BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-156E16
Chromosome7 (Build37)
Map Location 15,592,633 - 15,757,128
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042677, LOC100042685, EG666381, LOC100042691, LOC100042702, LOC100042707, LOC100042711
Upstream geneEG629203, LOC677512, EG629219, EG434123, 2810007J24Rik, EG638251, B430211C08Rik, EG194588, LOC666352, EG666312, LOC666365, LOC671978
Downstream geneLOC100042714, LOC100042717, LOC100042721, LOC100042728, LOC100042731, LOC100042735, LOC100042739, LOC100042742, LOC235841, EG666407, LOC666337, Obox2, LOC100042753, LOC100042756, LOC100042758, EG545921, LOC100042762, Obox1, LOC100042765, Obox3, LOC100042771, Obox5, EG638338, Obox6, Crx, Crxos1, Sepw1, Gltscr2, Ehd2, Gltscr1, Zfp541, Napa, Kptn, Slc8a2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-156E16.bB6Ng01-156E16.g
ACCDH950835DH950836
length1,1321,162
definitionDH950835|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156E16, 5' end.DH950836|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156E16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,755,970 - 15,757,128)(15,592,633 - 15,593,803)
sequence
gaattcagaacagagaatctaggagcctccttaagctcattcacagactg
cttgaatccctgcacctgactgatactcagctcctcatttacatattttc
tgcctatcaagcaaccatacaagccaaacaatgtgatccaagttcctgtt
ccactttctcccagtattaccctccgtgatatccccttcacacaacaacc
tgaaacacatcatgatgcccactacctcaacagctatccagtgggctgct
gtatcttggccaatccgctatttacttctattcagaggacctgcacttac
atatctctccaaactcactctttggaatctttgcaccctacgaactttca
aatccattatctgcattcacatttggtgccacactggtttcagagtaact
gtttagagcccaactcttatgggtataattctacttgtttttttgtcttt
tgagtcagagtgtctctactagtccaggctgttctagacttactgaacat
caaagggctcaggtctcttcttggctggtacacaaaagcacagtagcctg
gccagcaacatggggtcttaccagccttcttattctgtcatctatgaacc
ctgcatgcttatgttttccagtgttaacatctatgtggaaacaactgcac
tgctcctgccttttctccacattgcccactcaactctggggatgtgttgg
acctcaacatccaaacatgtacaccagctgcagaatgatcacaaaaagct
cttcatctgctagctccctctctcctccatgagattagccaccctcaaca
tagccaatgtataaaaaatatattcaggacaaacactcacctgacaaaca
ctagttctctttatcttgttcagatttccttctgtttgaacacttcctca
gggaacagccttatataccttgtctgggcaggaacctcaaagctccaccc
actctttggctcctcccactctgtggacttcaaattcagtagataacaca
cccttcagtgcactgggatttggccccacctagaagattcttgtcttttg
atgatacatttttttgttttgtaaatgtagtcaggttgtcactgagagtg
tcttccagtctaagggtctagttctccagaaa
gaattcaactcttccctcattgatcaacccttggaagacatgtgtttcag
caagagccacattatttcggagcatccaaggcagaagtgtagagaacttt
ccagggaaccggggcacctatctagtgataggtctggctgttccaacgtt
ctttcctcaccttctccaccagccagtgctgaatcttcatgtgacatacc
ctcgggattaagcctttctcctcaactcggacctccaagtatgacccaaa
actcagaatccaccttctccatgtgccagacaccatcacttttgagccct
cttcctgaactcagccccttgagtaattccctagaccagatggccatctt
ttccaaaattgatcaggtctgtgaaatctatcaaaagaatacaaggtcta
agaagcaaaggaaggagacggagaagaacacagtgcaaactttgatgcat
ggccaggattcctgtgaaatagatgaaagccctaaaggcactgtctctct
gccaagctctgcctatcaggataccttggctgagagacagtctgtgttca
gttctcctccatgcagcccatcaagtacatctccagactcagaatccata
ttttctgcatgggaggaaatatgtcatgtcagctttcctcctcctttcag
cccaagtatgttctcagacccggagtcacccttgtccattattcagatta
atgagaatttattaagtgatgccatgatgtctctataggctgagtgaaac
ccagcaacaggggagagtacggtctgtcaatcatcagtctgtgcactatc
tgcacaacctgctgcagatcaagatccagcaatagcccaaactccacatt
ccagcacagctttgacatctgggaatccaagggagacccattgctcaata
cacactcataggtgtttaagaccagactgatatacagaccagctcttcct
gtacatctcgtgacttggatcagtatcagaccaagtgtcactgtctgact
tccctgagaacttctgacttgttgatgcatctaagaactgttggatcaga
aagtttggggccttcctctctccattctacaaagtggaggttaactttgg
gagactgatggtctgaatactgagaggtgaatcttcaaagagactgtgga
atatctccaatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_15755970_15757128
seq2: B6Ng01-156E16.b_50_1181 (reverse)

seq1  TTTCTTGGGAGAACTAGACACCTTATAGACTGTGAAGACAACTTCCTTCA  50
      |||||  |||||||||||| |||  ||||||| |||||||    |  |||
seq2  TTTCT--GGAGAACTAGAC-CCT--TAGACTG-GAAGACA----CTCTCA  40

seq1  GTGACAGACCCTGACTTACAAATAAACAAAACAAAAAAAAATGTAATTCA  100
      |||||  | |||||||   | ||  |||||||  |||||||||||  || 
seq2  GTGAC--AACCTGACT---ACATTTACAAAAC--AAAAAAATGTA--TC-  80

seq1  ATCAAAAAGACAAGGAATC-TCTAGGGTGGGGCCAAAATCCCAGTGGCAC  149
      ||| ||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||| ||||
seq2  ATC-AAAAGACAA-GAATCTTCTA-GGTGGGGCC-AAATCCCAGT-GCAC  125

seq1  TGAAGGGTGTGTTTATCTACTGAATTTGAAGGTCCACAGAGTGGGAGGAG  199
      ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGGTGTG-TTATCTACTGAATTTGAA-GTCCACAGAGTGGGAGGAG  173

seq1  CCAAAGAGTGGGTGGAGCTTTGAGGTTCCTGCCCAGACAAGGTATATAAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGAGTGGGTGGAGCTTTGAGGTTCCTGCCCAGACAAGGTATATAAG  223

seq1  GCTGTTCCCTGAGGAAGTGTTCAAACAGAAGGAAATCTGAACAAGATAAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTCCCTGAGGAAGTGTTCAAACAGAAGGAAATCTGAACAAGATAAA  273

seq1  GAGAACTAGTGTTTGTCAGGTGAGTGTTTGTCCTGAATATATTTTTTATA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACTAGTGTTTGTCAGGTGAGTGTTTGTCCTGAATATATTTTTTATA  323

seq1  CATTGGCTATGTTGAGGGTGGCTAATCTCATGGAGGAGAGAGGGAGCTAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGCTATGTTGAGGGTGGCTAATCTCATGGAGGAGAGAGGGAGCTAG  373

seq1  CAGATGAAGAGCTTTTTGTGATCATTCTGCAGCTGGTGTACATGTTTGGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGAAGAGCTTTTTGTGATCATTCTGCAGCTGGTGTACATGTTTGGA  423

seq1  TGTTGAGGTCCAACACATCCCCAGAGTTGAGTGGGCAATGTGGAGAAAAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAGGTCCAACACATCCCCAGAGTTGAGTGGGCAATGTGGAGAAAAG  473

seq1  GCAGGAGCAGTGCAGTTGTTTCCACATAGATGTTAACACTGGAAAACATA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAGCAGTGCAGTTGTTTCCACATAGATGTTAACACTGGAAAACATA  523

seq1  AGCATGCAGGGTTCATAGATGACAGAATAAGAAGGCTGGTAAGACCCCAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGCAGGGTTCATAGATGACAGAATAAGAAGGCTGGTAAGACCCCAT  573

seq1  GTTGCTGGCCAGGCTACTGTGCTTTTGTGTACCAGCCAAGAAGAGACCTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTGGCCAGGCTACTGTGCTTTTGTGTACCAGCCAAGAAGAGACCTG  623

seq1  AGCCCTTTGATGTTCAGTAAGTCTAGAACAGCCTGGACTAGTAGAGACAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTTTGATGTTCAGTAAGTCTAGAACAGCCTGGACTAGTAGAGACAC  673

seq1  TCTGACTCAAAAGACAAAAAAACAAGTAGAATTATACCCATAAGAGTTGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTCAAAAGACAAAAAAACAAGTAGAATTATACCCATAAGAGTTGG  723

seq1  GCTCTAAACAGTTACTCTGAAACCAGTGTGGCACCAAATGTGAATGCAGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTAAACAGTTACTCTGAAACCAGTGTGGCACCAAATGTGAATGCAGA  773

seq1  TAATGGATTTGAAAGTTCGTAGGGTGCAAAGATTCCAAAGAGTGAGTTTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGATTTGAAAGTTCGTAGGGTGCAAAGATTCCAAAGAGTGAGTTTG  823

seq1  GAGAGATATGTAAGTGCAGGTCCTCTGAATAGAAGTCAAATAGCGGATTG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GAGAGATATGTAAGTGCAGGTCCTCTGAATAGAAGT-AAATAGCGGATTG  872

seq1  GCCAAGATACAGCAGCCCACTGGATAGCTGTTGAGGTAGTGGGCATCATG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGATACAGCAGCCCACTGGATAGCTGTTGAGGTAGTGGGCATCATG  922

seq1  ATGTGTTTCAGGTTGTTGTGTGAAGGGGATATCACGGAGGGTAATACTGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTTCAGGTTGTTGTGTGAAGGGGATATCACGGAGGGTAATACTGG  972

seq1  GAGAAAGTGGAACAGGAACTTGGATCACATTGTTTGGCTTGTATGGTTGC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGTGGAACAGGAACTTGGATCACATTGTTTGGCTTGTATGGTTGC  1022

seq1  TTGATAGGCAGAAAATATGTAAATGAGGAGCTGAGTATCAGTCAGGTGCA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAGGCAGAAAATATGTAAATGAGGAGCTGAGTATCAGTCAGGTGCA  1072

seq1  GGGATTCAAGCAGTCTGTGAATGAGCTTAAGGAGGCTCCTAGATTCTCTG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTCAAGCAGTCTGTGAATGAGCTTAAGGAGGCTCCTAGATTCTCTG  1122

seq1  TTCTGAATTC  1159
      ||||||||||
seq2  TTCTGAATTC  1132

seq1: chr7_15592633_15593803
seq2: B6Ng01-156E16.g_69_1230

seq1  GAATTCAACTCTTCCCTCATTGATCAACCCTTGGAAGACATGTGTTTCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACTCTTCCCTCATTGATCAACCCTTGGAAGACATGTGTTTCAG  50

seq1  CAAGAGCCACATTATTTCGGAGCATCCAAGGCAGAAGTGTAGAGAACTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGCCACATTATTTCGGAGCATCCAAGGCAGAAGTGTAGAGAACTTT  100

seq1  CCAGGGAACCGGGGCACCTATCTAGTGATAGGTCTGGCTGTTCCAACGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGAACCGGGGCACCTATCTAGTGATAGGTCTGGCTGTTCCAACGTT  150

seq1  CTTTCCTCACCTTCTCCACCAGCCAGTGCTGAATCTTCATGTGACATACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTCACCTTCTCCACCAGCCAGTGCTGAATCTTCATGTGACATACC  200

seq1  CTCGGGATTAAGCCTTTCTCCTCAACTCGGACCTCCAAGTATGACCCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGGATTAAGCCTTTCTCCTCAACTCGGACCTCCAAGTATGACCCAAA  250

seq1  ACTCAGAATCCACCTTCTCCATGTGCCAGACACCATCACTTTTGAGCCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGAATCCACCTTCTCCATGTGCCAGACACCATCACTTTTGAGCCCT  300

seq1  CTTCCTGAACTCAGCCCCTTGAGTAATTCCCTAGACCAGATGGCCATCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGAACTCAGCCCCTTGAGTAATTCCCTAGACCAGATGGCCATCTT  350

seq1  TTCCAAAATTGATCAGGTCTGTGAAATCTATCAAAAGAATACAAGGTCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAAATTGATCAGGTCTGTGAAATCTATCAAAAGAATACAAGGTCTA  400

seq1  AGAAGCAAAGGAAGGAGACGGAGAAGAACACAGTGCAAACTTTGATGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAAAGGAAGGAGACGGAGAAGAACACAGTGCAAACTTTGATGCAT  450

seq1  GGCCAGGATTCCTGTGAAATAGATGAAAGCCCTAAAGGCACTGTCTCTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGGATTCCTGTGAAATAGATGAAAGCCCTAAAGGCACTGTCTCTCT  500

seq1  GCCAAGCTCTGCCTATCAGGATACCTTGGCTGAGAGACAGTCTGTGTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGCTCTGCCTATCAGGATACCTTGGCTGAGAGACAGTCTGTGTTCA  550

seq1  GTTCTCCTCCATGCAGCCCATCAAGTACATCTCCAGACTCAGAATCCATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCCTCCATGCAGCCCATCAAGTACATCTCCAGACTCAGAATCCATA  600

seq1  TTTTCTGCATGGGAGGAAATATGTCATGTCAGCTTTCCTCCTCCTTTCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGCATGGGAGGAAATATGTCATGTCAGCTTTCCTCCTCCTTTCAG  650

seq1  CCCAAGTATGTTCTCAGACCCGGAGTCACCCTTGTCCATTATTCAGATTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGTATGTTCTCAGACCCGGAGTCACCCTTGTCCATTATTCAGATTA  700

seq1  ATGAGAATTTATTAAGTGATGCCATGATGTCTCTATAGGCTGAGTGAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAATTTATTAAGTGATGCCATGATGTCTCTATAGGCTGAGTGAAAC  750

seq1  CCAGCAACAGGGGAGAGTACGGTCTGTCAATCATCAGTCTGTGCACTATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAACAGGGGAGAGTACGGTCTGTCAATCATCAGTCTGTGCACTATC  800

seq1  TGCACAACCTGCTGCAGATCAAGATCCAGCAATAGCCCAAACTCCACATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAACCTGCTGCAGATCAAGATCCAGCAATAGCCCAAACTCCACATT  850

seq1  CCAGCACAGCTTTGACATCTGGGAATCCAAGGGAGACCCATTGCTCAATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCACAGCTTTGACATCTGGGAATCCAAGGGAGACCCATTGCTCAATA  900

seq1  CACACTCATAGGTGTTTAAGACCAGACTGATATACAAGACCAGCTCTTCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CACACTCATAGGTGTTTAAGACCAGACTGATATAC-AGACCAGCTCTTCC  949

seq1  TGTACATCTCAGTGACTTGGATTCAGTATCAGACCAAGTGTCACTGTCTG  1000
      |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACATCTC-GTGACTTGGA-TCAGTATCAGACCAAGTGTCACTGTCTG  997

seq1  ACTTCCCTGAGAACTTCTGACTTGTGGATGCCATCTAAGAACTGTT-GAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||
seq2  ACTTCCCTGAGAACTTCTGACTTGTTGATG-CATCTAAGAACTGTTGGAT  1046

seq1  CCAGAAGTTTGGGGCACTCCTCTCTCCA-TCTACCAAAGTGAAAGGTTTA  1098
      |   |||||||||||  ||||||||||| |||| |||||||  ||||| |
seq2  CAGAAAGTTTGGGGCCTTCCTCTCTCCATTCTA-CAAAGTG-GAGGTTAA  1094

seq1  AATTTGGAGACTGATTGTCTGAATACATGAGGTAGAAATCTTTCAAAGAA  1148
        || |||||||||| |||||||||| ||||     |||| ||||||| |
seq2  CTTTGGGAGACTGATGGTCTGAATAC-TGAGAGGTGAATC-TTCAAAG-A  1141

seq1  GACTTTGTGAAAATATCT-CAATT  1171
      |||| ||    ||||||| |||||
seq2  GACTGTG---GAATATCTCCAATT  1162