BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-189A13
Chromosome7 (Build37)
Map Location 139,245,287 - 139,395,079
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCpxm2
Upstream geneDmbt1, 4933402N03Rik, 5430419D17Rik, LOC546006, LOC100043173, Cuzd1, 1700007K09Rik, 1700063I17Rik, 2310057M21Rik, Pstk, Ikzf5, Acadsb, Hmx3, Hmx2, Bub3, LOC677073, LOC100043679, Gpr26
Downstream gene4631426J05Rik, LOC100043682, LOC100043683, Oat, Nkx1-2, 2310007H09Rik, A930008G19Rik, 2010208K18Rik, C430003P19Rik, Zranb1, Ctbp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-189A13.bB6Ng01-189A13.g
ACCGA013165GA013166
length1,089969
definitionB6Ng01-189A13.b B6Ng01-189A13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(139,245,287 - 139,246,374)(139,394,120 - 139,395,079)
sequence
gaattcagtaagaccggtaaaggacagtctgtggggaatgccgaggccag
tgctttggaagccattgctaaccatactgaccctaatgacaagaaggagt
ttgatagctaatctttgccaactttactatgtctagaattatttaaaacc
caaacaactggccacacctgtgagggaatgtcttgactggatcttttgag
gtgagaagatgtactctaaatctgggccacaccttctgatggtagcccac
atgaagggaaatggaagaaggaaacttttgctctttgcctgcttgcctta
ctcttactggcaagtgcatctatcctgtcattgaaatatcttttgctggt
attagaacctgtgtcttcaggattccaacatagactgaaaaccaacagat
ctttgagaattccctatgcctttctgtcaggagaaagtcctactcagaca
cacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacattca
gcctattagttccattcttttagaaaatgctgactaatagaaaggggaca
tatggcagagaggcctggggttaactctggactagaatctatgattatta
atattgacaacttgacaggatctacaatcctcctaagagacacacccctg
aatatgtctgtgatgggttagctagactgttaattaagatgagaaaaccc
aactgtggataccaccatgtgttaggctgaacaacaagaaaaaaggcaac
tgagtatcagtatccatctctctctacttccagactatgtacacgcacac
acacatgcacagacacatatgcatacaccttacacgcatgcacgtatgca
cacatgcacacacatgcatgtgcattacacatgcacacacatgcacacac
acatatgcatacacctgtacatgcatgcacacatgcacacacatgcatgt
gcattacacatgcacacccacacacgcacacacatgtgcacacagcccac
atgcatgtgcatgccttaaattgctcttgtcagatgttttgtcacagcaa
caggaaacgttactagtgcattcaatccgtagtccttgg
gaattcatgtcaggtatggagtataatatctcctggagttgagcaagctc
acacagaatcctcaggagaatcatggcagacacttgtccagtgtccttct
gaagaatgtggccaggaccctgtcctcccctctcagtttctaattcactg
gattctttacttatttgaggacatgtgtatggtttagaagccaaacatcc
aaattgccccaaatcagcagctgctagctacttctcattttacggtctct
acctttgacccccatccagggtgttctgctgagagaatttaaaggtaaac
atgaggaaggagacgtacagaaagtgttcactcattcattcattctcatt
cattcattcattcattcactaacttattcattcatgcgtactgtgtggcc
ttcacatctagccttgtgcactgactggggtaacactccaagccggtaag
tagcatctccccatgtgagaagtctgtgtaggcattgtccccaagtgaga
gagagagtggcctcaggatgggaagagaatctcctcctggggaaggtggc
ttccccacaggaactcaggaacaatgggagcatgttccctagaaaaagct
ttctctcctgtgctgactttcaacggctggcccgtttctccacctccggc
ctactctgattggtccagaactggggacacttaactgtctgaggacaatc
agagtgacatggtaccagccagtttggttcagctccttgattgacagatc
ttgtaagcctgggcagccaactatccactctatgtctcacttgggaaatg
aagcctacttcacgggcctcatggcttgtgaaagaatcagcttgtgatgt
cactgtgaccactccttggtggacagtgattgtagatacacagaagggaa
ttgaaaggcttcttgggtcccttgggtcctacctcaagtttctttctaga
gaccttgactttgctctcg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_139245287_139246374
seq2: B6Ng01-189A13.b_33_1121

seq1  GAATTCAGTAAGACCGGTAAAGGACAGTCTGTGGGGAATGCCGAGGCCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTAAGACCGGTAAAGGACAGTCTGTGGGGAATGCCGAGGCCAG  50

seq1  TGCTTTGGAAGCCATTGCTAACCATACTGACCCTAATGACAAGAAGGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGGAAGCCATTGCTAACCATACTGACCCTAATGACAAGAAGGAGT  100

seq1  TTGATAGCTAATCTTTGCCAACTTTACTATGTCTAGAATTATTTAAAACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAGCTAATCTTTGCCAACTTTACTATGTCTAGAATTATTTAAAACC  150

seq1  CAAACAACTGGCCACACCTGTGAGGGAATGTCTTGACTGGATCTTTTGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAACTGGCCACACCTGTGAGGGAATGTCTTGACTGGATCTTTTGAG  200

seq1  GTGAGAAGATGTACTCTAAATCTGGGCCACACCTTCTGATGGTAGCCCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAAGATGTACTCTAAATCTGGGCCACACCTTCTGATGGTAGCCCAC  250

seq1  ATGAAGGGAAATGGAAGAAGGAAACTTTTGCTCTTTGCCTGCTTGCCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGGGAAATGGAAGAAGGAAACTTTTGCTCTTTGCCTGCTTGCCTTA  300

seq1  CTCTTACTGGCAAGTGCATCTATCCTGTCATTGAAATATCTTTTGCTGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTACTGGCAAGTGCATCTATCCTGTCATTGAAATATCTTTTGCTGGT  350

seq1  ATTAGAACCTGTGTCTTCAGGATTCCAACATAGACTGAAAACCAACAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAACCTGTGTCTTCAGGATTCCAACATAGACTGAAAACCAACAGAT  400

seq1  CTTTGAGAATTCCCTATGCCTTTCTGTCAGGAGAAAGTCCTACTCAGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAGAATTCCCTATGCCTTTCTGTCAGGAGAAAGTCCTACTCAGACA  450

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATTCA  500

seq1  GCCTATTAGTTCCATTCTTTTAGAAAATGCTGACTAATAGAAAGGGGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATTAGTTCCATTCTTTTAGAAAATGCTGACTAATAGAAAGGGGACA  550

seq1  TATGGCAGAGAGGCCTGGGGTTAACTCTGGACTAGAATCTATGATTATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCAGAGAGGCCTGGGGTTAACTCTGGACTAGAATCTATGATTATTA  600

seq1  ATATTGACAACTTGACAGGATCTACAATCCTCCTAAGAGACACACCCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGACAACTTGACAGGATCTACAATCCTCCTAAGAGACACACCCCTG  650

seq1  AATATGTCTGTGATGGGTTAGCTAGACTGTTAATTAAGATGAGAAAACCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTCTGTGATGGGTTAGCTAGACTGTTAATTAAGATGAGAAAACCC  700

seq1  AACTGTGGATACCACCATGTGTTAGGCTGAACAACAAGAAAAAAGGCAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTGGATACCACCATGTGTTAGGCTGAACAACAAGAAAAAAGGCAAC  750

seq1  TGAGTATCAGTATCCATCTCTCTCTACTTCCAGACTATGTACACGCACAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTATCAGTATCCATCTCTCTCTACTTCCAGACTATGTACACGCACAC  800

seq1  ACACATGCACAGACACATATGCATACACCTTACACGCATGCACGTATGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGCACAGACACATATGCATACACCTTACACGCATGCACGTATGCA  850

seq1  CACATGCACACACATGCATGTGCATTACACATGCACACACATGCACACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGCACACACATGCATGTGCATTACACATGCACACACATGCACACAC  900

seq1  ACATATGCATACACCTGTACATGCATGCACACATGCACACACATGCATGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGCATACACCTGTACATGCATGCACACATGCACACACATGCATGT  950

seq1  GCATTACACATGCACACACACACACGCACACACATGTGCACACAGCCACA  1000
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCATTACACATGCACACCCACACACGCACACACATGTGCACACAGCC-CA  999

seq1  CATGCATGTGCATGCCTTAAATTGCTCTTGTCAGATGTTTTGTCACAGCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATGTGCATGCCTTAAATTGCTCTTGTCAGATGTTTTGTCACAGCA  1049

seq1  ACAGGAAACGTAACTAGTGCAT--CATCCGTAGTCCTTGG  1088
      ||||||||||| ||||||||||   |||||||||||||||
seq2  ACAGGAAACGTTACTAGTGCATTCAATCCGTAGTCCTTGG  1089

seq1: chr7_139394120_139395079
seq2: B6Ng01-189A13.g_65_1033 (reverse)

seq1  CGAGAGCAAAGTC-AGGTCTCTAGAA--GAACCTGAAGTAGGA-CCAAGG  46
      ||||||||||||| ||||||||||||   ||| ||| |||||| ||||||
seq2  CGAGAGCAAAGTCAAGGTCTCTAGAAAGAAACTTGAGGTAGGACCCAAGG  50

seq1  GACCCAAGAAGCCTTTC-ATTCCC-TCTGTGTATCTAC-ATCACTGTCCA  93
      ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||
seq2  GACCCAAGAAGCCTTTCAATTCCCTTCTGTGTATCTACAATCACTGTCCA  100

seq1  CC-AGGAGTGGTCACAGTGACATCAC-AGCTGATTCTTTCAC-AGCCATG  140
      || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  CCAAGGAGTGGTCACAGTGACATCACAAGCTGATTCTTTCACAAGCCATG  150

seq1  AGGCCCGTGAAGTAGGCTTCATTTCCCAAGTGAGACATAGAGTGGATAGT  190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCGTGAAGTAGGCTTCATTTCCCAAGTGAGACATAGAGTGGATAGT  200

seq1  TGGCTTGCCCAGGCTTACAAGATCTGTCAATCAAGGAGCTGAACCAAACT  240
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGC-TGCCCAGGCTTACAAGATCTGTCAATCAAGGAGCTGAACCAAACT  249

seq1  GGCTGGTACCATGTCACTCTGATTGTCCTCAGACAGTTAAGTGTCCCCAG  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGTACCATGTCACTCTGATTGTCCTCAGACAGTTAAGTGTCCCCAG  299

seq1  TTCTGGACCAATCAGAGTAGGCCGGAGGTGGAGAAACGGGCCAGCCGTTG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGACCAATCAGAGTAGGCCGGAGGTGGAGAAACGGGCCAGCCGTTG  349

seq1  AAAGTCAGCACAGGAGAGAAAGCTTTTTCTAGGGAACATGCTCCCATTGT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCAGCACAGGAGAGAAAGCTTTTTCTAGGGAACATGCTCCCATTGT  399

seq1  TCCTGAGTTCCTGTGGGGAAGCCACCTTCCCCAGGAGGAGATTCTCTTCC  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGTTCCTGTGGGGAAGCCACCTTCCCCAGGAGGAGATTCTCTTCC  449

seq1  CATCCTGAGGCCACTCTCTCTCTCACTTGGGGACAATGCCTACACAGACT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTGAGGCCACTCTCTCTCTCACTTGGGGACAATGCCTACACAGACT  499

seq1  TCTCACATGGGGAGATGCTACTTACCGGCTTGGAGTGTTACCCCAGTCAG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACATGGGGAGATGCTACTTACCGGCTTGGAGTGTTACCCCAGTCAG  549

seq1  TGCACAAGGCTAGATGTGAAGGCCACACAGTACGCATGAATGAATAAGTT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAAGGCTAGATGTGAAGGCCACACAGTACGCATGAATGAATAAGTT  599

seq1  AGTGAATGAATGAATGAATGAATGAGAATGAATGAATGAGTGAACACTTT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAATGAATGAATGAATGAATGAGAATGAATGAATGAGTGAACACTTT  649

seq1  CTGTACGTCTCCTTCCTCATGTTTACCTTTAAATTCTCTCAGCAGAACAC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACGTCTCCTTCCTCATGTTTACCTTTAAATTCTCTCAGCAGAACAC  699

seq1  CCTGGATGGGGGTCAAAGGTAGAGACCGTAAAATGAGAAGTAGCTAGCAG  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGATGGGGGTCAAAGGTAGAGACCGTAAAATGAGAAGTAGCTAGCAG  749

seq1  CTGCTGATTTGGGGCAATTTGGATGTTTGGCTTCTAAACCATACACATGT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGATTTGGGGCAATTTGGATGTTTGGCTTCTAAACCATACACATGT  799

seq1  CCTCAAATAAGTAAAGAATCCAGTGAATTAGAAACTGAGAGGGGAGGACA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAATAAGTAAAGAATCCAGTGAATTAGAAACTGAGAGGGGAGGACA  849

seq1  GGGTCCTGGCCACATTCTTCAGAAGGACACTGGACAAGTGTCTGCCATGA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCTGGCCACATTCTTCAGAAGGACACTGGACAAGTGTCTGCCATGA  899

seq1  TTCTCCTGAGGATTCTGTGTGAGCTTGCTCAACTCCAGGAGATATTATAC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTGAGGATTCTGTGTGAGCTTGCTCAACTCCAGGAGATATTATAC  949

seq1  TCCATACCTGACATGAATTC  960
      ||||||||||||||||||||
seq2  TCCATACCTGACATGAATTC  969