BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-204F03
Chromosome7 (Build37)
Map Location 143,429,047 - 143,572,873
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043254, Foxi2, Clrn3, Ptpre, Mki67, LOC668764
Downstream geneLOC546009, EG621677, EG668771, Mgmt, EG621804, Ebf3, 9430038I01Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-204F03.bB6Ng01-204F03.g
ACCGA024296GA024297
length1,1171,095
definitionB6Ng01-204F03.b B6Ng01-204F03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,429,047 - 143,430,157)(143,571,776 - 143,572,873)
sequence
gaattcaaacctgggtaatgtaatttttagcacaaattgtccaatcactc
aaacatacaaacatttcaaggtaatttctgcaaatccctgttgtgatcta
atttcttattaagtagaataaagctgtttggcgttgcaattaatcaacgc
aggggttgacagagctcatgcagtcttgagctttttattttttaatttca
aaggtcctagccatgtgttgtctgcacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacactggaatgatatgcaaccatgctgtcaaaggt
acactcctgccaaaaaaaaatgactaagcccatgtttaacaaagcatagc
cacaaaggctatatcaaacactgtatcaactacaaaattgtctagtgtct
aaatattggtcagatcataaaatcatgttgttgagtctctttttccaatt
tgccaatctcattcctcacaaagatctctcataaaactgaggagggctag
ggacatttctggcctgatgtctccatttcccagatctgtgcataaaagca
gttgttaacctaaagcctgccagaatactgtacttcagacctctaagtgt
tttggggcaaatgatactcaaattctaataattcctttcaaagatttgtg
tttaccttccagttgagactgatcaatagacaatttgtgagtaaccaatc
ttgttctcaagggctgagaaaggcagcaccgggtaaatactcattggctg
attaccatagttacaaaaggcagcattatagttgcaaagaaatgcctgtg
tgttcttacttaacagggaagaccacagtgcagacaaaggttattatgtt
aaaagaaaaaaaaattgactgttttccaagcagaaaaaaatgatggggta
acaattctataatccaaccttattttaacaaggaaaatgatctcttaaac
atccaggaaggaaaaaaataaaattagaccaggtcatcagtagttccaag
agtaggggcgtttccagagtccttttcccttgggttggaccacttatgct
attcagttttcctacctgtgataaacaaagcagagtgaaggcacatagca
tccacagggttgatggg

gaattcctgctgccctcagcagcgttttccagcttcactttctctgaagc
ccttgcatttgcttcttgttctcttgccctaaccctcgaagctctccccc
atgagtcacaaacataaccagagaatgctcacactcacgagtgctctgaa
gtattccttgcattgattggtttgaaggtcatctcatctcttgctaccgt
gttgaaatcctttggccccttgcataaggtcagcatggtaggttgtttcc
tggcatgtatctctttccatttcatatgtttcctcatcacgtatgtataa
ggaaagtactacctgctatgtgaaggcacccaggctgaaggagtgaatct
actgatgtcacagaggcagagggcaggcaagcaagtctggaattttgtca
atgagattagaagtgaaagtgctggctgagctctggaccagccttccagt
gtcagggagatgtggctggttagtgtatgcgggtgctcagaatagaatgc
tcttctgctgcttttaatcctccctgtgagcctatgcgttcctgctcttc
tttcttggaatgttcctgcatgtctgtcttaacactctctgctgacctcc
ttgtggaggccatgcatcccccatgaaccccaatcccttttcagatccat
tcctgcattgtcattaacatcgtagacaaagcaaggcttatcagtcatta
cagacacctagactgaaagcctgcaaagtgaacttgtttcttcctcaccc
cccacccatttctccgatggcttttgcctctgagttgatgcctttgtcat
taacttccccaaagcatctagatcttgcagccattctcatctcagtgttc
tgagatctccctttcaggaccctctctcttctttacatcagcaacgtgta
agattcctgaagctgaaggacggacgtgttaaggagttcaaggctctttg
ccaggtggccatgatggttgccttccttgtgcatctgaaagcagcactaa
acagagtggagctgccaccttcatttctcttgagcaaggctctgactcaa
catacagtgcactcgattgtagcaacaattctctcttgcttgaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_143429047_143430157
seq2: B6Ng01-204F03.b_45_1161

seq1  GAATTCAAACCTGGGTAATGTAATTTTTAGCACAAATTGTCCAATCACTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACCTGGGTAATGTAATTTTTAGCACAAATTGTCCAATCACTC  50

seq1  AAACATACAAACATTTCAAGGTAATTTCTGCAAATCCCTGTTGTGATCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATACAAACATTTCAAGGTAATTTCTGCAAATCCCTGTTGTGATCTA  100

seq1  ATTTCTTATTAAGTAGAATAAAGCTGTTTGGCGTTGCAATTAATCAACGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTATTAAGTAGAATAAAGCTGTTTGGCGTTGCAATTAATCAACGC  150

seq1  AGGGGTTGACAGAGCTCATGCAGTCTTGAGCTTTTTATTTTTTAATTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTTGACAGAGCTCATGCAGTCTTGAGCTTTTTATTTTTTAATTTCA  200

seq1  AAGGTCCTAGCCATGTGTTGTCTGCACACACACACACACACACACACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCCTAGCCATGTGTTGTCTGCACACACACACACACACACACACACA  250

seq1  CACACACACACACACACACTGGAATGATATGCAACCATGCTGTCAAAGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACTGGAATGATATGCAACCATGCTGTCAAAGGT  300

seq1  ACACTCCTGCCAAAAAAAAATGACTAAGCCCATGTTTAACAAAGCATAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCCTGCCAAAAAAAAATGACTAAGCCCATGTTTAACAAAGCATAGC  350

seq1  CACAAAGGCTATATCAAACACTGTATCAACTACAAAATTGTCTAGTGTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAGGCTATATCAAACACTGTATCAACTACAAAATTGTCTAGTGTCT  400

seq1  AAATATTGGTCAGATCATAAAATCATGTTGTTGAGTCTCTTTTTCCAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTGGTCAGATCATAAAATCATGTTGTTGAGTCTCTTTTTCCAATT  450

seq1  TGCCAATCTCATTCCTCACAAAGATCTCTCATAAAACTGAGGAGGGCTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAATCTCATTCCTCACAAAGATCTCTCATAAAACTGAGGAGGGCTAG  500

seq1  GGACATTTCTGGCCTGATGTCTCCATTTCCCAGATCTGTGCATAAAAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATTTCTGGCCTGATGTCTCCATTTCCCAGATCTGTGCATAAAAGCA  550

seq1  GTTGTTAACCTAAAGCCTGCCAGAATACTGTACTTCAGACCTCTAAGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTAACCTAAAGCCTGCCAGAATACTGTACTTCAGACCTCTAAGTGT  600

seq1  TTTGGGGCAAATGATACTCAAATTCTAATAATTCCTTTCAAAGATTTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGGCAAATGATACTCAAATTCTAATAATTCCTTTCAAAGATTTGTG  650

seq1  TTTACCTTCCAGTTGAGACTGATCAATAGACAATTTGTGAGTAACCAATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCTTCCAGTTGAGACTGATCAATAGACAATTTGTGAGTAACCAATC  700

seq1  TTGTTCTCAAGGGCTGAGAAAGGCAGCACCGGGTAAATACTCATTGGCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTCAAGGGCTGAGAAAGGCAGCACCGGGTAAATACTCATTGGCTG  750

seq1  ATTACCATAGTTACAAAAGGCAGCATTATAGTTGCAAAGAAATGCCTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCATAGTTACAAAAGGCAGCATTATAGTTGCAAAGAAATGCCTGTG  800

seq1  TGTTCTTACTTAACAGGGAAGACCACAGTGCAGACAAAGGTTATTATGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTACTTAACAGGGAAGACCACAGTGCAGACAAAGGTTATTATGTT  850

seq1  AAAAG-AAAAAAAATTGACTGTTTTCCAAGCAG-AAAAAATGAT-GGGTA  897
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  AAAAGAAAAAAAAATTGACTGTTTTCCAAGCAGAAAAAAATGATGGGGTA  900

seq1  ACAATTCTATAATCCAACCTTATTTTAACAAGGAAAATGATCTCTTAAAA  947
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACAATTCTATAATCCAACCTTATTTTAACAAGGAAAATGATCTCTT-AAA  949

seq1  CATCCAGG-AGGAAAAAAATAAAATTAGACCAGGTCATCAGTAGTTCCAA  996
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAGGAAGGAAAAAAATAAAATTAGACCAGGTCATCAGTAGTTCCAA  999

seq1  GAGGTAGGGCG-TTCCAGAGTCCTTTTCCCTT-GGTTGGACCACTTTATG  1044
      |||   ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  GAGTAGGGGCGTTTCCAGAGTCCTTTTCCCTTGGGTTGGACCAC-TTATG  1048

seq1  CTAATTCAG-TTTCCTACCTGTGATAAACAAAGCAAGAGTGAA-GCACAT  1092
      || |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  CT-ATTCAGTTTTCCTACCTGTGATAAACAAAGC-AGAGTGAAGGCACAT  1096

seq1  AGCAT-CACAGGG-TGATGGG  1111
      ||||| ||||||| |||||||
seq2  AGCATCCACAGGGTTGATGGG  1117


seq1: chr7_143571776_143572873
seq2: B6Ng01-204F03.g_65_1159 (reverse)

seq1  TTTCAAGCAAGAGGAAGAAT--GTGCTACAAACGGAGTGCACTGTATGTT  48
      |||||||||||||  |||||   |||||||| | ||||||||||||||||
seq2  TTTCAAGCAAGAG--AGAATTGTTGCTACAATC-GAGTGCACTGTATGTT  47

seq1  GAGTTCAGAGCCCTTGCTCAAGAGAAATGAAGGTGGCAGCTCCACTCTGT  98
      ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAG-TCAGAG-CCTTGCTCAAGAGAAATGAAGGTGGCAGCTCCACTCTGT  95

seq1  TTAGTGCTTGCTTTCAGATGCACAAGGAAGGCACCCATCATGGCCACCTG  148
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTAGTGC-TGCTTTCAGATGCACAAGGAAGGCAACCATCATGGCCACCTG  144

seq1  GC-AAGAGCCTTGAACTCCTTAACACGTCCGTCC-TCAGCTTCAGGAATC  196
      || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GCAAAGAGCCTTGAACTCCTTAACACGTCCGTCCTTCAGCTTCAGGAATC  194

seq1  TTACACGTTGCTGATGTAAAGAAGAGAGAGGGTCCTGAAAGGGAGATCTC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACGTTGCTGATGTAAAGAAGAGAGAGGGTCCTGAAAGGGAGATCTC  244

seq1  AGAACACCTGAGATGAGAATGGCTGCAAGATCTAGATGCTTTGGGGAAGT  296
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACA-CTGAGATGAGAATGGCTGCAAGATCTAGATGCTTTGGGGAAGT  293

seq1  TAATGACAAAGGCATCAACTCAGAGGCAAAAGCCATCGGAGAAATGGGTG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGACAAAGGCATCAACTCAGAGGCAAAAGCCATCGGAGAAATGGGTG  343

seq1  GGGGGTGAGGAAGAAACAAGTTCACTTTGCAGGCTTTCAGTCTAGGTGTC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTGAGGAAGAAACAAGTTCACTTTGCAGGCTTTCAGTCTAGGTGTC  393

seq1  TGTAATGACTGATAAGCCTTGCTTTGTCTACGATGTTAATGACAATGCAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATGACTGATAAGCCTTGCTTTGTCTACGATGTTAATGACAATGCAG  443

seq1  GAATGGATCTGAAAAGGGATTGGGGTTCATGGGGGATGCATGGCCTCCAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGATCTGAAAAGGGATTGGGGTTCATGGGGGATGCATGGCCTCCAC  493

seq1  AAGGAGGTCAGCAGAGAGTGTTAAGACAGACATGCAGGAACATTCCAAGA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGTCAGCAGAGAGTGTTAAGACAGACATGCAGGAACATTCCAAGA  543

seq1  AAGAAGAGCAGGAACGCATAGGCTCACAGGGAGGATTAAAAGCAGCAGAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGAGCAGGAACGCATAGGCTCACAGGGAGGATTAAAAGCAGCAGAA  593

seq1  GAGCATTCTATTCTGAGCACCCGCATACACTAACCAGCCACATCTCCCTG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATTCTATTCTGAGCACCCGCATACACTAACCAGCCACATCTCCCTG  643

seq1  ACACTGGAAGGCTGGTCCAGAGCTCAGCCAGCACTTTCACTTCTAATCTC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGGAAGGCTGGTCCAGAGCTCAGCCAGCACTTTCACTTCTAATCTC  693

seq1  ATTGACAAAATTCCAGACTTGCTTGCCTGCCCTCTGCCTCTGTGACATCA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACAAAATTCCAGACTTGCTTGCCTGCCCTCTGCCTCTGTGACATCA  743

seq1  GTAGATTCACTCCTTCAGCCTGGGTGCCTTCACATAGCAGGTAGTACTTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATTCACTCCTTCAGCCTGGGTGCCTTCACATAGCAGGTAGTACTTT  793

seq1  CCTTATACATACGTGATGAGGAAACATATGAAATGGAAAGAGATACATGC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATACATACGTGATGAGGAAACATATGAAATGGAAAGAGATACATGC  843

seq1  CAGGAAACAACCTACCATGCTGACCTTATGCAAGGGGCCAAAGGATTTCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAACAACCTACCATGCTGACCTTATGCAAGGGGCCAAAGGATTTCA  893

seq1  ACACGGTAGCAAGAGATGAGATGACCTTCAAACCAATCAATGCAAGGAAT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGGTAGCAAGAGATGAGATGACCTTCAAACCAATCAATGCAAGGAAT  943

seq1  ACTTCAGAGCACTCGTGAGTGTGAGCATTCTCTGGTTATGTTTGTGACTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAGAGCACTCGTGAGTGTGAGCATTCTCTGGTTATGTTTGTGACTC  993

seq1  ATGGGGGAGAGCTTCGAGGGTTAGGGCAAGAGAACAAGAAGCAAATGCAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGGAGAGCTTCGAGGGTTAGGGCAAGAGAACAAGAAGCAAATGCAA  1043

seq1  GGGCTTCAGAGAAAGTGAAGCTGGAAAACGCTGCTGAGGGCAGCAGGAAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTCAGAGAAAGTGAAGCTGGAAAACGCTGCTGAGGGCAGCAGGAAT  1093

seq1  TC  1098
      ||
seq2  TC  1095


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |