BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-220A24
Chromosome7 (Build37)
Map Location 9,326,578 - 9,439,293
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042795, LOC100042060, EG665552, LOC100042790
Upstream geneLOC100042695, LOC100041956, LOC100041961, LOC100042703, LOC100041967, LOC100042724, LOC100041977, LOC100041983, LOC100041989, LOC100041998, LOC100042009, LOC100042754, V2r14, EG628128, EG434109, LOC434110, EG628145, EG545909, LOC100042039, LOC100042781, LOC665539
Downstream geneLOC100042803, LOC665598, LOC100042810, LOC665593, EG665582, EG434113, EG665577, LOC665571, LOC100042083, Gm1961, V2r4, LOC100042848, LOC100042096, LOC100042870, LOC100042105, LOC100042859, LOC100042113, LOC100042120, LOC100042126, LOC100042139, LOC100042894, Vmn2r47
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-220A24.bB6Ng01-220A24.g
ACCGA035717GA035718
length7951,119
definitionB6Ng01-220A24.b B6Ng01-220A24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,438,500 - 9,439,293)(9,326,578 - 9,327,705)
sequence
gaattcaactgccttatcaaactttttatttgtaagttaccatggggaaa
tctccatgaaagcaaaatgatgaataaaattgtaataattagagagttta
gttctgtaagaggaaatgaagcaagtgaatgagtgcaagatttgatgact
ctacacagaagttcagtagatatgatatttcatgatatccctagagcaac
cagtgagagtgattctaaaactagacacattcactataacccaatatttg
gtgggtatgtaccaattttacgtttgacacaattcctgaattattcgttc
agaaatatgatttttctttgatcttttgggtagaatttctctctttgatc
ttttgggtagaatttctctctggtctcattaaaatgatataaatcttggg
tgcaaaaatacatccaagcatccctgcactggatgccaagatggagaaga
tctccacagcaaccatgaccttgcccttggtgctgtggtagacagggagg
aaggtgacccagacactgaagaacactagcatgctgaaggtcaagaactt
ggcttcattgaatgtgtcaggcagattcttggccaagaaagccaaagtga
agcttcccagtgccaggcaggccaagtatccaaggacacagtagaatgca
gtaactgagcccttgttgcacacaatgatgatgtggccatggagagtgtg
tttcatcaatatcaacaaagggaggagaaactgctagccagattgcacat
agaacacactggagtagggaacatatgggataatgtagtttgggt
gaattctgaatccacaagatcctcgggtcctcatatgggctaccatatgt
tgcatctgctctcgaccagcaagaacgacatgacacagttggattctgtt
caacagcctttattgcaggaacgcctcgatgcttctatggggaccctggt
cacccagggagccctgcttatatgcaccccagcacaggagaaggctccgt
ggccccctggaattggtcagtctgccagcacccaatttgcatgcagtgca
aatttgcagtggtgttgtttataaaaacagcaaccagaaactggtgccat
cttggagttggcttcccacacttctgggggaatcaccattcctgacctta
agctgtacaacagagcaattgtgataaaaactgcatggtactggtatagc
aacatagaggtagatcaatggaatagaactgaagatgcagaaatgaaccc
acatatctatggtcacttaatctttgacaataaggtaaaaccatccagtg
gaaataagacagcattttcaaccaaaggtgatggatcaactagtggttag
catgtagggaatggtatatacaatatagggcaatgcttgtatgttaggta
aactcctttatgagaaaggcccaccttatgagtctgcttggggggcaaag
taattatgaaacagagagtgatagtgcaggaagactatgacatttttcac
tttgggaatctctcacaacaccttgggataaaggtgaagttaggaaagtt
cagccgatattttccacatggtgaatattttcacttatatgtagacatgt
tcaagttggctacagcaaagagaaaggtgagtgtgtactaacttattgat
ttataatacacagcagtaaacactgtcaagtggatacacattaacatatt
gaaatgaaaaaaatactttaacatcaagaaacaatttctaagttcctata
ttatgtttatttgacattttcccaattctttgaagaattcaaacatgcat
aaaatatacttatgtcatatcaggactattttctgaattaatgaatacaa
ctgttcttcatcactgtttgatattttttccttaatgaacaaatattttt
tcactgttgcctgtattac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_9438500_9439293
seq2: B6Ng01-220A24.b_46_840 (reverse)

seq1  ACCC-AACTACATTATCCCCATATGTTCCCTACTCCAGTGTGTTCTATGT  49
      |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAACTACATTAT-CCCATATGTTCCCTACTCCAGTGTGTTCTATGT  49

seq1  GCAATCTGGCTAGCAGTTTCTCCTCCCTTTGTTGATATTGATG-AACACA  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GCAATCTGGCTAGCAGTTTCTCCTCCCTTTGTTGATATTGATGAAACACA  99

seq1  CTCTCCATGGCCACATCATCATTGTGTGCAACAAGGGCTCAGTTACTGCA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCATGGCCACATCATCATTGTGTGCAACAAGGGCTCAGTTACTGCA  149

seq1  TTCTACTGTGTCCTTGGATACTTGGCCTGCCTGGCACTGGGAAGCTTCAC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACTGTGTCCTTGGATACTTGGCCTGCCTGGCACTGGGAAGCTTCAC  199

seq1  TTTGGCTTTCTTGGCCAAGAATCTGCCTGACACATTCAATGAAGCCAAGT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTTTCTTGGCCAAGAATCTGCCTGACACATTCAATGAAGCCAAGT  249

seq1  TCTTGACCTTCAGCATGCTAGTGTTCTTCAGTGTCTGGGTCACCTTCCTC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGACCTTCAGCATGCTAGTGTTCTTCAGTGTCTGGGTCACCTTCCTC  299

seq1  CCTGTCTACCACAGCACCAAGGGCAAGGTCATGGTTGCTGTGGAGATCTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTACCACAGCACCAAGGGCAAGGTCATGGTTGCTGTGGAGATCTT  349

seq1  CTCCATCTTGGCATCCAGTGCAGGGATGCTTGGATGTATTTTTGCACCCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATCTTGGCATCCAGTGCAGGGATGCTTGGATGTATTTTTGCACCCA  399

seq1  AGATTTATATCATTTTAATGAGACCAGAGAGAAATTCTACCCAAAAGATC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTATATCATTTTAATGAGACCAGAGAGAAATTCTACCCAAAAGATC  449

seq1  AAAGAGAGAAATTCTACCCAAAAGATCAAAGAAAAATCATATTTCTGAAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAGAAATTCTACCCAAAAGATCAAAGAAAAATCATATTTCTGAAC  499

seq1  GAATAATTCAGGAATTGTGTCAAACGTAAAATTGGTACATACCCACCAAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAATTCAGGAATTGTGTCAAACGTAAAATTGGTACATACCCACCAAA  549

seq1  TATTGGGTTATAGTGAATGTGTCTAGTTTTAGAATCACTCTCACTGGTTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGGTTATAGTGAATGTGTCTAGTTTTAGAATCACTCTCACTGGTTG  599

seq1  CTCTAGGGATATCATGAAGTATCATATCTACTGAACTTCTGTGTAGAGTC  648
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGGGATATCATGAAATATCATATCTACTGAACTTCTGTGTAGAGTC  649

seq1  ATCAAATCTTGCACTCATTCACTTGCTTCATTTCCTCTTACAGAACTAAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAATCTTGCACTCATTCACTTGCTTCATTTCCTCTTACAGAACTAAA  699

seq1  CTCTCTAATTATTACAATTTTATTCATCATTTTGCTTTCATGGAGATTTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTAATTATTACAATTTTATTCATCATTTTGCTTTCATGGAGATTTC  749

seq1  CCCATGGTAACTCACAAATAAAAAGTTTGATAAGGCAGTTGAATTC  794
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGGTAACTTACAAATAAAAAGTTTGATAAGGCAGTTGAATTC  795

seq1: chr7_9326578_9327705
seq2: B6Ng01-220A24.g_66_1184

seq1  GAATTCTGAATCCACAAGATCCTCGGGTCCTCATATGGGCTACCATATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAATCCACAAGATCCTCGGGTCCTCATATGGGCTACCATATGT  50

seq1  TGCATCTGCTCTCGACCAGCAAGAACGACATGACACAGTTGGATTCTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCTGCTCTCGACCAGCAAGAACGACATGACACAGTTGGATTCTGTT  100

seq1  CAACAGCCTTTATTGCAGGAACGCCTCGATGCTTCTATGGGGACCCTGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGCCTTTATTGCAGGAACGCCTCGATGCTTCTATGGGGACCCTGGT  150

seq1  CACCCAGGGAGCCCTGCTTATATGCACCCCAGCACAGGAGAAGGCTCCGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAGGGAGCCCTGCTTATATGCACCCCAGCACAGGAGAAGGCTCCGT  200

seq1  GGCCCCCTGGAATTGGTCAGTCTGCCAGCACCCAATTTGCATGCAGTGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCCCTGGAATTGGTCAGTCTGCCAGCACCCAATTTGCATGCAGTGCA  250

seq1  AATTTGCAGTGGTGTTGTTTATAAAAACAGCAACCAGAAACTGGTGCCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGCAGTGGTGTTGTTTATAAAAACAGCAACCAGAAACTGGTGCCAT  300

seq1  CTTGGAGTTGGCTTCCCACACTTCTGGGGGAATCACCATTCCTGACCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAGTTGGCTTCCCACACTTCTGGGGGAATCACCATTCCTGACCTTA  350

seq1  AGCTGTACAACAGAGCAATTGTGATAAAAACTGCATGGTACTGGTATAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTACAACAGAGCAATTGTGATAAAAACTGCATGGTACTGGTATAGC  400

seq1  AACATAGAGGTAGATCAATGGAATAGAACTGAAGATGCAGAAATGAACCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAGAGGTAGATCAATGGAATAGAACTGAAGATGCAGAAATGAACCC  450

seq1  ACATATCTATGGTCACTTAATCTTTGACAATAAGGTAAAACCATCCAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATCTATGGTCACTTAATCTTTGACAATAAGGTAAAACCATCCAGTG  500

seq1  GAAATAAGACAGCATTTTCAACCAAAGGTGATGGATCAACTAGTGGTTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAAGACAGCATTTTCAACCAAAGGTGATGGATCAACTAGTGGTTAG  550

seq1  CATGTAGGGAATGGTATATACAATATAGGGCAATGCTTGTATGTTAGGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAGGGAATGGTATATACAATATAGGGCAATGCTTGTATGTTAGGTA  600

seq1  AACTCCTTTATGAGAAAGGCCCACCTTATGAGTCTGCTTGGGGGGCAAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCTTTATGAGAAAGGCCCACCTTATGAGTCTGCTTGGGGGGCAAAG  650

seq1  TAATTATGAAACAGAGAGTGATAGTGCAGGAAGACTATGACATTTTTCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTATGAAACAGAGAGTGATAGTGCAGGAAGACTATGACATTTTTCAC  700

seq1  TTTGGGAATCTCTCACAACACCTTGGGATAAAGGTGAAGTTAGGAAAGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGAATCTCTCACAACACCTTGGGATAAAGGTGAAGTTAGGAAAGTT  750

seq1  CAGCCGATATTTTCCACATGGTAAATATTTTCACTTATATGTAGACATGT  800
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCGATATTTTCCACATGGTGAATATTTTCACTTATATGTAGACATGT  800

seq1  TCAAGTTGGCTACAGCAAAGAGAAAGGTGAGTGTGTACTAACTTATTGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTTGGCTACAGCAAAGAGAAAGGTGAGTGTGTACTAACTTATTGAT  850

seq1  TTATAATACACAGCAGTAAACACTGTCAAGTGGATACACATTAACATATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATACACAGCAGTAAACACTGTCAAGTGGATACACATTAACATATT  900

seq1  GAAATGAAAAAAATACTTTAACATCAAGAAACAATTTCTAAGTTCCTATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGAAAAAAATACTTTAACATCAAGAAACAATTTCTAAGTTCCTATA  950

seq1  TTATGTTTATTTTGACATTTTCCCCAATTCTTTGAAG-ATTCAAACATGC  999
      ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTATGTTTA-TTTGACATTTT-CCCAATTCTTTGAAGAATTCAAACATGC  998

seq1  ATAAAATATACCTATGTCATATCAGAACTATTTTCTGAAATTTAATGAAT  1049
      ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||
seq2  ATAAAATATACTTATGTCATATCAGGACTATTTTCTGAA--TTAATGAAT  1046

seq1  ACAAACTGTTCTTCATCACTGTTTGATATTCTTTCCTTTAAATTAAACAA  1099
      || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||   | | |||||
seq2  AC-AACTGTTCTTCATCACTGTTTGATATTTTTTCCTT---AATGAACAA  1092

seq1  AATATTTTTCACTTTGTTGCTGTTATTAC  1128
      |   ||||||||  ||||||   ||||||
seq2  ATATTTTTTCAC--TGTTGCCTGTATTAC  1119