BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-200A11
Chromosome7 (Build37)
Map Location 117,484,028 - 117,558,752
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSbf2
Upstream geneStk33, EG668320, 1700095J03Rik, Trim66, Rpl27a, St5, LOC100042582, D930014E17Rik, BC051019, Ascl3, Tmem9b, 4930431P19Rik, Nrip3, Scube2, Phxr5, Rab6ip1, Tmem41b, Ipo7, AA474408, Zfp143, Wee1, Swap70, EG668368
Downstream geneLOC668246, Adm, B430319F04Rik, Ampd3, Rnf141, Xlkd1, Mrvi1, Ctr9, Eif4g2, LOC100043221, LOC100042658, LOC384658
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-200A11.bB6Ng01-200A11.g
ACCGA021203GA021204
length1,1491,041
definitionB6Ng01-200A11.b B6Ng01-200A11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,484,028 - 117,485,167)(117,557,713 - 117,558,752)
sequence
gaattcttctaaagtcagaggcgtggtatagaatgcaaatctggttaggt
aaaaaatggcctaattttaaacaactaaaattcttttatagagtctccat
aaaaactagaaaaaatatacaaatttagtaatgtgcatttcatttaattt
aggagttaaaatatatggtcagaagcagatatcttttaagagagagtcca
cccatagtaaggagaccaaagagtcatgttgtataagccaacctaattta
tattaattagaaaaaaaaatcaaggacttctgtgtctgaagtgattaaaa
tatcaaacatccaaacaggactatacttattccaagtgcagcatctttaa
agtaacagaacctttcacacatggctgcagagatgggttaaggggtgaag
acctccccaaagttgggttttcttgtgtaaacctggaaaggctatttcag
aatcttccccagtgataatatctcgttgtttctagatgcctgactttgcc
tcaacagcgccatgctgccttctctatcagcatttgtgcagcttaacacg
ccagtgtgcaaggatagggcaggcgagctctgcctaacatggaggacatg
taatctcaggcagtatggcaatgaatggtttttaaatgcaatcacaggac
tgtcataatacaaatgaggagaaaggatataattggacaacatgaacatt
tacttgtagcattcacttttatgagaaggtgattttaaaaagtgacacac
tagcacacataatacaaatacagtaccttgattatgaactggttccttag
ctgaagatttgggatttgactgagtgaaacttttgtctctgtacccatgc
actggttaggtaagtttaaagacaggagaaatgaaatgtatacagcagca
aatgtagcaatcaagtaagagaagaatgtttagtttttaaggttaacaat
aggaggtaaatgtgaatacaagtagatttaatttacaccacagaaagctt
cacagtaacaaaagattgaactgagtgcctacctgacgaatctcagctac
ttgtttagaaccactgttagcgccatgaaatggacaagccacagcccgaa
ccgggccacttaacattataccaaatggaaccaagcttttttagactgc
gaattcaatagcaggctagacatctgtgttgatattttaagaaagaaaca
aaaactaaatgaactaaattttagttagtgattcaaacacttagtaatgt
ttcctttcatgacctagaaattagtctctttcttgccctcaagggaaaac
caaagggaacatgagtactgccaaacaactgctttgtttatcgggctctt
tcaaagccaatataattttgtcacagcactgttttatacagggtataatt
acttcctacataacatctcatttcaaaagatggatcatattttttcaaaa
caagggttataaaaaaatcatgacttgaacctctctttaaaattttttat
tatgtctagaatctaactactgtgttttaacaataaattttgacttgaaa
acccactgaagttctctacttctctcattatgttaaacttcattctatga
ggagcccactcatcaacacagaaaagtaccttagaaaattccaaataaac
ataaatgacgattttgatacacaattcctcttatgaagtagagatctcca
aatacatttccctgtacgcttaagaaagaacaagtagacaagccaaacac
taaacatcagcaggttttaaagtctctttttaaaagatttattattatgt
tcattagcgttttgcctacatgtatgtctgtgtgaaggtgccagatcccc
tggaactggcgttacagacagtaagctgccaaatggacactgggaattga
actatgtcctctggaggaggtcctcttaatcactaagccatctctccagc
gcctgcatcagcaggttttgtgactacacttacacattgatctctataag
attggagagctggttaaagctgggaaattttacattgcaatagaacactg
agaatacgaggtcatccccacttaggagcatgcttacactctgccttatg
ggccttaaggagacgcaattatatatcctttaaaatacacacacacatca
cacacacatcattatacattctttaaaatacgggcacacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_117484028_117485167
seq2: B6Ng01-200A11.b_49_1197

seq1  GAATTCTTCTAAAGTCAGAGGCGTGGTATAGAATGCAAATCTGGTTAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTAAAGTCAGAGGCGTGGTATAGAATGCAAATCTGGTTAGGT  50

seq1  AAAAAATGGCCTAATTTTAAACAACTAAAATTCTTTTATAGAGTCTCCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATGGCCTAATTTTAAACAACTAAAATTCTTTTATAGAGTCTCCAT  100

seq1  AAAAACTAGAAAAAATATACAAATTTAGTAATGTGCATTTCATTTAATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTAGAAAAAATATACAAATTTAGTAATGTGCATTTCATTTAATTT  150

seq1  AGGAGTTAAAATATATGGTCAGAAGCAGATATCTTTTAAGAGAGAGTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTTAAAATATATGGTCAGAAGCAGATATCTTTTAAGAGAGAGTCCA  200

seq1  CCCATAGTAAGGAGACCAAAGAGTCATGTTGTATAAGCCAACCTAATTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATAGTAAGGAGACCAAAGAGTCATGTTGTATAAGCCAACCTAATTTA  250

seq1  TATTAATTAGAAAAAAAAATCAAGGACTTCTGTGTCTGAAGTGATTAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATTAGAAAAAAAAATCAAGGACTTCTGTGTCTGAAGTGATTAAAA  300

seq1  TATCAAACATCCAAACAGGACTATACTTATTCCAAGTGCAGCATCTTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAACATCCAAACAGGACTATACTTATTCCAAGTGCAGCATCTTTAA  350

seq1  AGTAACAGAACCTTTCACACATGGCTGCAGAGATGGGTTAAGGGGTGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACAGAACCTTTCACACATGGCTGCAGAGATGGGTTAAGGGGTGAAG  400

seq1  ACCTCCCCAAAGTTGGGTTTTCTTGTGTAAACCTGGAAAGGCTATTTCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCCCAAAGTTGGGTTTTCTTGTGTAAACCTGGAAAGGCTATTTCAG  450

seq1  AATCTTCCCCAGTGATAATATCTCGTTGTTTCTAGATGCCTGACTTTGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTCCCCAGTGATAATATCTCGTTGTTTCTAGATGCCTGACTTTGCC  500

seq1  TCAACAGCGCCATGCTGCCTTCTCTATCAGCATTTGTGCAGCTTAACACG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAGCGCCATGCTGCCTTCTCTATCAGCATTTGTGCAGCTTAACACG  550

seq1  CCAGTGTGCAAGGATAGGGCAGGCGAGCTCTGCCTAACATGGAGGACATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGTGCAAGGATAGGGCAGGCGAGCTCTGCCTAACATGGAGGACATG  600

seq1  TAATCTCAGGCAGTATGGCAATGAATGGTTTTTAAATGCAATCACAGGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTCAGGCAGTATGGCAATGAATGGTTTTTAAATGCAATCACAGGAC  650

seq1  TGTCATAATACAAATGAGGAGAAAGGATATAATTGGACAACATGAACATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATAATACAAATGAGGAGAAAGGATATAATTGGACAACATGAACATT  700

seq1  TACTTGTAGCATTCACTTTTATGAGAAGGTGATTTTAAAAAGTGACACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGTAGCATTCACTTTTATGAGAAGGTGATTTTAAAAAGTGACACAC  750

seq1  TAGCACACATAATACAAATACAGTACCTTGATTATGAACTGGTTCCTTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACACATAATACAAATACAGTACCTTGATTATGAACTGGTTCCTTAG  800

seq1  CTGAAGATTTGGGATTTGACTGAGTGAAACTTTTGTCTCTGTACCCATGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGATTTGGGATTTGACTGAGTGAAACTTTTGTCTCTGTACCCATGC  850

seq1  ACTGG-TAGGTAAG-TTAAAGACAGGAGAAATGAAATGTATACAGCAGCA  898
      ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTTAGGTAAGTTTAAAGACAGGAGAAATGAAATGTATACAGCAGCA  900

seq1  AATGTAGCAATCAAGTAAGAGAAGAATGTTTAGTTTTTAAGGTTAAC-AT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AATGTAGCAATCAAGTAAGAGAAGAATGTTTAGTTTTTAAGGTTAACAAT  950

seq1  AGGAGGTAAATGTGAATACAAGTAGATTTAATTAACA-CACAGAAAGCTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
seq2  AGGAGGTAAATGTGAATACAAGTAGATTTAATTTACACCACAGAAAGCTT  1000

seq1  CACAGTAACAAAAGA-TGAACTGAGTGCCTACTGGACGAATCCTCAGC-A  1044
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||| |
seq2  CACAGTAACAAAAGATTGAACTGAGTGCCTACCTGACGAAT-CTCAGCTA  1049

seq1  CCTGTTTAGAAACACTGTAAGCGCAATGAAATGGACA--GCACAG--CAG  1090
      | ||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||   |||||  |  
seq2  CTTGTTTAGAACCACTGTTAGCGCCATGAAATGGACAAGCCACAGCCCGA  1099

seq1  ACGGGGCCACTAAAACATTATACCAAATGGAA-CAAGCTTTTGAAGACTG  1139
      || ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||
seq2  ACCGGGCCACT-TAACATTATACCAAATGGAACCAAGCTTTTTTAGACTG  1148

seq1  C  1140
      |
seq2  C  1149

seq1: chr7_117557713_117558752
seq2: B6Ng01-200A11.g_71_1111 (reverse)

seq1  GTGTGTGCGCGTATTTTAAAGGATGTATAATTGGTGTGTGTGTG-TGTGT  49
      |||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||||| |||||
seq2  GTGTGTGCCCGTATTTTAAAGAATGTATAA-TGATGTGTGTGTGATGTGT  49

seq1  GTGTGTATTTTAAAGGATATATAATTGCGTCTCCTTAAGG-CCATAAGGC  98
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GTGTGTATTTTAAAGGATATATAATTGCGTCTCCTTAAGGCCCATAAGGC  99

seq1  AGAGTGTAAGCATGCTCCTAAGTGGGGATGACCTCGTATTCTCAGTGTTT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGAGTGTAAGCATGCTCCTAAGTGGGGATGACCTCGTATTCTCAGTG-TT  148

seq1  CTATTGCAATGTAAAATTT-CCAGCTTTAACCAGCTCTCCAATCTTATAG  197
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGCAATGTAAAATTTCCCAGCTTTAACCAGCTCTCCAATCTTATAG  198

seq1  AGATCAATGTGTAAGTGTAGTCACAAAACCTGCTGATGCAGGCGCTGGAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAATGTGTAAGTGTAGTCACAAAACCTGCTGATGCAGGCGCTGGAG  248

seq1  AGATGGCTTAGTGATTAAGAGGACCTCCTCCAGAGGACATAGTTCAATTC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGCTTAGTGATTAAGAGGACCTCCTCCAGAGGACATAGTTCAATTC  298

seq1  CCAGTGTCCATTTGGCAGCTTACTGTCTGTAACGCCAGTTCCAGGGGATC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGTCCATTTGGCAGCTTACTGTCTGTAACGCCAGTTCCAGGGGATC  348

seq1  TGGCACCTTCACACAGACATACATGTAGGCAAAACGCTAATGAACATAAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACCTTCACACAGACATACATGTAGGCAAAACGCTAATGAACATAAT  398

seq1  AATAAATCTTTTAAAAAGAGACTTTAAAACCTGCTGATGTTTAGTGTTTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATCTTTTAAAAAGAGACTTTAAAACCTGCTGATGTTTAGTGTTTG  448

seq1  GCTTGTCTACTTGTTCTTTCTTAAGCGTACAGGGAAATGTATTTGGAGAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTCTACTTGTTCTTTCTTAAGCGTACAGGGAAATGTATTTGGAGAT  498

seq1  CTCTACTTCATAAGAGGAATTGTGTATCAAAATCGTCATTTATGTTTATT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACTTCATAAGAGGAATTGTGTATCAAAATCGTCATTTATGTTTATT  548

seq1  TGGAATTTTCTAAGGTACTTTTCTGTGTTGATGAGTGGGCTCCTCATAGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATTTTCTAAGGTACTTTTCTGTGTTGATGAGTGGGCTCCTCATAGA  598

seq1  ATGAAGTTTAACATAATGAGAGAAGTAGAGAACTTCAGTGGGTTTTCAAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGTTTAACATAATGAGAGAAGTAGAGAACTTCAGTGGGTTTTCAAG  648

seq1  TCAAAATTTATTGTTAAAACACAGTAGTTAGATTCTAGACATAATAAAAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATTTATTGTTAAAACACAGTAGTTAGATTCTAGACATAATAAAAA  698

seq1  ATTTTAAAGAGAGGTTCAAGTCATGATTTTTTTATAACCCTTGTTTTGAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAAGAGAGGTTCAAGTCATGATTTTTTTATAACCCTTGTTTTGAA  748

seq1  AAAATATGATCCATCTTTTGAAATGAGATGTTATGTAGGAAGTAATTATA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATGATCCATCTTTTGAAATGAGATGTTATGTAGGAAGTAATTATA  798

seq1  CCCTGTATAAAACAGTGCTGTGACAAAATTATATTGGCTTTGAAAGAGCC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTATAAAACAGTGCTGTGACAAAATTATATTGGCTTTGAAAGAGCC  848

seq1  CGATAAACAAAGCAGTTGTTTGGCAGTACTCATGTTCCCTTTGGTTTTCC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATAAACAAAGCAGTTGTTTGGCAGTACTCATGTTCCCTTTGGTTTTCC  898

seq1  CTTGAGGGCAAGAAAGAGACTAATTTCTAGGTCATGAAAGGAAACATTAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGGGCAAGAAAGAGACTAATTTCTAGGTCATGAAAGGAAACATTAC  948

seq1  TAAGTGTTTGAATCACTAACTAAAATTTAGTTCATTTAGTTTTTGTTTCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGTTTGAATCACTAACTAAAATTTAGTTCATTTAGTTTTTGTTTCT  998

seq1  TTCTTAAAATATCAACACAGATGTCTAGCCTGCTATTGAATTC  1040
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAAAATATCAACACAGATGTCTAGCCTGCTATTGAATTC  1041