BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-168G17
Chromosome7 (Build37)
Map Location 143,493,939 - 143,614,260
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneFoxi2, Clrn3, Ptpre, Mki67, LOC668764
Downstream geneLOC546009, EG621677, EG668771, Mgmt, EG621804, Ebf3, 9430038I01Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-168G17.bB6Ng01-168G17.g
ACCDH959661DH959662
length1,2261,075
definitionDH959661|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168G17, 5' end.DH959662|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168G17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,493,939 - 143,495,206)(143,613,182 - 143,614,260)
sequence
gaattcaggaagtccactttgaacactgatttcaaagcctacagggtatg
ggaagcttgtaagaacacagctctggaggaaggaacctgttgcatcttgc
ctgcacctcgtgtttgataaggcagaatggggttcccttcgagagagaag
ccaggacgcgtttcccttaataagatgactttaaaggaagcctgcctatt
gtttcctctacacattccttgaggtgtacacaattaattcagtcttggaa
tctggaaaaaaaataagcattgtaccagaccgctttgcctcgcctgcatc
tccagcttatcacagggaatgagaaagtgggcgagtcaccaggggccact
gccttaacccttcctgttcactcaagaggctggctgggcccagtcttctg
tgtgtgtacccatactcatacctacacaatttgaacctagatgaaaggag
acctaaggggtgatgcggactaccctagctgggcatctagagtctagtca
cactggggtccagttctgggtgtctcactcaagactcctggactcactgg
ctagtgcctgagggagggagggagtcctaggctagagataatgatgagca
gtgccctaagatgctttcctggataagacaagggtagagatgagtccagt
tgatatcctcaagggaataagactggtgttttgtgagaaacacatttgaa
ctcttccatctaagaaagccaagaaagtaataaccaagactcatgggaga
taaacctatgaagtcacgctagagatatttagagagaaagttcttctgat
gcctcacgaggccagaaactctgtattaatgtgaaatcgggagaacgagc
tgtggaatgtggaaacgtgaattggcatgcaagcacaatgacagggctaa
gtgccctggtctacaggggagaagttgtcctcagttatgttttaggagaa
gggagagtaccagtagatgcatgcagatagcaaaggacgcctcaatctta
gcttctggagtcccaactgagcttgcacaaggcatatgctatttctattc
ttctcaccatgccggtcaaccggctgagtctcaacttatacaacggcatt
gtctagtatgaagaacctagagggcagaatcgagaaacatggcgaaaagg
ccacttctcttgttctagaatcctacccattagatgaccgatcagttact
ttccagttgttttaggatagaacata
gaattctttgttcagctctgagctccattttttaatggggagaatggttc
ttaagttggatggcaagagacaactttacagtgggcagaggagggaccat
ccatatgcccttgagattccctgtccttcctaggctccagtgaaactatt
gaaagactatcgtgcaaggcatacacacacctcccaggcttgcttcccac
aatccttgctcccagatcctttccttaatgttcttccagtcccaagctat
ggcaggaagcacacctacaccaggtgggctacagaagctaggagcaccta
ggatctttgtggtagacagcatcacgtctctcacacccttatctaaggag
tgggtccctcactcctaggcatatgtggtaaaagtgttcctatttcccta
tggcctctctacgactcagccagcctctggggatcctgggtgggcctatg
agagcttttaggctttaaagaagaagcgttggtgggctctgccttgctaa
tcactgtggatcagcttctttggaccgccctttcatgagggagctttggg
ccaggtacagagcatcttactgtccagaagggaacattacatcatccata
aggacagagtggcaatcccaagactggtgctattagtgatcctgaccaga
gccagtgattagcagggcggcaggacaagggtgcactgcctaaggaaatc
ccattcccttctctggactctggcttgtctattctgggccttgctgtgca
gtctctagtgtgtcccttcgattggaccataccccagcagtaatgtgccc
ctttagtggggccatggcccagcagcctctgaggagggtgtgaggacaaa
gcttctcttttgttccggcctcagaagcagctcccgccagagaatcctga
gttgtgttattttccctggcatcccatggactccagcagatgaagctcag
ttttcatatccatggagagactggctacgatgcttgtcttagctgcagca
gacagttattcctatgccccttgacttgttgtttatggcatgacaccctc
ctgtggtttcacagatccctgtgtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_143493939_143495206
seq2: B6Ng01-168G17.b_46_1271

seq1  GAATTCAGGAAGTCCACTTTGAACACTGATTTCAAAGCCTACAGGGTATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGAAGTCCACTTTGAACACTGATTTCAAAGCCTACAGGGTATG  50

seq1  GGAAGCTTGTAAGAACACAGCTCTGGAGGAAGGAACCTGTTGCATCTTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCTTGTAAGAACACAGCTCTGGAGGAAGGAACCTGTTGCATCTTGC  100

seq1  CTGCACCTCGTGTTTGATAAGGCAGAATGGGGTTCCCTTCGAGAGAGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACCTCGTGTTTGATAAGGCAGAATGGGGTTCCCTTCGAGAGAGAAG  150

seq1  CCAGGACGCGTTTCCCTTAATAAGATGACTTTAAAGGAAGCCTGCCTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGACGCGTTTCCCTTAATAAGATGACTTTAAAGGAAGCCTGCCTATT  200

seq1  GTTTCCTCTACACATTCCTTGAGGTGTACACAATTAATTCAGTCTTGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCTCTACACATTCCTTGAGGTGTACACAATTAATTCAGTCTTGGAA  250

seq1  TCTGGAAAAAAAATAAGCATTGTACCAGACCGCTTTGCCTCGCCTGCATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAAAAAAAATAAGCATTGTACCAGACCGCTTTGCCTCGCCTGCATC  300

seq1  TCCAGCTTATCACAGGGAATGAGAAAGTGGGCGAGTCACCAGGGGCCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCTTATCACAGGGAATGAGAAAGTGGGCGAGTCACCAGGGGCCACT  350

seq1  GCCTTAACCCTTCCTGTTCACTCAAGAGGCTGGCTGGGCCCAGTCTTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTAACCCTTCCTGTTCACTCAAGAGGCTGGCTGGGCCCAGTCTTCTG  400

seq1  TGTGTGTACCCATACTCATACCTACACAATTTGAACCTAGATGAAAGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTACCCATACTCATACCTACACAATTTGAACCTAGATGAAAGGAG  450

seq1  ACCTAAGGGGTGATGCGGACTACCCTAGCTGGGCATCTAGAGTCTAGTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAGGGGTGATGCGGACTACCCTAGCTGGGCATCTAGAGTCTAGTCA  500

seq1  CACTGGGGTCCAGTTCTGGGTGTCTCACTCAAGACTCCTGGACTCACTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGGGTCCAGTTCTGGGTGTCTCACTCAAGACTCCTGGACTCACTGG  550

seq1  CTAGTGCCTGAGGGAGGGAGGGAGTCCTAGGCTAGAGATAATGATGAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGCCTGAGGGAGGGAGGGAGTCCTAGGCTAGAGATAATGATGAGCA  600

seq1  GTGCCCTAAGATGCTTTCCTGGATAAGACAAGGGTAGAGATGAGTCCAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCTAAGATGCTTTCCTGGATAAGACAAGGGTAGAGATGAGTCCAGT  650

seq1  TGATATCCTCAAGGGAATAAGACTGGTGTTTTGTGAGAAACACATTTGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATCCTCAAGGGAATAAGACTGGTGTTTTGTGAGAAACACATTTGAA  700

seq1  CTCTTCCATCTAAGAAAGCCAAGAAAGTAATAACCAAGACTCATGGGAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCATCTAAGAAAGCCAAGAAAGTAATAACCAAGACTCATGGGAGA  750

seq1  TAAACCTATGAAGTCAGGCTAGAGATATTTAGAGAGAAAGTTCTTCTGAT  800
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCTATGAAGTCACGCTAGAGATATTTAGAGAGAAAGTTCTTCTGAT  800

seq1  GCCTCAGGAGGCCAGAAACTCTGTATTAATGTGAAATCGGGAGAACGAGC  850
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCACGAGGCCAGAAACTCTGTATTAATGTGAAATCGGGAGAACGAGC  850

seq1  TGTGGAATGTGGAAACGTGAATTGGCATGCAAGCACAATGACAGGGCTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAATGTGGAAACGTGAATTGGCATGCAAGCACAATGACAGGGCTAA  900

seq1  GGTGCCCTGGTCTACAGGGGAGAAGTTGTCCTCAGTTAATGTTTTAGGAG  950
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  -GTGCCCTGGTCTACAGGGGAGAAGTTGTCCTCAGTT-ATGTTTTAGGAG  948

seq1  AAGGGAGAGTACCAGGTAGATGCATGCAGATAAGCAAAGGACGCCCTCAA  1000
      |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||| |
seq2  AAGGGAGAGTACCA-GTAGATGCATGCAGAT-AGCAAAGGACG-CCTC-A  994

seq1  ATCTTAGCCTTCTTGGAAGTTCCCAACTGAGCTTGCACCAAAGGCATATG  1050
      ||||||| |||| ||||   ||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  ATCTTAG-CTTC-TGGA--GTCCCAACTGAGCTTGCAC--AAGGCATATG  1038

seq1  CTATTTCCTATTTCTTCTCAACCATGCCGGTCAACCGGCCTGAGTCCTTC  1100
      |||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||  ||
seq2  CTATTT-CTA-TTCTTCTC-ACCATGCCGGTCAACCGG-CTGAGTC--TC  1082

seq1  AAACTTATACAACGGCAATGGTCCTAGTATGAGGACCCCTAGAGGGCAGA  1150
       |||||||||||||||| ||   ||||||||| ||  |||||||||||||
seq2  -AACTTATACAACGGCATTG--TCTAGTATGAAGA-ACCTAGAGGGCAGA  1128

seq1  AACCAGAGAACATGGCAGAAGAGGCCACTTCTTCTTGTTCTAAGAAATAC  1200
      | | ||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||| ||||   |
seq2  ATCGAGA-AACATGGC-GAAAAGGCCACTTC-TCTTGTTCT-AGAA--TC  1172

seq1  ATACCACATAAGGATGTGAACCTAATCCAAGTTACTTTTCACAAGTTTGT  1250
       |||| ||| | ||||   |||  |||  ||||||||| ||     ||||
seq2  CTACC-CATTA-GATG---ACC-GATC--AGTTACTTTCCA----GTTGT  1210

seq1  TTTAAGGATAAAAACATA  1268
      ||| ||||| | ||||||
seq2  TTT-AGGAT-AGAACATA  1226

seq1: chr7_143613182_143614260
seq2: B6Ng01-168G17.g_69_1143 (reverse)

seq1  GACACAGGGATCTGTGAAA-CACAGGGAGGGGTGTCATGCCATAAACAAC  49
      ||||||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||
seq2  GACACAGGGATCTGTGAAACCACAGG--AGGGTGTCATGCCATAAACAAC  48

seq1  AAGTTCCAGGGGCATAGGAATAACTTGTCTGCTGCAGCTAAGACAAGCAT  99
      ||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAG-TCAAGGGGCATAGGAATAAC-TGTCTGCTGCAGCTAAGACAAGCAT  96

seq1  CGTAGCCAGTCTCTCCATGGATATGAAAACTGAGCTTCATCTTGCTGGAG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CGTAGCCAGTCTCTCCATGGATATGAAAACTGAGCTTCATC-TGCTGGAG  145

seq1  TCCATGGGGATGCCAGGG-AAATAACACAACTCAGGATTCTCTGGCGGGA  198
      ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAT-GGGATGCCAGGGAAAATAACACAACTCAGGATTCTCTGGCGGGA  194

seq1  GCTGCTTCTGAGGCCGGAACAAAAGAGAAGCTTTGTCCTCACACCCTCCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTTCTGAGGCCGGAACAAAAGAGAAGCTTTGTCCTCACACCCTCCT  244

seq1  CAGAGGCTGCTGGGCCATGGCCCCACTAAAGGGGCACATTACTGCTGGGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCTGCTGGGCCATGGCCCCACTAAAGGGGCACATTACTGCTGGGG  294

seq1  TATGGTCCAATCGAAGGGACACACTAGAGACTGCACAGCAAGGCCCAGAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTCCAATCGAAGGGACACACTAGAGACTGCACAGCAAGGCCCAGAA  344

seq1  TAGACAAGCCAGAGTCCAGAGAAGGGAATGGGATTTCCTTAGGCAGTGCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAAGCCAGAGTCCAGAGAAGGGAATGGGATTTCCTTAGGCAGTGCA  394

seq1  CCCTTGTCCTGCCGCCCTGCTAATCACTGGCTCTGGTCAGGATCACTAAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGTCCTGCCGCCCTGCTAATCACTGGCTCTGGTCAGGATCACTAAT  444

seq1  AGCACCAGTCTTGGGATTGCCACTCTGTCCTTATGGATGATGTAATGTTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCAGTCTTGGGATTGCCACTCTGTCCTTATGGATGATGTAATGTTC  494

seq1  CCTTCTGGACAGTAAGATGCTCTGTACCTGGCCCAAAGCTCCCTCATGAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTGGACAGTAAGATGCTCTGTACCTGGCCCAAAGCTCCCTCATGAA  544

seq1  AGGGCGGTCCAAAGAAGCTGATCCACAGTGATTAGCAAGGCAGAGCCCAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCGGTCCAAAGAAGCTGATCCACAGTGATTAGCAAGGCAGAGCCCAC  594

seq1  CAACGCTTCTTCTTTAAAGCCTAAAAGCTCTCATAGGCCCACCCAGGATC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGCTTCTTCTTTAAAGCCTAAAAGCTCTCATAGGCCCACCCAGGATC  644

seq1  CCCAGAGGCTGGCTGAGTCGTAGAGAGGCCATAGGGAAATAGGAACACTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGGCTGGCTGAGTCGTAGAGAGGCCATAGGGAAATAGGAACACTT  694

seq1  TTACCACATATGCCTAGGAGTGAGGGACCCACTCCTTAGATAAGGGTGTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCACATATGCCTAGGAGTGAGGGACCCACTCCTTAGATAAGGGTGTG  744

seq1  AGAGACGTGATGCTGTCTACCACAAAGATCCTAGGTGCTCCTAGCTTCTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACGTGATGCTGTCTACCACAAAGATCCTAGGTGCTCCTAGCTTCTG  794

seq1  TAGCCCACCTGGTGTAGGTGTGCTTCCTGCCATAGCTTGGGACTGGAAGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCACCTGGTGTAGGTGTGCTTCCTGCCATAGCTTGGGACTGGAAGA  844

seq1  ACATTAAGGAAAGGATCTGGGAGCAAGGATTGTGGGAAGCAAGCCTGGGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAAGGAAAGGATCTGGGAGCAAGGATTGTGGGAAGCAAGCCTGGGA  894

seq1  GGTGTGTGTATGCCTTGCACGATAGTCTTTCAATAGTTTCACTGGAGCCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGTGTATGCCTTGCACGATAGTCTTTCAATAGTTTCACTGGAGCCT  944

seq1  AGGAAGGACAGGGAATCTCAAGGGCATATGGATGGTCCCTCCTCTGCCCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGACAGGGAATCTCAAGGGCATATGGATGGTCCCTCCTCTGCCCA  994

seq1  CTGTAAAGTTGTCTCTTGCCATCCAACTTAAGAACCATTCTCCCCATTAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAAGTTGTCTCTTGCCATCCAACTTAAGAACCATTCTCCCCATTAA  1044

seq1  AAAATGGAGCTCAGAGCTGAACAAAGAATTC  1079
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGAGCTCAGAGCTGAACAAAGAATTC  1075