BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-208E06
Chromosome7 (Build37)
Map Location 25,460,250 - 25,581,562
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm1096, BC049730, EG210155, Cd177, Ceacam10
Upstream geneEG545934, V1rd22, LOC384573, EG622222, LOC546943, V1rd12, V1rd13, V1rd17, LOC100043121, V1rd16, LOC384575, V1rd20, V1rd18, V1rd15, EG622446, Zfp180, Zfp112, Zfp235, Zfp114, Zfp111, Zfp109, Zfp108, Zfp93, LOC100043690, Zfp61, LOC100043691, Zfp94, 1700008P20Rik, Lypd5, Kcnn4, 1500002O20Rik, Irgc1, Plaur, Cadm4, Zfp428, Irgq, 2310033E01Rik, Xrcc1, Zfp575, Ethe1, LOC100043138, EG232970, Lypd3, LOC100043706, Tex101
Downstream geneEG545936, LOC100043712, Lypd4, Dmrtc2, Rps19, Cd79a, Arhgef1, EG232974, Rabac1, Atp1a3, Grik5, Zfp574, Pou2f2, Dedd2, Zfp526, Gsk3a, 9130221H12Rik, Erf, Cic, Pafah1b3, EG623131, Tmem145, Megf8, Cnfn, Lipe, BC024561, LOC434148, Ceacam1, Ceacam2, LOC100043722, EG632778, 2310004L02Rik, B3gnt8, Bckdha, Exosc5, A830041P22Rik, BC028440, Tgfb1, Ccdc97, Hnrpul1, Axl, LOC667950
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-208E06.bB6Ng01-208E06.g
ACCGA027192GA027193
length988987
definitionB6Ng01-208E06.b B6Ng01-208E06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,580,581 - 25,581,562)(25,460,250 - 25,461,219)
sequence
gaattccagaggctgaggcaggaggatctggagttccaagctagcctgtg
ctatgcaggtcagatgctgttttcaaacccaaaactaaaccaaccaagca
aagcaaagcaaaacaaaaacaaacaataccaaataaacaagtaaacaaaa
atcaaagcaaaaagtcccctgtccccactaaaaccacacaagcacaaagg
tgtaatatttgcacaactaatatttgcacaccaccattggagttttatag
attagcaggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttagattcagctctgaa
gaatatggcttgtttacaacatgaggcaaatcatcaatattaatatatgc
acagttctgaagattgaacctaggactcatgctttacatttctgcttttg
tgcaggcaccgtgttcttcttgtcactatggctctgttacttagtttgag
ctcaagggttccaagaattcaagcactctaccaactgagtcatcagcccc
gggaacctgtgtcttgaatgattttgcctgtattttcttacaatttcata
gtcaggtcttacatgaaagttttgagttggttcttgtgcagggtaagaaa
tatggatctagtttccttcttttttatgtgaccatccagaacaccgttca
tggaagaggctttttaaaccagtggatgtttgctattattgttatagttt
tgaggcagggtttctatttagtgtagccctggctagcctgggacttttct
atgtagaccaggctgacattgaactcacagagaatccacctgcctcctga
gtgctgggattaaaggtatgcaatatcatgctctatccaaagtatgtttt
tgacacttttgtcagaaacaaggcagttgtagctgtgatcttctgttgta
ttcctttgtgttgcactttctgtgttttgtgccagtgcttagttcttttt
gtcactatggcctctgttgcactggtttgagaatggag
gaattccctgacctctctccataaaacagagtggcactgaactcagacat
ccaccagcctctgcctccccagtgctgaaatcaaaggtgtgtgccgccgc
cacacccagatctgtggtcctgagctagctgcactaagtggattctgcac
ccacagatctttgctgtgcagtcttgtctctctcaagctttcaatccctc
tgcctcagcctctcaggtttatttttaatcaggtgcctgtgcctgtatct
gcctgtgggtatgggcatgtgagggcagtgccctcagggttcaggaacag
gagattggagcctctagaggtagggttgggcatggctggaaccatggaac
ctgggtgctgggaaccaggaagagcaggatgcacttctgactgcacagtt
gtctctccagccacagcaacatgtttaacatacggggtttgttccttggt
tccttgggcaccatgggtttcccctgtattctgatgttacatctgtgagt
gattctgtttagttgggtgtgatggcacattcccataagcccaggaagag
atgccaaggcaggttggggtgggggttaagatgtcttgtaaaaggcagtt
ttgatagtgcagactgtaaccccagttctgaggagctgttctctataatc
tctgccctcttctttgcctcatttatgtgaactcctggtggacataacgt
tacaatgatggagcagtgactcatggggatagaaactcttctaaatggaa
gactccaactttccatctagacaaataaaaagactgtatgatatgtatgg
tgattaatgtatttgacaaggtggatttgaaaaggagacactgaagggca
ctaatgtaagcacacttttggggctgtgacctgcttgagtgttgtttcca
gagattattaactgagggtggggaatatattcatgtggacaacccacccc
tgaatggtggccaggcacccatctcattgccctggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_25580581_25581562
seq2: B6Ng01-208E06.b_48_1035 (reverse)

seq1  CTCCA-TCTCAAA-CAGTGCAACAGA-GCCATAGTGACAAAAAGAACTCA  47
      ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
seq2  CTCCATTCTCAAACCAGTGCAACAGAGGCCATAGTGACAAAAAGAACTAA  50

seq1  GCACTGGCACAAAACACAG-AAGTGCAACACAAATGAATACAACAGAAGA  96
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GCACTGGCACAAAACACAGAAAGTGCAACACAAAGGAATACAACAGAAGA  100

seq1  TCACAGCTACAACTGCCTTGTTTCTGACAAAAGTGTCAAAAACATACTTT  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGCTACAACTGCCTTGTTTCTGACAAAAGTGTCAAAAACATACTTT  150

seq1  GGATAGAGCATGATATTGCATACCTTTAATCCCAGCACTCAGGAGGCAGG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGAGCATGATATTGCATACCTTTAATCCCAGCACTCAGGAGGCAGG  200

seq1  TGGATTCTCTGTGAGTTCAATGTCAGCCTGGTCTACATAG-AAAGTCCCA  245
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGGATTCTCTGTGAGTTCAATGTCAGCCTGGTCTACATAGAAAAGTCCCA  250

seq1  GGCTAGCCAGGGCTACACTAAATAGAAACCCTGCCTCAAAACTATAACAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGCCAGGGCTACACTAAATAGAAACCCTGCCTCAAAACTATAACAA  300

seq1  TAATAGCAAACATCCACTGGTTT-AAAAGCCTCTTCCATGAACGGTGTTC  344
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGCAAACATCCACTGGTTTAAAAAGCCTCTTCCATGAACGGTGTTC  350

seq1  TGGATGGTCACATAAAAAAGAAGGAAACTAGATCCATATTTCTTACCCTG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGGTCACATAAAAAAGAAGGAAACTAGATCCATATTTCTTACCCTG  400

seq1  CACAAGAACCAACTCAAAACTTTCATGTAAGACCTGACTATGAAATTGTA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGAACCAACTCAAAACTTTCATGTAAGACCTGACTATGAAATTGTA  450

seq1  AGAAAATACAGGCAAAATCATTCAAGACACAGGTTCCCGGGGCTGATGAC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATACAGGCAAAATCATTCAAGACACAGGTTCCCGGGGCTGATGAC  500

seq1  TCAGTTGGTAGAGTGCTTGAATTCTTGGAACCCTTGAGCTCAAACTAAGT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTGGTAGAGTGCTTGAATTCTTGGAACCCTTGAGCTCAAACTAAGT  550

seq1  AACAGAGCCATAGTGACAAGAAGAACACGGTGCCTGCACAAAAGCAGAAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAGCCATAGTGACAAGAAGAACACGGTGCCTGCACAAAAGCAGAAA  600

seq1  TGTAAAGCATGAGTCCTAGGTTCAATCTTCAGAACTGTGCATATATTAAT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAGCATGAGTCCTAGGTTCAATCTTCAGAACTGTGCATATATTAAT  650

seq1  ATTGATGATTTGCCTCATGTTGTAAACAAGCCATATTCTTCAGAGCTGAA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATGATTTGCCTCATGTTGTAAACAAGCCATATTCTTCAGAGCTGAA  700

seq1  TCTAACACACACACACACACACACACACACCTGCTAATCTATAAAACTCC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACACACACACACACACACACACACACCTGCTAATCTATAAAACTCC  750

seq1  AATGGTGGTGTGCAAATATTAGTTGTGCAAATATTACACCTTTGTGCTTG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTGGTGTGCAAATATTAGTTGTGCAAATATTACACCTTTGTGCTTG  800

seq1  TGTGGTTTTAGTGGGGACAGGGGACTTTTTGCTTTGATTTTTGTTTACTT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTTTTAGTGGGGACAGGGGACTTTTTGCTTTGATTTTTGTTTACTT  850

seq1  GTTTATTTGGTATTGTTTGTTTTTGTTTTGCTTTGCTTTGCTTGGTTGGT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATTTGGTATTGTTTGTTTTTGTTTTGCTTTGCTTTGCTTGGTTGGT  900

seq1  TTAGTTTTGGGTTTGAAAACAGCATCTGACCTGCATAGCACAGGCTAGCT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTTGGGTTTGAAAACAGCATCTGACCTGCATAGCACAGGCTAGCT  950

seq1  TGGAACTCCAGATCCTCCTGCCTCAGCCTCTGGAATTC  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACTCCAGATCCTCCTGCCTCAGCCTCTGGAATTC  988

seq1: chr7_25460250_25461219
seq2: B6Ng01-208E06.g_67_1053

seq1  GAATTCCCTGACCTCTCTCCATAAAACAGAGTGGCACTGAACTCAGACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTGACCTCTCTCCATAAAACAGAGTGGCACTGAACTCAGACAT  50

seq1  CCACCAGCCTCTGCCTCCCCAGTGCTGAAATCAAAGGTGTGTGCCGCCGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAGCCTCTGCCTCCCCAGTGCTGAAATCAAAGGTGTGTGCCGCCGC  100

seq1  CACACCCAGATCTGTGGTCCTGAGCTAGCTGCACTAAGTGGATTCTGCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCCAGATCTGTGGTCCTGAGCTAGCTGCACTAAGTGGATTCTGCAC  150

seq1  CCACAGATCTTTGCTGTGCAGTCTTGTCTCTCTCAAGCTTTCAATCCCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGATCTTTGCTGTGCAGTCTTGTCTCTCTCAAGCTTTCAATCCCTC  200

seq1  TGCCTCAGCCTCTCAGGTTTATTTTTAATCAGGTGCCTGTGCCTGTATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCAGCCTCTCAGGTTTATTTTTAATCAGGTGCCTGTGCCTGTATCT  250

seq1  GCCTGTGGGTATGGGCATGTGAGGGCAGTGCCCTCAGGGTTCAGGAACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTGGGTATGGGCATGTGAGGGCAGTGCCCTCAGGGTTCAGGAACAG  300

seq1  GAGATTGGAGCCTCTAGAGGTAGGGTTGGGCATGGCTGGAACCATGGAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTGGAGCCTCTAGAGGTAGGGTTGGGCATGGCTGGAACCATGGAAC  350

seq1  CTGGGTGCTGGGAACCAGGAAGAGCAGGATGCACTTCTGACTGCACAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTGCTGGGAACCAGGAAGAGCAGGATGCACTTCTGACTGCACAGTT  400

seq1  GTCTCTCCAGCCACAGCAACATGTTTAACATACGGGGTTTGTTCCTTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTCCAGCCACAGCAACATGTTTAACATACGGGGTTTGTTCCTTGGT  450

seq1  TCCTTGGGCACCATGGGTTTCCCCTGTATTCTGATGTTACATCTGTGAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGGGCACCATGGGTTTCCCCTGTATTCTGATGTTACATCTGTGAGT  500

seq1  GATTCTGTTTAGTTGGGTGTGATGGCACATTCCCATAAGCCCAGGAAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTGTTTAGTTGGGTGTGATGGCACATTCCCATAAGCCCAGGAAGAG  550

seq1  ATGCCAAGGCAGGTTGGGGTGGGGGTTAAGATGTCTTGTAAAAGGCAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAAGGCAGGTTGGGGTGGGGGTTAAGATGTCTTGTAAAAGGCAGTT  600

seq1  TTGATAGTGCAGACTGTAACCCCAGTTCTGAGGAGCTGTTCTCTATAATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAGTGCAGACTGTAACCCCAGTTCTGAGGAGCTGTTCTCTATAATC  650

seq1  TCTGCCCTCTTCTTTGCCTCA-TTATGTGAACTCCTGGTGGACATAACGT  699
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCCTCTTCTTTGCCTCATTTATGTGAACTCCTGGTGGACATAACGT  700

seq1  TACAATGATGGAGCAGTGACTCAT-GGGATAGAAACTCTTCTAAATGGAA  748
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATGATGGAGCAGTGACTCATGGGGATAGAAACTCTTCTAAATGGAA  750

seq1  GACTCCAAC-TTCCATCTAGACAAATAAAAAGACTGTATGATATGTATGG  797
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCAACTTTCCATCTAGACAAATAAAAAGACTGTATGATATGTATGG  800

seq1  TGATTAATGTATTTGACAAGGT-GATTTGAAAAGGAGACACTG-AGGGCA  845
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGATTAATGTATTTGACAAGGTGGATTTGAAAAGGAGACACTGAAGGGCA  850

seq1  CTAATGT-AGCACACCTTTGGGGCTGTGA-CTGC-TGAGTG-TGTTTCCA  891
      ||||||| ||||||| ||||||||||||| |||| |||||| ||||||||
seq2  CTAATGTAAGCACACTTTTGGGGCTGTGACCTGCTTGAGTGTTGTTTCCA  900

seq1  GAGATTATTAACTGAGG--TGGGAATA-ATTCATGTGGACAACCCA-CCC  937
      |||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||| |||
seq2  GAGATTATTAACTGAGGGTGGGGAATATATTCATGTGGACAACCCACCCC  950

seq1  TGAAT-GTGGGCAGGCA-CCATCTCAT--GCCTGGGA  970
      ||||| |||| |||||| |||||||||   |||||||
seq2  TGAATGGTGGCCAGGCACCCATCTCATTGCCCTGGGA  987