BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-221C04
Chromosome7 (Build37)
Map Location 19,700,455 - 19,795,210
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG243866, Fbxo46, Qpctl, Snrpd2, Gipr, Eml2
Upstream geneIgfl3, LOC671190, Mill1, Psg18, LOC546936, Psg28, LOC666831, EG574429, EG232930, Psg25, EG545925, Psg23, Psg21, EG434540, BC050099, LOC666863, Sycp1-ps1, Psg19, Psg17, Mill2, Pglyrp1, C530028I08Rik, Nova2, Nanos2, P42pop, Irf2bp1, Foxa3, Sympk, Rshl1, Dmwd, Dmpk, Six5
Downstream geneGpr4, Opa3, Vasp, C79127, Rtn2, Fosb, D830036C21Rik, Ercc1, Cd3eap, Ppp1r13l, Ercc2, Klc3, Ckm, Mark4, 4933417E01Rik, Bloc1s3, Trappc6a, Nkpd1, BC024868, Gemin7, Zfp296, Sfrs16, Relb, Clptm1, Apoc2, Apoc4, Apoc1, Apoe, Tomm40, Pvrl2, Bcam, Cblc, Bcl3, Ceacam16, Ceacam19, Pvr, 2210010C17Rik, EG243872, Ceacam20, Nlrp9b, EG667040, EG667067, LOC620401, V1rd21, EG620537, LOC100043519, EG620574
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-221C04.bB6Ng01-221C04.g
ACCGA036508GA036509
length1,118892
definitionB6Ng01-221C04.b B6Ng01-221C04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,700,455 - 19,701,573)(19,794,318 - 19,795,210)
sequence
gaattcacccggcactgcctcgctagtgctggaattaaaggaatgtgtca
ccacacgcagtagatgatgatattaatagatgaaaagtgactttaaaaat
tccaagtgagggctggagagagatggctcagcagttacaaacactgactg
ttcttccagaggtcctgagttcaattcccagcaaccacatggtggctcgc
aaccatttgtgatgggatctgatgccctcttgtggtgtgtctgaagacaa
ctactgtgcacttatattaaataaataaataaataaataaataaataaat
attttaaaaaatcccaagtgagaactgggcacagaagctgatgcctccca
gcactctggaggcagaggcagacagagctctgagtttaaggccagcctga
tctccagagtgagtactaggacagccaaggctacatagagaaatcctatc
ttgaacgccccctcccaaaaaaaccctccaaaacaaacaaaaaagcaatg
gctcagagattaagagcagtggctgctcttccagaggtcccaggttcaat
tcccagcacccatatggccactcacaacagtttgtagctccaattccaca
agatctggcaccttcacaaacatacatgcagacaaaatgccaatccacat
aaaataaataaatatttctttaaaaagcctaaagtaagagctgaataaat
ggctctaggttaagagcactgactgcttttccaggggacttggatttaat
tccacatggtggttcacaattgtctctaactcaagttgcagagaattgat
gccctcttctgatttaccccagaaattccatgcatgtagtacacatacat
acatgcaaggcaaaacactcacacataaaataataaaaaaaaaaaaatcg
gttccctctgacagaactgggccgccctatctaacgtagtaaacaacgtg
aggcagagccttatctcactccctcacacaatcaaggggttaaaaataga
tcacataaaaaggaaaaatgggaaactggaatttcagatttggtttaaaa
aaaaatctagggctggaagattgctcaacggtagaacactggactgctct
tcagaagtcctgaagttc
gaattctcttcttccagggaacttaataggcataggaaatgagctggtta
accacaaagcagggacactcacagcatcagagagttaaagggcagagcca
aggcaagtgtcatggcaaccttacatgtaaatcccaagagatgagacatg
gttttacccagcccaggagggccttgaacttcacaagcagctgaggttga
ccttgaactcctgatcctcccacctccatttcagattgttcgagttacaa
gtgtgagccgccacggcctggttctgaaaagcaagtcagagtgcccagtg
gcttgggtgggggtgggatcgccctctcctctagctaaccctaagttgcc
tcaatgtattccaagtcatggcaggcaaaacacagctcctctctgaggat
cactgggaaacattcacaaaggctggcgctgacggttttcagaaggacag
agagaccctggagaggacctgcagctatgagaccatcaccacccaagcct
tcagggtgcaaacacagaccgaggaacgaaaactccttctcatcccctac
tctcagactggaggggacgggaactctggttgggtgcaggctatgcacaa
ggcagtttctcacgacccagctcagggacactgaggggacactgaggggt
ggatggagaatcaccagcaatttttccaactggccttttcaagggataat
tttccatgcagatccaaagatgaccacaaggggacggcaaaacattaaga
gctaacagcatttgtttctctatctatagtctgggtcaccttcccagaac
ttggattgtggaatccattggggggctggggggaaagaagcttgacccaa
taatgtcaaaaaacagtcttttaaaagccctagggagacttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_19700455_19701573
seq2: B6Ng01-221C04.b_46_1163

seq1  GAATTCACCCGGCACTGCCTCGCTAGTGCTGGAATTAAAGGAATGTGTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCCGGCACTGCCTCGCTAGTGCTGGAATTAAAGGAATGTGTCA  50

seq1  CCACACGCAGTAGATGATGATATTAATAGATGAAAAGTGACTTTAAAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACGCAGTAGATGATGATATTAATAGATGAAAAGTGACTTTAAAAAT  100

seq1  TCCAAGTGAGGGCTGGAGAGAGATGGCTCAGCAGTTACAAACACTGACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGTGAGGGCTGGAGAGAGATGGCTCAGCAGTTACAAACACTGACTG  150

seq1  TTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCGC  200

seq1  AACCATTTGTGATGGGATCTGATGCCCTCTTGTGGTGTGTCTGAAGACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATTTGTGATGGGATCTGATGCCCTCTTGTGGTGTGTCTGAAGACAA  250

seq1  CTACTGTGCACTTATATTAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGTGCACTTATATTAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAT  300

seq1  ATTTTAAAAAATCCCAAGTGAGAACTGGGCACAGAAGCTGATGCCTCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAAAAATCCCAAGTGAGAACTGGGCACAGAAGCTGATGCCTCCCA  350

seq1  GCACTCTGGAGGCAGAGGCAGACAGAGCTCTGAGTTTAAGGCCAGCCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCTGGAGGCAGAGGCAGACAGAGCTCTGAGTTTAAGGCCAGCCTGA  400

seq1  TCTCCAGAGTGAGTACTAGGACAGCCAAGGCTACATAGAGAAATCCTATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGAGTGAGTACTAGGACAGCCAAGGCTACATAGAGAAATCCTATC  450

seq1  TTGAACGCCCCCTCCCAAAAAAACCCTCCAAAACAAACAAAAAAGCAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACGCCCCCTCCCAAAAAAACCCTCCAAAACAAACAAAAAAGCAATG  500

seq1  GCTCAGAGATTAAGAGCAGTGGCTGCTCTTCCAGAGGTCCCAGGTTCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGAGATTAAGAGCAGTGGCTGCTCTTCCAGAGGTCCCAGGTTCAAT  550

seq1  TCCCAGCACCCATATGGCCACTCACAACAGTTTGTAGCTCCAATTCCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCACCCATATGGCCACTCACAACAGTTTGTAGCTCCAATTCCACA  600

seq1  AGATCTGGCACCTTCACAAACATACATGCAGACAAAATGCCAATCCACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTGGCACCTTCACAAACATACATGCAGACAAAATGCCAATCCACAT  650

seq1  AAAATAAATAAATATTTCTTTAAAAAGCCTAAAGTAAGAGCTGAATAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAATAAATATTTCTTTAAAAAGCCTAAAGTAAGAGCTGAATAAAT  700

seq1  GGCTCTAGGTTAAGAGCACTGACTGCTTTTCCAGGGGACTTGGATTTAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTAGGTTAAGAGCACTGACTGCTTTTCCAGGGGACTTGGATTTAAT  750

seq1  TCCACATGGTGGTTCACAATTGTCTCTAACTCAAGTTGCAGAGAATTGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACATGGTGGTTCACAATTGTCTCTAACTCAAGTTGCAGAGAATTGAT  800

seq1  GCCCTCTTCTGATTTACCCCAGAAATTCCATGCATGTAGTACACATACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCTTCTGATTTACCCCAGAAATTCCATGCATGTAGTACACATACAT  850

seq1  ACATGC-AGGCAAAACACTCACACATAAAATAAT-AAAAAAAAAAAATCG  898
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ACATGCAAGGCAAAACACTCACACATAAAATAATAAAAAAAAAAAAATCG  900

seq1  GTTCCCTCTGACAGAACT-GGCCGCCCTATCTAACGTAGTAAACAACGTG  947
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCTCTGACAGAACTGGGCCGCCCTATCTAACGTAGTAAACAACGTG  950

seq1  AGGCAGAGCCTTATCTCACTCCCTCACACAATCAAGGGGTTAAAAAATAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGGCAGAGCCTTATCTCACTCCCTCACACAATCAAGGGGTT-AAAAATAG  999

seq1  ATCACAATAAAAAGAAAAATGGGAAACTGGAATTTCAGATTTGTTTAAAA  1047
      ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||
seq2  ATCACATAAAAAGGAAAAATGGGAAACTGGAATTTCAGATTTGGTTTAAA  1049

seq1  AAAAAATCTAGGGCTGGAGAGATTGGCTCAACGGTTAAGAACACT-GACT  1096
      |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||| ||||
seq2  AAAAAATCTAGGGCTGGA-AGATT-GCTCAACGGT--AGAACACTGGACT  1095

seq1  GCTCTTCCAGAGGTCCTG-AGTTC  1119
      |||||| |||| |||||| |||||
seq2  GCTCTT-CAGAAGTCCTGAAGTTC  1118

seq1: chr7_19794318_19795210
seq2: B6Ng01-221C04.g_63_954 (reverse)

seq1  AAAGTCTCCCTA-GGCTTTTAAAGGCCTGTTTTCTGACATTCTTGGGTCA  49
      |||||||||||| |||||||||| | ||||||| ||||||| ||||||||
seq2  AAAGTCTCCCTAGGGCTTTTAAAAGACTGTTTTTTGACATTATTGGGTCA  50

seq1  AGCCTTCTTTCCCCCCAGCCCCCCAATGGATTCCAACAATCCAAGTTCTG  99
      || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AG-CTTCTTTCCCCCCAGCCCCCCAATGGATTCC-ACAATCCAAGTTCTG  98

seq1  GGAAGGTGACCCAGACTATAGATAGAGAAACAAATGCTTGTTAGCTCTTA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GGAAGGTGACCCAGACTATAGATAGAGAAACAAATGC-TGTTAGCTCTTA  147

seq1  ATGTTTTGCCGTCCCCTTGTGGTCATCTTTGGATCTGCATGGAAAATTAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTGCCGTCCCCTTGTGGTCATCTTTGGATCTGCATGGAAAATTAT  197

seq1  CCCTTG-AAAGGCCAGTTGGAAAAATTGCTGGTGATTCTCCATCCACCCC  248
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGAAAAGGCCAGTTGGAAAAATTGCTGGTGATTCTCCATCCACCCC  247

seq1  TCAGTGTCCCCTCAGTGTCCCTGAGCTGGGTCGTGAGAAACTGCCTTGTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGTCCCCTCAGTGTCCCTGAGCTGGGTCGTGAGAAACTGCCTTGTG  297

seq1  CATAGCCTGCACCCAACCAGAGTTCCCGTCCCCTCCAGTCTGAGAGTAGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCCTGCACCCAACCAGAGTTCCCGTCCCCTCCAGTCTGAGAGTAGG  347

seq1  GGATGAGAAGGAGTTTTCGTTCCTCGGTCTGTGTTTGCACCCTGAAGGCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAGAAGGAGTTTTCGTTCCTCGGTCTGTGTTTGCACCCTGAAGGCT  397

seq1  TGGGTGGTGATGGTCTCATAGCTGCAGGTCCTCTCCAGGGTCTCTCTGTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGGTGATGGTCTCATAGCTGCAGGTCCTCTCCAGGGTCTCTCTGTC  447

seq1  CTTCTGAAAACCGTCAGCGCCAGCCTTTGTGAATGTTTCCCAGTGATCCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGAAAACCGTCAGCGCCAGCCTTTGTGAATGTTTCCCAGTGATCCT  497

seq1  CAGAGAGGAGCTGTGTTTTGCCTGCCATGACTTGGAATACATTGAGGCAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAGGAGCTGTGTTTTGCCTGCCATGACTTGGAATACATTGAGGCAA  547

seq1  CTTAGGGTTAGCTAGAGGAGAGGGCGATCCCACCCCCACCCAAGCCACTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGGTTAGCTAGAGGAGAGGGCGATCCCACCCCCACCCAAGCCACTG  597

seq1  GGCACTCTGACTTGCTTTTCAGAACCAGGCCGTGGCGGCTCACACTTGTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTCTGACTTGCTTTTCAGAACCAGGCCGTGGCGGCTCACACTTGTA  647

seq1  ACTCGAACAATCTGAAATGGAGGTGGGAGGATCAGGAGTTCAAGGTCAAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGAACAATCTGAAATGGAGGTGGGAGGATCAGGAGTTCAAGGTCAAC  697

seq1  CTCAGCTGCTTGTGAAGTTCAAGGCCCTCCTGGGCTGGGTAAAACCATGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTGCTTGTGAAGTTCAAGGCCCTCCTGGGCTGGGTAAAACCATGT  747

seq1  CTCATCTCTTGGGATTTACATGTAAGGTTGCCATGACACTTGCCTTGGCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCTCTTGGGATTTACATGTAAGGTTGCCATGACACTTGCCTTGGCT  797

seq1  CTGCCCTTTAACTCTCTGATGCTGTGAGTGTCCCTGCTTTGTGGTTAACC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCTTTAACTCTCTGATGCTGTGAGTGTCCCTGCTTTGTGGTTAACC  847

seq1  AGCTCATTTCCTATGCCTATTAAGTTCCCTGGAAGAAGAGAATTC  893
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCATTTCCTATGCCTATTAAGTTCCCTGGAAGAAGAGAATTC  892