BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-220P19
Chromosome7 (Build37)
Map Location 38,326,079 - 38,402,430
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZfp536
Upstream geneTshz3, LOC100043874
Downstream geneLOC100043453, EG627844, C80913, Ccne1, 1600014C10Rik, Plekhf1, Pop4, LOC668519, LOC100043464, 1700010N08Rik, EG627975, EG625594, EG627983, EG434171, LOC100043467
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-220P19.bB6Ng01-220P19.g
ACCGA036406GA036407
length6031,171
definitionB6Ng01-220P19.b B6Ng01-220P19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,401,828 - 38,402,430)(38,326,079 - 38,327,243)
sequence
gaattctagatggagagtctaaaagtagtcagcttactattcacgcctag
acgcagtgctgaaaaccaccagggtgaatgtgagcttgggaatattgtta
tgatcctttccttgggggacacataagtaaagcccatccaccccctcctc
ctaagatcccaacaacaaacatacagttgccatcaaagttcagcctgggg
acccaatgagtttattaggtttcctaacaaggcagaggtgaggggttaca
gacaggagcatggttagccttaaagcagccatactggaagtctgtaccca
gcagagaaaacaactccttctgtggctgtgtagatgaagcccctttccct
agtccttccccacctatatacgtcagcatcttccctgaggcctgaaggcc
actctcagttagggcagaactgtaagcaacttagttgggaggggtggttg
ggcacttgggtgaaagtcccatgaccctcctgacccttccttttatgagg
aaatgtctacagtcaagaagcccagctgtgatgaccttttgtgagtagac
ttctgaagatggtggcagtttgattgcagggtgggttggaggttagggag
gga

gaattctgtacatgggaccctcacttcatagggccctgcatggccaaggg
tataagacagagctgaggacaggcttgaaaaatggcatcatcatgtgacc
atgaccttgccaaagccacccagacagatgtcattaatacatgctgcatg
tctgacataatctcccacttccatgatgcaagaggctaggggaacacttt
gacaggagcgctctttacctaggagctggctgcaaagttaggccctttgc
tttggaggggaaaaaatgttcttgtttttattttatcatctagctcgaac
ttaattcatcttgatgagaacttcattttgcaaacccaggagaatataat
tgaaggtgttttgttgttgttgttgttttgttttgctttttttttaagtc
caggctcagttctaactggggatgaggaattaataaaagcagaaaaagac
aagactcttggacaactataattatgatgccagaacttcccccaaagcta
acaggagtggtgaagatagtcagggcaaggtcaggcagctgatgtacagg
catctgatgtacaggctgctgatgtacaggcagctgatgtacaggctgat
gaatacaggtggctgatgtacaggctgctgatgtacaggctgctgatgta
caggctgctgatgtacaggcagctgatgtacaggctgctgatgtacaggc
agctgatgtacaggtggctgatgtacaggcagctgatgtacaggctgctg
atgtacaggctgctgatgtacaggctgctgatgtacaggctgctgatgta
caggtggctgatgtacaggctgctgatgtacaggcggctgatgtacaggc
agctgatgtacagggctgctgatgtacaggctgctgatgtacaggctgct
gatgtacaggctgctgatgtacaggcagctgatgtacaggctgctgatgt
acaggctgctgatgtaacaggctgctgatgtacaggtggctgatgtacag
gcctgctgatgtacaggtggctgatgtacaggcagctgatgtacagctgc
tgatgtacagttgctgatgtacaggctgctaatgtaccaggcctgctgat
atgtcaggctgcctgaatgttacacgctgtctgaatgtccggctgctgag
tgtacagcatcgtaccagatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_38401828_38402430
seq2: B6Ng01-220P19.b_48_650 (reverse)

seq1  TCCCTCCCTAACCTCCAACCCACCCTGCAATCAAACTGCCACCATCTTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCCTAACCTCCAACCCACCCTGCAATCAAACTGCCACCATCTTCA  50

seq1  GAAGTCTACTCACAAAAGGTCATCACAGCTGGGCTTCTTGACTGTAGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCTACTCACAAAAGGTCATCACAGCTGGGCTTCTTGACTGTAGACA  100

seq1  TTTCCTCATAAAAGGAAGGGTCAGGAGGGTCATGGGACTTTCACCCAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCATAAAAGGAAGGGTCAGGAGGGTCATGGGACTTTCACCCAAGT  150

seq1  GCCCAACCACCCCTCCCAACTAAGTTGCTTACAGTTCTGCCCTAACTGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAACCACCCCTCCCAACTAAGTTGCTTACAGTTCTGCCCTAACTGAG  200

seq1  AGTGGCCTTCAGGCCTCAGGGAAGATGCTGACGTATATAGGTGGGGAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCCTTCAGGCCTCAGGGAAGATGCTGACGTATATAGGTGGGGAAGG  250

seq1  ACTAGGGAAAGGGGCTTCATCTACACAGCCACAGAAGGAGTTGTTTTCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGGAAAGGGGCTTCATCTACACAGCCACAGAAGGAGTTGTTTTCTC  300

seq1  TGCTGGGTACAGACTTCCAGTATGGCTGCTTTAAGGCTAACCATGCTCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGTACAGACTTCCAGTATGGCTGCTTTAAGGCTAACCATGCTCCT  350

seq1  GTCTGTAACCCCTCACCTCTGCCTTGTTAGGAAACCTAATAAACTCATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTAACCCCTCACCTCTGCCTTGTTAGGAAACCTAATAAACTCATTG  400

seq1  GGTCCCCAGGCTGAACTTTGATGGCAACTGTATGTTTGTTGTTGGGATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCCAGGCTGAACTTTGATGGCAACTGTATGTTTGTTGTTGGGATCT  450

seq1  TAGGAGGAGGGGGTGGATGGGCTTTACTTATGTGTCCCCCAAGGAAAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGGAGGGGGTGGATGGGCTTTACTTATGTGTCCCCCAAGGAAAGGA  500

seq1  TCATAACAATATTCCCAAGCTCACATTCACCCTGGTGGTTTTCAGCACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAACAATATTCCCAAGCTCACATTCACCCTGGTGGTTTTCAGCACTG  550

seq1  CGTCTAGGCGTGAATAGTAAGCTGACTACTTTTAGACTCTCCATCTAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTAGGCGTGAATAGTAAGCTGACTACTTTTAGACTCTCCATCTAGAA  600

seq1  TTC  603
      |||
seq2  TTC  603


seq1: chr7_38326079_38327243
seq2: B6Ng01-220P19.g_67_1237

seq1  GAATTCTGTACATGGGACCCTCACTTCATAGGGCCCTGCATGGCCAAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTACATGGGACCCTCACTTCATAGGGCCCTGCATGGCCAAGGG  50

seq1  TATAAGACAGAGCTGAGGACAGGCTTGAAAAATGGCATCATCATGTGACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGACAGAGCTGAGGACAGGCTTGAAAAATGGCATCATCATGTGACC  100

seq1  ATGACCTTGCCAAAGCCACCCAGACAGATGTCATTAATACATGCTGCATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCTTGCCAAAGCCACCCAGACAGATGTCATTAATACATGCTGCATG  150

seq1  TCTGACATAATCTCCCACTTCCATGATGCAAGAGGCTAGGGGAACACTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACATAATCTCCCACTTCCATGATGCAAGAGGCTAGGGGAACACTTT  200

seq1  GACAGGAGCGCTCTTTACCTAGGAGCTGGCTGCAAAGTTAGGCCCTTTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGAGCGCTCTTTACCTAGGAGCTGGCTGCAAAGTTAGGCCCTTTGC  250

seq1  TTTGGAGGGGAAAAAATGTTCTTGTTTTTATTTTATCATCTAGCTCGAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAGGGGAAAAAATGTTCTTGTTTTTATTTTATCATCTAGCTCGAAC  300

seq1  TTAATTCATCTTGATGAGAACTTCATTTTGCAAACCCAGGAGAATATAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCATCTTGATGAGAACTTCATTTTGCAAACCCAGGAGAATATAAT  350

seq1  TGAAGGTGTTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGCTTTTTTTTTAAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGTGTTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGCTTTTTTTTTAAGTC  400

seq1  CAGGCTCAGTTCTAACTGGGGATGAGGAATTAATAAAAGCAGAAAAAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTCAGTTCTAACTGGGGATGAGGAATTAATAAAAGCAGAAAAAGAC  450

seq1  AAGACTCTTGGACAACTATAATTATGATGCCAGAACTTCCCCCAAAGCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTCTTGGACAACTATAATTATGATGCCAGAACTTCCCCCAAAGCTA  500

seq1  ACAGGAGTGGTGAAGATAGTCAGGGCAAGGTCAGGCAGCTGATGTACAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAGTGGTGAAGATAGTCAGGGCAAGGTCAGGCAGCTGATGTACAGG  550

seq1  CATCTGATGTACAGGCTGCTGATGTACAGGCAGCTGATGTACAGGCTGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGATGTACAGGCTGCTGATGTACAGGCAGCTGATGTACAGGCTGAT  600

seq1  GAATACAGGTGGCTGATGTACAGGCTGCTGATGTACAGGCTGCTGATGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACAGGTGGCTGATGTACAGGCTGCTGATGTACAGGCTGCTGATGTA  650

seq1  CAGGCTGCTGATGTACAGGCAGCTGATGTACAGGCTGCTGATGTACAGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTGCTGATGTACAGGCAGCTGATGTACAGGCTGCTGATGTACAGGC  700

seq1  AGCTGATGTACAGGTGGCTGATGTACAGGCAGCTGATGTACAGGCTGCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGATGTACAGGTGGCTGATGTACAGGCAGCTGATGTACAGGCTGCTG  750

seq1  ATGTACAGGCTGCTGATGTACAGGCTGCTGATGTACAGGCTGCTGATGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACAGGCTGCTGATGTACAGGCTGCTGATGTACAGGCTGCTGATGTA  800

seq1  CAGGTGGCTGATGTACAGGCTGCTGATGTACAGGCGGCTGATGTACAGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGGCTGATGTACAGGCTGCTGATGTACAGGCGGCTGATGTACAGGC  850

seq1  AGCTGATGTACA-GGCTGCTGATGTACAGGCTGCTGATGTACAGGCTGCT  899
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGATGTACAGGGCTGCTGATGTACAGGCTGCTGATGTACAGGCTGCT  900

seq1  GATGTACAGGCTGCTGATGTACAGGCAGCTGATGTACAGGCTGCTGATGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTACAGGCTGCTGATGTACAGGCAGCTGATGTACAGGCTGCTGATGT  950

seq1  ACAGGCTGCTGATGT-ACAGGCTGCTGATGTACAGGTGGCTGATGTACAG  998
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCTGCTGATGTAACAGGCTGCTGATGTACAGGTGGCTGATGTACAG  1000

seq1  G-CTGCTGATGTACAGGTGGCTGATGTACAGGCAGCTGATGTACAGGCTG  1047
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GCCTGCTGATGTACAGGTGGCTGATGTACAGGCAGCTGATGTACA-GCTG  1049

seq1  CTGATGTACAGGTTGCTGATGTACAGGCTGCTGATGTA-CAGG-CTGCTG  1095
      |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||
seq2  CTGATGTACA-GTTGCTGATGTACAGGCTGCTAATGTACCAGGCCTGCTG  1098

seq1  ATGT-ACAGGCTG-CTG-ATG-TACAGGCTG-CTG-ATGTACAGGCTGCT  1139
      || |  ||||||| ||| ||| |||| |||| ||| |||| | |||||||
seq2  ATATGTCAGGCTGCCTGAATGTTACACGCTGTCTGAATGT-CCGGCTGCT  1147

seq1  GA-TGTACAGGCTACCTGTACCAGATG  1165
      || |||||||  |    ||||||||||
seq2  GAGTGTACAGCAT---CGTACCAGATG  1171


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |