BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-216B22
Chromosome7 (Build37)
Map Location 144,596,105 - 144,762,839
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9430038I01Rik, Txnl2
Upstream geneLOC546009, EG621677, EG668771, Mgmt, EG621804, Ebf3
Downstream geneLOC435235, Tcerg1l, LOC100043290
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-216B22.bB6Ng01-216B22.g
ACCGA032891GA032892
length1,0261,166
definitionB6Ng01-216B22.b B6Ng01-216B22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(144,596,105 - 144,597,133)(144,761,680 - 144,762,839)
sequence
gaattcaaggcgcccagaatagcagacatagtctacaaaaagaacaaagt
gaaaataaaattgcagtttacagatctcaacactgactttacgtaaagga
tctgcaaaacacaactttgacttcagagggaaaagatggtttattccggg
tgactccatggactctgaatgatgtgtccatcgtggaagcagagacagtc
atagctcaaggcttttactaaacacgctggtgtatcaggtaggcatgctg
cagtcaggtaaagaagtctctagagttctgagggctcatggaagctaacg
gtctcccaaattaacccattaatctgagagcaagagtgtcacatcggata
aagacgtaggtgataaatggctacaaggtactcaggacagcggaagagaa
tcttagctgtcagtctgcaacactgtacttctccccagtcacagaagttc
aatcaatgtggggaagctttagcatgggcgtggtcttttcagggaactcc
ctttcatgctgtacggcctaagcctgtactgtccgaacataaagatgaat
gcacgcagcaactgaaagtccacgaaaaactctcccatctacaaagaact
gatttccaacagggctgccaaggtgattccgggaggaggaaaataagctg
gtctacaaggggtgctgagaacctagtactgagtgcaacacaacccagtt
gttttgagcctgctctgtgccatgctggtggatatggaacacagatctaa
atgaaggagtcaaaactaactttcttacaagaaaacacaaaggttcaagg
tgggagagggtttctgcaaaccacgaatctggtaaggaacttctataagc
atatataaaaaagaggaatggtggtggataagacagacagaccaagtggt
tcagagtatctgctgctcttgcagaaggaccaaggtttgggcagagaagt
cctaaaagacagacaaatgaccagaagtacatggagacagcagtcactgc
ccaggaaatgcatataaaagcaatga
gaattcttctgctactaactaactaaacaacacaaggacccacattcctt
tgtctccgggtatgtggctttagactctatactttctgtgggatgtcaga
gcttcccattaagcattgttgtctgcaattaactactagtgacgctgtat
tattttatctaatcccagctcactgtcctgctgtctcctcccctctcagc
aagtacttcttggaatcatattcctggcacaagctcagcactcaagtatt
tgtcttaaggtttccttctagggaccccagatgaggattagatggctcca
ccaccttttaaaaggatctggtacctgttcaaaatgatttatctttctaa
tgctgtgattgaccctcccccacccccaccccatcccaaaactccttcca
ggataccgtatccctactccataagctttgaggagtgctgaaccaacatc
taaaataccactatctgggaagtactctgggcctggagacctcttgtggt
cttttgcctgagaggctaatgtctgtggctgtctgtggccacacaaacca
ggttcttgaaaggtaggctggggctatatggagaattgacggcaagagaa
ataatgagaccaagacaaaattttctgatcaaggcccaatgtttacttaa
gagtctgagcttataaaggggggaaggcccatcccccacaacaccaggct
tttgatgctttgtcgccagccttccagcacttggtccagggtgttgctta
tctcaggaagaaaggtttcagcctctcagcaggtagtggctgcttggaga
agagcacaggtggcagaacaatagacctatctaggtcagaagactccacc
ctagttggtcttgttcacagtggcagaacaggtctgagccagcctgctca
aggctgagggaggctacaaatgtctatggagctgtacatgaagtacatgg
ggccagaaggcaggatgacatgcataatgtgaatcttctattatttaaag
aagatgtttggtgtacttgacctgtgagaggttcattcccactggtggca
tgacctctgggttcattgccatgtgtaagagagatttgcatggtagcttc
taggacgaatgtgtgtggactcctcgggaaggtcatgcaggtgagatggt
aggactgtgggtcctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_144596105_144597133
seq2: B6Ng01-216B22.b_46_1071

seq1  GAATTCAAGGCGCCCAGAATAGCAGACATAGTCTACAAAAAGAACAAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGCGCCCAGAATAGCAGACATAGTCTACAAAAAGAACAAAGT  50

seq1  GAAAATAAAATTGCAGTTTACAGATCTCAACACTGACTTTACGTAAAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATAAAATTGCAGTTTACAGATCTCAACACTGACTTTACGTAAAGGA  100

seq1  TCTGCAAAACACAACTTTGACTTCAGAGGGAAAAGATGGTTTATTCCGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAAAACACAACTTTGACTTCAGAGGGAAAAGATGGTTTATTCCGGG  150

seq1  TGACTCCATGGACTCTGAATGATGTGTCCATCGTGGAAGCAGAGACAGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCCATGGACTCTGAATGATGTGTCCATCGTGGAAGCAGAGACAGTC  200

seq1  ATAGCTCAAGGCTTTTACTAAACACGCTGGTGTATCAGGTAGGCATGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTCAAGGCTTTTACTAAACACGCTGGTGTATCAGGTAGGCATGCTG  250

seq1  CAGTCAGGTAAAGAAGTCTCTAGAGTTCTGAGGGCTCATGGAAGCTAACG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAGGTAAAGAAGTCTCTAGAGTTCTGAGGGCTCATGGAAGCTAACG  300

seq1  GTCTCCCAAATTAACCCATTAATCTGAGAGCAAGAGTGTCACATCGGATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCCAAATTAACCCATTAATCTGAGAGCAAGAGTGTCACATCGGATA  350

seq1  AAGACGTAGGTGATAAATGGCTACAAGGTACTCAGGACAGCGGAAGAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACGTAGGTGATAAATGGCTACAAGGTACTCAGGACAGCGGAAGAGAA  400

seq1  TCTTAGCTGTCAGTCTGCAACACTGTACTTCTCCCCAGTCACAGAAGTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGCTGTCAGTCTGCAACACTGTACTTCTCCCCAGTCACAGAAGTTC  450

seq1  AATCAATGTGGGGAAGCTTTAGCATGGGCGTGGTCTTTTCAGGGAACTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAATGTGGGGAAGCTTTAGCATGGGCGTGGTCTTTTCAGGGAACTCC  500

seq1  CTTTCATGCTGTACGGCCTAAGCCTGTACTGTCCGAACATAAAGATGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCATGCTGTACGGCCTAAGCCTGTACTGTCCGAACATAAAGATGAAT  550

seq1  GCACGCAGCAACTGAAAGTCCACGAAAAACTCTCCCATCTACAAAGAACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGCAGCAACTGAAAGTCCACGAAAAACTCTCCCATCTACAAAGAACT  600

seq1  GATTTCCAACAGGGCTGCCAAGGTGATTCCGGGAGGAGGAAAATAAGCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCCAACAGGGCTGCCAAGGTGATTCCGGGAGGAGGAAAATAAGCTG  650

seq1  GTCTACAAGGGGTGCTGAGAACCTAGTACTGAGTGCAACACAACCCAGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACAAGGGGTGCTGAGAACCTAGTACTGAGTGCAACACAACCCAGTT  700

seq1  GTTTTGAGCCTGCTCTGTGCCATGCTGGTGGATATGGAACACAGATCTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGAGCCTGCTCTGTGCCATGCTGGTGGATATGGAACACAGATCTAA  750

seq1  ATGAAGGAGTCAAAACTAACTTTCTTACAAGAAAACACAAAGGTTCAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGGAGTCAAAACTAACTTTCTTACAAGAAAACACAAAGGTTCAAGG  800

seq1  TGGGAGAGGGTTTCTGCAAACCACGAATCTGGTAAGGAACTTCTATAAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGAGGGTTTCTGCAAACCACGAATCTGGTAAGGAACTTCTATAAGC  850

seq1  ATATATAAAAAAGAGGAATGGTGGTGGAT-AGACAGACAGACC-AGTGGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
seq2  ATATATAAAAAAGAGGAATGGTGGTGGATAAGACAGACAGACCAAGTGGT  900

seq1  TCAGAGTATCTGCTGCTCTTGCAG-AGGACCAAGGTTTGGGCAGAGGAAG  947
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCAGAGTATCTGCTGCTCTTGCAGAAGGACCAAGGTTTGGGCAGA-GAAG  949

seq1  TCCTTAAAAAGACAGACAAATGACCAGGAAGTACATGGAGACAGCAGGTC  997
      ||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
seq2  TCCT--AAAAGACAGACAAATGACCA-GAAGTACATGGAGACAGCA-GTC  995

seq1  ACTGCCCAGGAAATGCATATTAAAAGCAATGA  1029
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ACTGCCCAGGAAATGCATA-TAAAAGCAATGA  1026

seq1: chr7_144761680_144762839
seq2: B6Ng01-216B22.g_66_1231 (reverse)

seq1  CAGGA-CCACAATCCTTCCATCTCAACTGGCCATGACC-TCCAGAGG---  45
      ||||| ||||| |||| |||||||| |||  ||||||| ||| ||||   
seq2  CAGGACCCACAGTCCTACCATCTCACCTG--CATGACCTTCCCGAGGAGT  48

seq1  --TCACACATCTGTCCTAGGAGCTA-CATGCATTTCCTCTCTTCCACATG  92
         |||||||  ||||||| ||||| ||||||  | ||||||| ||||||
seq2  CCACACACATTCGTCCTAGAAGCTACCATGCAAAT-CTCTCTTACACATG  97

seq1  GCAATGGACCCAGA-GTCATGCCACAGTTGGGATATGAA-CTCTCACAGG  140
      |||||| ||||||| ||||||||||   ||||| ||||| |||||||| |
seq2  GCAATGAACCCAGAGGTCATGCCACCAGTGGGA-ATGAACCTCTCACA-G  145

seq1  GTCAAGTACACC-AACATCTTCTTTAAATAATAAGAAGATTCACA-TATG  188
      |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  GTCAAGTACACCAAACATCTTCTTTAAATAAT-AGAAGATTCACATTATG  194

seq1  CATGTCATCCTGCCTTCTGGCCCCATGTTACTTCATGTACAGCTCCATAG  238
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCATCCTGCCTTCTGGCCCCATG-TACTTCATGTACAGCTCCATAG  243

seq1  ACATTTGTAGCCTCCCTCAGCCTTGAGCAGGCTGGCTCAGACCTGTTCTG  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTGTAGCCTCCCTCAGCCTTGAGCAGGCTGGCTCAGACCTGTTCTG  293

seq1  CCACTGTGAACAAGACCAACTAGGGTGGAGTCTTCTGACCTAGATAGGTC  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGTGAACAAGACCAACTAGGGTGGAGTCTTCTGACCTAGATAGGTC  343

seq1  TATTGTTCTGCCACCTGTGCTCTTCTCCAAGCAGCCACTACCTGCTGAGA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTTCTGCCACCTGTGCTCTTCTCCAAGCAGCCACTACCTGCTGAGA  393

seq1  GGCTGAAACCTTTCTTCCTGAGATAAGCAACACCCTGGACCAAGTGCTGG  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGAAACCTTTCTTCCTGAGATAAGCAACACCCTGGACCAAGTGCTGG  443

seq1  AAGGCTGGCGACAAAGCATCAAAAGCCTGGTGTTGTGGGGGATGGGCCTT  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTGGCGACAAAGCATCAAAAGCCTGGTGTTGTGGGGGATGGGCCTT  493

seq1  -CCCCCTTTATAAGCTCAGACTCTTAAGTAAACATTGGGCCTTGATCAGA  537
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCTTTATAAGCTCAGACTCTTAAGTAAACATTGGGCCTTGATCAGA  543

seq1  AAATTTTGTCTTGGTCTCATTATTTCTCTTGCCGTCAATTCTCCATATAG  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTGTCTTGGTCTCATTATTTCTCTTGCCGTCAATTCTCCATATAG  593

seq1  CCCCAGCCTACCTTTCAAGAACCTGGTTTGTGTGGCCACAGACAGCCACA  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGCCTACCTTTCAAGAACCTGGTTTGTGTGGCCACAGACAGCCACA  643

seq1  GACATTAGCCTCTCAGGCAAAAGACCACAAGAGGTCTCCAGGCCCAGAGT  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTAGCCTCTCAGGCAAAAGACCACAAGAGGTCTCCAGGCCCAGAGT  693

seq1  ACTTCCCAGATAGTGGTATTTTAGATGTTGGTTCAGCACTCCTCAAAGCT  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCCAGATAGTGGTATTTTAGATGTTGGTTCAGCACTCCTCAAAGCT  743

seq1  TATGGAGTAGGGATACGGTATCCTGGAAGGAGTTTTGGGATGGGGTGGGG  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAGTAGGGATACGGTATCCTGGAAGGAGTTTTGGGATGGGGTGGGG  793

seq1  GTGGGGGAGGGTCAATCACAGCATTAGAAAGATAAATCATTTTGAACAGG  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGGAGGGTCAATCACAGCATTAGAAAGATAAATCATTTTGAACAGG  843

seq1  TACCAGATCCTTTTAAAAGGTGGTGGAGCCATCTAATCCTCATCTGGGGT  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGATCCTTTTAAAAGGTGGTGGAGCCATCTAATCCTCATCTGGGGT  893

seq1  CCCTAGAAGGAAACCTTAAGACAAATACTTGAGTGCTGAGCTTGTGCCAG  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAGAAGGAAACCTTAAGACAAATACTTGAGTGCTGAGCTTGTGCCAG  943

seq1  GAATATGATTCCAAGAAGTACTTGCTGAGAGGGGAGGAGACAGCAGGACA  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATGATTCCAAGAAGTACTTGCTGAGAGGGGAGGAGACAGCAGGACA  993

seq1  GTGAGCTGGGATTAGATAAAATAATACAGCGTCACTAGTAGTTAATTGCA  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCTGGGATTAGATAAAATAATACAGCGTCACTAGTAGTTAATTGCA  1043

seq1  GACAACAATGCTTAATGGGAAGCTCTGACATCCCACAGAAAGTATAGAGT  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACAATGCTTAATGGGAAGCTCTGACATCCCACAGAAAGTATAGAGT  1093

seq1  CTAAAGCCACATACCCGGAGACAAAGGAATGTGGGTCCTTGTGTTGTTTA  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGCCACATACCCGGAGACAAAGGAATGTGGGTCCTTGTGTTGTTTA  1143

seq1  GTTAGTTAGTAGCAGAAGAATTC  1160
      |||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTTAGTAGCAGAAGAATTC  1166