BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-200J07
Chromosome7 (Build37)
Map Location 132,728,236 - 132,869,800
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIl21r, Gtf3c1, D430042O09Rik
Upstream geneEG545999, LOC670828, 4933440M02Rik, LOC100043014, Jmjd5, Nsmce1, EG244214, Il4ra
Downstream geneGsg1l, Xpo6, Sbk1, LOC100043495, Lat, 2210013K02Rik, Nfatc2ip, Cd19, Rabep2, Atp2a1, Sh2b1, Tufm, Atxn2l, Eif3s8, Cln3, Apob48r, Il27, Nupr1, Ccdc101, Sult1a1, LOC629029, Giyd2, Bola2, Coro1a, Snrp1c-ps1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-200J07.bB6Ng01-200J07.g
ACCGA021600GA021601
length3901,012
definitionB6Ng01-200J07.b B6Ng01-200J07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(132,728,236 - 132,728,631)(132,868,805 - 132,869,800)
sequence
atccccttgacccacacatgcataaaaccaaccttttaaaacaagccagt
aaacgtacttaattttatcttggttcagggtcttaccatggagccaggtt
gtgctggaagcatgctcttgctcctgcctcccaaatcctgggattgcaga
tgtgcatcagaattcaccttgaaaagccagttctgaacccagggaggtgg
ctcagttgagaaggtgcttgcttgcttgccatgcgtaaggactgcatgat
tcattcattttacccatgtaaaaatccagggtgggggtggggagtgacag
gcagatgcgtgtgcctattcatgtgtctgtgtgcacgtgctcaatattta
gccttcctagccaaatggatgagttccgtttcagtaagaa
gaattctgaactttctgttcaactgctttaaaaaataagtttaccgacta
cagagacgtctcagtggctaagagcacatactgcttttgcagaggacctg
agttcaagtcccagcacccctatcaagcagcccatgtccacctataactc
cagcttcaggtgtagttctggccttcataggcacctgtcttgcccccccg
cccccacacacacagagtttccttatacatatgtataaatcaagtaacca
aaaagagaccagggtctaagaattaggagatctagttcttaatctgagtt
aatcatggcttcataaaccctagtgttctgggacagtacctagagagaac
actctagaaccccttggccacactttgactttcagtctgtggatcccaag
cagatccttgggctggctagtgggatggtatgacaagtagtctagtctgc
tcacacaaagcaaacacagatgggtctgagctaaaagagactacctgggc
tggaggccagggttgccaaaagacaacagaggtgagagcactagcccagg
gcaaggcaggagcaagagggtagttaggggccaacaaggcagcctaggtc
tggtaaggcccttcctttgtcagtcacaccaactgagattctgctctggg
agagcatagagtaatctggaacctttgcaaatcccaggctctctgggggc
atggtttgtctcctggattgtgttaaagctggatgtggtgacatatgcct
ttaatctcagcacttggaaggcagaggtaggcagattgctgtgggttttg
aagccagctagagccacatagtgagaaataaataaaaatgaaataaaggt
gatttagtccgaatcatcactgggatctgctgttcatctaaaattccatt
tatggggctgggaatgacctggatgggtagctgaatgccctgtcctagca
tgtataaggcttttgtgtttcaatcacgacaccgccattgcattacccaa
aataaaataaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_132728236_132728631
seq2: B6Ng01-200J07.b_48_442

seq1  GAATTCATCCCCTTGACCCACACATGCATAAAACCAACCTTTTAAAACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCCCCTTGACCCACACATGCATAAAACCAACCTTTTAAAACAA  50

seq1  GCCAGTAAACGTACTTAATTTTATCTTGGTTCAGGGTCTTACCATGGAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTAAACGTACTTAATTTTATCTTGGTTCAGGGTCTTACCATGGAGC  100

seq1  CAGGTTGTGCTGGAAGCATGCTCTTGCTCCTGCCTCCCAAATCCTGGGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTGTGCTGGAAGCATGCTCTTGCTCCTGCCTCCCAAATCCTGGGAT  150

seq1  TGCAGATGTGCATCAGAATTCACCTTGAAAAGCCAGTTCTGAACCCAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGATGTGCATCAGAATTCACCTTGAAAAGCCAGTTCTGAACCCAGGG  200

seq1  AGGTGGCTCAGTTGAGAAGGTGCTTGCTTGCTTGCCATGCGTAAGGACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGCTCAGTTGAGAAGGTGCTTGCTTGCTTGCCATGCGTAAGGACTG  250

seq1  CATGATTCATTCATTTTACCCATGTAAAAATCCAGGGTGGGGGTGGGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATTCATTCATTTTACCCATGTAAAAATCCAGGGTGGGGGTGGGGAG  300

seq1  TGACAGGCAGATGCGTGTGCCTATGCATGTGTCTGTGTGCACGTGCTCAA  350
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGGCAGATGCGTGTGCCTATTCATGTGTCTGTGTGCACGTGCTCAA  350

seq1  TAGTTAGCCTTCCTAGCCAAATGGATGAGTTCCAGGTTCAGTAAGA  396
      || |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
seq2  TATTTAGCCTTCCTAGCCAAATGGATGAGTTCC-GTTTCAGTAAGA  395

seq1: chr7_132868805_132869800
seq2: B6Ng01-200J07.g_65_1076 (reverse)

seq1  CTTTATTTTA-TTTGTGT-ATGCA--TGCGGTGTCGTGA-TGGAACAC-A  44
      |||||||||| |||| || |||||   |||||||||||| || ||||| |
seq2  CTTTATTTTATTTTGGGTAATGCAATGGCGGTGTCGTGATTGAAACACAA  50

seq1  AAGCCTTATACATGCTA-GACA-GGCATTCAGCTA-CCAT-CAGGTCATT  90
      ||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| |||||||||
seq2  AAGCCTTATACATGCTAGGACAGGGCATTCAGCTACCCATCCAGGTCATT  100

seq1  CCCAG-CCCAT-AATGGAATTTTAGATGAACAGCAGAT-CCAGTGATGAT  137
      ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CCCAGCCCCATAAATGGAATTTTAGATGAACAGCAGATCCCAGTGATGAT  150

seq1  TCGGACTAAATCACCTTTATTTCA-TTTTATTTATTTCTCACTATGTGGC  186
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGACTAAATCACCTTTATTTCATTTTTATTTATTTCTCACTATGTGGC  200

seq1  TCTAGCTGGCTTC-AAACCCACAGCAATCTGCCTACCTCTGCCTTCCAAG  235
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCTGGCTTCAAAACCCACAGCAATCTGCCTACCTCTGCCTTCCAAG  250

seq1  TGCTGAGATTAAAGGCATATGTCACCACATCCAGCTTTAACACAATCCAG  285
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGATTAAAGGCATATGTCACCACATCCAGCTTTAACACAATCCAG  300

seq1  GAGAC-AACCATGCCCCCAGAGAGCCTGGGATTTGCAAAGGTTCCAGATT  334
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAAACCATGCCCCCAGAGAGCCTGGGATTTGCAAAGGTTCCAGATT  350

seq1  ACTCTATGCTCTCCCAGAGCAGAATCTCAGTTGGTGTGACTGACAAAGGA  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTATGCTCTCCCAGAGCAGAATCTCAGTTGGTGTGACTGACAAAGGA  400

seq1  AGGGCCTTACCAGACCTAGGCTGCCTTGTTGGCCCCTAACTACCCTCTTG  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCTTACCAGACCTAGGCTGCCTTGTTGGCCCCTAACTACCCTCTTG  450

seq1  CTCCTGCCTTGCCCTGGGCTAGTGCTCTCACCTCTGTTGTCTTTTGGCAA  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCCTTGCCCTGGGCTAGTGCTCTCACCTCTGTTGTCTTTTGGCAA  500

seq1  CCCTGGCCTCCAGCCCAGGTAGTCTCTTTTAGCTCAGACCCATCTGTGTT  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGCCTCCAGCCCAGGTAGTCTCTTTTAGCTCAGACCCATCTGTGTT  550

seq1  TGCTTTGTGTGAGCAGACTAGACTACTTGTCATACCATCCCACTAGCCAG  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGTGTGAGCAGACTAGACTACTTGTCATACCATCCCACTAGCCAG  600

seq1  CCCAAGGATCTGCTTGGGATCCACAGACTGAAAGTCAAAGTGTGGCCAAG  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGGATCTGCTTGGGATCCACAGACTGAAAGTCAAAGTGTGGCCAAG  650

seq1  GGGTTCTAGAGTGTTCTCTCTAGGTACTGTCCCAGAACACTAGGGTTTAT  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCTAGAGTGTTCTCTCTAGGTACTGTCCCAGAACACTAGGGTTTAT  700

seq1  GAAGCCATGATTAACTCAGATTAAGAACTAGATCTCCTAATTCTTAGACC  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCATGATTAACTCAGATTAAGAACTAGATCTCCTAATTCTTAGACC  750

seq1  CTGGTCTCTTTTTGGTTACTTGATTTATACATATGTATAAGGAAACTCTG  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTCTTTTTGGTTACTTGATTTATACATATGTATAAGGAAACTCTG  800

seq1  TGTGTGTGGGGGCGGGGGGGCAAGACAGGTGCCTATGAAGGCCAGAACTA  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGGGGGCGGGGGGGCAAGACAGGTGCCTATGAAGGCCAGAACTA  850

seq1  CACCTGAAGCTGGAGTTATAGGTGGACATGGGCTGCTTGATAGGGGTGCT  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGAAGCTGGAGTTATAGGTGGACATGGGCTGCTTGATAGGGGTGCT  900

seq1  GGGACTTGAACTCAGGTCCTCTGCAAAAGCAGTATGTGCTCTTAGCCACT  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTTGAACTCAGGTCCTCTGCAAAAGCAGTATGTGCTCTTAGCCACT  950

seq1  GAGACGTCTCTGTAGTCGGTAAACTTATTTTTTAAAGCAGTTGAACAGAA  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACGTCTCTGTAGTCGGTAAACTTATTTTTTAAAGCAGTTGAACAGAA  1000

seq1  AGTTCAGAATTC  996
      ||||||||||||
seq2  AGTTCAGAATTC  1012