BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-146H04
Chromosome7 (Build37)
Map Location 143,789,368 - 143,883,704
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC546009
Upstream genePtpre, Mki67, LOC668764
Downstream geneEG621677, EG668771, Mgmt, EG621804, Ebf3, 9430038I01Rik, Txnl2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-146H04.bB6Ng01-146H04.g
ACCDH943590DH943591
length1,0721,136
definitionDH943590|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-146H04, 5' end.DH943591|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-146H04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,882,626 - 143,883,704)(143,789,368 - 143,790,511)
sequence
gaattccaagtacatatgacaatattttctggtcttatgacccaaattca
agccacattgtctcctagtctatccacctttgtaggttgtaatggtaaga
aactgcttgggtttgatttctgctgagcagtttctgtctttgaatggggc
tggacagctataatgggtaaaactaaagccactgtcttccctctactaag
cggatccaggaggagctgctctgtgcagtcgctggttgtcccaggtcata
acactggtggaggcatcagggacaggtgggacatcttttcgcaggagaca
ggctggtgggtcagatggaagcaacctgtccttgttcacaggttgcttac
cagactcttccagctttgcctgcaacatccgctacacacaaccagagtct
caggtagtgccatatggttttgttcttcttaatgcaacccttcagtaaca
ccacatatttgtttctcagcctcttagacagaggcccatggctgtaaaga
aaatacttccaggcagtctccggagaggagctggtgtgcgaccatttcat
gataaaagggactatgagcatcaaggccccatgcactcacttccctggct
cccgtgcaatcttgtttgatgccatgtttcacattgggaagcagatccct
cctctgcttaaaaatgaggaccaaacacccagcttcttgatcgaaccgat
aaagccagccacaataaaaagaaacaatacatagcattcattatactgct
gagtggggagtttgtttaagacttgggccctaaatggtctttcatcccag
gatgcagggtttgtgatgatgggagagagccagctcgtccgtcccttata
aatcagtgcaaatacgaacagaataaaaatggttaaaggaatcttgttac
agattctgtttattccacaagatttggggaccggccgttagtcattaggc
aatgactctatttggggcttgttcttggaaaaggtgcctcttatggaggg
aaatcaaagttaaagagtaaacagaatttaatatagtgagttttattcag
ttttctattgttgacttactgc
gaattcactctgacttctggggcataccatgggaagagtctgggatgcag
ggtcttccccatgcattcagatgccatccatgccaaggcactcctgtgta
ttgcctagtgtcctaactaatcagaacatatgggaatcccttaaatcttc
aatagcctcctagagtaaaacttgcggcatctttggtgtggatgttcaga
aaattcctaagtaaagccagatgttctaatagggttcactgttactgttc
accgtccagggaactgcatgctaaagagaaagaccaggggtagaagtgag
ttcagtcagtttgtttccatcatttcatgtccaactctacctttggcaaa
gcaaacccttgaggccacactacatgcaacttgagcgccttccctttctg
cttaggggactccagggctcgggatgaaggtcctcagagaggatgatgat
ggtgtacacgctagatgacacaggatgactacagtgctcacagcagacaa
ctatgctctcatgggcaatgtctagttcaggtcccagcacacacaaaaca
caaaggctttgatgttttcataaacctattttgcccttgatttttctgac
aattttgtttggtcatgacactacccccatgttaaggtaaaaatactttt
caagatataatagttatagacttggcattgcattgtttctaaatatctac
attaaaaccttaacccttaatatcatgcattcggaacttttagaaggtgg
ctaaggttagagaagtcatgaggttgggcttcttgatagcacacatgtcc
taggtccttataaatgatatataggaacaatctccctcccccccatcccc
tccccctttccatcttcctccccctctgccatatcatgtcaagataacct
tcagaaagcagccatactcattctctcaacctgctgttactttgctctta
gacactagctttcagaaccaataaataaataaataataaataaataaata
aataaataaatgcatgccctgtcccagttcagtcttctagtatcatagcc
acactagcagaatacaaagacctctaaagaagtacatatacatacttttt
gcagaagacctaaagcaaaagccgtgtgtggtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_143882626_143883704
seq2: B6Ng01-146H04.b_47_1118 (reverse)

seq1  GCAGTTAAGTCAAACAATAGAAAACTGAATAAAACTCACTATATTTAAAT  50
      |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GCAG-TAAGTC-AACAATAGAAAACTGAATAAAACTCACTATA-TTAAAT  47

seq1  TCTGTTTACTTCTTTAACCTTTGATTTCCCTCCATAAGAGGCACCTTTTC  100
      ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTAC-TCTTTAA-CTTTGATTTCCCTCCATAAGAGGCACCTTTTC  95

seq1  CAAGAACAAGCCCCAAATAGAGTCATTGCCTAATGACTAACGGCCGGTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAACAAGCCCCAAATAGAGTCATTGCCTAATGACTAACGGCCGGTCC  145

seq1  CCAAATCCTTGTGGAATAAACAGAATCTGTAACAAGATTCCTTTAACCAT  200
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAT-CTTGTGGAATAAACAGAATCTGTAACAAGATTCCTTTAACCAT  194

seq1  TTTTATTCTGTTCGTATTTGCACTGATTTTATAAGGGACGGACGAGCTGG  250
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTCTGTTCGTATTTGCACTGA-TTTATAAGGGACGGACGAGCTGG  243

seq1  CTCTCTCCCATCATCACAAACCCTGCATCCTGGGATGAAAGACCATTTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCCCATCATCACAAACCCTGCATCCTGGGATGAAAGACCATTTAG  293

seq1  GGCCCAAGTCTTAAACAAACTCCCCACTCAGCAGTATAATGAATGCTATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAAGTCTTAAACAAACTCCCCACTCAGCAGTATAATGAATGCTATG  343

seq1  TATTGTTTCTTTTTATTGTGGCTGGCTTTATCGGTTCGATCAAGAAGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTTTCTTTTTATTGTGGCTGGCTTTATCGGTTCGATCAAGAAGCTG  393

seq1  GGTGTTTGGTCCTCATTTTTAAGCAGAGGAGGGATCTGCTTCCCAATGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTTGGTCCTCATTTTTAAGCAGAGGAGGGATCTGCTTCCCAATGTG  443

seq1  AAACATGGCATCAAACAAGATTGCACGGGAGCCAGGGAAGTGAGTGCATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGGCATCAAACAAGATTGCACGGGAGCCAGGGAAGTGAGTGCATG  493

seq1  GGGCCTTGATGCTCATAGTCCCTTTTATCATGAAATGGTCGCACACCAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTTGATGCTCATAGTCCCTTTTATCATGAAATGGTCGCACACCAGC  543

seq1  TCCTCTCCGGAGACTGCCTGGAAGTATTTTCTTTACAGCCATGGGCCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTCCGGAGACTGCCTGGAAGTATTTTCTTTACAGCCATGGGCCTCT  593

seq1  GTCTAAGAGGCTGAGAAACAAATATGTGGTGTTACTGAAGGGTTGCATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAAGAGGCTGAGAAACAAATATGTGGTGTTACTGAAGGGTTGCATTA  643

seq1  AGAAGAACAAAACCATATGGCACTACCTGAGACTCTGGTTGTGTGTAGCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAACAAAACCATATGGCACTACCTGAGACTCTGGTTGTGTGTAGCG  693

seq1  GATGTTGCAGGCAAAGCTGGAAGAGTCTGGTAAGCAACCTGTGAACAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTGCAGGCAAAGCTGGAAGAGTCTGGTAAGCAACCTGTGAACAAGG  743

seq1  ACAGGTTGCTTCCATCTGACCCACCAGCCTGTCTCCTGCGAAAAGATGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTTGCTTCCATCTGACCCACCAGCCTGTCTCCTGCGAAAAGATGTC  793

seq1  CCACCTGTCCCTGATGCCTCCACCAGTGTTATGACCTGGGACAACCAGCG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTGTCCCTGATGCCTCCACCAGTGTTATGACCTGGGACAACCAGCG  843

seq1  ACTGCACAGAGCAGCTCCTCCTGGATCCGCTTAGTAGAGGGAAGACAGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCACAGAGCAGCTCCTCCTGGATCCGCTTAGTAGAGGGAAGACAGTG  893

seq1  GCTTTAGTTTTACCCATTATAGCTGTCCAGCCCCATTCAAAGACAGAAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTAGTTTTACCCATTATAGCTGTCCAGCCCCATTCAAAGACAGAAAC  943

seq1  TGCTCAGCAGAAATCAAACCCAAGCAGTTTCTTACCATTACAACCTACAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAGCAGAAATCAAACCCAAGCAGTTTCTTACCATTACAACCTACAA  993

seq1  AGGTGGATAGACTAGGAGACAATGTGGCTTGAATTTGGGTCATAAGACCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGATAGACTAGGAGACAATGTGGCTTGAATTTGGGTCATAAGACCA  1043

seq1  GAAAATATTGTCATATGTACTTGGAATTC  1079
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATATTGTCATATGTACTTGGAATTC  1072

seq1: chr7_143789368_143790511
seq2: B6Ng01-146H04.g_67_1202

seq1  GAATTCACTCTGACTTCTGGGGCATACCATGGGAAGAGTCTGGGATGCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGACTTCTGGGGCATACCATGGGAAGAGTCTGGGATGCAG  50

seq1  GGTCTTCCCCATGCATTCAGATGCCATCCATGCCAAGGCACTCCTGTGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTCCCCATGCATTCAGATGCCATCCATGCCAAGGCACTCCTGTGTA  100

seq1  TTGCCTAGTGTCCTAACTAATCAGAACATATGGGAATCCCTTAAATCTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTAGTGTCCTAACTAATCAGAACATATGGGAATCCCTTAAATCTTC  150

seq1  AATAGCCTCCTAGAGTAAAACTTGCGGCATCTTTGGTGTGGATGTTCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCCTCCTAGAGTAAAACTTGCGGCATCTTTGGTGTGGATGTTCAGA  200

seq1  AAATTCCTAAGTAAAGCCAGATGTTCTAATAGGGTTCACTGTTACTGTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCCTAAGTAAAGCCAGATGTTCTAATAGGGTTCACTGTTACTGTTC  250

seq1  ACCGTCCAGGGAACTGCATGCTAAAGAGAAAGACCAGGGGTAGAAGTGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTCCAGGGAACTGCATGCTAAAGAGAAAGACCAGGGGTAGAAGTGAG  300

seq1  TTCAGTCAGTTTGTTTCCATCATTTCATGTCCAACTCTACCTTTGGCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTCAGTTTGTTTCCATCATTTCATGTCCAACTCTACCTTTGGCAAA  350

seq1  GCAAACCCTTGAGGCCACACTACATGCAACTTGAGCGCCTTCCCTTTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACCCTTGAGGCCACACTACATGCAACTTGAGCGCCTTCCCTTTCTG  400

seq1  CTTAGGGGACTCCAGGGCTCGGGATGAAGGTCCTCAGAGAGGATGATGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGGGACTCCAGGGCTCGGGATGAAGGTCCTCAGAGAGGATGATGAT  450

seq1  GGTGTACACGCTAGATGACACAGGATGACTACAGTGCTCACAGCAGACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTACACGCTAGATGACACAGGATGACTACAGTGCTCACAGCAGACAA  500

seq1  CTATGCTCTCATGGGCAATGTCTAGTTCAGGTCCCAGCACACACAAAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCTCTCATGGGCAATGTCTAGTTCAGGTCCCAGCACACACAAAACA  550

seq1  CAAAGGCTTTGATGTTTTCATAAACCTATTTTGCCCTTGATTTTTCTGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGCTTTGATGTTTTCATAAACCTATTTTGCCCTTGATTTTTCTGAC  600

seq1  AATTTTGTTTGGTCATGACACTACCCCCATGTTAAGGTAAAAATACTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTGTTTGGTCATGACACTACCCCCATGTTAAGGTAAAAATACTTTT  650

seq1  CAAGATATAATAGTTATAGACTTGGCATTGCATTGTTTCTAAATATCTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATATAATAGTTATAGACTTGGCATTGCATTGTTTCTAAATATCTAC  700

seq1  ATTAAAACCTTAACCCTTAATATCATGCATTCGGAACTTTTAGAAGGTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAACCTTAACCCTTAATATCATGCATTCGGAACTTTTAGAAGGTGG  750

seq1  CTAAGGTTAGAGAAGTCATGAGGTTGGGCTTCTTGATAGCACACATGTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGTTAGAGAAGTCATGAGGTTGGGCTTCTTGATAGCACACATGTCC  800

seq1  TAGGTCCTTATAAATGATATATAGGAACAATCTCCCTCCCCCCCATCCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCCTTATAAATGATATATAGGAACAATCTCCCTCCCCCCCATCCCC  850

seq1  TCCCCCTTTCCATCTTCCTCCCCCTCTGCCATATCATGTCAAGATAACCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCTTTCCATCTTCCTCCCCCTCTGCCATATCATGTCAAGATAACCT  900

seq1  CCAGAAGGCAGCCATACTCATTCTCTCAAACCTGCTGTTACCTTGCTCTT  950
       ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  TCAGAAAGCAGCCATACTCATTCTCTC-AACCTGCTGTTACTTTGCTCTT  949

seq1  AGACACTAGCTTTCAGAACCAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGACACTAGCTTTCAGAACCAATAAATAAATAAAT-AATAAATAAATAAA  998

seq1  TAAATAAATAAATGCATGCCCTGGTCCCAGTCCAGTCTTCTAGTTATCCA  1050
      |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| ||
seq2  TAAATAAATAAATGCATGCCCT-GTCCCAGTTCAGTCTTCTAG-TAT-CA  1045

seq1  TAGCCCACACTAGCAG-ATACAAAGA-CTCTAAAAGAGTAACCATATACA  1098
      ||| |||||||||||| ||||||||| |||||||  ||||  ||||||||
seq2  TAG-CCACACTAGCAGAATACAAAGACCTCTAAAGAAGTA--CATATACA  1092

seq1  TACTTTTTGCAGGAAGACCCTAAAGCAGAAG-CGTGTGTGTGTGTGT  1144
      ||||||||||| ||||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||
seq2  TACTTTTTGCA-GAAGA-CCTAAAGCAAAAGCCGTGTGTG-GTGTGT  1136