BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-153M04
Chromosome7 (Build37)
Map Location 88,589,738 - 88,753,168
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCpeb1, LOC623355, Ap3b2, BC048679, Fsd2, Whdc1
Upstream geneBlm, Crtc3, Iqgap1, LOC100042402, Zscan2, Wdr73, Nmb, Sec11a, Zfp592, Alpk3, Slc28a1, EG623286, LOC100043130, Pde8a, EG636544, Rps17
Downstream geneHomer2, 2610204K14Rik, 3110040N11Rik, Btbd1, Tm6sf1, LOC100043161, Hdgfrp3, Bnc1, Sh3gl3, Adamtsl3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-153M04.bB6Ng01-153M04.g
ACCDH948981DH948982
length833942
definitionDH948981|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-153M04, 5' end.DH948982|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-153M04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,589,738 - 88,590,570)(88,752,226 - 88,753,168)
sequence
gaattctttacacctctaacattcctacagaaggatcttaagagctctga
tgcagacatagcctatctataagtatgttctcattaaaactttgctatac
cattgctgaagtaattaaactatgttaatttggggaaatttttctttcat
ttttaattaacattgtaaagtactcctgaaactggagttggagttagcca
ccatgtaggagctgagaaccaaacctgagttctctgcaagagcaacaaat
ggtcttaactgctaagccatctctccagacctaccccaactttttaagtt
aacttaatagaagctagctacattttatctacttccctataatctgttga
catgtattattttgtattatatcacagtcaccaaatccagacactattgt
ggatgccaagaagtgcttgctgacaggagccggatatagttgtctcctga
gaggctctgccagagcctgacaaatacagaggaagatgcgatgcttacag
ccaaccattggactgagcatggggtccccaatggaggagttagaaaaagg
actaaaggaactgaaggggtttgaaaccccataggaaaaacatcaatatc
aaccaaccagaccccacccccaccccagagctcccagggactaaaccacc
aaccaaagaatacacatggaggaacccatggctccagccacatatgtagc
agaggatggccttgtcgagtatcaatgggaagagaggtccttggtcctat
aaaggctcgatgccccagtgtaagggactgccaggtcaggaagcagagtg
ggtgggattggttgagcagggggagagtggagg
gaattcttcttaggccaccccagcccctttgcctaccaacagcctggaca
catggctcccaagagcagtggacactggggctgtcagctcaggcttcaga
tgagcttccattatcaggtagaaggagcgctctcggctggctggagtatg
atctggtgacatgaccatatgaggacacttgctaaggctactgaactgga
agtgtagaaagttctagaagttatgagcccagtgggctggctgtaaggtt
gagacccatgacccctgttgttagcactgggggcgtgggggggttagcaa
gtttctaatagccagtaggtgggggaaatagtttttgtactcttggattc
aagcagcccccaaactgtcacaacccatgatcctaagacactaggacgcc
cctgaagagtgatttaggctccacagctaaagccccaagcaagcacggaa
cctccctttcatctgcttcctctaaagacatcatgattcttcattttctt
tctttttaagaacagtcatggcccaggaatggcctggaaggtcaacagta
ggctagccctgtctgtagcctctggcactgtaaaaggcagactctgtacg
gcgcaaacgacccactaaaattgttccgtatccactcacactagtgggac
atacctccattttttctgatgtccagcccagtcttaggactgttgtcgtg
gcctcaaatcccatacagatggtgtgagctgttttcccccagccattacg
gccacagagtgctgcctgcagagccctggagtcatatgagctctggtctt
ggcatctctgagactaacagtctgcaactttgcttagcttgcattctgca
gccatccacatggaacctaaaagaggcaagaaaacctcgaagccctttag
ccgtgatccgcatgctttctgacttgactggggtaaggtggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_88589738_88590570
seq2: B6Ng01-153M04.b_43_875

seq1  GAATTCTTTACACCTCTAACATTCCTACAGATGGATCTTAAGAGCTCTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTACACCTCTAACATTCCTACAGAAGGATCTTAAGAGCTCTGA  50

seq1  TGCAGACATAGCCTATCTATAAGTATGTTCTCATTAAAACTTTGCTATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGACATAGCCTATCTATAAGTATGTTCTCATTAAAACTTTGCTATAC  100

seq1  CATTGCTGAAGTAATTAAACTATGTTAATTTGGGGAAATTTTTCTTTCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCTGAAGTAATTAAACTATGTTAATTTGGGGAAATTTTTCTTTCAT  150

seq1  TTTTAATTAACATTGTAAAGTACTCCTGAAACTGGAGTTGGAGTTAGCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATTAACATTGTAAAGTACTCCTGAAACTGGAGTTGGAGTTAGCCA  200

seq1  CCATGTAGGAGCTGAGAACCAAACCTGAGTTCTCTGCAAGAGCAACAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTAGGAGCTGAGAACCAAACCTGAGTTCTCTGCAAGAGCAACAAAT  250

seq1  GGTCTTAACTGCTAAGCCATCTCTCCAGACCTACCCCAACTTTTTAAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTAACTGCTAAGCCATCTCTCCAGACCTACCCCAACTTTTTAAGTT  300

seq1  AACTTAATAGAAGCTAGCTACATTTTATCTACTTCCCTATAATCTGTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTAATAGAAGCTAGCTACATTTTATCTACTTCCCTATAATCTGTTGA  350

seq1  CATGTATTATTTTGTATTATATCACAGTCACCAAATCCAGACACTATTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATTATTTTGTATTATATCACAGTCACCAAATCCAGACACTATTGT  400

seq1  GGATGCCAAGAAGTGCTTGCTGACAGGAGCCGGATATAGTTGTCTCCTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCCAAGAAGTGCTTGCTGACAGGAGCCGGATATAGTTGTCTCCTGA  450

seq1  GAGGCTCTGCCAGAGCCTGACAAATACAGAGGAAGATGCGATGCTTACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTCTGCCAGAGCCTGACAAATACAGAGGAAGATGCGATGCTTACAG  500

seq1  CCAACCATTGGACTGAGCATGGGGTCCCCAATGGAGGAGTTAGAAAAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCATTGGACTGAGCATGGGGTCCCCAATGGAGGAGTTAGAAAAAGG  550

seq1  ACTAAAGGAACTGAAGGGGTTTGAAACCCCATAGGAAAAACATCAATATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAGGAACTGAAGGGGTTTGAAACCCCATAGGAAAAACATCAATATC  600

seq1  AACCAACCAGACCCCACCCCCACCCCAGAGCTCCCAGGGACTAAACCACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAACCAGACCCCACCCCCACCCCAGAGCTCCCAGGGACTAAACCACC  650

seq1  AACCAAAGAATACACATGGAGGAACCCATGGCTCCAGCCACATATGTAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAAGAATACACATGGAGGAACCCATGGCTCCAGCCACATATGTAGC  700

seq1  AGAGGATGGCCTTGTCGAGTATCAATGGGAAGAGAGGTCCTTGGTCCTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGATGGCCTTGTCGAGTATCAATGGGAAGAGAGGTCCTTGGTCCTAT  750

seq1  AAAGGCTCGATGCCCCAGTGTAGGGGACTGCCAGGGTCAGGAAGCAGGAG  800
      |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||
seq2  AAAGGCTCGATGCCCCAGTGTAAGGGACTGCCA-GGTCAGGAAGCA-GAG  798

seq1  TGGGT-GGATTGG-TGAGCAGGGGGAGAGGGGAGG  833
      ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||
seq2  TGGGTGGGATTGGTTGAGCAGGGGGAGAGTGGAGG  833

seq1: chr7_88752226_88753168
seq2: B6Ng01-153M04.g_70_1011 (reverse)

seq1  ACCACCCTACCCCAGCTCATGTCAGAAATGCATGCGGATCACGGCTAAAG  50
      |||||| |||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCTTACCCCAG-TCAAGTCAGAAA-GCATGCGGATCACGGCTAAAG  48

seq1  GGCTCTGAGGTTTTCTTGGCCTCTTTTAGGTTCCATGTGGATGGCTGCAG  100
      ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCGAGGTTTTCTT-GCCTCTTTTAGGTTCCATGTGGATGGCTGCAG  97

seq1  AATGCAAGCTAAGC-AAGGTGCAGACTGCTAGTCTCAGAGATGCCAAGGC  149
      |||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |
seq2  AATGCAAGCTAAGCAAAGTTGCAGACTGTTAGTCTCAGAGATGCCAAGAC  147

seq1  CAGAGCTCATCTGACTCCA-GGCTCTGCAGGCAGCACTCTGTGGCCGTAA  198
      |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTCATATGACTCCAGGGCTCTGCAGGCAGCACTCTGTGGCCGTAA  197

seq1  TTGCTGGGGGAAAACAGCTCACACCATCTGTATGGGATTTGAGGCCACGA  248
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGGGGGAAAACAGCTCACACCATCTGTATGGGATTTGAGGCCACGA  247

seq1  CAACAGTCCTAAGACTGGGCTGGACATCAGAAAAAATGGAGGTATGTCCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGTCCTAAGACTGGGCTGGACATCAGAAAAAATGGAGGTATGTCCC  297

seq1  ACTAGTGTGAGTGGATACGGAACAATTTTAGTGGGTCGTTTGCGCCGTAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTGTGAGTGGATACGGAACAATTTTAGTGGGTCGTTTGCGCCGTAC  347

seq1  AGAGTCTGCCTTTTACAGTGCCAGAGGCTACAGACAGGGCTAGCCTACTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCTGCCTTTTACAGTGCCAGAGGCTACAGACAGGGCTAGCCTACTG  397

seq1  TTGACCTTCCAGGCCATTCCTGGGCCATGACTGTTCTTAAAAAGAAAGAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCTTCCAGGCCATTCCTGGGCCATGACTGTTCTTAAAAAGAAAGAA  447

seq1  AATGAAGAATCATGATGTCTTTAGAGGAAGCAGATGAAAGGGAGGTTCCG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGAATCATGATGTCTTTAGAGGAAGCAGATGAAAGGGAGGTTCCG  497

seq1  TGCTTGCTTGGGGCTTTAGCTGTGGAGCCTAAATCACTCTTCAGGGGCGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGCTTGGGGCTTTAGCTGTGGAGCCTAAATCACTCTTCAGGGGCGT  547

seq1  CCTAGTGTCTTAGGATCATGGGTTGTGACAGTTTGGGGGCTGCTTGAATC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTGTCTTAGGATCATGGGTTGTGACAGTTTGGGGGCTGCTTGAATC  597

seq1  CAAGAGTACAAAAACTATTTCCCCCACCTACTGGCTATTAGAAACTTGCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGTACAAAAACTATTTCCCCCACCTACTGGCTATTAGAAACTTGCT  647

seq1  AACCCCCCCACGCCCCCAGTGCTAACAACAGGGGTCATGGGTCTCAACCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCCCCACGCCCCCAGTGCTAACAACAGGGGTCATGGGTCTCAACCT  697

seq1  TACAGCCAGCCCACTGGGCTCATAACTTCTAGAACTTTCTACACTTCCAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCCAGCCCACTGGGCTCATAACTTCTAGAACTTTCTACACTTCCAG  747

seq1  TTCAGTAGCCTTAGCAAGTGTCCTCATATGGTCATGTCACCAGATCATAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTAGCCTTAGCAAGTGTCCTCATATGGTCATGTCACCAGATCATAC  797

seq1  TCCAGCCAGCCGAGAGCGCTCCTTCTACCTGATAATGGAAGCTCATCTGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCCAGCCGAGAGCGCTCCTTCTACCTGATAATGGAAGCTCATCTGA  847

seq1  AGCCTGAGCTGACAGCCCCAGTGTCCACTGCTCTTGGGAGCCATGTGTCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGAGCTGACAGCCCCAGTGTCCACTGCTCTTGGGAGCCATGTGTCC  897

seq1  AGGCTGTTGGTAGGCAAAGGGGCTGGGGTGGCCTAAGAAGAATTC  943
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGTTGGTAGGCAAAGGGGCTGGGGTGGCCTAAGAAGAATTC  942