BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-184D02
Chromosome7 (Build37)
Map Location 77,135,224 - 77,277,670
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC384741, EG665410
Downstream geneNr2f2, LOC100042833, B130024G19Rik, LOC100042838, LOC665486, LOC100041957
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-184D02.bB6Ng01-184D02.g
ACCGA009629GA009630
length1,158963
definitionB6Ng01-184D02.b B6Ng01-184D02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,135,224 - 77,136,390)(77,276,712 - 77,277,670)
sequence
gaattcctattgaaagttgttattgttatataggaccacataatctcata
agggaaagtgagtgtgtttatctttaataatgaaaaccatgtctcctcta
ctactctcattagcaaaatccatgcaagcaaactaccagaagtagtgcgg
atttaacgacatagaatatttttgatggtaggggtggttggcaatgaaaa
gacagattgaaatgatatgtcaaatattagtagccttttaagacgtcatc
gcccgtggcccttaacctcttacagatggcaaacagggggcagcacaaac
gaaattaagaagatagtgtgttgacaggagcaagtgggttccagttttta
tccccacagacaacagaatgacatcatctcctttcaaaatgacacattaa
tgaatttagcaacacctgaacttttctgacgacagcacctttgacactgg
caggttctcctgtgtcagtaatgataggattgtgtatcaccctccctctt
cagagctgatggcagaattaccttttgggccctaacaagttgacagggtc
tcattttgttccctcttttaatgacatcttctttgcaggtgaactggaga
agtgatgacttctcccccccccctttttttgtcttggaggattcctaaat
gtcactgagagacctaagacgtctcaatctcacttaaggcaaacgggaag
cccagggtttttaaaggtgaaatggagcttgctaatgaagaaacatcact
ctctgtggggcgtgctccttgttagttcagtgtaggtgagtgtcgcaggt
tagctgtccaacctgacccagggtgtgagtgcacatgtcatcttttattt
atcaaggtttaaaaaaaataaagaagagaagaaagaaagaaagaagaaac
acctaattgaatgattgggtgataaaacaataaactcttctgcattttgg
ctccaaagagaagggtaatgagctcttgtctcagaaactcatcctgtgga
gttctcgttatgatacagttcaaacgtgtcactgaaacatgtggaccggt
aatacactccccattggatggcaccagggaacttagttggatgtttaatt
tttcattccaacctcctttatacaatccattgaggtgtgggcagtccttc
cgagttag

gaattccatctcagttggttgaattgtcacgtgtcaaaaatacagctatc
tgagcatatgcatgtgtgtagtggtcattatgcaaatataagaagttata
tcttctggtctgaattacccaaggagttaatgcatgactgtagtctgttg
gataaccatctagccccaaatcttagagacttaaaatgagaataaccaag
ccttatcattctgtaagctagccaggcacatctttacctgaattcaccca
ggtcatgaggtgattgaaaggagtcagtggccacatacatatgggagact
gtgtaggactataacagccacttacatatgggagactgtctaggactgta
gatgcttgccagtgttagctgtgagctcttctgtgggtgcttcggggacc
atgcttctctatgcacacgagcagcctgattggacttcctcataggatgg
cattgtgagtgcgtaggtttcttttcttatgcttagattctcagaatgga
aaagtgtcagtggcatttcaagtcatcaataggagatgtcatttcagaca
gcattaccttttttttttttttttttttttttggctgtatttcattgttt
taaataggtcactgggatatcccagttttaaagtaagacatacattcggg
aaggtgggggaagttttatacatgaatatatatatatatatatatatata
ctatataactatattcacatctctacctctagctatatctctatggctat
catctactgatcctggtcaattatctatatttattatatgatgtatttgt
atgttaaattgattgatcagtgtatttattccttcaccatgcacaaaata
tagattttgataagaattggattattctatatactatacacgtggtattt
gacccttgtgttaggatgaagtttgcaatatctgcagatcgcagtgtctt
ggaggagagaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_77135224_77136390
seq2: B6Ng01-184D02.b_46_1203

seq1  GAATTCCTATTGAAAGTTGTTATTGTTATATAGGACCACATAATCTCATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATTGAAAGTTGTTATTGTTATATAGGACCACATAATCTCATA  50

seq1  AGGGAAAGTGAGTGTGTTTATCTTTAATAATGAAAACCATGTCTCCTCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAAGTGAGTGTGTTTATCTTTAATAATGAAAACCATGTCTCCTCTA  100

seq1  CTACTCTCATTAGCAAAATCCATGCAAGCAAACTACCAGAAGTAGTGCGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCTCATTAGCAAAATCCATGCAAGCAAACTACCAGAAGTAGTGCGG  150

seq1  ATTTAACGACATAGAATATTTTTGATGGTAGGGGTGGTTGGCAATGAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAACGACATAGAATATTTTTGATGGTAGGGGTGGTTGGCAATGAAAA  200

seq1  GACAGATTGAAATGATATGTCAAATATTAGTAGCCTTTTAAGACGTCATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGATTGAAATGATATGTCAAATATTAGTAGCCTTTTAAGACGTCATC  250

seq1  GCCCGTGGCCCTTAACCTCTTACAGATGGCAAACAGGGGGCAGCACAAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCGTGGCCCTTAACCTCTTACAGATGGCAAACAGGGGGCAGCACAAAC  300

seq1  GAAATTAAGAAGATAGTGTGTTGACAGGAGCAAGTGGGTTCCAGTTTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTAAGAAGATAGTGTGTTGACAGGAGCAAGTGGGTTCCAGTTTTTA  350

seq1  TCCCCACAGACAACAGAATGACATCATCTCCTTTCAAAATGACACATTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCACAGACAACAGAATGACATCATCTCCTTTCAAAATGACACATTAA  400

seq1  TGAATTTAGCAACACCTGAACTTTTCTGACGACAGCACCTTTGACACTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTAGCAACACCTGAACTTTTCTGACGACAGCACCTTTGACACTGG  450

seq1  CAGGTTCTCCTGTGTCAGTAATGATAGGATTGTGTATCACCCTCCCTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTCTCCTGTGTCAGTAATGATAGGATTGTGTATCACCCTCCCTCTT  500

seq1  CAGAGCTGATGGCAGAATTACCTTTTGGGCCCTAACAAGTTGACAGGGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTGATGGCAGAATTACCTTTTGGGCCCTAACAAGTTGACAGGGTC  550

seq1  TCATTTTGTTCCCTCTTTTAATGACATCTTCTTTGCAGGTGAACTGGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTGTTCCCTCTTTTAATGACATCTTCTTTGCAGGTGAACTGGAGA  600

seq1  AGTGATGACTTCTCCCCCCCCCCTTTTTTTGTCTTGGAGGATTCCTAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATGACTTCTCCCCCCCCCCTTTTTTTGTCTTGGAGGATTCCTAAAT  650

seq1  GTCACTGAGAGACCTAAGACGTCTCAATCTCACTTAAGGCAAACGGGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTGAGAGACCTAAGACGTCTCAATCTCACTTAAGGCAAACGGGAAG  700

seq1  CCCAGGGTTTTTAAAGGTGAAATGGAGCTTGCTAATGAAGAAACATCACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGGTTTTTAAAGGTGAAATGGAGCTTGCTAATGAAGAAACATCACT  750

seq1  CTCTGTGGGGCGTGCTCCTTGTTAGTTCAGTGTAGGTGAGTGTCGCAGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGGGGCGTGCTCCTTGTTAGTTCAGTGTAGGTGAGTGTCGCAGGT  800

seq1  TAGCTGTCCAACCTGACCCAGGGTGTGAGTGCACATGTCATCTTTTATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGTCCAACCTGACCCAGGGTGTGAGTGCACATGTCATCTTTTATTT  850

seq1  ATCAAGGTTTAAAAAAAAATAAAGAAGAAGAAAGAAAGAAAAGAAAGAAA  900
      |||||||||| |||||||||||||||||   ||||||| |||||||| ||
seq2  ATCAAGGTTT-AAAAAAAATAAAGAAGA--GAAGAAAG-AAAGAAAG-AA  895

seq1  GAAAACAACCTAATTGAATGATTGGGTGATAAAAACAATAAACTCTTCTG  950
      ||||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GAAA--CACCTAATTGAATGATTGGGTGAT-AAAACAATAAACTCTTCTG  942

seq1  CATTTTGGCTCCAAAGAGAAAGGGTAATGAGCTCTTGTCTCAGAAACTCA  1000
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTGGCTCCAAAGAG-AAGGGTAATGAGCTCTTGTCTCAGAAACTCA  991

seq1  TCCTGGTGGAGTTCTCGTTATGATACAGTTCAAACGTGTCAACTGAAACA  1050
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCCT-GTGGAGTTCTCGTTATGATACAGTTCAAACGTGTC-ACTGAAACA  1039

seq1  TGTGAACGGTAAATACAACTCCCCATTGATGGGAACCAGGAACCTAAGTT  1100
      |||| || |  ||||| |||||||||||   || |||||| | || ||||
seq2  TGTGGACCGGTAATAC-ACTCCCCATTGGATGGCACCAGGGAACTTAGTT  1088

seq1  TGATGTTTA--TTTTCATTTCCCAACCT-CTTTATACAATCCA-TGA-GT  1145
       ||||||||  ||||||||  ||||||| |||||||||||||| ||| ||
seq2  GGATGTTTAATTTTTCATT--CCAACCTCCTTTATACAATCCATTGAGGT  1136

seq1  GT-GGCAGTCCTTCCGTTGTTAG  1167
      || |||||||||||||  |||||
seq2  GTGGGCAGTCCTTCCG-AGTTAG  1158


seq1: chr7_77276712_77277670
seq2: B6Ng01-184D02.g_67_1029 (reverse)

seq1  TTTTCTCTTCCTCCAAGACACTGCGATCTGCAGATATTACAAACTTCCAT  50
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  TTTTCTC-TCCTCCAAGACACTGCGATCTGCAGATATTGCAAACTT-CAT  48

seq1  CCTAACACAA-GGTCAAATACCACGTGTATAGTATATAGAATAATCCAA-  98
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCTAACACAAGGGTCAAATACCACGTGTATAGTATATAGAATAATCCAAT  98

seq1  TCTTATCAAAATCTATA-TTTGTGCAT-GTGAAGG-ATAAATACACTGAT  145
      ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  TCTTATCAAAATCTATATTTTGTGCATGGTGAAGGAATAAATACACTGAT  148

seq1  CAATCAA-TTAACATACAAATACATCATATAATAAATATAGATAATTGAC  194
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAATTTAACATACAAATACATCATATAATAAATATAGATAATTGAC  198

seq1  CAGGATCAGTAGATGATAGCCATAGAGATATAGCTAGAGGTAGAGATGTG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATCAGTAGATGATAGCCATAGAGATATAGCTAGAGGTAGAGATGTG  248

seq1  AATATAGTTATATAGTATATATATATATATATATATATATTCATGTATAA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAGTTATATAGTATATATATATATATATATATATATTCATGTATAA  298

seq1  AACTTCCCCCACCTTCCCGAATGTATGTCTTACTTTAAAACTGGGATATC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCCCCCACCTTCCCGAATGTATGTCTTACTTTAAAACTGGGATATC  348

seq1  CCAGTGACCTATTTAAAACAATGAAATACAGCCAAAAAAAAAAAAAAAAA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGACCTATTTAAAACAATGAAATACAGCCAAAAAAAAAAAAAAAAA  398

seq1  AAAAAAAGGTAATGCTGTCTGAAATGACATCTCCTATTGATGACTTGAAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAGGTAATGCTGTCTGAAATGACATCTCCTATTGATGACTTGAAA  448

seq1  TGCCACTGACACTTTTCCATTCTGAGAATCTAAGCATAAGAAAAGAAACC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACTGACACTTTTCCATTCTGAGAATCTAAGCATAAGAAAAGAAACC  498

seq1  TACGCACTCACAATGCCATCCTATGAGGAAGTCCAATCAGGCTGCTCGTG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGCACTCACAATGCCATCCTATGAGGAAGTCCAATCAGGCTGCTCGTG  548

seq1  TGCATAGAGAAGCATGGTCCCCGAAGCACCCACAGAAGAGCTCACAGCTA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATAGAGAAGCATGGTCCCCGAAGCACCCACAGAAGAGCTCACAGCTA  598

seq1  ACACTGGCAAGCATCTACAGTCCTAGACAGTCTCCCATATGTAAGTGGCT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGGCAAGCATCTACAGTCCTAGACAGTCTCCCATATGTAAGTGGCT  648

seq1  GTTATAGTCCTACACAGTCTCCCATATGTATGTGGCCACTGACTCCTTTC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATAGTCCTACACAGTCTCCCATATGTATGTGGCCACTGACTCCTTTC  698

seq1  AATCACCTCATGACCTGGGTGAATTCAGGTAAAGATGTGCCTGGCTAGCT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACCTCATGACCTGGGTGAATTCAGGTAAAGATGTGCCTGGCTAGCT  748

seq1  TACAGAATGATAAGGCTTGGTTATTCTCATTTTAAGTCTCTAAGATTTGG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAATGATAAGGCTTGGTTATTCTCATTTTAAGTCTCTAAGATTTGG  798

seq1  GGCTAGATGGTTATCCAACAGACTACAGTCATGCATTAACTCCTTGGGTA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGATGGTTATCCAACAGACTACAGTCATGCATTAACTCCTTGGGTA  848

seq1  ATTCAGACCAGAAGATATAACTTCTTATATTTGCATAATGACCACTACAC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGACCAGAAGATATAACTTCTTATATTTGCATAATGACCACTACAC  898

seq1  ACATGCATATGCTCAGATAGCTGTATTTTTGACACGTGACAATTCAACCA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCATATGCTCAGATAGCTGTATTTTTGACACGTGACAATTCAACCA  948

seq1  ACTGAGATGGAATTC  959
      |||||||||||||||
seq2  ACTGAGATGGAATTC  963


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |