BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-178P21
Chromosome7 (Build37)
Map Location 82,612,798 - 82,733,349
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAkap13
Upstream geneSlco3a1, EG665641, 0610006L08Rik, Sv2b, 1500012K07Rik, LOC100042171
Downstream geneKlhl25, LOC100042210, LOC434200, EG244071
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-178P21.bB6Ng01-178P21.g
ACCGA005832GA005833
length1,1651,167
definitionB6Ng01-178P21.b B6Ng01-178P21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,732,204 - 82,733,349)(82,612,798 - 82,613,959)
sequence
gaattcaatttgtgtgctaccatgctcacctgacagttgaatcttaagga
tattacatgatattaaagaaactaggtgtggaaggataaatgttctacct
tctgcttatgtgaggtattcagaatggggattcttggagaaagaaagaag
aacagaggttaccagggggtggggacagagtgaatacagagctagtgttt
catgggtacagggttcctatgtgagttcatggtaggttctagaaatcgat
agtagtgatagttatataacactgtgagttatgtaaccaaatttggccaa
aagagtacaatacaagagagacacagagacagattgacagacagacagac
agacagacagacagacagaatgagtcccacaacacagagaaaaaaatgat
ttctcccgacctaccatcatggctaaattctagcaaagcctactggtatt
caactacgacagagaataaggagaaccacatctactttttctctgggcag
ctgtgactcagcactttccttggctttaaaccagtgactacccagaggaa
ttcactaaggcagaggcacctgcagtaagcgcgcatgctctcaacaccat
cctctacttcatctctcggctggacttcccctcaccttcccctgtaagat
gaatcattagtgaccttcagttttaaagtaaaaatctccaagaataatta
tatcccaaatttcaaatcatgctacaataaccatcttgtgacacccaggt
ctaaacatataatgaagctgttgcaaccaccttatttccccatttggacg
gcagtccataacaagctccacttctcagcaaacacccagctgtaacatca
aatccggagggactgcctttgaaaatagtaatagctgttctgagttaatt
gttttaatttttagaacaatgcagccctctctgaaaccatgaaggcaaac
cacagaatgaaactgattcacaggccagaaggttagcatggaaggaacag
aatagacctacatttctgggaatgtggagaagctcaggtggttccaaagg
ctcatccaggatgaagagttccctttctttccactgtgcatcttcaggct
atcttctcaattgccagcctgttcttgcaacgactggtttcttgcctggc
ttgactggaagctat

gaattctgtgaaataccacggtccctcgccctgaccgtgataaagtacga
tttggtgtctttgcccagagtgctttggcactgtgaagcttaacacttga
cctgttagctgcttaggacacacattcttaagtggagacattttcttcat
gaatccaaataaaaggaatcattcctgctgagatgtctccggaccggaag
aagcatggtgtattctgcccctcagcttgatgcctgttggagtggccagg
ggcagcttgctaaagtagcagctgcatgattttgatttttcattgctatg
tggacaactaacatagtgatgtcctaagcttaatgcacgtgctctgcact
gtaagaggcagtcagtctctgcttaccatatttgatggataaggagtccg
aggctcagagaagctagatagcttgctcagcattgggatgtaactgactc
tagagcccaaactcttgtatatgtcttagtctaagaggaattgaaaggct
gtcttctcttgtgagctatggttttggcagggccttatgtaactttgatt
ttgctagtagacttacttttataggtagttttctactttataaactctga
agataaggcttcatgaaagatactagctttctatcactccagtagtgtgc
agtccatctagaaattcaagatttggatataacacagaaagtaacactta
gaaacaaatgacattatctataaatgacattgtttagtgtcatttgttgt
ttctatttccaaactttgaaaattggtagagggtgcttgagcatgtatac
ctacatatctgtttgcaaaccatgtgtgacgtacatacttggaaccaaca
gattatagaacatttcgggaacgggagtttatataactgttaactatgtg
gcataactaccttaaatgcctacatgaatagttctttttggtgtgtgtgt
tgacatttcattaacgcagacctagaatttttttcccggttaggtcactg
gaattatcctatttggagtactacattgtatctctctgtctctgtggtcc
tttatcatttctgctactaaaggactctgctgtgggtgaagctaacagac
actaatctgccaaattctggtaatggtcttcccacgaacagatgctaagg
acaaaggttccaaatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_82732204_82733349
seq2: B6Ng01-178P21.b_44_1208 (reverse)

seq1  ATAGCTTTCCCAGTCAAGCCAGGC-AGAAAC--GTCGTTGCA--GACAGC  45
      |||||||  ||||||||||||||| ||||||  |||||||||   |||| 
seq2  ATAGCTT--CCAGTCAAGCCAGGCAAGAAACCAGTCGTTGCAAGAACAGG  48

seq1  TTTGCAA-TGAGAGG---TGCTG-AGATGCAACAGTGGAAAG-AAGGGCA  89
       | |||| ||||| |     ||| |||||| ||||||||||| ||||| |
seq2  CTGGCAATTGAGAAGATAGCCTGAAGATGC-ACAGTGGAAAGAAAGGGAA  97

seq1  CTCTTCATCTTGGATGAG-CTTTGGA--CACCTGAGC-TCT-CACATT-C  133
      ||||||||| |||||||| |||||||  ||||||||| ||| |||||| |
seq2  CTCTTCATCCTGGATGAGCCTTTGGAACCACCTGAGCTTCTCCACATTCC  147

seq1  CAG-AATGTA-GTCTATTCTGTTCC-TCCATGCTTACCTTCTGGCCTGTG  180
      ||| |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  CAGAAATGTAGGTCTATTCTGTTCCTTCCATGCTAACCTTCTGGCCTGTG  197

seq1  -ATCAGTTTCATTCTGTGGTTTGCC-TCATGGTTTCAGAGAGGGCTGCAT  228
       |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGTTTCATTCTGTGGTTTGCCTTCATGGTTTCAGAGAGGGCTGCAT  247

seq1  TGTTCTAAAAATTAAAACAATTAACTCAGAACAGCTATTACTATTTTCAA  278
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTAAAAATTAAAACAATTAACTCAGAACAGCTATTACTATTTTCAA  297

seq1  AGGCAGTTCCTCCGGATTTGATGTTACAGCTGGGTGTTTGCTGGGAAGTG  328
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGGCAGTCCCTCCGGATTTGATGTTACAGCTGGGTGTTTGCTGAGAAGTG  347

seq1  GAGCTTGTTATGGACTGCCGTCCAAATGGGGAAATAAGGTGGTTGCAACA  378
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTGTTATGGACTGCCGTCCAAATGGGGAAATAAGGTGGTTGCAACA  397

seq1  GCTTCATTATATGTTTAGACCTGGGTGTCACAAGATGGTTATTGTAGCAT  428
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCATTATATGTTTAGACCTGGGTGTCACAAGATGGTTATTGTAGCAT  447

seq1  GATTTGAAATTTGGGATATAATTATTCTTGGAGATTTTTACTTTAAAACT  478
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGAAATTTGGGATATAATTATTCTTGGAGATTTTTACTTTAAAACT  497

seq1  GAAGGTCACTAATGATTCATCTTACAGGGGAAGGTGAGGGGAAGTCCAGC  528
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTCACTAATGATTCATCTTACAGGGGAAGGTGAGGGGAAGTCCAGC  547

seq1  CGAGAGATGAAGTAGAGGATGGTGTTGAGAGCATGCGCGCTTACTGCAGG  578
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGAGATGAAGTAGAGGATGGTGTTGAGAGCATGCGCGCTTACTGCAGG  597

seq1  TGCCTCTGCCTTAGTGAATTCCTCTGGGTAGTCACTGGTTTAAAGCCAAG  628
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCTGCCTTAGTGAATTCCTCTGGGTAGTCACTGGTTTAAAGCCAAG  647

seq1  GAAAGTGCTGAGTCACAGCTGCCCAGAGAAAAAGTAGATGTGGTTCTCCT  678
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTGCTGAGTCACAGCTGCCCAGAGAAAAAGTAGATGTGGTTCTCCT  697

seq1  TATTCTCTGTCGTAGTTGAATACCAGTAGGCTTTGCTAGAATTTAGCCAT  728
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTCTGTCGTAGTTGAATACCAGTAGGCTTTGCTAGAATTTAGCCAT  747

seq1  GATGGTAGGTCGGGAGAAATCATTTTTTTCTCTGTGTTGTGGGACTCATT  778
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTAGGTCGGGAGAAATCATTTTTTTCTCTGTGTTGTGGGACTCATT  797

seq1  CTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCAATCTGTCTCTGTGTCT  828
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCAATCTGTCTCTGTGTCT  847

seq1  CTCTTGTATTGTACTCTTTTGGCCAAATTTGGTTACATAACTCACAGTGT  878
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGTATTGTACTCTTTTGGCCAAATTTGGTTACATAACTCACAGTGT  897

seq1  TATATAACTATCACTACTATCGATTTCTAGAACCTACCATGAACTCACAT  928
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAACTATCACTACTATCGATTTCTAGAACCTACCATGAACTCACAT  947

seq1  AGGAACCCTGTACCCATGAAACACTAGCTCTGTATTCACTCTGTCCCCAC  978
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACCCTGTACCCATGAAACACTAGCTCTGTATTCACTCTGTCCCCAC  997

seq1  CCCCTGGTAACCTCTGTTCTTCTTTCTTTCTCCAAGAATCCCCATTCTGA  1028
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGGTAACCTCTGTTCTTCTTTCTTTCTCCAAGAATCCCCATTCTGA  1047

seq1  ATACCTCACATAAGCAGAAGGTAGAACATTTATCCTTCCACACCTAGTTT  1078
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTCACATAAGCAGAAGGTAGAACATTTATCCTTCCACACCTAGTTT  1097

seq1  CTTTAATATCATGTAATATCCTTAAGATTCAACTGTCAGGTGAGCATGGT  1128
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAATATCATGTAATATCCTTAAGATTCAACTGTCAGGTGAGCATGGT  1147

seq1  AGCACACAAATTGAATTC  1146
      ||||||||||||||||||
seq2  AGCACACAAATTGAATTC  1165


seq1: chr7_82612798_82613959
seq2: B6Ng01-178P21.g_67_1233

seq1  GAATTCTGTGAAATACCACGGTCCCTCGCCCTGACCGTGATAAAGTACGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGAAATACCACGGTCCCTCGCCCTGACCGTGATAAAGTACGA  50

seq1  TTTGGTGTCTTTGCCCAGAGTGCTTTGGCACTGTGAAGCTTAACACTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTGTCTTTGCCCAGAGTGCTTTGGCACTGTGAAGCTTAACACTTGA  100

seq1  CCTGTTAGCTGCTTAGGACACACATTCTTAAGTGGAGACATTTTCTTCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTAGCTGCTTAGGACACACATTCTTAAGTGGAGACATTTTCTTCAT  150

seq1  GAATCCAAATAAAAGGAATCATTCCTGCTGAGATGTCTCCGGACCGGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCAAATAAAAGGAATCATTCCTGCTGAGATGTCTCCGGACCGGAAG  200

seq1  AAGCATGGTGTATTCTGCCCCTCAGCTTGATGCCTGTTGGAGTGGCCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGGTGTATTCTGCCCCTCAGCTTGATGCCTGTTGGAGTGGCCAGG  250

seq1  GGCAGCTTGCTAAAGTAGCAGCTGCATGATTTTGATTTTTCATTGCTATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCTTGCTAAAGTAGCAGCTGCATGATTTTGATTTTTCATTGCTATG  300

seq1  TGGACAACTAACATAGTGATGTCCTAAGCTTAATGCACGTGCTCTGCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAACTAACATAGTGATGTCCTAAGCTTAATGCACGTGCTCTGCACT  350

seq1  GTAAGAGGCAGTCAGTCTCTGCTTACCATATTTGATGGATAAGGAGTCCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAGGCAGTCAGTCTCTGCTTACCATATTTGATGGATAAGGAGTCCG  400

seq1  AGGCTCAGAGAAGCTAGATAGCTTGCTCAGCATTGGGATGTAACTGACTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCAGAGAAGCTAGATAGCTTGCTCAGCATTGGGATGTAACTGACTC  450

seq1  TAGAGCCCAAACTCTTGTATATGTCTTAGTCTAAGAGGAATTGAAAGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCCCAAACTCTTGTATATGTCTTAGTCTAAGAGGAATTGAAAGGCT  500

seq1  GTCTTCTCTTGTGAGCTATGGTTTTGGCAGGGCCTTATGTAACTTTGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCTCTTGTGAGCTATGGTTTTGGCAGGGCCTTATGTAACTTTGATT  550

seq1  TTGCTAGTAGACTTACTTTTATAGGTAGTTTTCTACTTTATAAACTCTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAGTAGACTTACTTTTATAGGTAGTTTTCTACTTTATAAACTCTGA  600

seq1  AGATAAGGCTTCATGAAAGATACTAGCTTTCTATCACTCCAGTAGTGTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAGGCTTCATGAAAGATACTAGCTTTCTATCACTCCAGTAGTGTGC  650

seq1  AGTCCATCTAGAAATTCAAGATTTGGATATAACACAGAAAGTAACACTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCATCTAGAAATTCAAGATTTGGATATAACACAGAAAGTAACACTTA  700

seq1  GAAACAAATGACATTATCTATAAATGACATTGTTTAGTGTCATTTGTTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAAATGACATTATCTATAAATGACATTGTTTAGTGTCATTTGTTGT  750

seq1  TTCTATTTCCAAAC-TTGAAAATTGGTAGAGGGTGCTTGAGCATGTATAC  799
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTTCCAAACTTTGAAAATTGGTAGAGGGTGCTTGAGCATGTATAC  800

seq1  CTACATATCTGTTTGCAAACCATGTGTGACGTACATACTTGGAACCAACA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATATCTGTTTGCAAACCATGTGTGACGTACATACTTGGAACCAACA  850

seq1  GATTATAGAACATTTCGGGAACGGGAGTTTATAT-ACTGTTAACTATGTG  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GATTATAGAACATTTCGGGAACGGGAGTTTATATAACTGTTAACTATGTG  900

seq1  GCATAACTAACTT-AATGGCTACATG-ATAGTTCTTTTT-GTGTGTGTG-  944
      ||||||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||| 
seq2  GCATAACTACCTTAAATGCCTACATGAATAGTTCTTTTTGGTGTGTGTGT  950

seq1  TGACATTTCATT-ACGCAGACTTAG-ATTTTTTTCCCCGTTAGGTCACTG  992
      |||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGACATTTCATTAACGCAGACCTAGAATTTTTTTCCCGGTTAGGTCACTG  1000

seq1  --ATTATCTTATTT-GAGTACTTACATTGTATCTCTCTGTCCTCTGTTGG  1039
        |||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||| |||
seq2  GAATTATCCTATTTGGAGTAC-TACATTGTATCTCTCTGT-CTCTG-TGG  1047

seq1  TCCCTTCTTCCTTTCTGCTACTTAAAGACTCTGCTGT-GGTGAAGCCTTA  1088
      | ||||  || ||||||||||| || ||||||||||| ||||||| || |
seq2  T-CCTTTATCATTTCTGCTACTAAAGGACTCTGCTGTGGGTGAAG-CTAA  1095

seq1  CAGACACT-ATCTG-CAAATTCTTGTTTATGTCTTCTCACAGAAACAGAA  1136
      |||||||| ||||| |||||||| ||    |||||| |||   |||||| 
seq2  CAGACACTAATCTGCCAAATTCTGGTAATGGTCTTCCCAC--GAACAGA-  1142

seq1  TTGCT-AGGACAAAGGGGTTCAAATGT  1162
       |||| |||||||| || | |||||||
seq2  -TGCTAAGGACAAA-GGTTCCAAATGT  1167


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |