BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-188H04
Chromosome7 (Build37)
Map Location 121,780,264 - 121,946,428
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043295, Calcb, Insc
Upstream geneEG434228, Spon1, Rras2, LOC668451, Copb1, Psma1, 4933406I18Rik, Pde3b, Cyp2r1, Calca
Downstream geneEG627967, LOC668472, Sox6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-188H04.bB6Ng01-188H04.g
ACCGA012744GA012745
length1,181629
definitionB6Ng01-188H04.b B6Ng01-188H04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,945,248 - 121,946,428)(121,780,264 - 121,780,892)
sequence
gaattcttgaacgaagatgcaggctctagtctcagcttgcctttagctct
ctatgctaatcgagaatgcatttggctaagagcagattctgaaactaaag
tgcctgagttccatccaatctggccctgccacttgtggtgctgtgccctg
gcgcagatggtttactatagcctttctttgcctcggtttctttgcctatt
cagtgttggaataaacagcatctgtctctcatggtgctcttatcccaacc
tcgtcagcacgcacagaaagaacgtctgcaggtacctaccacagtgcagt
aaaacatcattagcagtcaccatttttgggcttcggaaaatgagataaac
ttcttaggacttggtttcaccacttactaatgattaaaacgaagagattt
gggatcttcacacacagcatattaatcttctacactggatagccttagac
taagtgtatatttaagcaaactacattaaaaattaaaaaaatatatgctt
taagatatggtaggtacctcccacaagggagtcaacaaaagctagaattg
ttaactaagatttgattggtcagcatggacctctgtagtgaacatgcagg
ttatgctccttcccccactgcttccacgagcagctacacatggaatacac
actcaaatggagatgtagatttcatatattggggtcctgtacctaaatga
taattacctaatgttcctgatgagtgtttgcacttgaagcaaattagcat
taaattaaacaattcaaacccaatgtcttctgcaatcaactgctaatatt
agaccatttaagtctgagaataattttatgttaatgtctatacacatata
tacagcaattacacccagatttatctcaaggacaaagaaaaggtgtaggc
atactttcctacagcaatacatttggaaaacagatcagaagctcctgaag
gaaccaggaagctctgaacgttgtcagtctggacaatggcagtctttaat
tcaactctccatccacatttgaggatcctgaagtgcacaacaactgacca
agttcaaacacacgtagttagttcctaggagcttgaactttggtcgcggt
ggtgatgattaccatgtgacagctttattggcttacattcacatggaacc
catctgtggaattgcatctaggagagtgttt
gaattcttgatctgcaaggctagttctggcagcgtggcacacaggtttag
gcagatagtcagaggtgttggtactgcacacaaggactcagttagacccg
aggcttgtggcagctgcctcatttggggttatgtggccacaggtaaaatg
aaaaatgaaaaaaaaaatcctcaaaaatctgacaccccccaaaagacccc
caaagcctgcatgaaacctcaacatattaaacttttcagtgggtatcata
gtccccctttgaagggcctgcttgtagaaagaaaccttggtgttttctgg
gctataaaatctctctttctccagtgtgaatcatctgtattcagcttggc
attcctaatgcgctggataacacactcacatgtgtgagaaggggttgtat
ttagctgggtcctgcttggggtagggggtacgaaggggtagtggggaaag
tacaaagaagaaccagatgcctccaaagtctccattgtagatctttttct
cctcctgcctggctatctatcacttctcattaggctgcctgcctgcctaa
ggatttgcacagctgtccttttgcttcctgctgctgtttgccaagatgtt
ccagttgtatttgatccgggggtggagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_121945248_121946428
seq2: B6Ng01-188H04.b_43_1223 (reverse)

seq1  AAACACTCTCCTAGATGCACT--CACAGATGTGTTTCCATGGTGATGTAA  48
      ||||||||||||||||||| |  |||||||| | |||||||   ||||  
seq2  AAACACTCTCCTAGATGCAATTCCACAGATG-GGTTCCATGTGAATGT--  47

seq1  AACCCAATAAAGCTGGCCACAAGGGTAAACCATCACACCGGCGA-CAAAG  97
      || ||||||||||| | |||| ||   || ||||||  | |||| |||||
seq2  AAGCCAATAAAGCT-GTCACATGG--TAATCATCACCACCGCGACCAAAG  94

seq1  -TCCAGCTCCTAGGGACTAACTACGTGTGTTTGACCTTGGTCAGTTG-TG  145
       || |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
seq2  TTCAAGCTCCTAGGAACTAACTACGTGTGTTTGAACTTGGTCAGTTGTTG  144

seq1  TGCACTTCAGGATCCTCAAATGTGGATGGAGAGTTGAATTAAAGACTGCC  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTTCAGGATCCTCAAATGTGGATGGAGAGTTGAATTAAAGACTGCC  194

seq1  ATTGTCCAGACTGACAACGTTCAGAGCTTCCTGGTTTCCTCAGGAGCTTC  245
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
seq2  ATTGTCCAGACTGACAACGTTCAGAGCTTCCTGGTTCCTTCAGGAGCTTC  244

seq1  TGATCTGTTTTCCAAATGTA-TGCTGTAGGAAAGTATGCCTACACCTTTT  294
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTGTTTTCCAAATGTATTGCTGTAGGAAAGTATGCCTACACCTTTT  294

seq1  CTTTGTCCTTGAGATAAATCTGGGTGTAATTGCTGTATATATGTGTATAG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTCCTTGAGATAAATCTGGGTGTAATTGCTGTATATATGTGTATAG  344

seq1  ACATTAACATAAAATTATTCTCAGACTTAAATGGTCTAATATTAGCAGTT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAACATAAAATTATTCTCAGACTTAAATGGTCTAATATTAGCAGTT  394

seq1  GATTGCAGAAGACATTGGGTTTGAATTGTTTAATTTAATGCTAATTTGCT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGCAGAAGACATTGGGTTTGAATTGTTTAATTTAATGCTAATTTGCT  444

seq1  TCAAGTGCAAACACTCATCAGGAACATTAGGTAATTATCATTTAGGTACA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTGCAAACACTCATCAGGAACATTAGGTAATTATCATTTAGGTACA  494

seq1  GGACCCCAATATATGAAATCTACATCTCCATTTGAGTGTGTATTCCATGT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCCCAATATATGAAATCTACATCTCCATTTGAGTGTGTATTCCATGT  544

seq1  GTAGCTGCTCGTGGAAGCAGTGGGGGAAGGAGCATAACCTGCATGTTCAC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTGCTCGTGGAAGCAGTGGGGGAAGGAGCATAACCTGCATGTTCAC  594

seq1  TACAGAGGTCCATGCTGACCAATCAAATCTTAGTTAACAATTCTAGCTTT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAGGTCCATGCTGACCAATCAAATCTTAGTTAACAATTCTAGCTTT  644

seq1  TGTTGACTCCCTTGTGGGAGGTACCTACCATATCTTAAAGCATATATTTT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGACTCCCTTGTGGGAGGTACCTACCATATCTTAAAGCATATATTTT  694

seq1  TTTAATTTTTAATGTAGTTTGCTTAAATATACACTTAGTCTAAGGCTATC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTTTTAATGTAGTTTGCTTAAATATACACTTAGTCTAAGGCTATC  744

seq1  CAGTGTAGAAGATTAATATGCTGTGTGTGAAGATCCCAAATCTCTTCGTT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTAGAAGATTAATATGCTGTGTGTGAAGATCCCAAATCTCTTCGTT  794

seq1  TTAATCATTAGTAAGTGGTGAAACCAAGTCCTAAGAAGTTTATCTCATTT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCATTAGTAAGTGGTGAAACCAAGTCCTAAGAAGTTTATCTCATTT  844

seq1  TCCGAAGCCCAAAAATGGTGACTGCTAATGATGTTTTACTGCACTGTGGT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGAAGCCCAAAAATGGTGACTGCTAATGATGTTTTACTGCACTGTGGT  894

seq1  AGGTACCTGCAGACGTTCTTTCTGTGCGTGCTGACGAGGTTGGGATAAGA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACCTGCAGACGTTCTTTCTGTGCGTGCTGACGAGGTTGGGATAAGA  944

seq1  GCACCATGAGAGACAGATGCTGTTTATTCCAACACTGAATAGGCAAAGAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCATGAGAGACAGATGCTGTTTATTCCAACACTGAATAGGCAAAGAA  994

seq1  ACCGAGGCAAAGAAAGGCTATAGTAAACCATCTGCGCCAGGGCACAGCAC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGAGGCAAAGAAAGGCTATAGTAAACCATCTGCGCCAGGGCACAGCAC  1044

seq1  CACAAGTGGCAGGGCCAGATTGGATGGAACTCAGGCACTTTAGTTTCAGA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGTGGCAGGGCCAGATTGGATGGAACTCAGGCACTTTAGTTTCAGA  1094

seq1  ATCTGCTCTTAGCCAAATGCATTCTCGATTAGCATAGAGAGCTAAAGGCA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCTCTTAGCCAAATGCATTCTCGATTAGCATAGAGAGCTAAAGGCA  1144

seq1  AGCTGAGACTAGAGCCTGCATCTTCGTTCAAGAATTC  1181
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAGACTAGAGCCTGCATCTTCGTTCAAGAATTC  1181

seq1: chr7_121780264_121780892
seq2: B6Ng01-188H04.g_64_692

seq1  GAATTCTTGATCTGCAAGGCTAGTTCTGGCAGCGTGGCACACAGGTTTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGATCTGCAAGGCTAGTTCTGGCAGCGTGGCACACAGGTTTAG  50

seq1  GCAGATAGTCAGAGGTGTTGGTACTGCACACAAGGACTCAGTTAGACCCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATAGTCAGAGGTGTTGGTACTGCACACAAGGACTCAGTTAGACCCG  100

seq1  AGGCTTGTGGCAGCTGCCTCATTTGGGGTTATGTGGCCACAGGTAAAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTGTGGCAGCTGCCTCATTTGGGGTTATGTGGCCACAGGTAAAATG  150

seq1  AAAAATGAAAAAAAAAATCCTCAAAAATCTGACACCCCCCAAAAGACCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGAAAAAAAAAATCCTCAAAAATCTGACACCCCCCAAAAGACCCC  200

seq1  CAAAGCCTGCATGAAACCTCAACATATTAAACTTTTCAGTGGGTATCATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCCTGCATGAAACCTCAACATATTAAACTTTTCAGTGGGTATCATA  250

seq1  GTCCCCCTTTGAAGGGCCTGCTTGTAGAAAGAAACCTTGGTGTTTTCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCCTTTGAAGGGCCTGCTTGTAGAAAGAAACCTTGGTGTTTTCTGG  300

seq1  GCTATAAAATCTCTCTTTCTCCAGTGTGAATCATCTGTATTCAGCTTGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATAAAATCTCTCTTTCTCCAGTGTGAATCATCTGTATTCAGCTTGGC  350

seq1  ATTCCTAATGCGCTGGATAACACACTCACATGTGTGAGAAGGGGTTGTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTAATGCGCTGGATAACACACTCACATGTGTGAGAAGGGGTTGTAT  400

seq1  TTAGCTGGGTCCTGCTTGGGGTAGGGGGTACGAAGGGGTAGTGGGGAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTGGGTCCTGCTTGGGGTAGGGGGTACGAAGGGGTAGTGGGGAAAG  450

seq1  TACAAAGAAGAACCAGATGCCTCCAAAGTCTCCATTGTAGATCTTTTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAGAAGAACCAGATGCCTCCAAAGTCTCCATTGTAGATCTTTTTCT  500

seq1  CCTCCTGCCTGGCTATCTATCACTTCTCATTAGGCTGCCTGCCTGCCTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGCCTGGCTATCTATCACTTCTCATTAGGCTGCCTGCCTGCCTAA  550

seq1  GGATTTGCACAGCTGTCCTTTTGCTTCCTGCTGCTGTTTGCCAAGATGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTGCACAGCTGTCCTTTTGCTTCCTGCTGCTGTTTGCCAAGATGTT  600

seq1  CCAGTTGTATTTGATCCGGGGGTGGAGTG  629
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTGTATTTGATCCGGGGGTGGAGTG  629