BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-216I18
Chromosome7 (Build37)
Map Location 47,197,963 - 47,360,556
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100038955, LOC100038967, LOC620018, LOC100038914, EG668531, EG628058, EG668618, EG330513, EG434168, 9430025M13Rik, LOC100038985, 3000002G13Rik, EG215208, LOC100039133, LOC100039050, EG668540, 4930558N11Rik
Downstream geneEG628161, LOC100039094, 2900093B09Rik, 4930433I11Rik, EG233164, LOC668555
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-216I18.bB6Ng01-216I18.g
ACCGA033208GA033209
length1,1551,056
definitionB6Ng01-216I18.b B6Ng01-216I18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,359,409 - 47,360,556)(47,197,963 - 47,199,020)
sequence
agcaacacattagaatgattgtgcattattttgtttcattccaggatgca
agattgggttggaatatataaagcaagtaatatatcacagcataaaaaca
gaatttaaagcaaaaattctatgatcaggtgcataaaagtcctatgacaa
aattcaatatccctcaagtttaaaaagcctgaagatctacctatggagat
ggctcagtggttaggagcactcattgttcttgcagaagatccaggttgga
ttcacagcatccagggtagcttatagctaccctgtataattctgtaactg
tagctccagaggatctgatatactttcctgggttgcacaagcacctgcat
acatgtaatacacagcacacacacacacacacacacacacacacatgaga
gagagacagagagatacataaaaataaaacaaagttttttttaaaaatga
ccaaagaatatgggaacaggagctcataacccaacccaataaagactaaa
agcaatctatgactggatgggttaaatctgagagcattttctcttaaata
agataggcgacaaggacatttcttcctgaactcttattcaatatagtgct
tgaaattttagcaatggtgataatggaagagaaagaaataaagaaggcag
aactagaaaacaaaataaaacagaagtcagctttaaaggaaaacaaagta
ggcttagaatgtatactattaagggaggtcaccaatctcagaaaaacaac
atcaacaaaataatgcacatttttcctcatatggggatttttgcctacaa
tgaacacatgtacatagataagcaagtgtatgcgtgggtacattatagaa
tgtagaaatgagaaaaaggaatgttggcattagatgacaggcgatgacca
aatgcaggtaataaacacataagtggtgaaagaggaatagaaagctaatt
gttttttctaaaatgtttaacttttgttatggaattttcccatttttgtg
acattgagagcatatgaaataattgaccatttgtgtagttacttttcctg
tagctgtgacaaaatgcccagagttactagggttggacgtccaaaggtat
aagaggtccattccatggttgccaagtccagcagaaaaggttcctcacta
tattt
gaattctttgtggtagacagccttgatgtaactattggccaggggttgac
tcagataggatttaactgccccacccctgtactgaactgtgctgtactta
agcatattctcccaagtactgtactggaggcttggttcacaatctggtaa
tgcttagaggtaggggacatgcataattatagcctactcacacaccatga
gcatattggcagcactaattttggataggggttgattaataacaaaaaag
gaagacataaagttgggaaagaattagtgtggttgaagtaccagggcaaa
attgaaggacatagtggtagatggagtgatcaaaatatattgtatacatt
atgaaaatttcaaagaacaaaatattattaaacaaaaaaaataacttggg
cctagtgagaggtagttaggtcattgaaggattaccctagggtatgactt
aatgtagttcttttgagaatgaattgctataaaaatatctcttaattttt
cagactttttgtcatgtgatctcttttgcatacccccattatgacactat
caattatgaggccctaaaagatggggctattgggtctttgtagcagactt
ttccctgtccaattactttaaatattaatacaacaaggagcctgtgattg
gacagggaaaagggaggcagaagaagcgtttcagagacagggacggggag
aaggaagatggaggaggaacaggatgatccagattctgagtggctttaaa
taaccacaggtagctatgattatcttacacggggtggataatttacagga
caatctttcttatctaggtgggcaatttaaatcattatcagttggctctg
aaatttaagtattaagcttctagagtttgatgtactgggttaaggcaaat
tgtgactgctgaccacagtggggtggatggcttgagtatgcaggcaaact
agaagaaggaagactgctactggggctagctaaaagcttgcagactgcgg
cagagatagcttgtgtagcgtgggaacttgatgtcttttaaaaaaaatat
tcccgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_47359409_47360556
seq2: B6Ng01-216I18.b_56_1210 (reverse)

seq1  AAATATAGTGA-GAAACTTTTCTGCCGGGCCTTGCCACCATG--ATGGA-  46
      ||||||||||| ||| ||||||||| || | | || ||||||  ||||| 
seq2  AAATATAGTGAGGAACCTTTTCTGCTGGACTTGGCAACCATGGAATGGAC  50

seq1  CTCTTATACCTTTGGAACTGTCAACCCTAGTAAACTCTTGGCATTTTTGT  96
      ||||||||||||||| ||   |||||||||| |||||| |||| ||||||
seq2  CTCTTATACCTTTGG-ACGTCCAACCCTAGT-AACTCTGGGCA-TTTTGT  97

seq1  CACAGCTACA-GAAAAGTAACTAACAC-AATGGTCAATTATTTCATATGC  144
      |||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTACAGGAAAAGTAACT-ACACAAATGGTCAATTATTTCATATGC  146

seq1  TCTC-ATGTCCACAAAATGG--AAAATCCATAAC-AAAGTTAAACATTTT  190
      |||| |||||   |||||||  ||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  TCTCAATGTCACAAAAATGGGAAAATTCCATAACAAAAGTTAAACATTTT  196

seq1  TAGAAAAACAATTAGCTTTCTA-TCCTCTTTCACCACTTATGTGTTTATT  239
         ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAACAATTAGCTTTCTATTCCTCTTTCACCACTTATGTGTTTATT  246

seq1  ACCTGCATTTGGTCATCGCCTGTCATCTAATGCCAACATTCCTTTTTCTC  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCATTTGGTCATCGCCTGTCATCTAATGCCAACATTCCTTTTTCTC  296

seq1  ATTTCTACATTCTATAATGTACCCACGCATACACTTGCTTATCTATGTAC  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTACATTCTATAATGTACCCACGCATACACTTGCTTATCTATGTAC  346

seq1  ATGTGTTCATTGTAGGCAAAAATCCCCATATGAGGAAAAATGTGCATTAT  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTCATTGTAGGCAAAAATCCCCATATGAGGAAAAATGTGCATTAT  396

seq1  TTTGTTGATGTTGTTTTTCTGAGATTGGTGACCTCCCTTAATAGTATACA  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGATGTTGTTTTTCTGAGATTGGTGACCTCCCTTAATAGTATACA  446

seq1  TTCTAAGCCTACTTTGTTTTCCTTTAAAGCTGACTTCTGTTTTATTTTGT  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAGCCTACTTTGTTTTCCTTTAAAGCTGACTTCTGTTTTATTTTGT  496

seq1  TTTCTAGTTCTGCCTTCTTTATTTCTTTCTCTTCCATTATCACCATTGCT  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAGTTCTGCCTTCTTTATTTCTTTCTCTTCCATTATCACCATTGCT  546

seq1  AAAATTTCAAGCACTATATTGAATAAGAGTTCAGGAAGAAATGTCCTTGT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTCAAGCACTATATTGAATAAGAGTTCAGGAAGAAATGTCCTTGT  596

seq1  CGCCTATCTTATTTAAGAGAAAATGCTCTCAGATTTAACCCATCCAGTCA  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCTATCTTATTTAAGAGAAAATGCTCTCAGATTTAACCCATCCAGTCA  646

seq1  TAGATTGCTTTTAGTCTTTATTGGGTTGGGTTATGAGCTCCTGTTCCCAT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTGCTTTTAGTCTTTATTGGGTTGGGTTATGAGCTCCTGTTCCCAT  696

seq1  ATTCTTTGGTCATTTTTAAAAAAAACTTTGTTTTATTTTTATGTATCTCT  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTGGTCATTTTTAAAAAAAACTTTGTTTTATTTTTATGTATCTCT  746

seq1  CTGTCTCTCTCTCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTGTGT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCTCTCTCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTGTGT  796

seq1  ATTACATGTATGCAGGTGCTTGTGCAACCCAGGAAAGTATATCAGATCCT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACATGTATGCAGGTGCTTGTGCAACCCAGGAAAGTATATCAGATCCT  846

seq1  CTGGAGCTACAGTTACAGAATTATACAGGGTAGCTATAAGCTACCCTGGA  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGCTACAGTTACAGAATTATACAGGGTAGCTATAAGCTACCCTGGA  896

seq1  TGCTGTGAATCCAACCTGGATCTTCTGCAAGAACAATGAGTGCTCCTAAC  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGAATCCAACCTGGATCTTCTGCAAGAACAATGAGTGCTCCTAAC  946

seq1  CACTGAGCCATCTCCATAGGTAGATCTTCAGGCTTTTTAAACTTGAGGGA  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAGCCATCTCCATAGGTAGATCTTCAGGCTTTTTAAACTTGAGGGA  996

seq1  TATTGAATTTTGTCATAGGACTTTTATGCACCTGATCATAGAATTTTTGC  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAATTTTGTCATAGGACTTTTATGCACCTGATCATAGAATTTTTGC  1046

seq1  TTTAAATTCTGTTTTTATGCTGTGATATATTACTTGCTTTATATATTCCA  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATTCTGTTTTTATGCTGTGATATATTACTTGCTTTATATATTCCA  1096

seq1  ACCCAATCTTGCATCCTGGAATGAAACAAAATAATGCACAATCATTCTAA  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAATCTTGCATCCTGGAATGAAACAAAATAATGCACAATCATTCTAA  1146

seq1  TGTGTTGCT  1148
      |||||||||
seq2  TGTGTTGCT  1155

seq1: chr7_47197963_47199020
seq2: B6Ng01-216I18.g_66_1121

seq1  GAATTCTTTGTGGTAGACAGCCTTGATGTAACTATTGGCCAGGGGTTGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTGGTAGACAGCCTTGATGTAACTATTGGCCAGGGGTTGAC  50

seq1  TCAGATAGGATTTAACTGCCCCACCCCTGTACTGAACTGTGCTGTACTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATAGGATTTAACTGCCCCACCCCTGTACTGAACTGTGCTGTACTTA  100

seq1  AGCATATTCTCCCAAGTACTGTACTGGAGGCTTGGTTCACAATCTGGTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATATTCTCCCAAGTACTGTACTGGAGGCTTGGTTCACAATCTGGTAA  150

seq1  TGCTTAGAGGTAGGGGACATGCATAATTATAGCCTACTCACACACCATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAGAGGTAGGGGACATGCATAATTATAGCCTACTCACACACCATGA  200

seq1  GCATATTGGCAGCACTAATTTTGGATAGGGGTTGATTAATAACAAAAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATTGGCAGCACTAATTTTGGATAGGGGTTGATTAATAACAAAAAAG  250

seq1  GAAGACATAAAGTTGGGAAAGAATTAGTGTGGTTGAAGTACCAGGGCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACATAAAGTTGGGAAAGAATTAGTGTGGTTGAAGTACCAGGGCAAA  300

seq1  ATTGAAGGACATAGTGGTAGATGGAGTGATCAAAATATATTGTATACATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAGGACATAGTGGTAGATGGAGTGATCAAAATATATTGTATACATT  350

seq1  ATGAAAATTTCAAAGAACAAAATATTATTAAACAAAAAAAATAACTTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAATTTCAAAGAACAAAATATTATTAAACAAAAAAAATAACTTGGG  400

seq1  CCTAGTGAGAGGTAGTTAGGTCATTGAAGGATTACCCTAGGGTATGACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTGAGAGGTAGTTAGGTCATTGAAGGATTACCCTAGGGTATGACTT  450

seq1  AATGTAGTTCTTTTGAGAATGAATTGCTATAAAAATATCTCTTAATTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAGTTCTTTTGAGAATGAATTGCTATAAAAATATCTCTTAATTTTT  500

seq1  CAGACTTTTTGTCATGTGATCTCTTTTGCATACCCCCATTATGACACTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTTTTGTCATGTGATCTCTTTTGCATACCCCCATTATGACACTAT  550

seq1  CAATTATGAGGCCCTAAAAGATGGGGCTATTGGGTCTTTGTAGCAGACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTATGAGGCCCTAAAAGATGGGGCTATTGGGTCTTTGTAGCAGACTT  600

seq1  TTCCCTGTCCAATTACTTTAAATATTAATACAACAAGGAGCCTGTGATTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTGTCCAATTACTTTAAATATTAATACAACAAGGAGCCTGTGATTG  650

seq1  GACAGGGAAAAGGGAGGCAGAAGAAGCGTTTCAGAGACAGGGACGGGGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGGAAAAGGGAGGCAGAAGAAGCGTTTCAGAGACAGGGACGGGGAG  700

seq1  AAGGAAGATGGAGGAGGAACAGGATGATCCAGATTCTGAGTGGCTTTAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGATGGAGGAGGAACAGGATGATCCAGATTCTGAGTGGCTTTAAA  750

seq1  TAACCACAGGTAGCTATGATTATCTTACACGGGGTGGATAA-TTACAGGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TAACCACAGGTAGCTATGATTATCTTACACGGGGTGGATAATTTACAGGA  800

seq1  CAATCTGTCTTATCTAGGTGGGCAATTTAAATCATTATCAGTTGGCTCTG  849
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTTTCTTATCTAGGTGGGCAATTTAAATCATTATCAGTTGGCTCTG  850

seq1  AAATTTAAGTA-TAAGCTTCTAGAGTTTGATGTACTGGGTTAAGGCAAAT  898
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTAAGTATTAAGCTTCTAGAGTTTGATGTACTGGGTTAAGGCAAAT  900

seq1  TGTGACTGCTGACCACAGT-GGGTGGATGGC-TGAGTAGGCAGGCAAACC  946
      ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| 
seq2  TGTGACTGCTGACCACAGTGGGGTGGATGGCTTGAGTATGCAGGCAAACT  950

seq1  AGAGAAGGGAAGACTGCCAACTGGGGCTAGCCAAGAGCCTGGCAAGACTG  996
      |||  | ||||||||| | |||||||||||| || ||| ||   ||||||
seq2  AGAAGAAGGAAGACTG-CTACTGGGGCTAGCTAAAAGCTTG--CAGACTG  997

seq1  CCGGGCAGAGATTAGCTGGTGTAGCGTGGGAACTTGGTGTCTTTTAAAAA  1046
      |  |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  C--GGCAGAGA-TAGCTTGTGTAGCGTGGGAACTTGATGTCTTTTAAAAA  1044

seq1  AATATTTCCCGC  1058
      ||   |||||||
seq2  AAATATTCCCGC  1056