BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-220I09
Chromosome7 (Build37)
Map Location 77,389,187 - 77,519,940
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNr2f2, LOC100042833
Upstream geneEG665410
Downstream geneB130024G19Rik, LOC100042838, LOC665486, LOC100041957
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-220I09.bB6Ng01-220I09.g
ACCGA036059GA036060
length4771,149
definitionB6Ng01-220I09.b B6Ng01-220I09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,389,187 - 77,389,669)(77,518,793 - 77,519,940)
sequence
aaagattcctcagagagttagaagaactttctccaaaggcagtctcacct
ttgtcagattgatccaggccccagagacgtacctctgaccacattgtgaa
atctcttcctccacctacacctacagaaaagccattgatactgccagttc
tgtgaagactgcctaggcccatgggctggaccttactctgaaatgatagc
atttgaatccaaggattcaagtttccaaatacttgattttctaatcatac
ccatatggcgtatatgtattgtacttgaaggtattgcttagtgtagaagt
aacagtaagcaatcttaggaagtattgcgactggcaatattcaaatcttt
aagctctttgcaaggcatccttctcacagatcttgccaatcatcccacca
cttactaagcattgctgagatgaccctatggataagcgaataggtaggtg
aaggagagaggggaagggagggagaga

gaattctaagggtccctgtctgtctgtctgtctgtttgtttgtttgtttt
ggtagggttttgttttagctaccatatgtagtattactttgtttattttg
cttgaaggaaagaggctttaaactgctcattactgactagacatacaagt
ctgaattaaaatattacataatattttatttcattatttaatataattta
tataaacaatatagtttatatgattatacccataaatatattattaactt
aattattaataagataaagtattaattaaagtaaataatataatttatat
aattatttaatatagatgatactaatgtttttacttctataagcaagatc
attggaaacatttttaatttcaaacatttactttgttaacaaataagaca
gtaactgaagataaatggccatctagtttattgtcagaagcaatagggca
gaagtacataaacccaggccatgtctgagatatgccctattttaatgtat
ctaagatagagttgcttcagtcttattaggaaaacttttttgtgttgctg
aaacctcaaagcaaacatcttatctcttgtccataattagaaactttatt
cgctgctctttagaggggctcgataattctgatctttaaagtacataagg
ataaaagacatttgcagagtaaatagaaatagtccacagctttccgatta
tacattcatccacactacatcagtgtcgattttaagacttgtttagaaag
aagcaggggctggagagatggctcagttgttaagaacacttgcctctttt
gcagaggatcagagtttgattcccagcacccaagtggggttgttcacaac
tttcctataactctgggtactggatccccttttatagcctctacaggcag
taacacacacgtgcacaaaaatatgtataaatataaatatgcagatgagg
gcatccctttttgtccaaaccctgggcatgatcactagtttcgtcagtaa
ctgagaccactgagctgtaacaatcttggaaagatcagacagctctcatt
tgacttcaactaaaataagaaaattggattttgcaagatattacatgatt
tggagtcattaaggttaacccaaattccacttgggggtggaatcaatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_77389187_77389669
seq2: B6Ng01-220I09.b_48_530

seq1  GAATTCAAAGATTCCTCAGAGAGTTAGAAGAACTTTCTCCAAAGGCAGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGATTCCTCAGAGAGTTAGAAGAACTTTCTCCAAAGGCAGTC  50

seq1  TCACCTTTGTCAGATTGATCCAGGCCCCAGAGACGTACCTCTGACCACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTTTGTCAGATTGATCCAGGCCCCAGAGACGTACCTCTGACCACAT  100

seq1  TGTGAAATCTCTTCCTCCACCTACACCTACAGAAAAGCCATTGATACTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAATCTCTTCCTCCACCTACACCTACAGAAAAGCCATTGATACTGC  150

seq1  CAGTTCTGTGAAGACTGCCTAGGCCCATGGGCTGGACCTTACTCTGAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTGTGAAGACTGCCTAGGCCCATGGGCTGGACCTTACTCTGAAAT  200

seq1  GATAGCATTTGAATCCAAGGATTCAAGTTTCCAAATACTTGATTTTCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCATTTGAATCCAAGGATTCAAGTTTCCAAATACTTGATTTTCTAA  250

seq1  TCATACCCATATGGCGTATATGTATTGTACTTGAAGGTATTGCTTAGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACCCATATGGCGTATATGTATTGTACTTGAAGGTATTGCTTAGTGT  300

seq1  AGAAGTAACAGTAAGCAATCTTAGGAAGTATTGCGACTGGCAATATTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTAACAGTAAGCAATCTTAGGAAGTATTGCGACTGGCAATATTCAA  350

seq1  ATCTTTAAGCTCTTTGCAAGGCATCCTTCTCACAGATCTTGCCAATCATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTAAGCTCTTTGCAAGGCATCCTTCTCACAGATCTTGCCAATCATC  400

seq1  CCACCACTTACTAAGCATTGCTGAGATGACCCTATGGATAAGCGAATAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCACTTACTAAGCATTGCTGAGATGACCCTATGGATAAGCGAATAGG  450

seq1  TAGGTGAAGGAGAGAGGGGAAGGGAGGGAGAGA  483
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGAAGGAGAGAGGGGAAGGGAGGGAGAGA  483


seq1: chr7_77518793_77519940
seq2: B6Ng01-220I09.g_67_1215 (reverse)

seq1  CCATTGATTCCCCACCCCCAGGTG--ATTTTGGTTAA-CTTAATGACCTT  47
      |||||||||  ||||||||| |||  |||| |||||| |||||||||  |
seq2  CCATTGATT--CCACCCCCAAGTGGAATTTGGGTTAACCTTAATGAC--T  46

seq1  CAAAATCATGTATTATCTTGCAAAAATCTATATTTCTTATATAAGTTGAA  97
      | |||||||||| |||||||| |||||| |  |||||||| | |||||||
seq2  CCAAATCATGTAATATCTTGC-AAAATCCAATTTTCTTATTTTAGTTGAA  95

seq1  GTCAAATGAGAGCTGTCTGATCTTTCAAAGATTG-TACAGCTCAGTGGTC  146
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  GTCAAATGAGAGCTGTCTGATCTTTCCAAGATTGTTACAGCTCAGTGGTC  145

seq1  TTCAGTTACTGACG-AACTAGTGATCATGCCCAGGGTTTGGACAAAAA-G  194
       ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  -TCAGTTACTGACGAAACTAGTGATCATGCCCAGGGTTTGGACAAAAAGG  194

seq1  GATGCCCTCATCTGCATATTTATATTTATACATATTTTTGTGCACGTGTG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCCTCATCTGCATATTTATATTTATACATATTTTTGTGCACGTGTG  244

seq1  TGTTACTGCCTGTAGAGGCTATAAAAGGGGATCCAGTACCCAGAGTTATA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACTGCCTGTAGAGGCTATAAAAGGGGATCCAGTACCCAGAGTTATA  294

seq1  GG-AAGTTGTGAACAACCCCACTTGGGTGCTGGGAATCAAACTCTGATCC  343
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGTTGTGAACAACCCCACTTGGGTGCTGGGAATCAAACTCTGATCC  344

seq1  TCTGCAAAAGAGGCAAGTGTTCTTAACAACTGAGCCATCTCTCCAGCCCC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAAAAGAGGCAAGTGTTCTTAACAACTGAGCCATCTCTCCAGCCCC  394

seq1  TGCTTCTTTCTAAACAAGTCTTAAAATCGACACTGATGTAGTGTGGATGA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTTTCTAAACAAGTCTTAAAATCGACACTGATGTAGTGTGGATGA  444

seq1  ATGTATAATCGGAAAGCTGTGGACTATTTCTATTTACTCTGCAAATGTCT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATAATCGGAAAGCTGTGGACTATTTCTATTTACTCTGCAAATGTCT  494

seq1  TTTATCCTTATGTACTTTAAAGATCAGAATTATCGAGCCCCTCTAAAGAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCCTTATGTACTTTAAAGATCAGAATTATCGAGCCCCTCTAAAGAG  544

seq1  CAGCGAATAAAGTTTCTAATTATGGACAAGAGATAAGATGTTTGCTTTGA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGAATAAAGTTTCTAATTATGGACAAGAGATAAGATGTTTGCTTTGA  594

seq1  GGTTTCAGCAACACAAAAAAGTTTTCCTAATAAGACTGAAGCAACTCTAT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCAGCAACACAAAAAAGTTTTCCTAATAAGACTGAAGCAACTCTAT  644

seq1  CTTAGATACATTAAAATAGGGCATATCTCAGACATGGCCTGGGTTTATGT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGATACATTAAAATAGGGCATATCTCAGACATGGCCTGGGTTTATGT  694

seq1  ACTTCTGCCCTATTGCTTCTGACAATAAACTAGATGGCCATTTATCTTCA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTGCCCTATTGCTTCTGACAATAAACTAGATGGCCATTTATCTTCA  744

seq1  GTTACTGTCTTATTTGTTAACAAAGTAAATGTTTGAAATTAAAAATGTTT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTGTCTTATTTGTTAACAAAGTAAATGTTTGAAATTAAAAATGTTT  794

seq1  CCAATGATCTTGCTTATAGAAGTAAAAACATTAGTATCATCTATATTAAA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGATCTTGCTTATAGAAGTAAAAACATTAGTATCATCTATATTAAA  844

seq1  TAATTATATAAATTATATTATTTACTTTAATTAATACTTTATCTTATTAA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTATATAAATTATATTATTTACTTTAATTAATACTTTATCTTATTAA  894

seq1  TAATTAAGTTAATAATATATTTATGGGTATAATCATATAAACTATATTGT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAAGTTAATAATATATTTATGGGTATAATCATATAAACTATATTGT  944

seq1  TTATATAAATTATATTAAATAATGAAATAAAATATTATGTAATATTTTAA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATAAATTATATTAAATAATGAAATAAAATATTATGTAATATTTTAA  994

seq1  TTCAGACTTGTATGTCTAGTCAGTAATGAGCAGTTTAAAGCCTCTTTCCT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGACTTGTATGTCTAGTCAGTAATGAGCAGTTTAAAGCCTCTTTCCT  1044

seq1  TCAAGCAAAATAAACAAAGTAATACTACATATGGTAGCTAAAACAAAACC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCAAAATAAACAAAGTAATACTACATATGGTAGCTAAAACAAAACC  1094

seq1  CTACCAAAACAAACAAACAAACAGACAGACAGACAGACAGGGACCCTTAG  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCAAAACAAACAAACAAACAGACAGACAGACAGACAGGGACCCTTAG  1144

seq1  AATTC  1148
      |||||
seq2  AATTC  1149


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |