BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-206E06
Chromosome7 (Build37)
Map Location 46,953,288 - 47,057,775
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039050, EG668540, 4930558N11Rik
Upstream geneLOC100038955, LOC100038967, LOC620018, LOC100038914, EG668531, EG628058, EG668618, EG330513, EG434168, 9430025M13Rik, LOC100038985, 3000002G13Rik, EG215208, LOC100039133
Downstream geneEG628161
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-206E06.bB6Ng01-206E06.g
ACCGA025725GA025726
length1,220859
definitionB6Ng01-206E06.b B6Ng01-206E06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,056,543 - 47,057,775)(46,953,288 - 46,954,144)
sequence
ggaattctttcccttcctgtgattttctatgttctattccactttggtga
gacaagatatctcttgtttctgcctctctggatgctctaggctagttgga
tttcaagtttacaagcaattctcttctcgtttgctaggaggaacgccagt
attacaggtacaagccacttcatctggctttttgtgtgtcccagagattg
aatttaagtcatcgggcttgtgtgctaagcacttttaacaactgaactat
ctgaccagctcaagtttgtttggtattgttggctttttagtacctggtct
cactacatagtccaggctagcccagaacttacgtttatcgctcaacatcg
tgagtgcctatgttcaaagctggcaggcttgatgttagatgtaaatgcac
aatatttcctaggcattccaggatgcatcccagagcattacaagctggtg
ggcttccagagagcaggcctgagctcctaggccaggaccaccacagcctc
actgtaccttctaaggatcagacatgactatgctatgaaataaactcaaa
ataattttacaagtaacattatgactactttatcaagaattttttgtcac
aacactgtgtgcaaaactatgtaactttatgtaactgaatcagcttttta
ttaattcatactttacttgttataaaacattaccttgataccttcagcaa
aaccctctttcttgcatttgtgtcaaggttaaaactctgtagttttcctt
ctatcttcttttggatgaaggaccttggctatcactggatgagagtgatg
ggcaggctatgccctcactggaatttgggtaaggaggggttacaccaggt
cttgccaatatgacatcatcaatacatctccttcagtttcaaaggtcttc
ccctggccatttccaaacttgtcttagatacaaaggactttttgctgttt
gttctgtgcattttcgggggtcctcttgggttattttgctgtatgaaaga
ggttgctatgcaatcatgagatcagagaggaaagcagagcagcatgcagc
agggatatatcacagagaatagcatcacaagcttcgaatacaagtcaata
gggctagaataccatcatgaggccaaaaacaagttcttgtagtcattttc
ggactgggatattctaagttaacgtagtccatgaaatatcttttatccaa
tatatgcacactctctttag

gaattcttttctatctcaatatttcctattcttcagacaattgttctctg
tggctcttcccaccagcctcttcacagctcactatagggttaactttttg
gtctttgtatttaaaggccactgaagatacattcaggaaggcctgattta
atgcatttatacaagcatattgactgcatccttaaccctgacttggcaag
ttgggcagtcaggggaggagatatggccactgtccacagaggcctcactt
cgaccacagttgcattcacaccttccctttatcaagaaggaaatagcttt
gccacaacctgcatggctgagtggtgctgatatcagactttgggaacaca
atgctgagttttctaccgtttaaatctgagacagacaaaaacggggataa
gtatgtggcccagtggcctagcattgtctgggatgtgtgaggcctctggt
ttgaaccacgacagggaacagaagactataaagctgggagagtaagaaag
gcatttggggatgggaatgggaacaaacagcatcctaccacagaggagtg
agctgtgcttgctgatgggaaggtgaggctttagagatggagatatgtcc
ccattgtcacacaactggtaagaggtggagctagattcattgtgattgac
acgtgagcctgacttgagttccatctcgttctagatatcaacaatctgtg
ttcctctctttacacacctgactctgtctgtccacaaagcaccattgtgt
gtgtggggtagggggtggcgagtggctgggaactgggaggtataaataaa
ataaattaatgaaagaaacacaccgttggctagatatgtgtgttagcatt
ggaagatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_47056543_47057775
seq2: B6Ng01-206E06.b_46_1264 (reverse)

seq1  CTAAAGAG-----TCCTATATT-GATAAAATATATTTCTATGACTACGTT  44
      ||||||||      | |||||| ||||||| |||||||   ||||||| |
seq2  CTAAAGAGAGTGTGCATATATTGGATAAAAGATATTTCATGGACTACG-T  49

seq1  TTACTTAGAATAATTCCCAGTCCTGAAAAATGACCTACAAGAATTGGTTT  94
      | ||||||||||  |||||||||   ||||||| ||||||||| | | ||
seq2  TAACTTAGAATA--TCCCAGTCC--GAAAATGA-CTACAAGAACTTG-TT  93

seq1  TTTGCCCTCATTGATGGTATTCTAGCCCTATTGACTTTGTATTCGAAGCT  144
      |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTTGGCCTCA-TGATGGTATTCTAGCCCTATTGAC-TTGTATTCGAAGCT  141

seq1  TGTGATTGCTTATTTCCTCTGTGATATATTCCCTGCCTGCATGCTGCTCC  194
      ||||| ||| ||||  |||||||||||| |||||| |||||||||||| |
seq2  TGTGA-TGC-TATT--CTCTGTGATATA-TCCCTG-CTGCATGCTGCT-C  184

seq1  TGCTTTCCTCTCCTGATCCTCATGATTGCATAGCAACCCTCTTTCATACA  244
      ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGCTTTCCTCT-CTGAT-CTCATGATTGCATAGCAA-CCTCTTTCATACA  231

seq1  GCAAAATAACCCAAGAGGACCCCCCGAAAATGCACAGAACAAACAGCAAA  294
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAATAACCCAAGAGGA-CCCCCGAAAATGCACAGAACAAACAGCAAA  280

seq1  AAGTCCTTTGTATCTAAGACAAGTTTGGAAATGGCCAGGGGAAGACCTTT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCTTTGTATCTAAGACAAGTTTGGAAATGGCCAGGGGAAGACCTTT  330

seq1  GAAACTGAAGGAGATGTATTGATGATGTCATATTGGCAAGACCTGGTGTA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTGAAGGAGATGTATTGATGATGTCATATTGGCAAGACCTGGTGTA  380

seq1  ACCCCTCCTTACCCAAATTCCAGTGAGGGCATAGCCTGCCCATCACTCTC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTCCTTACCCAAATTCCAGTGAGGGCATAGCCTGCCCATCACTCTC  430

seq1  ATCCAGTGATAGCCAAGGTCCTTCATCCAAAAGAAGATAGAAGGAAAACT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGTGATAGCCAAGGTCCTTCATCCAAAAGAAGATAGAAGGAAAACT  480

seq1  ACAGAGTTTTAACCTTGACACAAATGCAAGAAAGAGGGTTTTGCTGAAGG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGTTTTAACCTTGACACAAATGCAAGAAAGAGGGTTTTGCTGAAGG  530

seq1  TATCAAGGTAATGTTTTATAACAAGTAAAGTATGAATTAATAAAAAGCTG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAGGTAATGTTTTATAACAAGTAAAGTATGAATTAATAAAAAGCTG  580

seq1  ATTCAGTTACATAAAGTTACATAGTTTTGCACACAGTGTTGTGACAAAAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGTTACATAAAGTTACATAGTTTTGCACACAGTGTTGTGACAAAAA  630

seq1  ATTCTTGATAAAGTAGTCATAATGTTACTTGTAAAATTATTTTGAGTTTA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTGATAAAGTAGTCATAATGTTACTTGTAAAATTATTTTGAGTTTA  680

seq1  TTTCATAGCATAGTCATGTCTGATCCTTAGAAGGTACAGTGAGGCTGTGG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATAGCATAGTCATGTCTGATCCTTAGAAGGTACAGTGAGGCTGTGG  730

seq1  TGGTCCTGGCCTAGGAGCTCAGGCCTGCTCTCTGGAAGCCCACCAGCTTG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCTGGCCTAGGAGCTCAGGCCTGCTCTCTGGAAGCCCACCAGCTTG  780

seq1  TAATGCTCTGGGATGCATCCTGGAATGCCTAGGAAATATTGTGCATTTAC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCTCTGGGATGCATCCTGGAATGCCTAGGAAATATTGTGCATTTAC  830

seq1  ATCTAACATCAAGCCTGCCAGCTTTGAACATAGGCACTCACGATGTTGAG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAACATCAAGCCTGCCAGCTTTGAACATAGGCACTCACGATGTTGAG  880

seq1  CGATAAACGTAAGTTCTGGGCTAGCCTGGACTATGTAGTGAGACCAGGTA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATAAACGTAAGTTCTGGGCTAGCCTGGACTATGTAGTGAGACCAGGTA  930

seq1  CTAAAAAGCCAACAATACCAAACAAACTTGAGCTGGTCAGATAGTTCAGT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAAGCCAACAATACCAAACAAACTTGAGCTGGTCAGATAGTTCAGT  980

seq1  TGTTAAAAGTGCTTAGCACACAAGCCCGATGACTTAAATTCAATCTCTGG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAAAGTGCTTAGCACACAAGCCCGATGACTTAAATTCAATCTCTGG  1030

seq1  GACACACAAAAAGCCAGATGAAGTGGCTTGTACCTGTAATACTGGCGTTC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACACAAAAAGCCAGATGAAGTGGCTTGTACCTGTAATACTGGCGTTC  1080

seq1  CTCCTAGCAAACGAGAAGAGAATTGCTTGTAAACTTGAAATCCAACTAGC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTAGCAAACGAGAAGAGAATTGCTTGTAAACTTGAAATCCAACTAGC  1130

seq1  CTAGAGCATCCAGAGAGGCAGAAACAAGAGATATCTTGTCTCACCAAAGT  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGCATCCAGAGAGGCAGAAACAAGAGATATCTTGTCTCACCAAAGT  1180

seq1  GGAATAGAACATAGAAAATCACAGGAAGGGAAAGAATTC  1233
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAGAACATAGAAAATCACAGGAAGGGAAAGAATTC  1219


seq1: chr7_46953288_46954144
seq2: B6Ng01-206E06.g_68_926

seq1  GAATTCTTTTCTATCTCAATATTTCCTATTCTTCAGACAATTGTTCTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTCTATCTCAATATTTCCTATTCTTCAGACAATTGTTCTCTG  50

seq1  TGGCTCTTCCCACCAGCCTCTTCACAGCTCACTATAGGGTTAACTTTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCTTCCCACCAGCCTCTTCACAGCTCACTATAGGGTTAACTTTTTG  100

seq1  GTCTTTGTATTTAAAGGCCACTGAAGATACATTCAGGAAGGCCTGATTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTGTATTTAAAGGCCACTGAAGATACATTCAGGAAGGCCTGATTTA  150

seq1  ATGCATTTATACAAGCATATTGACTGCATCCTTAACCCTGACTTGGCAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATTTATACAAGCATATTGACTGCATCCTTAACCCTGACTTGGCAAG  200

seq1  TTGGGCAGTCAGGGGAGGAGATATGGCCACTGTCCACAGAGGCCTCACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCAGTCAGGGGAGGAGATATGGCCACTGTCCACAGAGGCCTCACTT  250

seq1  CGACCACAGTTGCATTCACACCTTCCCTTTATCAAGAAGGAAATAGCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACCACAGTTGCATTCACACCTTCCCTTTATCAAGAAGGAAATAGCTTT  300

seq1  GCCACAACCTGCATGGCTGAGTGGTGCTGATATCAGACTTTGGGAACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAACCTGCATGGCTGAGTGGTGCTGATATCAGACTTTGGGAACACA  350

seq1  ATGCTGAGTTTTCTACCGTTTAAATCTGAGACAGACAAAAACGGGGATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGAGTTTTCTACCGTTTAAATCTGAGACAGACAAAAACGGGGATAA  400

seq1  GTATGTGGCCCAGTGGCCTAGCATTGTCTGGGATGTGTGAGGCCTCTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGGCCCAGTGGCCTAGCATTGTCTGGGATGTGTGAGGCCTCTGGT  450

seq1  TTGAACCACGACAGGGAACAGAAGACTATAAAGCTGGGAGAGTAAGAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACCACGACAGGGAACAGAAGACTATAAAGCTGGGAGAGTAAGAAAG  500

seq1  GCATTTGGGGATGGGAATGGGAACAAACAGCATCCTACCACAGAGGAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTGGGGATGGGAATGGGAACAAACAGCATCCTACCACAGAGGAGTG  550

seq1  AGCTGTGCTTGCTGATGGGAAGGTGAGGCTTTAGAGATGGAGATATGTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGCTTGCTGATGGGAAGGTGAGGCTTTAGAGATGGAGATATGTCC  600

seq1  CCATTGTCACACAACTGGTAAGAGGTGGAGCTAGATTCATTGTGATTGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGTCACACAACTGGTAAGAGGTGGAGCTAGATTCATTGTGATTGAC  650

seq1  ACGTGAGCCTGACTTGAGTTCCATCTCGTTCTAGATATCAACAATCTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGAGCCTGACTTGAGTTCCATCTCGTTCTAGATATCAACAATCTGTG  700

seq1  TTCCTCTCTTTACACACCTGACTCTGTCTGTCCACAAAGCACCATTGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTCTTTACACACCTGACTCTGTCTGTCCACAAAGCACCATTGTGT  750

seq1  GTGTGGGGTAGGGGGTGGCGAGTGGCTGGG-ACTGGGAGGTATAAAT-AA  798
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  GTGTGGGGTAGGGGGTGGCGAGTGGCTGGGAACTGGGAGGTATAAATAAA  800

seq1  ATAAATTAATGAAAGAAACACACCGTTGGCTAGATATGTGTGTTAGCATT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTAATGAAAGAAACACACCGTTGGCTAGATATGTGTGTTAGCATT  850

seq1  TGGAGATGA  857
       | ||||||
seq2  GGAAGATGA  859


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |