BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-198G03
Chromosome7 (Build37)
Map Location 103,111,733 - 103,266,365
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040132, LOC666823, Frda-ps
Downstream geneEG666836, Odz4, LOC670727, LOC666858, Nars2, Gab2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-198G03.bB6Ng01-198G03.g
ACCGA019994GA019995
length1,1831,105
definitionB6Ng01-198G03.b B6Ng01-198G03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,265,194 - 103,266,365)(103,111,733 - 103,112,846)
sequence
gaattcaaagagagaagtccagctgacttcagacttctccacaaacacaa
acacaaacacacctgaagctaacagcagagcctgaagtgttgctagggaa
ccacaatacaggcactaagcgctggtgtacttgaccactcaccatggatg
cataaaggggaaaaaaatcatcgaggcctggagaggatccagcaggtaaa
aatactttttacacaagcctgaaaacctgagttcattccctggatccaat
gtaaaaagcccacgtgatggcctacatctgtaattctagcaatcctacag
agagagtggaggcagagagaggagaactgggccagctatcggtagcaggg
cagaaacagcatgagagtccctgccttaagaaggtagaaggagagatcta
actcctgaaaattgtcttctaccaccctagatgggccatggcacgcacat
tcattcacccatatacgtttccactcacacacatacacaccataatatgc
cacacataccatataaatgcaaatacactaataataacaacaacaataaa
taaaataccaaaaaagcaagcaccagaacataagatatacaaactcagct
ttgaccacttttccagagaaaactactctgttgaaacccaggcaacgtat
gctgtgtatagcatgagaggaaaaagcgttgtcaaaggcttaaacaaagt
ctacaggatcaagtgagagggtgtgatcttaggtggctgtgcccagctaa
attatattttctatacaagtccaagaaagaaatgggtgtattttcaaggc
attggggacacagaaatgaccgatctataggcatgtacaatgttatgaca
ttgagacaccattgtcacagggttgatgctggagaaacttacaattgagt
attaaaaaaaaacatgccaaaaaaatctcatttgcttttgtttgttttag
ctttagctttggcttttcgagccagggctgactaagaactcactatgtag
ccaaggatgacccttgaatttgtgatccttcctgcttctactctagagta
aaataacagaaaaaagtgagattattagggcatgtaccaccaggaccaca
catggtgatgatgtgtactgaagatagaactagggggtgtcatgcatgtt
agacaagaaattttcttaccttggggtttatat

gaattcctgtggaggagttgaaggagaggaataatcaaaatgctggaagt
gggttgtacacaggaagaggctgtgactttcagtagcaactttaagagac
cctcactccacccctacattctgagccaagccaatggctagccacaacac
agatgataagagcccaattttccacagtttgttatttttttcaccaattg
tcatcaaaggaagctaacccccagctccacttgtcaccagcgggacgacc
tcaggccagtgcttcacaaattctgctgtgcaccaggattaccttgaaag
gacaatacaaatacagtggtgccgccttgtgaagatctaattctctaggt
ccaatgttagcttgggaatctgcatttctcataagttccctgctgccact
gctgccactgctgctagactgggtcctcatgagagaacctctgcactcta
taataaacccctcattgccttcatttctcagctacgaactgggagtgcta
attcctccatcacaaggtggccattagctttaggacacccagttctcagc
aagtgatggctgctgctgctacttgagccttgtcagcaaagacatagtgt
cacatcccttctctaggagagaatgccctgggataagcaaacaggcttgg
ccaagatggccccagtctgctcaggagttagggctaccaggtgtttgcta
gagataacaacaggatgagtagcaatggaaatcttggcttcagcttaatg
gggaatgggcaggtgagggagcttgatggggtgttctgagcaggaagagg
ggacagagggaagagaggatgcttattcggggcactgtgtgcatctgatg
aatgtaaatgtgcaccaagatacgaaggacttccgtgagctgtgacaaca
tgcttggttttaacctgaagtcatgagggaactgatgaaggatttattca
ggaaatcgtgtaagtgcatcggactcctttgggggaaactgcttgaaatg
gcacagagaagcactgcagtaagagctgtgtctgaagctgggagacaaat
atccaccagattatatggggagctagtactttcataaaggacctgtctgg
aaact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_103265194_103266365
seq2: B6Ng01-198G03.b_44_1226 (reverse)

seq1  ATATAA---CCCAGGT-AGAAAA-TTCTTGTCTAACATGCATGACA--CC  43
      ||||||   || |||| |||||| ||||||||||||||||||||||  ||
seq2  ATATAAACCCCAAGGTAAGAAAATTTCTTGTCTAACATGCATGACACCCC  50

seq1  CTAGTTTCTATCCTCAGTACCACATAAACACATAAAATGGGCCTGGTGGT  93
      |||| ||||||| |||||| ||||| | |||      ||| |||||||||
seq2  CTAG-TTCTATCTTCAGTA-CACATCATCACCATGTGTGGTCCTGGTGGT  98

seq1  ACATGCC--TATAATCTCAC-TTTTTCTGTATTTTTACTCTAGAGGTAGA  140
      |||||||   |||||||||| |||||||||  |||||||||||| |||||
seq2  ACATGCCCTAATAATCTCACTTTTTTCTGTTATTTTACTCTAGA-GTAGA  147

seq1  AGCAGG-AGGATCACAAATTCAA-GGTCATCCTTGGCTACATAGTGAGTT  188
      |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGAAGGATCACAAATTCAAGGGTCATCCTTGGCTACATAGTGAGTT  197

seq1  CTTAGTCAG-CCTGGCTCGAAAAGCCAAAGCTAAAGCTAAAACAAACAAA  237
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTCAGCCCTGGCTCGAAAAGCCAAAGCTAAAGCTAAAACAAACAAA  247

seq1  AGCAAATGAGATTTTTTTGGCATG-TTTTTTTTAATACTCAATTGTAAGT  286
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATGAGATTTTTTTGGCATGTTTTTTTTTAATACTCAATTGTAAGT  297

seq1  TTCTCCAGCATCAACCCTGTGACAATGGTGTCTCAATGTCATAACATTGT  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCAGCATCAACCCTGTGACAATGGTGTCTCAATGTCATAACATTGT  347

seq1  ACATGCCTATAGATCGGTCATTTCTGTGTCCCCAATGCCTTGAAAATACA  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCCTATAGATCGGTCATTTCTGTGTCCCCAATGCCTTGAAAATACA  397

seq1  CCCATTTCTTTCTTGGACTTGTATAGAAAATATAATTTAGCTGGGCACAG  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTTCTTTCTTGGACTTGTATAGAAAATATAATTTAGCTGGGCACAG  447

seq1  CCACCTAAGATCACACCCTCTCACTTGATCCTGTAGACTTTGTTTAAGCC  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTAAGATCACACCCTCTCACTTGATCCTGTAGACTTTGTTTAAGCC  497

seq1  TTTGACAACGCTTTTTCCTCTCATGCTATACACAGCATACGTTGCCTGGG  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACAACGCTTTTTCCTCTCATGCTATACACAGCATACGTTGCCTGGG  547

seq1  TTTCAACAGAGTAGTTTTCTCTGGAAAAGTGGTCAAAGCTGAGTTTGTAT  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAACAGAGTAGTTTTCTCTGGAAAAGTGGTCAAAGCTGAGTTTGTAT  597

seq1  ATCTTATGTTCTGGTGCTTGCTTTTTTGGTATTTTATTTATTGTTGTTGT  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTATGTTCTGGTGCTTGCTTTTTTGGTATTTTATTTATTGTTGTTGT  647

seq1  TATTATTAGTGTATTTGCATTTATATGGTATGTGTGGCATATTATGGTGT  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTAGTGTATTTGCATTTATATGGTATGTGTGGCATATTATGGTGT  697

seq1  GTATGTGTGTGAGTGGAAACGTATATGGGTGAATGAATGTGCGTGCCATG  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGTGTGAGTGGAAACGTATATGGGTGAATGAATGTGCGTGCCATG  747

seq1  GCCCATCTAGGGTGGTAGAAGACAATTTTCAGGAGTTAGATCTCTCCTTC  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATCTAGGGTGGTAGAAGACAATTTTCAGGAGTTAGATCTCTCCTTC  797

seq1  TACCTTCTTAAGGCAGGGACTCTCATGCTGTTTCTGCCCTGCTACCGATA  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTCTTAAGGCAGGGACTCTCATGCTGTTTCTGCCCTGCTACCGATA  847

seq1  GCTGGCCCAGTTCTCCTCTCTCTGCCTCCACTCTCTCTGTAGGATTGCTA  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCCCAGTTCTCCTCTCTCTGCCTCCACTCTCTCTGTAGGATTGCTA  897

seq1  GAATTACAGATGTAGGCCATCACGTGGGCTTTTTACATTGGATCCAGGGA  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTACAGATGTAGGCCATCACGTGGGCTTTTTACATTGGATCCAGGGA  947

seq1  ATGAACTCAGGTTTTCAGGCTTGTGTAAAAAGTATTTTTACCTGCTGGAT  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACTCAGGTTTTCAGGCTTGTGTAAAAAGTATTTTTACCTGCTGGAT  997

seq1  CCTCTCCAGGCCTCGATGATTTTTTTCCCCTTTATGCATCCATGGTGAGT  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCAGGCCTCGATGATTTTTTTCCCCTTTATGCATCCATGGTGAGT  1047

seq1  GGTCAAGTACACCAGCGCTTAGTGCCTGTATTGTGGTTCCCTAGCAACAC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAAGTACACCAGCGCTTAGTGCCTGTATTGTGGTTCCCTAGCAACAC  1097

seq1  TTCAGGCTCTGCTGTTAGCTTCAGGTGTGTTTGTGTTTGTGTTTGTGGAG  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGCTCTGCTGTTAGCTTCAGGTGTGTTTGTGTTTGTGTTTGTGGAG  1147

seq1  AAGTCTGAAGTCAGCTGGACTTCTCTCTTTGAATTC  1172
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTGAAGTCAGCTGGACTTCTCTCTTTGAATTC  1183


seq1: chr7_103111733_103112846
seq2: B6Ng01-198G03.g_66_1170

seq1  GAATTCCTGTGGAGGAGTTGAAGGAGAGGAATAATCAAAATGCTGGAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTGGAGGAGTTGAAGGAGAGGAATAATCAAAATGCTGGAAGT  50

seq1  GGGTTGTACACAGGAAGAGGCTGTGACTTTCAGTAGCAACTTTAAGAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGTACACAGGAAGAGGCTGTGACTTTCAGTAGCAACTTTAAGAGAC  100

seq1  CCTCACTCCACCCCTACATTCTGAGCCAAGCCAATGGCTAGCCACAACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACTCCACCCCTACATTCTGAGCCAAGCCAATGGCTAGCCACAACAC  150

seq1  AGATGATAAGAGCCCAATTTTCCACAGTTTGTTATTTTTTTCACCAATTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGATAAGAGCCCAATTTTCCACAGTTTGTTATTTTTTTCACCAATTG  200

seq1  TCATCAAAGGAAGCTAACCCCCAGCTCCACTTGTCACCAGCGGGACGACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAAAGGAAGCTAACCCCCAGCTCCACTTGTCACCAGCGGGACGACC  250

seq1  TCAGGCCAGTGCTTCACAAATTCTGCTGTGCACCAGGATTACCTTGAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCCAGTGCTTCACAAATTCTGCTGTGCACCAGGATTACCTTGAAAG  300

seq1  GACAATACAAATACAGTGGTGCCGCCTTGTGAAGATCTAATTCTCTAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATACAAATACAGTGGTGCCGCCTTGTGAAGATCTAATTCTCTAGGT  350

seq1  CCAATGTTAGCTTGGGAATCTGCATTTCTCATAAGTTCCCTGCTGCCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGTTAGCTTGGGAATCTGCATTTCTCATAAGTTCCCTGCTGCCACT  400

seq1  GCTGCCACTGCTGCTAGACTGGGTCCTCATGAGAGAACCTCTGCACTCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCACTGCTGCTAGACTGGGTCCTCATGAGAGAACCTCTGCACTCTA  450

seq1  TAATAAACCCCTCATTGCCTTCATTTCTCAGCTACGAACTGGGAGTGCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAACCCCTCATTGCCTTCATTTCTCAGCTACGAACTGGGAGTGCTA  500

seq1  ATTCCTCCATCACAAGGTGGCCATTAGCTTTAGGACACCCAGTTCTCAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTCCATCACAAGGTGGCCATTAGCTTTAGGACACCCAGTTCTCAGC  550

seq1  AAGTGATGGCTGCTGCTGCTACTTGAGCCTTGTCAGCAAAGACATAGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGATGGCTGCTGCTGCTACTTGAGCCTTGTCAGCAAAGACATAGTGT  600

seq1  CACATCCCTTCTCTAGGAGAGAATGCCCTGGGATAAGCAAACAGGCTTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCCCTTCTCTAGGAGAGAATGCCCTGGGATAAGCAAACAGGCTTGG  650

seq1  CCAAGATGGCCCCAGTCTGCTCAGGAGTTAGGGCTACCAGGTGTTTGCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGATGGCCCCAGTCTGCTCAGGAGTTAGGGCTACCAGGTGTTTGCTA  700

seq1  GAGATAACAACAGGATGAGTAGCAATGGAAATCTTGGCTTCAGCTTAATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAACAACAGGATGAGTAGCAATGGAAATCTTGGCTTCAGCTTAATG  750

seq1  GGGAATGGGCAGGTGAGGGAGCTTGATGGGGTGTTCTGAGCAGGAAGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATGGGCAGGTGAGGGAGCTTGATGGGGTGTTCTGAGCAGGAAGAGG  800

seq1  GGACAGAGGGAAGAGAGGATGCTTATTCGGGGCACTGTGTGCATCTGATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGAGGGAAGAGAGGATGCTTATTCGGGGCACTGTGTGCATCTGATG  850

seq1  AATGTAAATGTGCACCAAGATACGAAGGACTTCCGTGAGCTGTGACAACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAAATGTGCACCAAGATACGAAGGACTTCCGTGAGCTGTGACAACA  900

seq1  TGCTTGGTTTTAACCTGAAGTCATGAGGGAACTGATGAAGGATTTATTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGGTTTTAACCTGAAGTCATGAGGGAACTGATGAAGGATTTATTCA  950

seq1  GGAAATCGTGTAAGTGCATCGGACTCCTTGGGGGAAAACTGCTTGAAATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
seq2  GGAAATCGTGTAAGTGCATCGGACTCCTTTGGGGGAAACTGCTTGAAATG  1000

seq1  GCACAGAGAAAGCACTGCAGTAAAAGAGCTGTGTCTGAAAGCTGGGAGAC  1050
      |||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCACAGAG-AAGCACTGCAGT--AAGAGCTGTGTCTG-AAGCTGGGAGAC  1046

seq1  AAATATC--ACAGATTATAATGGGGAAGGCTAGGAACTTTCATAAAGACC  1098
      |||||||   |||||||| |||||||  |||| | ||||||||||||  |
seq2  AAATATCCACCAGATTAT-ATGGGGA--GCTA-GTACTTTCATAAAGGAC  1092

seq1  CTGTCTGGGAAAAACT  1114
      ||||||||   |||||
seq2  CTGTCTGG---AAACT  1105


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |