BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-212C11
Chromosome7 (Build37)
Map Location 56,995,191 - 57,125,636
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHtatip2, Prmt3
Upstream geneZdhhc13, Csrp3, E2f8, LOC100040465, 9130015G15Rik, 5330421F07Rik, Dbx1
Downstream geneSlc6a5, Nell1, 4933405O20Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-212C11.bB6Ng01-212C11.g
ACCGA030023GA030024
length1,216975
definitionB6Ng01-212C11.b B6Ng01-212C11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,124,430 - 57,125,636)(56,995,191 - 56,996,167)
sequence
gaattcccgatgatgtggtctttatcaccctcctcggcatttttcctgat
ttgaaacattggtcaccttctgaacgtttcacatttactattctctaggc
accaacctgccattgtcctatcgagtgttccttgagtgtatctgtcctgc
tgaccccttaatgctctcaagggagggctgatttaagattacagtctccc
ctcaacttccccatccaaaacacaggtttcagttcttaatgcatttgatt
tttaaagtgatctcatgtgcactaaatgccagcagtcactgactgatgac
accaggtactgaagggactctcaaggcagtgaagcaggtctctatttgat
tttgtggcaggacaaagccgggttagaaatatctagcagctggaacactg
tgactcagctaccagagctgatccagcacgtgacctctgtgtctggctga
ctctgcagtctatctcttgtgctatgatgctctccgcttgaccttcatcc
accgtccctcctgtatgagttcagatgctatcaccccaaaatttggtgct
tcctgtcagccccacatgtctccgctcaaagctatgcaatgggaacagat
gtgcacactggcaagaagatgccttttgaagtcggccatgtcacagtaaa
tcgtgccctctgaatctcaaggatttccttcccttcaaaatgaggccagt
taaaataatgatatcatatgtttgccaggaggacccagagctagtgcaca
gctccctcagcaagcactcatccctgcccccatcgctgccaacctctttc
cacactggtcccacactctggctgcctgtcctctgggctcctctagtctc
tagctgaacagctctttattccagacaggctactctgcttttttagtccc
tgtgaatgagatacatgctctttgaaaaccgaaacaaaacaagacctaag
actacagcacaaaagtttccctggctctcattttgcataagcacccacag
cagtttacccccgccatatgactgaatgcccatgctgctatgtggtaatt
ctacctagacagcttggtgttcggaagccatttggaccacttaaacagta
gccttaagtattaggtataaaggaattcccacctgggaagattgtatcca
ttactactgcccgcataaccaccaaattgttcccaagcctcagttagtta
attgtgccaacatctg
gaattctgaccacagggaaagctgtggagcgcaagccttgacttttgaca
caatgactctgcgtttgatttcccattaacttgcaaggtatattgctctt
acctgttttggtctcacaactgaacctggagctgacaaggttaccctctt
accaaggctacacaacggaagaaacaagtagccagctgagtagtggtaac
acccacggccgggtgtctagggaaagcagagcaggtctagaaaagagttt
ccaggtctgagagtgcgcatggtaagcactgtcacatgccagcccctgac
aacggccaaggctggaggatgaagctcctgagccatcctggtcctcacag
tctcattactgatgagcaaggtcctctgtgattcctgggaaggcccagtg
gacaatgatgtttgcaattcctgtcactggtatttgagattcagatttct
gtctagtgagaaaattcatggaatcccagaaagtctcatttataaaatca
ttacaaatctaagagagaattttcacctcagattcccttttctaaggcgt
aaaatacaaagtaaattacggtaccactgcccttggtaaaatggagtgtc
atcctgaagtcaccctttcagctaccccaactttacccacagcctcttga
tcccctaagcagcccggctgaggcccctgtgcagcttgtctgtcatctcc
tttgacagcagggctcagatgagccggccattgcttctgagtgaggagga
gggagttggagagtggcccctgtgatgaatttgagctctagttagtgatt
cctatctgaaatttctctttctatcacattgcttgataatctgaacaatg
acaaggtggagagatgcagagagagagagagagagagagcacaaagaatg
aaagagtagaagtggaaggaaaggatggggagaaaggaagggaagaagag
aagaaagataggtagcaggacgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_57124430_57125636
seq2: B6Ng01-212C11.b_47_1262 (reverse)

seq1  CAGATGTTTGCACAATTAACTAACTGA-GCTTTGGAACAATTGGTTGGTT  49
      |||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||| | |||||
seq2  CAGATGTTGGCACAATTAACTAACTGAGGCTTGGGAACAATTTGGTGGTT  50

seq1  ATGC-GGCAGTAGTTAATGATACAATC-TACCAGTTGGAAATACC-TTAT  96
      |||| ||||||||| |  ||||||||| | |||| ||| ||| || ||||
seq2  ATGCGGGCAGTAGTAATGGATACAATCTTCCCAGGTGGGAATTCCTTTAT  100

seq1  ACCTAATACT--AAGCTACTGTTTAAGTGGTCAAAATGGCTTCCGAACA-  143
      ||||||||||  | |||||||||||||||||| |||||||||||||||| 
seq2  ACCTAATACTTAAGGCTACTGTTTAAGTGGTCCAAATGGCTTCCGAACAC  150

seq1  CAAGCTGTCTAGGTAGAATTA-CACATAGCAGCATGGGCATTCAGTCATA  192
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTGTCTAGGTAGAATTACCACATAGCAGCATGGGCATTCAGTCATA  200

seq1  TGGC-GGGGTAAACTGCTGTGGGTGCTTATGCAAAATGAGAGCCAGGGAA  241
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCGGGGGTAAACTGCTGTGGGTGCTTATGCAAAATGAGAGCCAGGGAA  250

seq1  ACTTTTGTGCTGTAGTCTTAGGTCTTGTTTTGTTTCGGTTTTCAAAGAGC  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTGTGCTGTAGTCTTAGGTCTTGTTTTGTTTCGGTTTTCAAAGAGC  300

seq1  ATGTATCTCATTCACAGGGACTAAAAAAGCAGAGTAGCCTGTCTGGAATA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATCTCATTCACAGGGACTAAAAAAGCAGAGTAGCCTGTCTGGAATA  350

seq1  AAGAGCTGTTCAGCTAGAGACTAGAGGAGCCCAGAGGACAGGCAGCCAGA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTGTTCAGCTAGAGACTAGAGGAGCCCAGAGGACAGGCAGCCAGA  400

seq1  GTGTGGGACCAGTGTGGAAAGAGGTTGGCAGCGATGGGGGCAGGGATGAG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGGACCAGTGTGGAAAGAGGTTGGCAGCGATGGGGGCAGGGATGAG  450

seq1  TGCTTGCTGAGGGAGCTGTGCACTAGCTCTGGGTCCTCCTGGCAAACATA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGCTGAGGGAGCTGTGCACTAGCTCTGGGTCCTCCTGGCAAACATA  500

seq1  TGATATCATTATTTTAACTGGCCTCATTTTGAAGGGAAGGAAATCCTTGA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATCATTATTTTAACTGGCCTCATTTTGAAGGGAAGGAAATCCTTGA  550

seq1  GATTCAGAGGGCACGATTTACTGTGACATGGCCGACTTCAAAAGGCATCT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCAGAGGGCACGATTTACTGTGACATGGCCGACTTCAAAAGGCATCT  600

seq1  TCTTGCCAGTGTGCACATCTGTTCCCATTGCATAGCTTTGAGCGGAGACA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCCAGTGTGCACATCTGTTCCCATTGCATAGCTTTGAGCGGAGACA  650

seq1  TGTGGGGCTGACAGGAAGCACCAAATTTTGGGGTGATAGCATCTGAACTC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGGCTGACAGGAAGCACCAAATTTTGGGGTGATAGCATCTGAACTC  700

seq1  ATACAGGAGGGACGGTGGATGAAGGTCAAGCGGAGAGCATCATAGCACAA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGGAGGGACGGTGGATGAAGGTCAAGCGGAGAGCATCATAGCACAA  750

seq1  GAGATAGACTGCAGAGTCAGCCAGACACAGAGGTCACGTGCTGGATCAGC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAGACTGCAGAGTCAGCCAGACACAGAGGTCACGTGCTGGATCAGC  800

seq1  TCTGGTAGCTGAGTCACAGTGTTCCAGCTGCTAGATATTTCTAACCCGGC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTAGCTGAGTCACAGTGTTCCAGCTGCTAGATATTTCTAACCCGGC  850

seq1  TTTGTCCTGCCACAAAATCAAATAGAGACCTGCTTCACTGCCTTGAGAGT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCCTGCCACAAAATCAAATAGAGACCTGCTTCACTGCCTTGAGAGT  900

seq1  CCCTTCAGTACCTGGTGTCATCAGTCAGTGACTGCTGGCATTTAGTGCAC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCAGTACCTGGTGTCATCAGTCAGTGACTGCTGGCATTTAGTGCAC  950

seq1  ATGAGATCACTTTAAAAATCAAATGCATTAAGAACTGAAACCTGTGTTTT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGATCACTTTAAAAATCAAATGCATTAAGAACTGAAACCTGTGTTTT  1000

seq1  GGATGGGGAAGTTGAGGGGAGACTGTAATCTTAAATCAGCCCTCCCTTGA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGGGAAGTTGAGGGGAGACTGTAATCTTAAATCAGCCCTCCCTTGA  1050

seq1  GAGCATTAAGGGGTCAGCAGGACAGATACACTCAAGGAACACTCGATAGG  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATTAAGGGGTCAGCAGGACAGATACACTCAAGGAACACTCGATAGG  1100

seq1  ACAATGGCAGGTTGGTGCCTAGAGAATAGTAAATGTGAAACGTTCAGAAG  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGGCAGGTTGGTGCCTAGAGAATAGTAAATGTGAAACGTTCAGAAG  1150

seq1  GTGACCAATGTTTCAAATCAGGAAAAATGCCGAGGAGGGTGATAAAGACC  1191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCAATGTTTCAAATCAGGAAAAATGCCGAGGAGGGTGATAAAGACC  1200

seq1  ACATCATCGGGAATTC  1207
      ||||||||||||||||
seq2  ACATCATCGGGAATTC  1216

seq1: chr7_56995191_56996167
seq2: B6Ng01-212C11.g_65_1039

seq1  GAATTCTGACCACAGGGAAAGCTGTGGAGCGCAAGCCTTGACTTTTGACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGACCACAGGGAAAGCTGTGGAGCGCAAGCCTTGACTTTTGACA  50

seq1  CAATGACTCTGCGTTTGATTTCCCATTAACTTGCAAGGTATATTGCTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGACTCTGCGTTTGATTTCCCATTAACTTGCAAGGTATATTGCTCTT  100

seq1  ACCTGTTTTGGTCTCACAACTGAACCTGGAGCTGACAAGGTTACCCTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTTTTGGTCTCACAACTGAACCTGGAGCTGACAAGGTTACCCTCTT  150

seq1  ACCAAGGCTACACAACGGAAGAAACAAGTAGCCAGCTGAGTAGTGGTAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGGCTACACAACGGAAGAAACAAGTAGCCAGCTGAGTAGTGGTAAC  200

seq1  ACCCACGGCCGGGTGTCTAGGGAAAGCAGAGCAGGTCTAGAAAAGAGTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACGGCCGGGTGTCTAGGGAAAGCAGAGCAGGTCTAGAAAAGAGTTT  250

seq1  CCAGGTCTGAGAGTGCGCATGGTAAGCACTGTCACATGCCAGCCCCTGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTCTGAGAGTGCGCATGGTAAGCACTGTCACATGCCAGCCCCTGAC  300

seq1  AACGGCCAAGGCTGGAGGATGAAGCTCCTGAGCCATCCTGGTCCTCACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGGCCAAGGCTGGAGGATGAAGCTCCTGAGCCATCCTGGTCCTCACAG  350

seq1  TCTCATTACTGATGAGCAAGGTCCTCTGTGATTCCTGGGAAGGCCCAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTACTGATGAGCAAGGTCCTCTGTGATTCCTGGGAAGGCCCAGTG  400

seq1  GACAATGATGTTTGCAATTCCTGTCACTGGTATTTGAGATTCAGATTTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATGATGTTTGCAATTCCTGTCACTGGTATTTGAGATTCAGATTTCT  450

seq1  GTCTAGTGAGAAAATTCATGGAATCCCAGAAAGTCTCATTTATAAAATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAGTGAGAAAATTCATGGAATCCCAGAAAGTCTCATTTATAAAATCA  500

seq1  TTACAAATCTAAGAGAGAATTTTCACCTCAGATTCCCTTTTCTAAGGCGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAATCTAAGAGAGAATTTTCACCTCAGATTCCCTTTTCTAAGGCGT  550

seq1  AAAATACAAAGTAAATTACGGTACCACTGCCCTTGGTAAAATGGAGTGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACAAAGTAAATTACGGTACCACTGCCCTTGGTAAAATGGAGTGTC  600

seq1  ATCCTGAAGTCACCCTTTCAGCTACCCCAACTTTACCCACAGCCTCTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGAAGTCACCCTTTCAGCTACCCCAACTTTACCCACAGCCTCTTGA  650

seq1  TCCCCTAAGCAGCCCGGCTGAGGCCCCTGTGCAGCTTGTCTGTCATCTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTAAGCAGCCCGGCTGAGGCCCCTGTGCAGCTTGTCTGTCATCTCC  700

seq1  TTTGACAGCAGGGCTCAGATGAGCCGGCCATTGCTTCTGAGTGAGGAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACAGCAGGGCTCAGATGAGCCGGCCATTGCTTCTGAGTGAGGAGGA  750

seq1  GGGAGTTGGAGAGTGGCCCCTGTGATGAATTTGAGCTCTAGTTAGTGATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTTGGAGAGTGGCCCCTGTGATGAATTTGAGCTCTAGTTAGTGATT  800

seq1  CCTATCTGAAATTTCTCTTTCTATCACATTGCTTGATAATCTGAACAATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCTGAAATTTCTCTTTCTATCACATTGCTTGATAATCTGAACAATG  850

seq1  ACAAGGTGGAGAGATGCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCACAAAAGAAT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ACAAGGTGGAGAGATGCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCAC-AAAGAAT  899

seq1  GAAAGAGTAGAAGTGGAAGGAAAGGATGGGGAGAAAGGAAGGGAAGAAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAGTAGAAGTGGAAGGAAAGGATGGGGAGAAAGGAAGGGAAGAAGA  949

seq1  GAAGAAAGAAAGGGAGCAGGGACGGGG  977
      ||||||||| ||| |||| ||||||||
seq2  GAAGAAAGATAGGTAGCA-GGACGGGG  975