BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-223D19
Chromosome7 (Build37)
Map Location 62,289,963 - 62,404,965
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLuzp2
Upstream geneMrps33p, LOC622146
Downstream geneLOC668796, Siglech, Tubgcp5, Cyfip1, Nipa2, Nipa1, LOC672959, Herc2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-223D19.bB6Ng01-223D19.g
ACCGA038039GA038040
length1,0651,083
definitionB6Ng01-223D19.b B6Ng01-223D19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(62,289,963 - 62,291,029)(62,403,885 - 62,404,965)
sequence
gaattccacatctgcaccagtgatgctttaatgggttttgcaaggactcc
gttcttgttgaacacttgtccaataccctgtgagaggtcaggccagtatg
ccctgcttacctgtgtccttctccataagaatggaaagaagggactgtcc
agtggtcaggcaagcaaataaataaagcacatactggatcaatacaaaaa
tttatctggccaacttagatttaaacgtctctctcaaagcatccagtaat
aattagtggaggtggggaaggccatgaatttgaagcagaattgggaggga
atatataagagggtctgaatgggcaacaggggagaagaaatgtattattt
ctattataatctcaaaatataacactaaataaaaataacaatatcacaag
aggattataaaaacacagaattcttagaaatgaacagcactggggtccca
tgactaagttaaattttttactctctttttattttacaacagctgaaaaa
tcagcacagtgttaccaaaagctctagctgtgattttgacttctgatctt
tacagtgacggtgagaatagatacataagccttagacaccagcatgaacc
aggaatgctctgccgggtacttagagatgttgaatagcctagtaaaccat
agctaccagaagaagacagggatgctctgcacagcactgcattactaagc
tgttaaaccctgacatttgattggtcaggtagattgaagtgctaagagaa
ttctctttgacagggttttctatgtagctcataaagctggcctcaagcaa
tctaccatccttctgagattccccagggattggattataggtgtgaacca
ccaagcctaagtttaaattcatttttctctcatgatattttcaacttact
atgagaattttagagatatagctccatagaaatatcaagagacattgtat
gggtgactttgaaaatacactgttagggagcaggaatgcagagagcatgt
ctttggtaatatatgtgccttccatatatatattggatgcacacagagag
agggggggaggaaga

gaattcaaaaggactctctcgtgtctaggacaatatgttggaaatgaaat
tagaagaagaacaaaaaagaggaggaagaggagaaaagtagaaagttaca
aagaaaagtttgaatgatctacattgtggctttagtaaagcaacagttag
gacaacaaaggtatatattctgcaatctacaatatacaattcaatatcta
atataggatgccttgcatctatagggaagatagaacagacaagtttactt
tgaacttcctgtgacctccatagatcaaaaatgtatcaggttgattttga
tcaatagtatcagtttcaactggaaattcatgataaatgaagaatcttgg
gcttaaatcttatatacttatatctaggtatatagaatcaaaagttaagc
actgcagtttctttttgaatctcctattctcttatgtatatggaatactg
ctcacaacagataacaaaacctcaccctggctttaccttcagattgtaat
gagcatttcatgtctgtttttgccctagtagctaagagaggcccctccat
tccacactacctgcaaacattttaaactaagcacctccagtctgtcactg
ctcccgttccaccttgctctattttaaataatacagattatctggctggt
acatgaaacacacttcctatgcaactccagtatcactcctctgcaggact
ctcaaggacaagactgcacaacctgtgagtcttcctatctccggtaaagt
gatgggttatttctcacgatgaggagaatatgactgaaggggcctttatc
aggaacctgctcactgcactcttcatgaataataaattcatcttctgact
ctccatcctaatgtcgacaacaacgacattcacttgatatttttaacttg
gctttgccctcgtgttctctccccattgttccctgtaagttatcaaggtc
atgaagttggatagtcttgactaacatttcttcttctcaaggtcattaac
gcagaagtttccatgagcctagagctgggagattctcttttccatcccag
gttactactttaagtatttttttacatcatagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_62289963_62291029
seq2: B6Ng01-223D19.b_45_1109

seq1  GAATTCCACATCTGCACCAGTGATGCTTTAATGGGTTTTGCAAGGACTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACATCTGCACCAGTGATGCTTTAATGGGTTTTGCAAGGACTCC  50

seq1  GTTCTTGTTGAACACTTGTCCAATACCCTGTGAGAGGTCAGGCCAGTATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTGTTGAACACTTGTCCAATACCCTGTGAGAGGTCAGGCCAGTATG  100

seq1  CCCTGCTTACCTGTGTCCTTCTCCATAAGAATGGAAAGAAGGGACTGTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCTTACCTGTGTCCTTCTCCATAAGAATGGAAAGAAGGGACTGTCC  150

seq1  AGTGGTCAGGCAAGCAAATAAATAAAGCACATACTGGATCAATACAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTCAGGCAAGCAAATAAATAAAGCACATACTGGATCAATACAAAAA  200

seq1  TTTATCTGGCCAACTTAGATTTAAACGTCTCTCTCAAAGCATCCAGTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTGGCCAACTTAGATTTAAACGTCTCTCTCAAAGCATCCAGTAAT  250

seq1  AATTAGTGGAGGTGGGGAAGGCCATGAATTTGAAGCAGAATTGGGAGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGTGGAGGTGGGGAAGGCCATGAATTTGAAGCAGAATTGGGAGGGA  300

seq1  ATATATAAGAGGGTCTGAATGGGCAACAGGGGAGAAGAAATGTATTATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATAAGAGGGTCTGAATGGGCAACAGGGGAGAAGAAATGTATTATTT  350

seq1  CTATTATAATCTCAAAATATAACACTAAATAAAAATAACAATATCACAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTATAATCTCAAAATATAACACTAAATAAAAATAACAATATCACAAG  400

seq1  AGGATTATAAAAACACAGAATTCTTAGAAATGAACAGCACTGGGGTCCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTATAAAAACACAGAATTCTTAGAAATGAACAGCACTGGGGTCCCA  450

seq1  TGACTAAGTTAAATTTTTTACTCTCTTTTTATTTTACAACAGCTGAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTAAGTTAAATTTTTTACTCTCTTTTTATTTTACAACAGCTGAAAAA  500

seq1  TCAGCACAGTGTTACCAAAAGCTCTAGCTGTGATTTTGACTTCTGATCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCACAGTGTTACCAAAAGCTCTAGCTGTGATTTTGACTTCTGATCTT  550

seq1  TACAGTGACGGTGAGAATAGATACATAAGCCTTAGACACCAGCATGAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTGACGGTGAGAATAGATACATAAGCCTTAGACACCAGCATGAACC  600

seq1  AGGAATGCTCTGCCGGGTACTTAGAGATGTTGAATAGCCTAGTAAACCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGCTCTGCCGGGTACTTAGAGATGTTGAATAGCCTAGTAAACCAT  650

seq1  AGCTACCAGAAGAAGACAGGGATGCTCTGCACAGCACTGCATTACTAAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACCAGAAGAAGACAGGGATGCTCTGCACAGCACTGCATTACTAAGC  700

seq1  TGTTAAACCCTGACATTTGATTGGTCAGGTAGATTGAAGTGCTAAGAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAACCCTGACATTTGATTGGTCAGGTAGATTGAAGTGCTAAGAGAA  750

seq1  TTCTCTTTGACAGGGTTTTCTATGTAGCTCATAAAGCTGGCCTCAAGCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTTGACAGGGTTTTCTATGTAGCTCATAAAGCTGGCCTCAAGCAA  800

seq1  TCTACCATCCTTCTGAGATTCCCCAGGGATTGGATTATAGGTGTGAACCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCATCCTTCTGAGATTCCCCAGGGATTGGATTATAGGTGTGAACCA  850

seq1  CCAAGCCTAAGTTTAAATTCATTTTTCTCTCATGATATTTTCAACTTACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCCTAAGTTTAAATTCATTTTTCTCTCATGATATTTTCAACTTACT  900

seq1  ATGAGAATTTTAGAGATATAGCTCCATAG-AATATCAAGAGACATTTGTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
seq2  ATGAGAATTTTAGAGATATAGCTCCATAGAAATATCAAGAGACA-TTGTA  949

seq1  T-GGTGACTTTGAAAATACACTGTTAGGGAGCAGGAATGCAAGAGAAGCA  998
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
seq2  TGGGTGACTTTGAAAATACACTGTTAGGGAGCAGGAATGC-AGAG-AGCA  997

seq1  TGTCTTTTGGTAATATATGTGCTTCCAATATAATATATTGGATGCACACA  1048
      |||| ||||||||||||||||| | | |||| ||||||||||||||||||
seq2  TGTC-TTTGGTAATATATGTGCCTTCCATAT-ATATATTGGATGCACACA  1045

seq1  GAGAGA-GGGGGGAGGAAGA  1067
      |||||| |||||||||||||
seq2  GAGAGAGGGGGGGAGGAAGA  1065


seq1: chr7_62403885_62404965
seq2: B6Ng01-223D19.g_65_1147 (reverse)

seq1  GCTATGATGT-AAAAAATAC-TAAAGTAGTAA-CTTGGATGGAAAAGAGA  47
      |||||||||| ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||
seq2  GCTATGATGTAAAAAAATACTTAAAGTAGTAACCTGGGATGGAAAAGAGA  50

seq1  ATCCTCCAGCTCTAGGCTTCATGGAAACTTCTGCCTTAATGACCTTGAGA  97
      |||  |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATCTCCCAGCTCTAGGC-TCATGGAAACTTCTGCGTTAATGACCTTGAGA  99

seq1  AGAAGAAATGTTAGTCAAGACTATCCAACTTCATGACCTTGATAACTTAC  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAAATGTTAGTCAAGACTATCCAACTTCATGACCTTGATAACTTAC  149

seq1  AGGGAACAATGGGGAGAGAACACGAGGGCAAAGCCAAGTTAAAAATATCA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAACAATGGGGAGAGAACACGAGGGCAAAGCCAAGTTAAAAATATCA  199

seq1  AGTGAATGTCGTTGTTGTCGACATTAGGATGGAGAGTCAGAAGATGAATT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAATGTCGTTGTTGTCGACATTAGGATGGAGAGTCAGAAGATGAATT  249

seq1  TATTATTCATGAAGAGTGCAGTGAGCAGGTTCCTGATAAAGGCCCCTTCA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTCATGAAGAGTGCAGTGAGCAGGTTCCTGATAAAGGCCCCTTCA  299

seq1  GTCATATTCTCCTCATCGTGAGAAATAACCCATCACTTTACCGGAGATAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATATTCTCCTCATCGTGAGAAATAACCCATCACTTTACCGGAGATAG  349

seq1  GAAGACTCACAGGTTGTGCAGTCTTGTCCTTGAGAGTCCTGCAGAGGAGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACTCACAGGTTGTGCAGTCTTGTCCTTGAGAGTCCTGCAGAGGAGT  399

seq1  GATACTGGAGTTGCATAGGAAGTGTGTTTCATGTACCAGCCAGATAATCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTGGAGTTGCATAGGAAGTGTGTTTCATGTACCAGCCAGATAATCT  449

seq1  GTATTATTTAAAATAGAGCAAGGTGGAACGGGAGCAGTGACAGACTGGAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTATTTAAAATAGAGCAAGGTGGAACGGGAGCAGTGACAGACTGGAG  499

seq1  GTGCTTAGTTTAAAATGTTTGCAGGTAGTGTGGAATGGAGGGGCCTCTCT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTAGTTTAAAATGTTTGCAGGTAGTGTGGAATGGAGGGGCCTCTCT  549

seq1  TAGCTACTAGGGCAAAAACAGACATGAAATGCTCATTACAATCTGAAGGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTACTAGGGCAAAAACAGACATGAAATGCTCATTACAATCTGAAGGT  599

seq1  AAAGCCAGGGTGAGGTTTTGTTATCTGTTGTGAGCAGTATTCCATATACA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCAGGGTGAGGTTTTGTTATCTGTTGTGAGCAGTATTCCATATACA  649

seq1  TAAGAGAATAGGAGATTCAAAAAGAAACTGCAGTGCTTAACTTTTGATTC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGAATAGGAGATTCAAAAAGAAACTGCAGTGCTTAACTTTTGATTC  699

seq1  TATATACCTAGATATAAGTATATAAGATTTAAGCCCAAGATTCTTCATTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATACCTAGATATAAGTATATAAGATTTAAGCCCAAGATTCTTCATTT  749

seq1  ATCATGAATTTCCAGTTGAAACTGATACTATTGATCAAAATCAACCTGAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGAATTTCCAGTTGAAACTGATACTATTGATCAAAATCAACCTGAT  799

seq1  ACATTTTTGATCTATGGAGGTCACAGGAAGTTCAAAGTAAACTTGTCTGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTTGATCTATGGAGGTCACAGGAAGTTCAAAGTAAACTTGTCTGT  849

seq1  TCTATCTTCCCTATAGATGCAAGGCATCCTATATTAGATATTGAATTGTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTTCCCTATAGATGCAAGGCATCCTATATTAGATATTGAATTGTA  899

seq1  TATTGTAGATTGCAGAATATATACCTTTGTTGTCCTAACTGTTGCTTTAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTAGATTGCAGAATATATACCTTTGTTGTCCTAACTGTTGCTTTAC  949

seq1  TAAAGCCACAATGTAGATCATTCAAACTTTTCTTTGTAACTTTCTACTTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCCACAATGTAGATCATTCAAACTTTTCTTTGTAACTTTCTACTTT  999

seq1  TCTCCTCTTCCTCCTCTTTTTTGTTCTTCTTCTAATTTCATTTCCAACAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTCTTCCTCCTCTTTTTTGTTCTTCTTCTAATTTCATTTCCAACAT  1049

seq1  ATTGTCCTAGACACGAGAGAGTCCTTTTGAATTC  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCCTAGACACGAGAGAGTCCTTTTGAATTC  1083


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |