BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-183B04
Chromosome7 (Build37)
Map Location 102,640,852 - 102,818,807
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG666816, LOC100040132, LOC666823
Downstream geneFrda-ps, EG666836, Odz4, LOC670727, LOC666858
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-183B04.bB6Ng01-183B04.g
ACCGA008795GA008796
length1,1891,123
definitionB6Ng01-183B04.b B6Ng01-183B04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,640,852 - 102,642,039)(102,817,688 - 102,818,807)
sequence
gaattctttagatatttgaaataattatgcaaatctctgcagctgtttgg
cctcctggtaagggccaattttctcaaatgtggcagagttttgagataaa
acatttcacgaagtctcagacacccattactctttaaaaacttttttctt
ggtctccattcctttatggttttggttttatttttttatgtttattaatt
catttgatcttttaaagtttcaaacacacatgcagcatgctcttgtcacg
ttcatttttcagtcttcttttatgattctccaactcccatcacctcctcc
ttcccagaggctgtaatgaggaccagtcttcccggcatgtgtggcagcta
tctgtgccataggattctttcataggacccatcttaccaagtagctccta
cctattcttctgtttgttgatccttattcatccaacaaatcattatgcag
catctactgtgtgctgggaacaacacaggagcagacctttacctgtggag
tttaaaacctggaagagaagccaggatcaatcaaataggaatctagatgc
actgaaaagtagctgaaagcttctttagagtatcaaatagtttaaaagag
aaaatccaccttctaaaagtcaccttaaaactgaagctggaagaagggaa
aaaataaacaaagggatggaaatgaagtgaacaacaaaaatcattgtatg
gaattatgggaaaccaatgagtaacaggaacaaggtaaggacctggagtg
gtcctgatgataatgatgctgatactcatggatgttattctaggggaagg
caattactaagctataaagtacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacgactatcgaagcttgatcaaaaaaactgaa
ggggggctggtgagatggcatagaaggagttacagagacaaaatttgagc
tgtgacgaaggatggaccatctagtgactgccatatgcagggatgcatcc
cataatcagcttccaaatgctgacaccattgcatacactagcagatttcg
ctgaaaggacccagttattagctcttctcttgtgagactatgcctgggcc
tagctaaactcgaaattggatgatcacagtcagcttatgaatgggtcaca
cggctcctaatggaggacctcagaaactacccaaggagc

gaattccttgatttgtaaagggacatgtaataactataaccttgaagtga
aagcaaatacacagcatatataaatgagtaaactcagaattctgtcattg
accttgagtaaattttatttcccacctattacttgcatggaattgctgac
tttagaacgctagaatttgcagggaagcttgggaaggtctcactgagcat
tcacaaaagagacgacagcatcaactggccatgatattgatttgtttcag
ataccaaagacttcttgttgtgaaagtcaagattgggtcacgggacttat
gaattctccctgattctatatccgtcatggtataccagtcccagggaatg
aggtgtcaaaagagagtgtcccttttgttattcatatttctgctcaacat
tgccctaggtgagcagaacctgtgaactgattccaactaatagattatgc
caaagttgtggaatggtgccactctgattaagttagaagactttagagtt
ttcttgcaaatcatgtgtgtgtctgctgacagttgtgtggaatagaacca
gattcctccctactcaagtgtctacagaatgacttcttaacttgaacctt
tggaaccctaagtagaaaatacagatgaatttgtatagagtggctggctc
catggaaaccatgagaaaaataaatgtctcatgttctatggcgttggatg
tatggaaatttgttattcagcctagagataagtgaatctccaatataatt
tatgagatttttttaataaattgagacatataactgtgatcttttcttct
aaatgatcctaattttagacctacattaaagacagtgtgcacaaactatg
ttgtactggtatactgagaacttcaacttattatggaaaatgaaagacat
caaacaaatacaattttagagtcataccctttctgagcctgtctgctggt
cttcagtcccaatttaatagagacttatacatgaattagtaactgaaggt
tccacttttgcatgcatagggagcttttataagagacaggaaaggtcaaa
tagtaaaagagtcttatcttcctctgcaagcatggaaggtaaggtggtaa
gaactggaattaatttaccacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_102640852_102642039
seq2: B6Ng01-183B04.b_45_1233

seq1  GAATTCTTTAGATATTTGAAATAATTATGCAAATCTCTGCAGCTGTTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAGATATTTGAAATAATTATGCAAATCTCTGCAGCTGTTTGG  50

seq1  CCTCCTGGTAAGGGCCAATTTTCTCAAATGTGGCAGAGTTTTGAGATAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGGTAAGGGCCAATTTTCTCAAATGTGGCAGAGTTTTGAGATAAA  100

seq1  ACATTTCACGAAGTCTCAGACACCCATTACTCTTTAAAAACTTTTTTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTCACGAAGTCTCAGACACCCATTACTCTTTAAAAACTTTTTTCTT  150

seq1  GGTCTCCATTCCTTTATGGTTTTGGTTTTATTTTTTTATGTTTATTAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCCATTCCTTTATGGTTTTGGTTTTATTTTTTTATGTTTATTAATT  200

seq1  CATTTGATCTTTTAAAGTTTCAAACACACATGCAGCATGCTCTTGTCACG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGATCTTTTAAAGTTTCAAACACACATGCAGCATGCTCTTGTCACG  250

seq1  TTCATTTTTCAGTCTTCTTTTATGATTCTCCAACTCCCATCACCTCCTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTTTCAGTCTTCTTTTATGATTCTCCAACTCCCATCACCTCCTCC  300

seq1  TTCCCAGAGGCTGTAATGAGGACCAGTCTTCCCGGCATGTGTGGCAGCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGAGGCTGTAATGAGGACCAGTCTTCCCGGCATGTGTGGCAGCTA  350

seq1  TCTGTGCCATAGGATTCTTTCATAGGACCCATCTTACCAAGTAGCTCCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGCCATAGGATTCTTTCATAGGACCCATCTTACCAAGTAGCTCCTA  400

seq1  CCTATTCTTCTGTTTGTTGATCCTTATTCATCCAACAAATCATTATGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTCTTCTGTTTGTTGATCCTTATTCATCCAACAAATCATTATGCAG  450

seq1  CATCTACTGTGTGCTGGGAACAACACAGGAGCAGACCTTTACCTGTGGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTACTGTGTGCTGGGAACAACACAGGAGCAGACCTTTACCTGTGGAG  500

seq1  TTTAAAACCTGGAAGAGAAGCCAGGATCAATCAAATAGGAATCTAGATGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAACCTGGAAGAGAAGCCAGGATCAATCAAATAGGAATCTAGATGC  550

seq1  ACTGAAAAGTAGCTGAAAGCTTCTTTAGAGTATCAAATAGTTTAAAAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAAAGTAGCTGAAAGCTTCTTTAGAGTATCAAATAGTTTAAAAGAG  600

seq1  AAAATCCACCTTCTAAAAGTCACCTTAAAACTGAAGCTGGAAGAAGGGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCCACCTTCTAAAAGTCACCTTAAAACTGAAGCTGGAAGAAGGGAA  650

seq1  AAAATAAACAAAGGGATGGAAATGAAGTGAACAACAAAAATCATTGTATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAACAAAGGGATGGAAATGAAGTGAACAACAAAAATCATTGTATG  700

seq1  GAATTATGGGAAACCAATGAGTAACAGGAACAAGGTAAGGACCTGGAGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTATGGGAAACCAATGAGTAACAGGAACAAGGTAAGGACCTGGAGTG  750

seq1  GTCCTGATGATAATGATGCTGATACTCATGGATGTTATTCTAGGGGAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGATGATAATGATGCTGATACTCATGGATGTTATTCTAGGGGAAGG  800

seq1  CAATTACTAAGCTATAAAGT--ACACACACACACACACACACACACACAC  848
      ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTACTAAGCTATAAAGTACACACACACACACACACACACACACACAC  850

seq1  ACACACACACACACACACACGACTATCGAAGCTTGATCAAAAAAACTGAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACGACTATCGAAGCTTGATCAAAAAAACTGAA  900

seq1  GGGGGGCTGGTGAGATGGCATAGAAGGAGTTACAGAGACAAAATTTGGAG  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GGGGGGCTGGTGAGATGGCATAGAAGGAGTTACAGAGACAAAATTT-GAG  949

seq1  CTGTGACGAAAGGATGGACCATCTAGTGACTGCCATATGCAGGGATGCAT  998
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGACG-AAGGATGGACCATCTAGTGACTGCCATATGCAGGGATGCAT  998

seq1  CCCATAATCAGCTTCCAAATGCTGACACCATTGCATACACTAGCAAGATT  1048
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCCATAATCAGCTTCCAAATGCTGACACCATTGCATACACTAGC-AGATT  1047

seq1  TCGCTGAAAGGACCCAGTTA-TAGCTC-TCTCTTGTGAGACTATGCCGGG  1096
      |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||
seq2  TCGCTGAAAGGACCCAGTTATTAGCTCTTCTCTTGTGAGACTATGCCTGG  1097

seq1  GCCTAGC-AAACACAGAAGTGGATGATCACAGTCAGCTATTGGATGGGTC  1145
      ||||||| |||| |  || |||||||||||||||||||  || |||||||
seq2  GCCTAGCTAAACTCGAAATTGGATGATCACAGTCAGCTTATGAATGGGTC  1147

seq1  ACACGGCCCCTAATGGAGGACCTAGAGAAATTACCCAAGGAGC  1188
      ||||||| |||||||||||||||  ||||| ||||||||||||
seq2  ACACGGCTCCTAATGGAGGACCT-CAGAAACTACCCAAGGAGC  1189


seq1: chr7_102817688_102818807
seq2: B6Ng01-183B04.g_66_1188 (reverse)

seq1  TTGTGTTAAATT-ATTTCAGTTCTTACCAACTTAACCTCCATGCTTGCAG  49
      ||||| |||||| ||| |||||||||||| |||| | |||||||||||||
seq2  TTGTGGTAAATTAATTCCAGTTCTTACCACCTTACCTTCCATGCTTGCAG  50

seq1  AG--AGAT-AGACTCTTTTACTATTTGACCTTT-CTGTCTCCTTATAAAA  95
      ||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
seq2  AGGAAGATAAGACTCTTTTACTATTTGACCTTTCCTGTCT-CTTATAAAA  99

seq1  GCTCCCTATGCATGCAAAAAGTGAACCTTCAGTTACTAATTCATGTATAA  145
      |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCTATGCATGCAAAAGTGGAACCTTCAGTTACTAATTCATGTATAA  149

seq1  GTCTCTATTAAATTGGGACTGAAGACCAGCAGACAGGCTCAGAAAGGGTA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTATTAAATTGGGACTGAAGACCAGCAGACAGGCTCAGAAAGGGTA  199

seq1  TGACTCTAAAATTGTATTTGTTTGATGTCTTTCATTTTTCCATAATAAGT  245
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGACTCTAAAATTGTATTTGTTTGATGTCTTTCA-TTTTCCATAATAAGT  248

seq1  TGAAGTTCTCAGTATACCAGTACAACATAGTTTGTGCACACTGTCTTTAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTTCTCAGTATACCAGTACAACATAGTTTGTGCACACTGTCTTTAA  298

seq1  TGTAGGTCTAAAATTAGGATCATTTAGAAGAAAAGATCACAGTTATATGT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGTCTAAAATTAGGATCATTTAGAAGAAAAGATCACAGTTATATGT  348

seq1  CTCAATTTATTAAAAAAATCTCATAAATTATATTGGAGATTCACTTATCT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATTTATTAAAAAAATCTCATAAATTATATTGGAGATTCACTTATCT  398

seq1  CTAGGCTGAATAACAAATTTCCATACATCCAACGCCATAGAACATGAGAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCTGAATAACAAATTTCCATACATCCAACGCCATAGAACATGAGAC  448

seq1  ATTTATTTTTCTCATGGTTTCCATGGAGCCAGCCACTCTATACAAATTCA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTTTCTCATGGTTTCCATGGAGCCAGCCACTCTATACAAATTCA  498

seq1  TCTGTATTTTCTACTTAGGGTTCCAAAGGTTCAAGTTAAGAAGTCATTCT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTATTTTCTACTTAGGGTTCCAAAGGTTCAAGTTAAGAAGTCATTCT  548

seq1  GTAGACACTTGAGTAGGGAGGAATCTGGTTCTATTCCACACAACTGTCAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACACTTGAGTAGGGAGGAATCTGGTTCTATTCCACACAACTGTCAG  598

seq1  CAGACACACACATGATTTGCAAGAAAACTCTAAAGTCTTCTAACTTAATC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACACACATGATTTGCAAGAAAACTCTAAAGTCTTCTAACTTAATC  648

seq1  AGAGTGGCACCATTCCACAACTTTGGCATAATCTATTAGTTGGAATCAGT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGGCACCATTCCACAACTTTGGCATAATCTATTAGTTGGAATCAGT  698

seq1  TCACAGGTTCTGCTCACCTAGGGCAATGTTGAGCAGAAATATGAATAACA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGTTCTGCTCACCTAGGGCAATGTTGAGCAGAAATATGAATAACA  748

seq1  AAAGGGACACTCTCTTTTGACACCTCATTCCCTGGGACTGGTATACCATG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGACACTCTCTTTTGACACCTCATTCCCTGGGACTGGTATACCATG  798

seq1  ACGGATATAGAATCAGGGAGAATTCATAAGTCCCGTGACCCAATCTTGAC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGATATAGAATCAGGGAGAATTCATAAGTCCCGTGACCCAATCTTGAC  848

seq1  TTTCACAACAAGAAGTCTTTGGTATCTGAAACAAATCAATATCATGGCCA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACAACAAGAAGTCTTTGGTATCTGAAACAAATCAATATCATGGCCA  898

seq1  GTTGATGCTGTCGTCTCTTTTGTGAATGCTCAGTGAGACCTTCCCAAGCT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATGCTGTCGTCTCTTTTGTGAATGCTCAGTGAGACCTTCCCAAGCT  948

seq1  TCCCTGCAAATTCTAGCGTTCTAAAGTCAGCAATTCCATGCAAGTAATAG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGCAAATTCTAGCGTTCTAAAGTCAGCAATTCCATGCAAGTAATAG  998

seq1  GTGGGAAATAAAATTTACTCAAGGTCAATGACAGAATTCTGAGTTTACTC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAAATAAAATTTACTCAAGGTCAATGACAGAATTCTGAGTTTACTC  1048

seq1  ATTTATATATGCTGTGTATTTGCTTTCACTTCAAGGTTATAGTTATTACA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATATATGCTGTGTATTTGCTTTCACTTCAAGGTTATAGTTATTACA  1098

seq1  TGTCCCTTTACAAATCAAGGAATTC  1120
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTTTACAAATCAAGGAATTC  1123


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |