BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-215L04
Chromosome7 (Build37)
Map Location 95,012,254 - 95,072,605
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrm5
Upstream geneVmn2r-ps87, LOC637896, EG621430, LOC621477, Nox4, Tyr
Downstream geneCtsc, LOC100039756, Rab38, LOC100039924, LOC666598, EG621562
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-215L04.bB6Ng01-215L04.g
ACCGA032587GA032588
length1,123547
definitionB6Ng01-215L04.b B6Ng01-215L04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,071,475 - 95,072,605)(95,012,254 - 95,012,806)
sequence
gaattccattaacaagactaacagccatggtttcatcacacaaagaaata
cacagaagagcataacaatattcataatccaaggactatgctgaggtgta
atcagtacccatgatccaatccatgaaagaccacccactgaagtgattaa
tatctgtgactaaacctgaaaccttgcaaaggactgtgctcaggcaatta
aaattcaacctgacgatgaaagtagcagtaagaaatgttttcaatgtaaa
tgaatttctcagtacactagcatctttatctaacctttcaaaggacaacc
caggtgtccaatgggcatcttggtatccaagcacactgactcaaggctgt
atcatgaaatcaagtggagctccatttatcctttatacttttatcccctt
atttctcctttatgcttattcttcctttattaaatagcaaataaacaaga
cagatgtgtgctttctcttttctgtctctatcaccattcaatcctttcct
atgcggtttgcttttgatagactgtttctaaaactgtaggttaatctgta
gcagggtaggggacagactatcacaaaatataactatttaaatatgtgaa
aatgatacaattaaacctattactatgacttagctatttctcactagcct
tcttagccttaccttctagctcctgtttattcctttgaatcacttataaa
aacacagaagtgcttcccactaggaatccacggtggccatcctggtctgg
gaaacaggtagataatttccccaatccttcctgttctctatttagatctc
tccagatttactcttactcttttggccactgtttgcagaagcccctgttc
ccaagctgccacttctccctaaatacttctcttcttgtgtggaccccaat
tccaagctctttcccaagccttccagctattcctcttaagctatctccac
tctttcgactgatccacagatgcattttctacaagagacccaacagccag
cactcttgttgaggaccagagtgaagacagcacaaaaagtgggattctca
taaacaaagacaagacagaatatcagagttacaatggagatgcatccaca
ttcaggaaaggagacagctgtaa

tctccattttctgagttttgctttgatttctattttgagagacttgaagt
tcttgtcatacaaacagtgaggttttttatattattattattatttttag
aaaaggagattcttttcattatttaaaatggagcgtacctgcatctcaat
gctgtaatggtagaagaggcttgtatgtacatgccttaagatgagtcctt
aggttgcaggcatttatttatttatttatttatttattgtgtgtatatct
caaaccatgtggaatttcatgttgtcagtctggtgtttaggcttgccaac
ctcaaattgtaaaatttcctaatggaaaatatcaccatgtaccaactcct
tgctgtcatgtccatgcgagaggagagaggtcctgttctccccacccctc
cccccagctctctcaggggctgagcaggatggcccaaaaaacccacactg
agctgggagtcttgttgaagcaggaactcaactttatggcatcagtctct
cctttatataagtttggaacatggggaggggaattttgggtggggta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_95071475_95072605
seq2: B6Ng01-215L04.b_43_1165 (reverse)

seq1  TTACAGCTGTCT-CTCTCCTGAAATGTGGATGGCATCCTCCATTGTAACT  49
      |||||||||||| || ||||| ||||||||| |||| |||||||||||||
seq2  TTACAGCTGTCTCCTTTCCTG-AATGTGGAT-GCAT-CTCCATTGTAACT  47

seq1  CTTGATATCTGGTCTTGTCTTTGTTTAATGAGAATCCCACTTTTTGGTTG  99
      | ||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||
seq2  C-TGATATTCTGTCTTGTCTTTGTTT-ATGAGAATCCCACTTTTTG--TG  93

seq1  CTGTTCTTCACTCTTGGTCCTCAACAAGAGTGCTGGCTGTTGGGTCTCTT  149
      ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTG-TCTTCACTC-TGGTCCTCAACAAGAGTGCTGGCTGTTGGGTCTCTT  141

seq1  GTAGAAAATGCATCTGTGGATCAGTCGAAAGAGTGGAGATAGCTTAAGAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAAATGCATCTGTGGATCAGTCGAAAGAGTGGAGATAGCTTAAGAG  191

seq1  GAATAGCTGGAAGGCTTGGGAAAGAGCTTGGAATTGGGGTCCACACAAGA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGCTGGAAGGCTTGGGAAAGAGCTTGGAATTGGGGTCCACACAAGA  241

seq1  AGAGAAGTATTTAGGGAGAAGTGGCAGCTTGGGAACAGGGGCTTCTGCAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGTATTTAGGGAGAAGTGGCAGCTTGGGAACAGGGGCTTCTGCAA  291

seq1  ACAGTGGCCAAAAGAGTAAGAGTAAATCTGGAGAGATCTAAATAGAGAAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGGCCAAAAGAGTAAGAGTAAATCTGGAGAGATCTAAATAGAGAAC  341

seq1  AGGAAGGATTGGGGAAATTATCTACCTGTTTCCCAGACCAGGATGGCCAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGATTGGGGAAATTATCTACCTGTTTCCCAGACCAGGATGGCCAC  391

seq1  CGTGGATTCCTAGTGGGAAGCACTTCTGTGTTTTTATAAGTGATTCAAAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGATTCCTAGTGGGAAGCACTTCTGTGTTTTTATAAGTGATTCAAAG  441

seq1  GAATAAACAGGAGCTAGAAGGTAAGGCTAAGAAGGCTAGTGAGAAATAGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAACAGGAGCTAGAAGGTAAGGCTAAGAAGGCTAGTGAGAAATAGC  491

seq1  TAAGTCATAGTAATAGGTTTAATTGTATCATTTTCACATATTTAAATAGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCATAGTAATAGGTTTAATTGTATCATTTTCACATATTTAAATAGT  541

seq1  TATATTTTGTGATAGTCTGTCCCCTACCCTGCTACAGATTAACCTACAGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTTGTGATAGTCTGTCCCCTACCCTGCTACAGATTAACCTACAGT  591

seq1  TTTAGAAACAGTCTATCAAAAGCAAACCGCATAGGAAAGGATTGAATGGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAAACAGTCTATCAAAAGCAAACCGCATAGGAAAGGATTGAATGGT  641

seq1  GATAGAGACAGAAAAGAGAAAGCACACATCTGTCTTGTTTATTTGCTATT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAGACAGAAAAGAGAAAGCACACATCTGTCTTGTTTATTTGCTATT  691

seq1  TAATAAAGGAAGAATAAGCATAAAGGAGAAATAAGGGGATAAAAGTATAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAGGAAGAATAAGCATAAAGGAGAAATAAGGGGATAAAAGTATAA  741

seq1  AGGATAAATGGAGCTCCACTTGATTTCATGATACAGCCTTGAGTCAGTGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAAATGGAGCTCCACTTGATTTCATGATACAGCCTTGAGTCAGTGT  791

seq1  GCTTGGATACCAAGATGCCCATTGGACACCTGGGTTGTCCTTTGAAAGGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGATACCAAGATGCCCATTGGACACCTGGGTTGTCCTTTGAAAGGT  841

seq1  TAGATAAAGATGCTAGTGTACTGAGAAATTCATTTACATTGAAAACATTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAAAGATGCTAGTGTACTGAGAAATTCATTTACATTGAAAACATTT  891

seq1  CTTACTGCTACTTTCATCGTCAGGTTGAATTTTAATTGCCTGAGCACAGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTGCTACTTTCATCGTCAGGTTGAATTTTAATTGCCTGAGCACAGT  941

seq1  CCTTTGCAAGGTTTCAGGTTTAGTCACAGATATTAATCACTTCAGTGGGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGCAAGGTTTCAGGTTTAGTCACAGATATTAATCACTTCAGTGGGT  991

seq1  GGTCTTTCATGGATTGGATCATGGGTACTGATTACACCTCAGCATAGTCC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTTCATGGATTGGATCATGGGTACTGATTACACCTCAGCATAGTCC  1041

seq1  TTGGATTATGAATATTGTTATGCTCTTCTGTGTATTTCTTTGTGTGATGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATTATGAATATTGTTATGCTCTTCTGTGTATTTCTTTGTGTGATGA  1091

seq1  AACCATGGCTGTTAGTCTTGTTAATGGAATTC  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATGGCTGTTAGTCTTGTTAATGGAATTC  1123


seq1: chr7_95012254_95012806
seq2: B6Ng01-215L04.g_63_615

seq1  GAATTCTCTCCATTTTCTGAGTTTTGCTTTGATTTCTATTTTGAGAGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCCATTTTCTGAGTTTTGCTTTGATTTCTATTTTGAGAGACT  50

seq1  TGAAGTTCTTGTCATACAAACAGTGAGGTTTTTTATATTATTATTATTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTTCTTGTCATACAAACAGTGAGGTTTTTTATATTATTATTATTAT  100

seq1  TTTTAGAAAAGGAGATTCTTTTCATTATTTAAAATGGAGCGTACCTGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGAAAAGGAGATTCTTTTCATTATTTAAAATGGAGCGTACCTGCAT  150

seq1  CTCAATGCTGTAATGGTAGAAGAGGCTTGTATGTACATGCCTTAAGATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATGCTGTAATGGTAGAAGAGGCTTGTATGTACATGCCTTAAGATGA  200

seq1  GTCCTTAGGTTGCAGGCATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTGTGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTAGGTTGCAGGCATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTGTGTGT  250

seq1  ATATCTCAAACCATGTGGAATTTCATGTTGTCAGTCTGGTGTTTAGGCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTCAAACCATGTGGAATTTCATGTTGTCAGTCTGGTGTTTAGGCTT  300

seq1  GCCAACCTCAAATTGTAAAATTTCCTAATGGAAAATATCACCATGTACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAACCTCAAATTGTAAAATTTCCTAATGGAAAATATCACCATGTACCA  350

seq1  ACTCCTTGCTGTCATGTCCATGCGAGAGGAGAGAGGTCCTGTTCTCCCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTTGCTGTCATGTCCATGCGAGAGGAGAGAGGTCCTGTTCTCCCCA  400

seq1  CCCCTCCCCCCAGCTCTCTCAGGGGCTGAGCAGGATGGCCCAAAAAACCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCCCCCCAGCTCTCTCAGGGGCTGAGCAGGATGGCCCAAAAAACCC  450

seq1  ACACTGAGCTGGGAGTCTTGTTGAAGCAGGAACTCAACTTTATGGCATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGAGCTGGGAGTCTTGTTGAAGCAGGAACTCAACTTTATGGCATCA  500

seq1  GTCTCTCCTTTATATAAGTTTGGAACATGGGGAGGGGAATTTTGGGTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTCCTTTATATAAGTTTGGAACATGGGGAGGGGAATTTTGGGTGGG  550

seq1  GTA  553
      |||
seq2  GTA  553


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |