BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-209H19
Chromosome7 (Build37)
Map Location 76,627,861 - 76,757,607
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG665410
Upstream geneEG384639, Arrdc4, LOC384741
Downstream geneNr2f2, LOC100042833, B130024G19Rik, LOC100042838, LOC665486, LOC100041957
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-209H19.bB6Ng01-209H19.g
ACCGA028090GA028091
length1,158943
definitionB6Ng01-209H19.b B6Ng01-209H19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,627,861 - 76,629,010)(76,756,668 - 76,757,607)
sequence
gaattctttaagtcttttgtgaatgttcaattatgatcaatcattatgtg
tggcaaaacaattgaagagctttgtgaaaactcatggattggatggagga
tgaggtctcaatatgtttgtgatcagattgagatcaagcctgactggttt
ggtaatcaaacaattcaaccaagaaatgcaaatgagaaaatcaccacaca
caccccccttagtcaatgtccaacagtgacaacaaaacaaaaaacaccgt
cagtgttgatttcagcacagataaatattctatggaatgaacacagttca
gatgcctatatcatctagtcattgcagtcctgaccacagtatccatagcc
actataattgtctcacctgccatcactgctgccataaggacccctctcat
tgctacctactcacacgcagtatcagaaaatataaaaccattagccaatg
tccacatccatgtcctcatgacctaggtctctgcagtgcagttgtcaatg
tcatatttgtacccacaagcgttcttcctttgctagagcaggaaggcttt
tcctaggttgatccttgcctcccaagagagaactcagataagagacacca
agaggttccacagaagcttggcaaagtaaagtgcactctagagactggtg
agctgccctgagagtgtgtggtgagtggtgggagctgtgcatttggactt
ggaactgcagattttaaacattttttttttatgaacataaagtaggatat
ataattatgagcaaagctgaccttttctttattccaggatcaaagtggtt
tataatttcctttaggataattttttttcctgttatccttttgaaaagcc
atggaggtatgtaaaaaccacaatatatgatgccatgatgaaacctgctg
ggaggggaggtttcatttggaggatgtgcctagcaatagggggaagactt
tcattttctaaagtagtgggaagtctctgtcttgcagctgtaaggacgtc
tggacctcatgacatttttcttgacttcagaagacatggcttttaaggga
cagatgttttcttgatgcttagtctaacttgccctaccacagaaaacagg
tgtatctggaaggactcagacctttttttgagagagttattcatccttct
gagctagc

gaattcagccatgagaagagtcagttagcaattgtcctgattctctagtt
caaagaaagaagacaaaagaaactaacaacacagcactgattggaaatga
gaatcaatagtaccgagttgacttaatagaagttggactggaaagagaga
aagatttcatgggaatacaggaaaatattaaataaaataaaataaaatgt
accaataagaataataaaacaaattagaaggcatatagttattaaaatat
aagtttcttgccttatctttaatgtttgaaaatttactgatatgttttta
taatgatgtttttatgtattccttttgaatgtcatatatccacagagcat
atttctactatgtctactccactttctctccctgaacattctcctgagtc
tctcttatggcacttccaaaattcatctaatctttattcctttcaatttt
aaaattattttatttttaaatttaaattataatttaattataatttaact
ataactaaattataattaaatttctcctttcctttttgattctccaacct
ctcgcatctattcccttgcttaatcgcaaatttatggactctgacctctt
ttttaaaggtctatctatctatctatctatgtatcataaaatatcatgtt
tatatagtggagcatatatatagatatatgtaaaatacatgtatattata
caaactcatatatcaataataatggatattatatatgtgtaaatatatgt
atatatgcattcacaatatataatatagtaggtataatatataatatata
attaatatataagatgtaatgtataatatatgatataagatgtataaagt
tttatatatagcatttagcatatagcaaaagcacataacacatagtatat
agtggatatataatatgtagtatgtttttatggtgataatgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_76627861_76629010
seq2: B6Ng01-209H19.b_43_1200

seq1  GAATTCTTTAAGTCTTTTGTGAATGTTCAATTATGATCAATCATTATGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAAGTCTTTTGTGAATGTTCAATTATGATCAATCATTATGTG  50

seq1  TGGCAAAACAATTGAAGAGCTTTGTGAAAACTCATGGATTGGATGGAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAAAACAATTGAAGAGCTTTGTGAAAACTCATGGATTGGATGGAGGA  100

seq1  TGAGGTCTCAATATGTTTGTGATCAGATTGAGATCAAGCCTGACTGGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTCTCAATATGTTTGTGATCAGATTGAGATCAAGCCTGACTGGTTT  150

seq1  GGTAATCAAACAATTCAACCAAGAAATGCAAATGAGAAAATCACCACACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATCAAACAATTCAACCAAGAAATGCAAATGAGAAAATCACCACACA  200

seq1  CACCCCCCTTAGTCAATGTCCAACAGTGACAACAAAACAAAAAACACCGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCCCTTAGTCAATGTCCAACAGTGACAACAAAACAAAAAACACCGT  250

seq1  CAGTGTTGATTTCAGCACAGATAAATATTCTATGGAATGAACACAGTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTGATTTCAGCACAGATAAATATTCTATGGAATGAACACAGTTCA  300

seq1  GATGCCTATATCATCTAGTCATTGCAGTCCTGACCACAGTATCCATAGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCTATATCATCTAGTCATTGCAGTCCTGACCACAGTATCCATAGCC  350

seq1  ACTATAATTGTCTCACCTGCCATCACTGCTGCCATAAGGACCCCTCTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAATTGTCTCACCTGCCATCACTGCTGCCATAAGGACCCCTCTCAT  400

seq1  TGCTACCTACTCACACGCAGTATCAGAAAATATAAAACCATTAGCCAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACCTACTCACACGCAGTATCAGAAAATATAAAACCATTAGCCAATG  450

seq1  TCCACATCCATGTCCTCATGACCTAGGTCTCTGCAGTGCAGTTGTCAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACATCCATGTCCTCATGACCTAGGTCTCTGCAGTGCAGTTGTCAATG  500

seq1  TCATATTTGTACCCACAAGCGTTCTTCCTTTGCTAGAGCAGGAAGGCTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATTTGTACCCACAAGCGTTCTTCCTTTGCTAGAGCAGGAAGGCTTT  550

seq1  TCCTAGGTTGATCCTTGCCTCCCAAGAGAGAACTCAGATAAGAGACACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGGTTGATCCTTGCCTCCCAAGAGAGAACTCAGATAAGAGACACCA  600

seq1  AGAGGTTCCACAGAAGCTTGGCAAAGTAAAGTGCACTCTAGAGACTGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTTCCACAGAAGCTTGGCAAAGTAAAGTGCACTCTAGAGACTGGTG  650

seq1  AGCTGCCCTGAGAGTGTGTGGTGAGTGGTGGGAGCTGTGCATTTGGACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCCCTGAGAGTGTGTGGTGAGTGGTGGGAGCTGTGCATTTGGACTT  700

seq1  GGAACTGCAGATTTTAAACATTTTTTTTTTATGAACATAAAGTAGGATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTGCAGATTTTAAACATTTTTTTTTTATGAACATAAAGTAGGATAT  750

seq1  ATAATTATGAGCAAAGCTGACCTTTTCTTTATTCCAGGATCAAAGTGGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTATGAGCAAAGCTGACCTTTTCTTTATTCCAGGATCAAAGTGGTT  800

seq1  TATAATTTCCTTTAGGATAA-TTTTTTTCCTGTTATCCTTTTGAAAAGCC  849
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTTCCTTTAGGATAATTTTTTTTCCTGTTATCCTTTTGAAAAGCC  850

seq1  ATGGAGGTATGTAAAAACCACAATATATGATGCCATGATGAAACCTGCT-  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATGGAGGTATGTAAAAACCACAATATATGATGCCATGATGAAACCTGCTG  900

seq1  GGAGGGGAGGTTTCATTT-GAGGATGTGCCTAGCAATA-GGGGAAGAC-T  945
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  GGAGGGGAGGTTTCATTTGGAGGATGTGCCTAGCAATAGGGGGAAGACTT  950

seq1  TCA-TTTCTAAAGTAGTGGGAAGTCTCTGTC-TGCAGCTGTAAGGACGTC  993
      ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTCTAAAGTAGTGGGAAGTCTCTGTCTTGCAGCTGTAAGGACGTC  1000

seq1  T-GACCTCAATGACATTTT--CTGACTTCCAGAAGACATGGCTTTTAAGG  1040
      | |||||| ||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCTC-ATGACATTTTTCTTGACTT-CAGAAGACATGGCTTTTAAGG  1048

seq1  GACAGATGTTTCCTTTGGTTGCCTAGTCTAACTTG-CCTACCACAGAAAA  1089
      ||||||||||| |||  | ||| |||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GACAGATGTTTTCTT--GATGCTTAGTCTAACTTGCCCTACCACAGAAAA  1096

seq1  CA-GTGTATTTGG-AGGACTCAGACACTTTTTTTTAAAGATGTATTCATC  1137
      || |||||| ||| ||||||||||| |||||||| | |||  ||||||||
seq2  CAGGTGTATCTGGAAGGACTCAGAC-CTTTTTTTGAGAGAGTTATTCATC  1145

seq1  CTTCTGAGTTAGC  1150
      |||||||| ||||
seq2  CTTCTGAGCTAGC  1158


seq1: chr7_76756668_76757607
seq2: B6Ng01-209H19.g_71_1013 (reverse)

seq1  TACA-TATCA-CAT-AAAACATACTACATATTATATATCCACTATATACT  47
      |||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTATCACCATAAAAACATACTACATATTATATATCCACTATATACT  50

seq1  ATGTGTTATGTGCTTTTGCTATATGCTAAATGCTATATATAAAACTTTAT  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTATGTGCTTTTGCTATATGCTAAATGCTATATATAAAACTTTAT  100

seq1  ACATCTTATATCATATATTATACATTACATCTTATATATTAATTATATAT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTTATATCATATATTATACATTACATCTTATATATTAATTATATAT  150

seq1  TATATATTATACCTACTATATTATATATTGTGAATGCATATATACATATA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATTATACCTACTATATTATATATTGTGAATGCATATATACATATA  200

seq1  TTTACACATATATAATATCCATTATTATTGATATATGAGTTTGTATAATA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACACATATATAATATCCATTATTATTGATATATGAGTTTGTATAATA  250

seq1  TACATGTATTTTACATATATCTATATATATGCTCCACTATATAAACATGA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGTATTTTACATATATCTATATATATGCTCCACTATATAAACATGA  300

seq1  TATTTTATGATACATAGATAGATAGATAGATAGACCTTTAAAAAAGAGGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATGATACATAGATAGATAGATAGATAGACCTTTAAAAAAGAGGT  350

seq1  CAGAGTCCATAAATTTGCGATTAAGCAAGGGAATAGATGCGAGAGGTTGG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTCCATAAATTTGCGATTAAGCAAGGGAATAGATGCGAGAGGTTGG  400

seq1  AGAATCAAAAAGGAAAGGAGAAATTTAATTATAATTTAGTTATAGTTAAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCAAAAAGGAAAGGAGAAATTTAATTATAATTTAGTTATAGTTAAA  450

seq1  TTATAATTAAATTATAATTTAAATTTAAAAATAAAATAATTTTAAAATTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATTAAATTATAATTTAAATTTAAAAATAAAATAATTTTAAAATTG  500

seq1  AAAGGAATAAAGATTAGATGAATTTTGGAAGTGCCATAAGAGAGACTCAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAATAAAGATTAGATGAATTTTGGAAGTGCCATAAGAGAGACTCAG  550

seq1  GAGAATGTTCAGGGAGAGAAAGTGGAGTAGACATAGTAGAAATATGCTCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATGTTCAGGGAGAGAAAGTGGAGTAGACATAGTAGAAATATGCTCT  600

seq1  GTGGATATATGACATTCAAAAGGAATACATAAAAACATCATTATAAAAAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATATATGACATTCAAAAGGAATACATAAAAACATCATTATAAAAAC  650

seq1  ATATCAGTAAATTTTCAAACATTAAAGATAAGGCAAGAAACTTATATTTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCAGTAAATTTTCAAACATTAAAGATAAGGCAAGAAACTTATATTTT  700

seq1  AATAACTATATGCCTTCTAATTTGTTTTATTATTCTTATTGGTACATTTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACTATATGCCTTCTAATTTGTTTTATTATTCTTATTGGTACATTTT  750

seq1  ATTTTATTTTATTTAATATTTTCCTGTATTCCCATGAAATCTTTCTCTCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATTTTATTTAATATTTTCCTGTATTCCCATGAAATCTTTCTCTCT  800

seq1  TTCCAGTCCAACTTCTATTAAGTCAACTCGGTACTATTGATTCTCATTTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTCCAACTTCTATTAAGTCAACTCGGTACTATTGATTCTCATTTC  850

seq1  CAATCAGTGCTGTGTTGTTAGTTTCTTTTGTCTTCTTTCTTTGAACTAGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAGTGCTGTGTTGTTAGTTTCTTTTGTCTTCTTTCTTTGAACTAGA  900

seq1  GAATCAGGACAATTGCTAACTGACTCTTCTCATGGCTGAATTC  940
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCAGGACAATTGCTAACTGACTCTTCTCATGGCTGAATTC  943


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |