BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-224K03
Chromosome7 (Build37)
Map Location 144,469,880 - 144,701,066
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEbf3, 9430038I01Rik, Txnl2
Upstream geneLOC546009, EG621677, EG668771, Mgmt, EG621804
Downstream geneLOC435235, Tcerg1l
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-224K03.bB6Ng01-224K03.g
ACCGA039034GA039035
length1,1021,059
definitionB6Ng01-224K03.b B6Ng01-224K03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(144,699,967 - 144,701,066)(144,469,880 - 144,470,927)
sequence
gaattcattcatgatccagggaagaggggataacgtttattttcttgcaa
gtggtattttcatctcccctcactaagtgagggtatacttgaccacttgc
ttcctgaacaagaaggaatgagagctgagtcaggacacctggccaagacc
accttaaacagtctccagaacaacacaaggtggtcaggtccccaggtagg
gtgtgcggcagacacttccctctgtggtcatcttcccaaagtccatcatg
tcagcagaataagaaactgagcaagactctgcaagcacgtgaccagtaag
gagatgccagtgaaaccaaggtaacaactctaaagagataagtctgagaa
atgtgtcagaggagaccaaggagatgaagcagtgtcagatgttgagttaa
aaccctggaagaggatgcagataaagtctgcagtgcaggtagagtggatg
cagacaaacacagaaaagtagatgccaacataggggaaccaagcagggag
tacccagagaaccccccaccccataccatcttagcaactgtcctctaagt
acaaaactactctcaagtgggaggtaaaaagaccatttggatgtctccac
agcagtcctgctgaaatccactcctttctctaaagagggctgaagggctg
agaccaaggcccgctccagtcccaccgtccatgcatccacctgcagacag
cactcagtgagtaccaccactgtcacttacctgtcattaaaccatcaggt
aagagggacgccactggggatgtgattccaatcgcgctgactggtgtaag
tggtgggctccgacagtgcacagtagtgcccacctgcatccttgtcagca
gcgagccaaggtgctgatccccagggaaactgacagccgcctaatgacaa
tgcctcaacgctttgtttgagcacaatgagaacgcggtgatttttacaat
ctcatgggaaatgagacccaggggataggtagcaccgggccagatggaga
cagtatataatgggagtctagtgtgttttagaccccacaaaagacatgtt
cctaatttgaaaagccacactttacctcctgaaccaagccgtggtgactt
gg
gaattcagactttgcagaaaggaaggggaggtcagagacttacaccgtgg
ctcctcccgggccctgtggcctctgaaaggtgaagcagcaagacgggaat
ggaatctgctcttgtccccgtgctagccacccaggcagagccagctgcag
ttgcagcatgacgataatgctcaagcttgccaactggtgctaaatcctgc
caagggaccaggtccagcaccactcattgtgcctcttgcaccagcttgga
tcccagagtgcatccacgggtccctgagacaccaggaattgccgtaactt
atagccaaagagaccaagacctgcagggctgaagagcacccagggcagtg
gggttagaaaaggaaggtgggaggagttcctctctgcagcctgtagacat
ggaggagggtccccagtgggcctaggcaagatcacacttgccatgggacc
agtcagtccacaggcctgcaagcagctgtccctacattttctggaccagt
gtctctatgagcagctaagtgagaagctgaaacatcatggcccaaacctg
aagacacagatgagaagggctggtccaagaacaccccatcaatagcaacg
gcagaggctggttttgtttttggccaggcttcactctttgccaggggcca
gtgtcactgtgtccaccatgctccttccatgccagaagcccgtgccaccc
tggccaccatgctccctctatgccaaaatccctgtgccattctgtcaaca
atgttccctccatgcaaggggtccattccactgtgcccaactacatttcc
actccctgctagggcccatgacaccctgacccacaggcaagatagccagt
ctacttatcccttattcacaaaggacaagactcagagatcctgagaatct
tactacccaattcacatggttaagtaactggatggagcacaatcccgtcc
tgcaacacttgttaaactttcctggagcccttgccatgaagggtccacca
aattccaggggtgattggttcactgactcaaccctgatggatcttgggaa
gatgggtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_144699967_144701066
seq2: B6Ng01-224K03.b_49_1150 (reverse)

seq1  CCAAGTCA-CAC-GCTTGG-TCAGGAGTTAAAGTGTGGC-TTTCAACTAG  46
      |||||||| ||| |||||| ||||||| ||||||||||| |||||| |  
seq2  CCAAGTCACCACGGCTTGGTTCAGGAGGTAAAGTGTGGCTTTTCAAATTA  50

seq1  GAAACATGTCTTTTGT-GTGTCTAAAAACACACTAGACTCCCATTATATA  95
      | |||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACATGTCTTTTGTGGGGTCT-AAAACACACTAGACTCCCATTATATA  99

seq1  CTTGTCTCCATCTTGCCCCGGTGCTACCTATCCCCTGGGTCTCATTTCCC  145
      | |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-TGTCTCCATC-TGGCCCGGTGCTACCTATCCCCTGGGTCTCATTTCCC  147

seq1  ATGAGATTGT-AAAATCACCGCGTTCTCATTGTGCTCAAACAAAGCGTTG  194
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGATTGTAAAAATCACCGCGTTCTCATTGTGCTCAAACAAAGCGTTG  197

seq1  AGGCATTGTCATTAGGCGGCTGTTCAGTTTCCCTGGGGATCAGCACCTTG  244
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATTGTCATTAGGCGGCTG-TCAGTTTCCCTGGGGATCAGCACCTTG  246

seq1  GCTCGCTGCTGACAAGGATGCAGGTGGGCACTACTGTGCACTGTCGGAGC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCGCTGCTGACAAGGATGCAGGTGGGCACTACTGTGCACTGTCGGAGC  296

seq1  CCACCACTTACACCAGTCAGCGCGATTGGAATCACATCCCCAGTGGCGTC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCACTTACACCAGTCAGCGCGATTGGAATCACATCCCCAGTGGCGTC  346

seq1  CCTCTTACCTGATGGTTTAATGACAGGTAAGTGACAGTGGTGGTACTCAC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTACCTGATGGTTTAATGACAGGTAAGTGACAGTGGTGGTACTCAC  396

seq1  TGAGTGCTGTCTGCAGGTGGATGCATGGACGGTGGGACTGGAGCGGGCCT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGCTGTCTGCAGGTGGATGCATGGACGGTGGGACTGGAGCGGGCCT  446

seq1  TGGTCTCAGCCCTTCAGCCCTCTTTAGAGAAAGGAGTGGATTTCAGCAGG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTCAGCCCTTCAGCCCTCTTTAGAGAAAGGAGTGGATTTCAGCAGG  496

seq1  ACTGCTGTGGAGACATCCAAATGGTCTTTTTACCTCCCACTTGAGAGTAG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTGTGGAGACATCCAAATGGTCTTTTTACCTCCCACTTGAGAGTAG  546

seq1  TTTTGTACTTAGAGGACAGTTGCTAAGATGGTATGGGGTGGGGGGTTCTC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTACTTAGAGGACAGTTGCTAAGATGGTATGGGGTGGGGGGTTCTC  596

seq1  TGGGTACTCCCTGCTTGGTTCCCCTATGTTGGCATCTACTTTTCTGTGTT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTACTCCCTGCTTGGTTCCCCTATGTTGGCATCTACTTTTCTGTGTT  646

seq1  TGTCTGCATCCACTCTACCTGCACTGCAGACTTTATCTGCATCCTCTTCC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGCATCCACTCTACCTGCACTGCAGACTTTATCTGCATCCTCTTCC  696

seq1  AGGGTTTTAACTCAACATCTGACACTGCTTCATCTCCTTGGTCTCCTCTG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTTTAACTCAACATCTGACACTGCTTCATCTCCTTGGTCTCCTCTG  746

seq1  ACACATTTCTCAGACTTATCTCTTTAGAGTTGTTACCTTGGTTTCACTGG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTTCTCAGACTTATCTCTTTAGAGTTGTTACCTTGGTTTCACTGG  796

seq1  CATCTCCTTACTGGTCACGTGCTTGCAGAGTCTTGCTCAGTTTCTTATTC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCCTTACTGGTCACGTGCTTGCAGAGTCTTGCTCAGTTTCTTATTC  846

seq1  TGCTGACATGATGGACTTTGGGAAGATGACCACAGAGGGAAGTGTCTGCC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGACATGATGGACTTTGGGAAGATGACCACAGAGGGAAGTGTCTGCC  896

seq1  GCACACCCTACCTGGGGACCTGACCACCTTGTGTTGTTCTGGAGACTGTT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACCCTACCTGGGGACCTGACCACCTTGTGTTGTTCTGGAGACTGTT  946

seq1  TAAGGTGGTCTTGGCCAGGTGTCCTGACTCAGCTCTCATTCCTTCTTGTT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTGGTCTTGGCCAGGTGTCCTGACTCAGCTCTCATTCCTTCTTGTT  996

seq1  CAGGAAGCAAGTGGTCAAGTATACCCTCACTTAGTGAGGGGAGATGAAAA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGCAAGTGGTCAAGTATACCCTCACTTAGTGAGGGGAGATGAAAA  1046

seq1  TACCACTTGCAAGAAAATAAACGTTATCCCCTCTTCCCTGGATCATGAAT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACTTGCAAGAAAATAAACGTTATCCCCTCTTCCCTGGATCATGAAT  1096

seq1  GAATTC  1100
      ||||||
seq2  GAATTC  1102

seq1: chr7_144469880_144470927
seq2: B6Ng01-224K03.g_69_1127

seq1  GAATTCAGACTTTGCAGAAAGGAAGGGGAGGTCAGAGACTTACACCGTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGACTTTGCAGAAAGGAAGGGGAGGTCAGAGACTTACACCGTGG  50

seq1  CTCCTCCCGGGCCCTGTGGCCTCTGAAAGGTGAAGCAGCAAGACGGGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCCGGGCCCTGTGGCCTCTGAAAGGTGAAGCAGCAAGACGGGAAT  100

seq1  GGAATCTGCTCTTGTCCCCGTGCTAGCCACCCAGGCAGAGCCAGCTGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCTGCTCTTGTCCCCGTGCTAGCCACCCAGGCAGAGCCAGCTGCAG  150

seq1  TTGCAGCATGACGATAATGCTCAAGCTTGCCAACTGGTGCTAAATCCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGCATGACGATAATGCTCAAGCTTGCCAACTGGTGCTAAATCCTGC  200

seq1  CAAGGGACCAGGTCCAGCACCACTCATTGTGCCTCTTGCACCAGCTTGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGACCAGGTCCAGCACCACTCATTGTGCCTCTTGCACCAGCTTGGA  250

seq1  TCCCAGAGTGCATCCACGGGTCCCTGAGACACCAGGAATTGCCGTAACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGAGTGCATCCACGGGTCCCTGAGACACCAGGAATTGCCGTAACTT  300

seq1  ATAGCCAAAGAGACCAAGACCTGCAGGGCTGAAGAGCACCCAGGGCAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCAAAGAGACCAAGACCTGCAGGGCTGAAGAGCACCCAGGGCAGTG  350

seq1  GGGTTAGAAAAGGAAGGTGGGAGGAGTTCCTCTCTGCAGCCTGTAGACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTAGAAAAGGAAGGTGGGAGGAGTTCCTCTCTGCAGCCTGTAGACAT  400

seq1  GGAGGAGGGTCCCCAGTGGGCCTAGGCAAGATCACACTTGCCATGGGACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAGGGTCCCCAGTGGGCCTAGGCAAGATCACACTTGCCATGGGACC  450

seq1  AGTCAGTCCACAGGCCTGCAAGCAGCTGTCCCTACATTTTCTGGACCAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGTCCACAGGCCTGCAAGCAGCTGTCCCTACATTTTCTGGACCAGT  500

seq1  GTCTCTATGAGCAGCTAAGTGAGAAGCTGAAACATCATGGCCCAAACCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTATGAGCAGCTAAGTGAGAAGCTGAAACATCATGGCCCAAACCTG  550

seq1  AAGACACAGATGAGAAGGGCTGGTCCAAGAACACCCCATCAATAGCAACG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACACAGATGAGAAGGGCTGGTCCAAGAACACCCCATCAATAGCAACG  600

seq1  GCAGAGGCTGGTTTTGTTTTTGGCCAGGCTTCACTCTTTGCCAGGGGCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGCTGGTTTTGTTTTTGGCCAGGCTTCACTCTTTGCCAGGGGCCA  650

seq1  GTGTCACTGTGTCCACCATGCTCCTTCCATGCCAGAAGCCCGTGCCACCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCACTGTGTCCACCATGCTCCTTCCATGCCAGAAGCCCGTGCCACCC  700

seq1  TGGCCACCATGCTCCCTCTATGCCAAAAT-CCTGTGCCATTCTGTCAACA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCACCATGCTCCCTCTATGCCAAAATCCCTGTGCCATTCTGTCAACA  750

seq1  ATGTTCCCTCCATGCAAGGGGTCCATTCCACTGTGCCCAACTACA-TTCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATGTTCCCTCCATGCAAGGGGTCCATTCCACTGTGCCCAACTACATTTCC  800

seq1  ACTCCCTGCTAGGGCCCATGACACCCTGACCCACAGGCAAGATAGCCAGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCTGCTAGGGCCCATGACACCCTGACCCACAGGCAAGATAGCCAGT  850

seq1  CTACTTATCCCTATTACACAAAGGACAAGACTCAGAGATCCTGAGAATCT  898
      ||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTATCCCTTATTCACAAAGGACAAGACTCAGAGATCCTGAGAATCT  900

seq1  AACTACCCAAATCACATGGTT-AGTAACT-GATGGAGCACAATCCCGGTC  946
       ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||
seq2  TACTACCCAATTCACATGGTTAAGTAACTGGATGGAGCACAATCCC-GTC  949

seq1  CTGCAACACT--GTAAAC-TTCCTGGAG-CCGTGCCATGAAGGGTCCACC  992
      ||||||||||   ||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||
seq2  CTGCAACACTTGTTAAACTTTCCTGGAGCCCTTGCCATGAAGGGTCCACC  999

seq1  AGA-TCCA-GGGTGAGTGGTTCACTGACTCAAACCTGATGGATC-TGGGA  1039
      | | |||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  AAATTCCAGGGGTGATTGGTTCACTGACTCAACCCTGATGGATCTTGGGA  1049

seq1  AGA-GGGTGA  1048
      ||| ||||||
seq2  AGATGGGTGA  1059