BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-217B01
Chromosome7 (Build37)
Map Location 5,379,365 - 5,446,550
singlet/doubletdoublet
Overlap geneV1rd10, EG630071, EG665255
Upstream geneRdh13, Eps8l1, Ppp1r12c, Tnnt1, Tnni3, 6030429G01Rik, Syt5, Ptprh, LOC669557, Tmem86b, Saps1, EG628211, 1500019G21Rik, Brsk1, BC022651, Suv420h2, Cox6b2, 4930401F20Rik, Il11, 4930572D21Rik, 2210411K11Rik, Rpl28, Ube2s, D430041B17Rik, Isoc2b, Isoc2a, LOC384524, Zfp628, Nat14, A430110N23Rik, LOC665049, Gm1079, Gm1078, Zfp579, Fiz1, Zfp524, 6430526N21Rik, 4632433K11Rik, Zfp784, Zfp580, Ccdc106, U2af2, Epn1, Rfpl4, Rasl2-9, EG665126, V1rd5, V1rd3, EG665150, Nlrp2, EG272350, V1rd4, EG665163
Downstream geneEG636697, EG636705, LOC636731, LOC673215, V1rd2, LOC100041627, LOC100041637, V1rd1, LOC100041647, V1rd11, LOC100041666, V1rd6, EG384525, EG269859, Nlrp4c, Zfp787, Zfp444, Galp, Zfp371, EG627821, Zfp667, Zfp583, LOC100042467, LOC100042459, Zfp78, Zfp28, LOC100042450, Olfr1344, GA_x5J8B7W3DQU-679632-679375, Olfr1336, Olfr1346, Olfr5, Olfr1347
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-217B01.bB6Ng01-217B01.g
ACCGA033586GA033587
length311847
definitionB6Ng01-217B01.b B6Ng01-217B01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,446,268 - 5,446,550)(5,379,365 - 5,380,208)
sequence
aaatattaagattactttctcattgttattgaatgtttggaaagtaaact
ctgagggactaaatgcactgacgagtctacatcaggagacacatgtcttc
agctggatatgttgcagagaattgccttctcttacattactggaagggta
gctgcttggttctatggaggcttgatgacacagggtaaggaatgatagga
tgctgaggagtagtatatgggagggtggcagagcactctcatagtggcag
gggtagggaaaaggggatggggagttgagatttaaaatatcggaatgcgt
aataattccac
gaattctttgtttagctctgagccccattttttaatggggttatttgatt
ttctggagtccacctgttgagttctttatatacattggatattagtcccc
tatctgatttatgataggtaaagactcttcctctgagcatgactctgctc
catttaccaggaagaagtatgacaaactggtaggtgctcaagacacaggt
ggaagacaagtttgtgcttagagccaccaggcaaatgaagtaccaaattt
acaagagaggtcactgggggccttctatggaagaaatactgtactgctgt
ttggaattgccaagaggatgagattgaatgcactggccaccgctaagttt
gttactaagtcctgtatgggtgtgggttgacagtcaaaattacagggaaa
ttctggatgaacagaaggaagtttgccacagtcccaaccccaacttgaca
aagcaaaaatatatttatagccatttcctcctcggttttcagggttttat
tatgggacagcatggagatggcttcattagacaatggaataatgattaag
tttgacaatcctgtcttcaattgtctcctcaattatctaagtctttgaac
tgatttggagtccttttcccaaagaaatgtggaacaactatatgacactg
caggagctatgtctggaagacaatttgtagacattgatctagattaccaa
tttttacacttatctcactttaaattccttttatgaaggagatgtatata
tgatgcaactccatctctgtggtcaacaacattgacataaattttatggt
ctctgcatattgatacatggaacttttatagacagaagtgcattttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_5446268_5446550
seq2: B6Ng01-217B01.b_42_324 (reverse)

seq1  CAACTCCCCATCCCCTTTTCCCTACCCCTGCCACTATGAGAGTGCTCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCCCCATCCCCTTTTCCCTACCCCTGCCACTATGAGAGTGCTCTGC  50

seq1  CACCCTCCCATATACTACTCCTCAGCATCCTATCATTCCTTACCCTGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTCCCATATACTACTCCTCAGCATCCTATCATTCCTTACCCTGTGT  100

seq1  CATCAAGCCTCCATAGAACCAAGCAGCTACCCTTCCAGTAATGTAAGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAGCCTCCATAGAACCAAGCAGCTACCCTTCCAGTAATGTAAGAGA  150

seq1  AGGCAATTCTCTGCAACATATCCAGCTGAAGACATGTGTCTCCTGATGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAATTCTCTGCAACATATCCAGCTGAAGACATGTGTCTCCTGATGTA  200

seq1  GACTCGTCAGTGCATTTAGTCCCTCAGAGTTTACTTTCCAAACATTCAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCGTCAGTGCATTTAGTCCCTCAGAGTTTACTTTCCAAACATTCAAT  250

seq1  AACAATGAGAAAGTAATCTTAATATTTGAATTC  283
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGAGAAAGTAATCTTAATATTTGAATTC  283

seq1: chr7_5379365_5380208
seq2: B6Ng01-217B01.g_64_910

seq1  GAATTCTTTGTTTAGCTCTGAGCCCCATTTTTTAATGGGGTTATTTGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTTAGCTCTGAGCCCCATTTTTTAATGGGGTTATTTGATT  50

seq1  TTCTGGAGTCCACCTGTTGAGTTCTTTATATACATTGGATATTAGTCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGAGTCCACCTGTTGAGTTCTTTATATACATTGGATATTAGTCCCC  100

seq1  TATCTGATTTATGATAGGTAAAGACTCTTCCTCTGAGCATGACTCTGCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGATTTATGATAGGTAAAGACTCTTCCTCTGAGCATGACTCTGCTC  150

seq1  CATTTACCAGGAAGAAGTATGACAAACTGGTAGGTGCTCAAGACACAGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTACCAGGAAGAAGTATGACAAACTGGTAGGTGCTCAAGACACAGGT  200

seq1  GGAAGACAAGTTTGTGCTTAGAGCCACCAGGCAAATGAAGTACCAAATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGACAAGTTTGTGCTTAGAGCCACCAGGCAAATGAAGTACCAAATTT  250

seq1  ACAAGAGAGGTCACTGGGGGCCTTCTATGGAAGAAATACTGTACTGCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAGAGGTCACTGGGGGCCTTCTATGGAAGAAATACTGTACTGCTGT  300

seq1  TTGGAATTGCCAAGAGGATGAGATTGAATGCACTGGCCACCGCTAAGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAATTGCCAAGAGGATGAGATTGAATGCACTGGCCACCGCTAAGTTT  350

seq1  GTTACTAAGTCCTGTATGGGTGTGGGTTGACAGTCAAAATTACAGGGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTAAGTCCTGTATGGGTGTGGGTTGACAGTCAAAATTACAGGGAAA  400

seq1  TTCTGGATGAACAGAAGGAAGTTTGCCACAGTCCCAACCCCAACTTGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGATGAACAGAAGGAAGTTTGCCACAGTCCCAACCCCAACTTGACA  450

seq1  AAGCAAAAATATATTTATAGCCATTTCCTCCTCGGTTTTCAGGGTTTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAAAATATATTTATAGCCATTTCCTCCTCGGTTTTCAGGGTTTTAT  500

seq1  TATGGGACAGCATGGAGATGGCTTCATTAGACAATGGAATAATGATTAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGACAGCATGGAGATGGCTTCATTAGACAATGGAATAATGATTAAG  550

seq1  TTTGACAATCCTGTCTTCAATTGTCTCCTCAATTATCTAAGTCTTTGAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACAATCCTGTCTTCAATTGTCTCCTCAATTATCTAAGTCTTTGAAC  600

seq1  TGATTTGGAGTCCTTTTCCCAAAGAAATGTGGAACAACTATATGACACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTGGAGTCCTTTTCCCAAAGAAATGTGGAACAACTATATGACACTG  650

seq1  CAGGAGCTATGTCTGGAAGACAATTTGTAGACATTGATCTAGATTACCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGCTATGTCTGGAAGACAATTTGTAGACATTGATCTAGATTACCAA  700

seq1  -TTTTACACTTATCTCACTTTAAATTCC-TTTATGAAGGAGATGTATATA  748
       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTACACTTATCTCACTTTAAATTCCTTTTATGAAGGAGATGTATATA  750

seq1  TGATGCAACTCCATCTCTGTTGGTCAACAACA-TGACATAAATTTTATGG  797
      ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGATGCAACTCCATCTCTG-TGGTCAACAACATTGACATAAATTTTATGG  799

seq1  TCTCTGCATATTGATACAT-GAACATTTATAGACAGAAGTGCATTTTT  844
      ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCATATTGATACATGGAACTTTTATAGACAGAAGTGCATTTTT  847