BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-220M05
Chromosome7 (Build37)
Map Location 98,971,935 - 99,120,864
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDlg2
Upstream genenone
Downstream geneCcdc90b, Ankrd42, Pcf11, LOC676240, LOC100040007, 4632427E13Rik, Rab30, 4632434I11Rik, Prcp
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-220M05.bB6Ng01-220M05.g
ACCGA036240GA036241
length1,1421,140
definitionB6Ng01-220M05.b B6Ng01-220M05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(98,971,935 - 98,973,075)(99,119,744 - 99,120,864)
sequence
gaattctctctgctgccttctttgcctacctgggctctgttgatgagggc
acttttctttacccagcctgctaattcacatgttaattcttttggaaata
ccctcaaagatacatccagaaatagtgttttacaagtattctggctatct
ttagcctagccatactgatatgtaaaactaaccatcacaatgaccaagaa
tttgttttgctatatttggatttgtaaatcataatctggatttgaaattt
ttcagcagaagtgacaccaatcctttctttgctttgcattggataaacta
agccaccattacatacagagtccacaaattgaattgcaagacattgctgg
acagtgctaaaacaaccaacacaaaagtcatgggcccaaaacccaggtta
atagcaaggatccaataccatcctttgcttacagtcattgaactgtcatt
aggaaatcatggtttccagaggttagtaaagagttcaaggttgtaagaga
acagcaggagtcctttttcctttgaatatgatacaattttcctgccaaaa
gctaacaagtactcataagatcttagtaatgagaaagagacaattagtat
cttaatattcaattttggtaactaaaatatgacttcataaagtataacca
atgggtttattccactctctatgtggcgagtgtttaaataagtcttttga
ggagatgcatgcaaccactgatagagcatttgctaccgtggttcctatcc
actttgattttaccagagctaaagggaaattggaagattaaatcttcaag
tccccaaacagctgaaagagttcttgctttaatctttttccctttatagt
ttttatcttgatgcttttattcagtagtatgctaataagatgtacagaat
aaagacaattttttctctcagaataatgtgtatatgtatttaacatataa
tacataagcatacatgtgtgagtatatgtgtgaacctatattcatatgta
aatattttgttcatattatttaatacataattcatgcattgtgtaatgta
acatatccctatatacatatacatcattttaggtatctaatattatatat
gtaccacatagattattattcatgattggatagctcttagag

gaattctgttagattcaggacttcaattcaggactggagagatggcttgc
cagttaagagtacttgcttctgagtttagtttttagcatccacatcatgt
ggatttgctaccttctgtaactttagttctaggggattctacaacttctg
cttacctcagcagacatatacacacaagtggcaagcacacatagacatgt
aaaaaattaaatgaatcttaaaaatttttatcctaaagatctttggcatt
taaaaaggataagaactgacacaaaactctcaaatttttcttttctaggc
aagggcataataactgctattaattatgataattattttataaaagaagg
aaactttaacaccagtgtatataacctcaaggttatgaaacaactaatag
tgttgcctttttggaaaaatgtccaggaacagggggaataggcactgctt
tacataatttttaaattcaatgtaaaagttttagatttctagtgcccatg
gtctagtaggaaatattgaatataatgaatgtaatactgaatctgtgttt
tagcaagtatttttagtccatggaaagcttacagccgggggatacaaggc
agggcacagcaattctgacccagtggcaagaggaagtgtgcataggtatg
agccgatagaactttctttacaatttttgctggtaccagccattcagaag
atttttgtgtaattattagcaagaatatattgcatgggaacataaaagga
gtcaaagaaagaagtaagacaatgaggcatacatactgtggggacaacta
tactccagagagattatctatctgcaagaacattctgtatgactctaaag
ttggttagaaattacaataagtataaggcactctatatagataatatcta
ccatggattttattacaggttgcacatgattctaggttgcttgtttttat
ttttctcatttaatcatacaatcccctgagactcaactcctcttcccttg
cagagacgaagaaactgaagttggaagttgttaaggggattaaccatggg
ccaccagataggccaggcgctaagagaataggctcacctgacctgggtca
aactttatatagctcaggtaggacctcaacagattccttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_98971935_98973075
seq2: B6Ng01-220M05.b_43_1184

seq1  GAATTCTCTCTGCTGCCTTCTTTGCCTACCTGGGCTCTGTTGATGAGGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCTGCTGCCTTCTTTGCCTACCTGGGCTCTGTTGATGAGGGC  50

seq1  ACTTTTCTTTACCCAGCCTGCTAATTCACATGTTAATTCTTTTGGAAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTCTTTACCCAGCCTGCTAATTCACATGTTAATTCTTTTGGAAATA  100

seq1  CCCTCAAAGATACATCCAGAAATAGTGTTTTACAAGTATTCTGGCTATCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAAAGATACATCCAGAAATAGTGTTTTACAAGTATTCTGGCTATCT  150

seq1  TTAGCCTAGCCATACTGATATGTAAAACTAACCATCACAATGACCAAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCCTAGCCATACTGATATGTAAAACTAACCATCACAATGACCAAGAA  200

seq1  TTTGTTTTGCTATATTTGGATTTGTAAATCATAATCTGGATTTGAAATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTGCTATATTTGGATTTGTAAATCATAATCTGGATTTGAAATTT  250

seq1  TTCAGCAGAAGTGACACCAATCCTTTCTTTGCTTTGCATTGGATAAACTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCAGAAGTGACACCAATCCTTTCTTTGCTTTGCATTGGATAAACTA  300

seq1  AGCCACCATTACATACAGAGTCCACAAATTGAATTGCAAGACATTGCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACCATTACATACAGAGTCCACAAATTGAATTGCAAGACATTGCTGG  350

seq1  ACAGTGCTAAAACAACCAACACAAAAGTCATGGGCCCAAAACCCAGGTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGCTAAAACAACCAACACAAAAGTCATGGGCCCAAAACCCAGGTTA  400

seq1  ATAGCAAGGATCCAATACCATCCTTTGCTTACAGTCATTGAACTGTCATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAAGGATCCAATACCATCCTTTGCTTACAGTCATTGAACTGTCATT  450

seq1  AGGAAATCATGGTTTCCAGAGGTTAGTAAAGAGTTCAAGGTTGTAAGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATCATGGTTTCCAGAGGTTAGTAAAGAGTTCAAGGTTGTAAGAGA  500

seq1  ACAGCAGGAGTCCTTTTTCCTTTGAATATGATACAATTTTCCTGCCAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGGAGTCCTTTTTCCTTTGAATATGATACAATTTTCCTGCCAAAA  550

seq1  GCTAACAAGTACTCATAAGATCTTAGTAATGAGAAAGAGACAATTAGTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACAAGTACTCATAAGATCTTAGTAATGAGAAAGAGACAATTAGTAT  600

seq1  CTTAATATTCAATTTTGGTAACTAAAATATGACTTCATAAAGTATAACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATATTCAATTTTGGTAACTAAAATATGACTTCATAAAGTATAACCA  650

seq1  ATGGGTTTATTCCACTCTCTATGTGGCGAGTGTTTAAATAAGTCTTTTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTTTATTCCACTCTCTATGTGGCGAGTGTTTAAATAAGTCTTTTGA  700

seq1  GGAGATGCATGCAACCACTGATAGAGCATTTGCTACCGTGGTTCCTATCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGCATGCAACCACTGATAGAGCATTTGCTACCGTGGTTCCTATCC  750

seq1  ACTTTGATTTTACCAGAGCTAAAGGGAAATTGGAAGATTAAATCTTCAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGATTTTACCAGAGCTAAAGGGAAATTGGAAGATTAAATCTTCAAG  800

seq1  TCCCCAAACAGCTGAAAGAGTTCTTGCTTTAATCTTTTTCCCTTTATAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAAACAGCTGAAAGAGTTCTTGCTTTAATCTTTTTCCCTTTATAGT  850

seq1  TTTTATCTTGATGCTTTTATTCAGTAGTATGCTAATAAGATGTACAGAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATCTTGATGCTTTTATTCAGTAGTATGCTAATAAGATGTACAGAAT  900

seq1  AAAGACAATTTTTTCTCTCAGAATAATGTGTATATGTATTTAACATATAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACAATTTTTTCTCTCAGAATAATGTGTATATGTATTTAACATATAA  950

seq1  TACATAAGCATACATGTGTGAGTATATGTGTGAACCTATATTCATATGTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAAGCATACATGTGTGAGTATATGTGTGAACCTATATTCATATGTA  1000

seq1  AATATTTTGTTCATA-TATTTAATACATTATTTCATTGCATTGTGT-ATG  1048
      ||||||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||| |||
seq2  AATATTTTGTTCATATTATTTAATACA-TAATTCA-TGCATTGTGTAATG  1048

seq1  T-ACATAT-CCTATATACATATACATTCATTTTAGTTATCTATATTTATA  1096
      | |||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||   |||||
seq2  TAACATATCCCTATATACATATACA-TCATTTTAGGTATCTAATATTATA  1097

seq1  TATGTA-CACATAGATAATATATCAATGAATGGATAGCTCTAAGAG  1141
      |||||| ||||||||| || |||  |||| ||||||||||| ||||
seq2  TATGTACCACATAGATTAT-TATTCATGATTGGATAGCTCTTAGAG  1142


seq1: chr7_99119744_99120864
seq2: B6Ng01-220M05.g_66_1205 (reverse)

seq1  AAAGG-ATCTG-TGA-GTCCTA-CTGAGC--TATAAAG-TTGACC--AGT  41
      ||||| ||||| ||| |||||| ||||||  ||||||| ||||||   ||
seq2  AAAGGAATCTGTTGAGGTCCTACCTGAGCTATATAAAGTTTGACCCAGGT  50

seq1  CAGGTGAGCCCTATCTC-TAGCG-CTGG-CTATCT-GTGG-CCATGGTTA  86
      ||||||||||   |||| ||||| |||| |||||| |||| |||||||||
seq2  CAGGTGAGCCTATTCTCTTAGCGCCTGGCCTATCTGGTGGCCCATGGTTA  100

seq1  AT-CCCTTAACAACTTCACACTTCAGTTTCTTCGTCTCTGCAAGGGAAGA  135
      || ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCTTAACAACTTCCAACTTCAGTTTCTTCGTCTCTGCAAGGGAAGA  150

seq1  GGAGTTGAGTCTCAGGGGATTGTATGATTAAATGAGAAAA--TAAAACAA  183
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||
seq2  GGAGTTGAGTCTCAGGGGATTGTATGATTAAATGAGAAAAATAAAAACAA  200

seq1  GCAACCTAGAATCATGTGCAACCTGTAAT-AAATCCATGGTAGATATTAT  232
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GCAACCTAGAATCATGTGCAACCTGTAATAAAATCCATGGTAGATATTAT  250

seq1  CTATATAGAGTGCCTTATACTTATTGTAATTTCTAACCAACTTTAGAGTC  282
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATAGAGTGCCTTATACTTATTGTAATTTCTAACCAACTTTAGAGTC  300

seq1  ATACAGAATGTTCTTGCAGATAGATAATCTCTCTGGAGTATAGTTGT-CC  331
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATACAGAATGTTCTTGCAGATAGATAATCTCTCTGGAGTATAGTTGTCCC  350

seq1  CACAGTATGTATGCCTCATTGTCTTACTTCTTTCTTTGACTCCTTTTATG  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTATGTATGCCTCATTGTCTTACTTCTTTCTTTGACTCCTTTTATG  400

seq1  TTCCCATGCAATATATTCTTGCTAATAATTACACAAAAATCTTCTGAATG  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCATGCAATATATTCTTGCTAATAATTACACAAAAATCTTCTGAATG  450

seq1  GCTGGTACCAGCAAAAATTGTAAAGAAAGTTCTATCGGCTCATACCTATG  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTACCAGCAAAAATTGTAAAGAAAGTTCTATCGGCTCATACCTATG  500

seq1  CACACTTCCTCTTGCCACTGGGTCAGAATTGCTGTGCCCTGCCTTGTATC  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTTCCTCTTGCCACTGGGTCAGAATTGCTGTGCCCTGCCTTGTATC  550

seq1  CCCCGGCTGTAAGCTTTCCATGGACTAAAAATACTTGCTAAAACACAGAT  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGGCTGTAAGCTTTCCATGGACTAAAAATACTTGCTAAAACACAGAT  600

seq1  TCAGTATTACATTCATTATATTCAATATTTCCTACTAGACCATGGGCACT  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTATTACATTCATTATATTCAATATTTCCTACTAGACCATGGGCACT  650

seq1  AGAAATCTAAAACTTTTACATTGAATTTAAAAATTATGTAAAGCAGTGCC  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATCTAAAACTTTTACATTGAATTTAAAAATTATGTAAAGCAGTGCC  700

seq1  TATTCCCCCTGTTCCTGGACATTTTTCCAAAAAGGCAACACTATTAGTTG  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCCCCTGTTCCTGGACATTTTTCCAAAAAGGCAACACTATTAGTTG  750

seq1  TTTCATAACCTTGAGGTTATATACACTGGTGTTAAAGTTTCCTTCTTTTA  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATAACCTTGAGGTTATATACACTGGTGTTAAAGTTTCCTTCTTTTA  800

seq1  TAAAATAATTATCATAATTAATAGCAGTTATTATGCCCTTGCCTAGAAAA  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAATTATCATAATTAATAGCAGTTATTATGCCCTTGCCTAGAAAA  850

seq1  GAAAAATTTGAGAGTTTTGTGTCAGTTCTTATCCTTTTTAAATGCCAAAG  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATTTGAGAGTTTTGTGTCAGTTCTTATCCTTTTTAAATGCCAAAG  900

seq1  ATCTTTAGGATAAAAATTTTTAAGATTCATTTAATTTTTTACATGTCTAT  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTAGGATAAAAATTTTTAAGATTCATTTAATTTTTTACATGTCTAT  950

seq1  GTGTGCTTGCCACTTGTGTGTATATGTCTGCTGAGGTAAGCAGAAGTTGT  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTTGCCACTTGTGTGTATATGTCTGCTGAGGTAAGCAGAAGTTGT  1000

seq1  AGAATCCCCTAGAACTAAAGTTACAGAAGGTAGCAAATCCACATGATGTG  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCCCCTAGAACTAAAGTTACAGAAGGTAGCAAATCCACATGATGTG  1050

seq1  GATGCTAAAAACTAAACTCAGAAGCAAGTACTCTTAACTGGCAAGCCATC  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTAAAAACTAAACTCAGAAGCAAGTACTCTTAACTGGCAAGCCATC  1100

seq1  TCTCCAGTCCTGAATTGAAGTCCTGAATCTAACAGAATTC  1121
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGTCCTGAATTGAAGTCCTGAATCTAACAGAATTC  1140


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |