BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-169P18
Chromosome7 (Build37)
Map Location 103,957,017 - 104,106,257
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOdz4, Nars2
Upstream geneFrda-ps, EG666836, LOC670727, LOC666858
Downstream geneGab2, LOC100040457, Usp35, EG622320, Alg8, Ndufc2, Thrsp, Kctd14, Ints4, 1810020D17Rik, Rsf1, LOC622994, LOC100040211, Clns1a, Aqp11, LOC100040594, Pak1, Gdpd4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-169P18.bB6Ng01-169P18.g
ACCDH960814DH960815
length6771,076
definitionDH960814|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169P18, 5' end.DH960815|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169P18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,957,017 - 103,957,692)(104,105,160 - 104,106,257)
sequence
gaattcataagaacccaagagaggtgttgtagaagagacaggctataata
gcaatattaggggtggggggtaggtgtgttccaaggccaagatggaaaat
gctctacaaaaatcaaatgagcaattctctttagtaaggttattaattct
cagtgtggtgaagaattgaaccattttctaacttgcatggcaggtatcat
tgccatcactgtcttgaagcatctagaataacgtagcccacagaccacgt
ccacctcatcacacggttttgtacgtaaagccttattagaacgcactgtg
cttgtaactcagctgcatgcccctgctttggcactccggtggcataaccc
tgtgaccatggcaatttcctaacagctcacaagctgaaatatttgggcct
ttgcacaacgaattttgtggggtttgatctagataactgcctccattttc
tacttggtctttctatgagccctacttgtggtcatgacagcaacctaggc
tgtgtgcaccctatgtaccgacttcccaatagagagagaatgtgacgtaa
gtggagaattctgccactgcttcccagttttgtgcatcttacacgcctta
cctatcatgctgagttccctaatgcccctgtgctgtaagtaagaatacag
gggttctaaaaagttcataagatgctg
gaattcactcttttgactggcatggaactcaaagagagccacatacatct
gcctccccagtgctgggataaaggaatatcaccaccacctcgcacatgta
gatttttgttgctgtttttgaagaggaggtcccatgtagtgaaaattttg
gtttctttaaaaaacagaaatagaagtgcagtttttttttttattcccag
atatggggatgtggggctgcttcagattgtccatagcagctatgagttgc
ctcctgctttagcagggttaaacagagccatgcaactgttaccctcacag
atatcatcagaggaacacaaacctctttttaaaggtggtcacagtggctc
agtatgctggtgagagtaagaagggccctcagaagcatttaaatgtgtgg
tcctcagttggtggaactgtttgaagattaggaggtatggctttgtgtca
ctgaaggattaggaggtgggctttgagggtacaaaagcccaagccattcc
cagttagtgcactcattctttctacctcatacttgtggaacaaggtgaag
ctctcaatgactgctccagcagagtgcatgcctgctgccatgctccccaa
catgatggtatggactcttaacatgaaactattgcgcaccccccaaaatg
ctcattcttctatacgttgctttggttaaggtatcacaacaatagaaacg
taattaagacagatttttgtctttctgcccaattgagacccatcagtctt
tgtaatatgcaatatgtaatatgtattatgtaatatgtaatatgtagtat
gttattcctaacagtccttggaatagcaaagtgctcttattctagcagaa
ttgtgttctgctccttagaggttatactttaacacaaatgttattagttc
tgacatctgataatgagaccataaaagttccagttattctggacagtgag
atgctcaatggttagagcactggctgctctcagagtctgagttccaatcc
cagcaccacatgtagctcatacatctgtatggattgatgcctctctggtg
tctgaaacagctaagtgtactctaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_103957017_103957692
seq2: B6Ng01-169P18.b_46_722

seq1  GAATTCATAAGAACCCAAGAGAGGTGTTGTAGAAGAGACAGGCTATAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAAGAACCCAAGAGAGGTGTTGTAGAAGAGACAGGCTATAATA  50

seq1  GCAATATTAGGGGTGGGGGGTAGGTGTGTTCCAAGGCCAAGATGGAAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATATTAGGGGTGGGGGGTAGGTGTGTTCCAAGGCCAAGATGGAAAAT  100

seq1  GCTCTACAAAAATCAAATGAGCAATTCTCTTTAGTAAGGTTATTAATTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTACAAAAATCAAATGAGCAATTCTCTTTAGTAAGGTTATTAATTCT  150

seq1  CAGTGTGGTGAAGAATTGAACCATTTTCTAACTTGCATGGCAGGTATCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGGTGAAGAATTGAACCATTTTCTAACTTGCATGGCAGGTATCAT  200

seq1  TGCCATCACTGTCTTGAAGCATCTAGAATAACGTAGCCCACAGACCACGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATCACTGTCTTGAAGCATCTAGAATAACGTAGCCCACAGACCACGT  250

seq1  CCACCTCATCACACGGTTTTGTACGTAAAGCCTTATTAGAACGCACTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTCATCACACGGTTTTGTACGTAAAGCCTTATTAGAACGCACTGTG  300

seq1  CTTGTAACTCAGCTGCATGCCCCTGCTTTGGCACTCCGGTGGCATAACCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAACTCAGCTGCATGCCCCTGCTTTGGCACTCCGGTGGCATAACCC  350

seq1  TGTGACCATGGCAATTTCCTAACAGCTCACAAGCTGAAATATTTGGGCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACCATGGCAATTTCCTAACAGCTCACAAGCTGAAATATTTGGGCCT  400

seq1  TTGCACAACGAATTTTGTGGGGTTTGATCTAGATAACTGCCTCCATTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCACAACGAATTTTGTGGGGTTTGATCTAGATAACTGCCTCCATTTTC  450

seq1  TACTTGGTCTTTCTATGAGCCCTACTTGTGGTCATGACAGCAACCTAGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGGTCTTTCTATGAGCCCTACTTGTGGTCATGACAGCAACCTAGGC  500

seq1  TGTGTGCACCCTATGTACCGACTTCCCAATAGAGAGAGAATGTGACGTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCACCCTATGTACCGACTTCCCAATAGAGAGAGAATGTGACGTAA  550

seq1  GTGGAGAATTCTGCCACTGCTTCCCAG-TTTGTGCATCTTACACGCCTTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGAATTCTGCCACTGCTTCCCAGTTTTGTGCATCTTACACGCCTTA  600

seq1  CCTATCATGCTGAGTTCCCTAATGCCCCTGTGCTGTAAGTAAGAATACAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCATGCTGAGTTCCCTAATGCCCCTGTGCTGTAAGTAAGAATACAG  650

seq1  GGGTTCTAAAAAGTTCATAAGATGCTG  676
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCTAAAAAGTTCATAAGATGCTG  677

seq1: chr7_104105160_104106257
seq2: B6Ng01-169P18.g_67_1142 (reverse)

seq1  GTTATGAGTACACTGTAGCTGTTTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAG  50
      |||| ||||||||| |||||| ||||||  ||||||| ||| ||||||| 
seq2  GTTA-GAGTACACT-TAGCTG-TTTCAG--ACACCAG-AGA-GGCATCA-  42

seq1  ATCCCATTACAGATGGTTATGAGCTACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAAC  100
      ||||   ||||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||| ||||
seq2  ATCC--ATACAGATG--TATGAGCTA-CATGTGG-TGCTGGGATTGGAAC  86

seq1  TCAGGACCTCTGGAAGAGCAGCCAGTGCTCTTAACCATTGAGCCATCTCA  150
      ||||   |||||  |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
seq2  TCAG--ACTCTG--AGAGCAGCCAGTGCTC-TAACCATTGAG-CATCTCA  130

seq1  CCTGTCCAGAATAACTGGAACTTTTATGGTCTCATTATCAGATGTCAGAA  200
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CTGTCCAGAATAACTGGAACTTTTATGGTCTCATTATCAGATGTCAGAA  179

seq1  CTAATAACATTTTGTGTTAAAGTATAACCTCTAAGGAGCAGAACACAATT  250
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAACA-TTTGTGTTAAAGTATAACCTCTAAGGAGCAGAACACAATT  228

seq1  CTGCTAGAATAAGAGCACTTTGCTATTCCAAGGACTGTTAGGAATAACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAGAATAAGAGCACTTTGCTATTCCAAGGACTGTTAGGAATAACAT  278

seq1  ACTACATATTACATATTACATAATACATATTACATATTGCATATTACAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACATATTACATATTACATAATACATATTACATATTGCATATTACAAA  328

seq1  GACTGATGGGTCTCAATTGGGCAGAAAGACAAAAATCTGTCTTAATTACG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGATGGGTCTCAATTGGGCAGAAAGACAAAAATCTGTCTTAATTACG  378

seq1  TTTCTATTGTTGTGATACCTTAACCAAAGCAACGTATAGAAGAATGAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATTGTTGTGATACCTTAACCAAAGCAACGTATAGAAGAATGAGCA  428

seq1  TTTTGGGGGGTGCGCAATAGTTTCATGTTAAGAGTCCATACCATCATGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGGGGGTGCGCAATAGTTTCATGTTAAGAGTCCATACCATCATGTT  478

seq1  GGGGAGCATGGCAGCAGGCATGCACTCTGCTGGAGCAGTCATTGAGAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGCATGGCAGCAGGCATGCACTCTGCTGGAGCAGTCATTGAGAGCT  528

seq1  TCACCTTGTTCCACAAGTATGAGGTAGAAAGAATGAGTGCACTAACTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTTGTTCCACAAGTATGAGGTAGAAAGAATGAGTGCACTAACTGGG  578

seq1  AATGGCTTGGGCTTTTGTACCCTCAAAGCCCACCTCCTAATCCTTCAGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCTTGGGCTTTTGTACCCTCAAAGCCCACCTCCTAATCCTTCAGTG  628

seq1  ACACAAAGCCATACCTCCTAATCTTCAAACAGTTCCACCAACTGAGGACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAAGCCATACCTCCTAATCTTCAAACAGTTCCACCAACTGAGGACC  678

seq1  ACACATTTAAATGCTTCTGAGGGCCCTTCTTACTCTCACCAGCATACTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTTAAATGCTTCTGAGGGCCCTTCTTACTCTCACCAGCATACTGA  728

seq1  GCCACTGTGACCACCTTTAAAAAGAGGTTTGTGTTCCTCTGATGATATCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTGTGACCACCTTTAAAAAGAGGTTTGTGTTCCTCTGATGATATCT  778

seq1  GTGAGGGTAACAGTTGCATGGCTCTGTTTAACCCTGCTAAAGCAGGAGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGGTAACAGTTGCATGGCTCTGTTTAACCCTGCTAAAGCAGGAGGC  828

seq1  AACTCATAGCTGCTATGGACAATCTGAAGCAGCCCCACATCCCCATATCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCATAGCTGCTATGGACAATCTGAAGCAGCCCCACATCCCCATATCT  878

seq1  GGGAATAAAAAAAAAAACTGCACTTCTATTTCTGTTTTTTAAAGAAACCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATAAAAAAAAAAACTGCACTTCTATTTCTGTTTTTTAAAGAAACCA  928

seq1  AAATTTTCACTACATGGGACCTCCTCTTCAAAAACAGCAACAAAAATCTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTCACTACATGGGACCTCCTCTTCAAAAACAGCAACAAAAATCTA  978

seq1  CATGTGCGAGGTGGTGGTGATATTCCTTTATCCCAGCACTGGGGAGGCAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCGAGGTGGTGGTGATATTCCTTTATCCCAGCACTGGGGAGGCAG  1028

seq1  ATGTATGTGGCTCTCTTTGAGTTCCATGCCAGTCAAAAGAGTGAATTC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTGGCTCTCTTTGAGTTCCATGCCAGTCAAAAGAGTGAATTC  1076