTACTGAAAGTTTGTGAAATGCTTACTGGATGCCCGACATTGTTG  550

seq1  TAACCATTTTTTTCATAGCTGTCACTATTTTTCCAAAGCTACTGGCATTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCATTTTTTTCATAGCTGTCACTATTTTTCCAAAGCTACTGGCATTC  600

seq1  ACTCACCTTCCAGCAGTTACTCAGTGACAGAAGTAGGTTTCTCATTGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACCTTCCAGCAGTTACTCAGTGACAGAAGTAGGTTTCTCATTGAGA  650

seq1  TAAGCCCTTGTGCTAATCTCTTACTCCACAGTTCTGCCTTTTGAGACCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCCTTGTGCTAATCTCTTACTCCACAGTTCTGCCTTTTGAGACCTG  700

seq1  GCAAGGTCTGTCACAGTGAGCCAAAGGAGCAAGGTTTTGAGAAATTGCTC  750
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GCAAGGTCTGTCACAGTGAGCCAAAGGAGCAAGGGTTTGAGAAATTGCTC  750

seq1  AGCAGTGACTGCCATGTTTCATGAACGGCTGTTGAATAGGAGCAGGGAAT  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGCAGTGACTGCCATGTTTCATGAACGGCTGTTGAATA-GAGCAGGGAAT  799

seq1  GCCAGGCAGCTGCTTGCTTATC-TATTGGCTTCCCATTCTAAGGGCTGGC  849
      |||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCA-GCAGCTGC-TGCTTATCTTATTGGCTTCCCATTCTAAGGGCTGGC  847

seq1  TTCTACATTGCCTATGTGGATTGCATTTGAAAGTAGGGCATGGGTCTTTT  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTCTACATTGCCTATGTGGATTGCATTTGAAAGTAGGGCATGGGTC-TTT  896

seq1  CATGCATGCAACTACCTTGAATATAGAAAATCAGCAGCTCTTTAT-CACA  948
      ||||||||| ||||||||| |||||  |||||||||||||||||| ||||
seq2  CATGCATGC-ACTACCTTG-ATATAAGAAATCAGCAGCTCTTTATCCACA  944

seq1  CTCCTATGTTACTGACAATGATGGAGAAAGCTCAGATACAAACTTCTCA  997
      |||||||| ||||||| |||||||||  |||||||||   |||||||||
seq2  CTCCTATG-TACTGAC-ATGATGGAG--AGCTCAGAT--CAACTTCTCA  987

seq1: chr7_79857803_79858920
seq2: B6Ng01-143H18.g_70_1192 (reverse)

seq1  ACAG-TCACATTGGGGGTAGTAGCATGGAAGGCCATGCC-AGTGAGCTTC  48
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  | |||
seq2  ACAGTTCACATTGGGGGTAGTAGCATGGAAGGCCATGCCAAGTAGGTTTC  50

seq1  TGATTCAGCTCTATGACCTTGCCCACAGCCTTCACAGCACCAGTGGATGC  98
      |||||||||||||| ||| ||||| ||||||| ||||||||  | |||||
seq2  TGATTCAGCTCTATTACC-TGCCC-CAGCCTTTACAGCACCGTTTGATGC  98

seq1  AGAGATGATATTCTGAGCAGCCCCACGGACATCACACCACAGCTTTCCAG  148
      |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATTATATTCTGAGCAGCCCCAC-GACATCACACCACAGCTTTCCAG  147

seq1  AGAGGCCATC--CACAGTCTTCTGAGTGGCAGTAATGCCATGGACC-ATG  195
      || |||||||  |||||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||
seq2  AGGGGCCATCCACACAGTTTTCT-AGTGGCAGT-ATGCCATGGACCAATG  195

seq1  GTCATGAGCCCTTCCATGATGCCAG-AGTTG-TCA-TGGATGACTTTGGC  242
      ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||
seq2  GTCATGAGCCCTTCCATGATGCCAGAAGTTGTTCATTGAATGACTTTGGC  245

seq1  CATTGTGGATAAGCAGCTGGTGCAGAATGCATTACTGACAATCTTGAACG  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTGGATAAGCAGCTGGTGCAGAATGCATTACTGACAATCTTGAACG  295

seq1  AGTTGTCATATTTCACATCACAGACATGGAGGTATCAGCAGAAAGGTGGA  342
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTCATATTTCACATCACAGACATGGAGGTATCAGCAGAAAGGTGGA  345

seq1  GATGATGACCCTTTTGGCTTCACCCTTCAAGTGGG-CCCCAGCCTTCTCC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  GATGATGACCCTTTTGGCTTCACCCTTCAAGTGGGCCCCCAGCTTTCTCC  395

seq1  ATGGTGGTGAAGACACTAGTAGGCTCCATGACATACTCAGCACCGGCCTC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGGTGAAGACACTAGTAGGCTCCATGACATACTCAGCACCGGCCTC  445

seq1  A-CCCCATTTGATGTTAGCAGGATCTCGCTCCTGGAAGATGGTGATGGGT  490
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCCATTTGATGTTAGCAGGATCTCGCTCCTGGAAGATGGTGATGGGT  495

seq1  TTCCCGTTGATGACAAGCTTCCCATTCTCAGCCTTGACTGTGCCGTTGAA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCGTTGATGACAAGCTTCCCATTCTCAGCCTTGACTGTGCCGTTGAA  545

seq1  TTTGCCGTGGGTGGAGTCATCCTGGAACATGTAGACCATGTAGTTAAGGT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCGTGGGTGGAGTCATCCTGGAACATGTAGACCATGTAGTTAAGGT  595

seq1  CAATGAAGGGATTTTTGATGGCAACAATCTCCACTTTGTCAAGTGGAGAG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAAGGGATTTTTGATGGCAACAATCTCCACTTTGTCAAGTGGAGAG  645

seq1  CAGATGGCAGCCCTGGTAAGCAGGCGTCCAATACGGCCAATTCTGCTCAC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGGCAGCCCTGGTAAGCAGGCGTCCAATACGGCCAATTCTGCTCAC  695

seq1  ACTGGCCTTCACCATTTTGTCTATGGGATGAGGCTGGCACTGCACAAGAA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCCTTCACCATTTTGTCTATGGGATGAGGCTGGCACTGCACAAGAA  745

seq1  GATGTGGCTGTCTCTAAAACGGGGAGGAGCAGAGAACTTTGTTTTTCTTC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGGCTGTCTCTAAAACGGGGAGGAGCAGAGAACTTTGTTTTTCTTC  795

seq1  TTCTCTCACTTAAACAGACTTGCTGGGATTGTTATGAAAATTAAATAGAT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCACTTAAACAGACTTGCTGGGATTGTTATGAAAATTAAATAGAT  845

seq1  ATGTCATAAAGTGTTTAATTTAGTATCAGCCAACATTAAATGTTCTCTCA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCATAAAGTGTTTAATTTAGTATCAGCCAACATTAAATGTTCTCTCA  895

seq1  CTACATTTTATTATTTACTTGGCACTGCAGTTACTGCCTGAGTCCTTATT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATTTTATTATTTACTTGGCACTGCAGTTACTGCCTGAGTCCTTATT  945

seq1  TTTAGCTATAAAAATACTGAAGCCTGGACTCATCCCATGTCATAAAGTTG  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCTATAAAAATACTGAAGCCTGGACTCATCCCATGTCATAAAGTTG  995

seq1  GACCCCAGGAGCCCAGCTAAACTTATAGGCAGAGTATCTGAACTCCAACT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCCAGGAGCCCAGCTAAACTTATAGGCAGAGTATCTGAACTCCAACT  1045

seq1  CCCAGACTTCATGCCAGTCTACCCTATCCTTGTCTCTTGGTTTTCCTTCT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGACTTCATGCCAGTCTACCCTATCCTTGTCTCTTGGTTTTCCTTCT  1095

seq1  GAAAATTAGCCTTGGGATCCTGGAATTC  1118
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTAGCCTTGGGATCCTGGAATTC  1123