BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-231H09
Chromosome7 (Build37)
Map Location 46,428,513 - 46,565,433
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100038967, LOC620018, LOC100038914, EG668531, EG628058
Upstream geneLOC100038955
Downstream geneEG668618, EG330513, EG434168, 9430025M13Rik, LOC100038985, 3000002G13Rik, EG215208, LOC100039133, LOC100039050, EG668540, 4930558N11Rik, EG628161
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-231H09.bB6Ng01-231H09.g
ACCGA044057GA044058
length1,1011,101
definitionB6Ng01-231H09.b B6Ng01-231H09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,564,334 - 46,565,433)(46,428,513 - 46,429,611)
sequence
gaattcctgaccttgcctctagctccaagcctggaagaaagagagaatga
aaacatgcttgagatgaaaggtgagctgtcaatgcctccggatgcctatg
agggcactaaagaaaaccaaggaccatcacgcctttctttagtgcaccct
tactgcactgatacaagaagtctaagaccaaagtctgcttctgacaatgc
caccatggaaggcatcagtataggtctggaagagcaagagaagctcgaga
atgagactggatccagaaacaactttgacgacatcactacactgggagca
ggtgatcacctaccccaattcttcaaaactctcaaagacctagactgggg
ccctccccttcagagctggagagtcatgagcagctcctctgaaaaggtga
caaagaatgacctaaaagcctctgacctgctcgatggagctcctcaggct
aaaatccagcaccagaacctggtcaggagagagaggagtgggggctgtgc
aaaggacaaggaaagatctattgacaacatctcaaagcatctggagggca
aagatcccaaagaggcacccagcaggcacagcagagctagaaaacagggg
caagaaagaccaagtgggccagagaacaactccaagaaaacacaggagct
taagcagtcaaggaacagagtcaaagcagaagagaagccctccatcccca
agaccaagaggaagatgaacccacctgagctcagtcaaaacagcttcaag
aagcctcgaacccaccttggcatgcacatgctggagtccgtgcaggtctt
ccaccctctcgggaagaagattgagaagaaaactggcatctcttccttcg
ggggtctgcgaacctccaacaacaacaaagatcgaggcccaggccccagc
caccccagcactgctagatatgccacctgagggccggggtcctgacagaa
tcccagcaaagctcagagagcaaagatcagtgctcacaaggactgtacat
ctccactcccgttatgagctgcccccgccttggaggtcaagttagtacct
ttgccctttcccaaagctgaccagcttcagccaggacctgctttctagaa
a

gaattcttcctccagaacagattctgagttgcattgctctggagagagtt
ttcaactgacagaaaaatcccaggtttccaaaacaaaaagtcctcattgt
catctgtaccccagagcaatagtacaaggagttagtaacagtgtgcaggg
atgtgatagtgactaacttatgctgtcacatatgtgagtgtggtatgttc
ctgacaccactgaatgcaggatggataccactcactgtggccttgcgttc
tctatcattattcagtctgaagatggggatgaaaagcagatctctattta
acctgtaaagactcataatctctggctgtgtggaatatccactatgaaaa
gtagacttgagcatccttggtctcttgatcatgtgcctttccctcctgag
tttgtacttaccctgaagactgatgtctggcatattttgaccagatgtgg
aataggagaagccagaggtggagattggtatttggacattccttggctga
atctcctttcccaccatcagcatctctggttgaggggcagaccccttgct
cacagggtaggacacagagctgtaggactgcaaacactgtcctagttctc
cgggtatcagacggtccaggcagttgtggttgtagtagtacacctggctg
ccatcctggtaggaaggtgccaggctgtatccttgatctggtacctgtgg
tggtgtaacttggacaaaactggttaaaagtgatggatggaaaggggcta
tggtattgggatctaaaattttatcacactgggatgtcacagacagggag
gagagtccagtgtcttggttagtgatggtcatattgaattcctggattgc
atctcccctatctttgctttctgcgagttcccacttgagaacacctggat
agaagagtgcagaggttgagttctggctcttgttcagtaagctccaccag
catggtcttgccagcatggtgggttaaaggtaggctctgctgtgatcact
ggacagaagttgttggtgccttggttgtaggatccatgctaactcacagc
tgggtgaaacactggaagtgtttgcacaccttctggagtggtgtagagtt
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_46564334_46565433
seq2: B6Ng01-231H09.b_43_1143 (reverse)

seq1  TTTCTAG-AAGCAGGT-CTGGCTTGAGGCTGGTCCAGCTTTGGGAAA-GG  47
      ||||||| |||||||| ||||| ||| |||||| ||||||||||||| ||
seq2  TTTCTAGAAAGCAGGTCCTGGC-TGAAGCTGGT-CAGCTTTGGGAAAGGG  48

seq1  CAAAGGTACTAACTTGACCTTCCCAGGCGGGGGCAGCTCAT-ACGGGGGT  96
      ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||
seq2  CAAAGGTACTAACTTGACC-TCCAAGGCGGGGGCAGCTCATAACGGGAGT  97

seq1  GGAGATGTACAGTCCTTGTGAGCACTGATCTTTGCTCTCTGAGCTTTGCC  146
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GGAGATGTACAGTCCTTGTGAGCACTGATCTTTGCTCTCTGAGCTTTG-C  146

seq1  TGGGATTCTGTCAGGACCCCGGCCCTCAGGTGGCATATCTAGCAGTGCTG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTCTGTCAGGACCCCGGCCCTCAGGTGGCATATCTAGCAGTGCTG  196

seq1  GGGTGGCT-GGGCCTGGGCCTCGATCTTTGTTGTTGTTGGAGGTTCGCAG  245
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGCTGGGGCCTGGGCCTCGATCTTTGTTGTTGTTGGAGGTTCGCAG  246

seq1  ACCCCCGAAGGAAGAGATGCCAGTTTTCTTCTCAATCTTCTTCCCGAGAG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCCGAAGGAAGAGATGCCAGTTTTCTTCTCAATCTTCTTCCCGAGAG  296

seq1  GGTGGAAGACCTGCACGGACTCCAGCATGTGCATGCCAAGGTGGGTTCGA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAAGACCTGCACGGACTCCAGCATGTGCATGCCAAGGTGGGTTCGA  346

seq1  GGCTTCTTGAAGCTGTTTTGACTGAGCTCAGGTGGGTTCATCTTCCTCTT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCTTGAAGCTGTTTTGACTGAGCTCAGGTGGGTTCATCTTCCTCTT  396

seq1  GGTCTTGGGGATGGAGGGCTTCTCTTCTGCTTTGACTCTGTTCCTTGACT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTGGGGATGGAGGGCTTCTCTTCTGCTTTGACTCTGTTCCTTGACT  446

seq1  GCTTAAGCTCCTGTGTTTTCTTGGAGTTGTTCTCTGGCCCACTTGGTCTT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAAGCTCCTGTGTTTTCTTGGAGTTGTTCTCTGGCCCACTTGGTCTT  496

seq1  TCTTGCCCCTGTTTTCTAGCTCTGCTGTGCCTGCTGGGTGCCTCTTTGGG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCCCCTGTTTTCTAGCTCTGCTGTGCCTGCTGGGTGCCTCTTTGGG  546

seq1  ATCTTTGCCCTCCAGATGCTTTGAGATGTTGTCAATAGATCTTTCCTTGT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGCCCTCCAGATGCTTTGAGATGTTGTCAATAGATCTTTCCTTGT  596

seq1  CCTTTGCACAGCCCCCACTCCTCTCTCTCCTGACCAGGTTCTGGTGCTGG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGCACAGCCCCCACTCCTCTCTCTCCTGACCAGGTTCTGGTGCTGG  646

seq1  ATTTTAGCCTGAGGAGCTCCATCGAGCAGGTCAGAGGCTTTTAGGTCATT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAGCCTGAGGAGCTCCATCGAGCAGGTCAGAGGCTTTTAGGTCATT  696

seq1  CTTTGTCACCTTTTCAGAGGAGCTGCTCATGACTCTCCAGCTCTGAAGGG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTCACCTTTTCAGAGGAGCTGCTCATGACTCTCCAGCTCTGAAGGG  746

seq1  GAGGGCCCCAGTCTAGGTCTTTGAGAGTTTTGAAGAATTGGGGTAGGTGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCCCCAGTCTAGGTCTTTGAGAGTTTTGAAGAATTGGGGTAGGTGA  796

seq1  TCACCTGCTCCCAGTGTAGTGATGTCGTCAAAGTTGTTTCTGGATCCAGT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTGCTCCCAGTGTAGTGATGTCGTCAAAGTTGTTTCTGGATCCAGT  846

seq1  CTCATTCTCGAGCTTCTCTTGCTCTTCCAGACCTATACTGATGCCTTCCA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTCTCGAGCTTCTCTTGCTCTTCCAGACCTATACTGATGCCTTCCA  896

seq1  TGGTGGCATTGTCAGAAGCAGACTTTGGTCTTAGACTTCTTGTATCAGTG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGCATTGTCAGAAGCAGACTTTGGTCTTAGACTTCTTGTATCAGTG  946

seq1  CAGTAAGGGTGCACTAAAGAAAGGCGTGATGGTCCTTGGTTTTCTTTAGT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAGGGTGCACTAAAGAAAGGCGTGATGGTCCTTGGTTTTCTTTAGT  996

seq1  GCCCTCATAGGCATCCGGAGGCATTGACAGCTCAGCTTTCATCTCAAGCA  1045
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GCCCTCATAGGCATCCGGAGGCATTGACAGCTCACCTTTCATCTCAAGCA  1046

seq1  TGTTTTCATTCTCTCTTTCTTCCAGGCTTGGAGCTAGAGGCAAGGTCAGG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCATTCTCTCTTTCTTCCAGGCTTGGAGCTAGAGGCAAGGTCAGG  1096

seq1  AATTC  1100
      |||||
seq2  AATTC  1101


seq1: chr7_46428513_46429611
seq2: B6Ng01-231H09.g_64_1164

seq1  GAATTCTTCCTCCAGGACAGATTCTGAGTTGCATTTCTCTGGAGAGAGTT  50
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCTCCAGAACAGATTCTGAGTTGCATTGCTCTGGAGAGAGTT  50

seq1  TTCAACTGACAGAAAAATCCCAGGTTTCCAAAACAAAAAGTCCTCATTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACTGACAGAAAAATCCCAGGTTTCCAAAACAAAAAGTCCTCATTGT  100

seq1  CATCTGTACCCCAGAGCAATAGTTCAAGGAGTTAGTAACAGTGTGCAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTACCCCAGAGCAATAGTACAAGGAGTTAGTAACAGTGTGCAGGG  150

seq1  ATGTGATAGTGACTAACTTATGCTGTCACATATGTGAGTGTGGTATGCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATGTGATAGTGACTAACTTATGCTGTCACATATGTGAGTGTGGTATGTTC  200

seq1  CTGACACCACTGAATGCAGGATGGATACCACTCACTGTGGCCTTGCTTTC  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CTGACACCACTGAATGCAGGATGGATACCACTCACTGTGGCCTTGCGTTC  250

seq1  TCTATCATTATTCAGTCTGAAGATGGGGATGAAAAGCAGAGCTCTATTTA  300
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCTATCATTATTCAGTCTGAAGATGGGGATGAAAAGCAGATCTCTATTTA  300

seq1  ACCTGTAAACACTCATAATCTCTGGCTGTGTGGAATATCCACTATGAAAA  350
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTAAAGACTCATAATCTCTGGCTGTGTGGAATATCCACTATGAAAA  350

seq1  GTAGACTTGAGCAT-CTTGGACTCTTGATCACGTGCCTTTCCCTCCTGAG  399
      |||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTAGACTTGAGCATCCTTGGTCTCTTGATCATGTGCCTTTCCCTCCTGAG  400

seq1  TTTGTACTTACCCTGAAGACTGATGTCTGGCATATTTTGACCAGATGTGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTACTTACCCTGAAGACTGATGTCTGGCATATTTTGACCAGATGTGG  450

seq1  AATAGGAGAAGCCAGAGGTGGAGATTGGTATTTGGACATTCCTTGGCTGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGAGAAGCCAGAGGTGGAGATTGGTATTTGGACATTCCTTGGCTGA  500

seq1  ATCTCCTTTCCCACCATCAGCATCTCTGGTTGAGGGGCAGACCCCTTGCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCTTTCCCACCATCAGCATCTCTGGTTGAGGGGCAGACCCCTTGCT  550

seq1  CACAGGGTAGGACACAGAGCTGTAGGACTGCAAACACTGTCCTAGTTCTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGGTAGGACACAGAGCTGTAGGACTGCAAACACTGTCCTAGTTCTC  600

seq1  CGGGTATCAGACGGTCCAGGCTGTTGTGGTTGTAGTAGTACACCTGGCTG  649
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGTATCAGACGGTCCAGGCAGTTGTGGTTGTAGTAGTACACCTGGCTG  650

seq1  CCATCCTGGTAGGAAGGTGCCAGGCTGTATCCTTGATCTGGTACCTGTGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCTGGTAGGAAGGTGCCAGGCTGTATCCTTGATCTGGTACCTGTGG  700

seq1  TGGTGTAACTTGGACAAAACTGGTTAAAAGTGATGGATGGAAAGGGGCTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTAACTTGGACAAAACTGGTTAAAAGTGATGGATGGAAAGGGGCTA  750

seq1  TGGTATTGGGATCTAAAATTTTATTACACTGGGATGTCACAGACAGGGAG  799
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATTGGGATCTAAAATTTTATCACACTGGGATGTCACAGACAGGGAG  800

seq1  GAGAGTCCAGTGTCTTGGTTAGTGATGGTCATATTGAATTCCTGGATTGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTCCAGTGTCTTGGTTAGTGATGGTCATATTGAATTCCTGGATTGC  850

seq1  ATCTCCCCTATCTTTGCTTTCTGCGAGTTCCCACTTGAGAACACCTGGAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCCCTATCTTTGCTTTCTGCGAGTTCCCACTTGAGAACACCTGGAT  900

seq1  AGAAGAGTGCAGAGGTTGAGTTCTGGCTC-TGTTCAGTAAGCTCCACCAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGTGCAGAGGTTGAGTTCTGGCTCTTGTTCAGTAAGCTCCACCAG  950

seq1  CATGGTCTTGCCAGCAT-GTGGGTT-AAGGTAGGCTCTGCCTGTGATCAC  996
      ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| 
seq2  CATGGTCTTGCCAGCATGGTGGGTTAAAGGTAGGCTCTG-CTGTGATCA-  998

seq1  CTGGACAGAAG-TGTTGGTG-CTTGGTGGTAGGATCCATGCTAAACTCAC  1044
      ||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  CTGGACAGAAGTTGTTGGTGCCTTGGTTGTAGGATCCATGCT-AACTCAC  1047

seq1  AGCTGGGGTGGAAACACTGGAGGTG-TTGCACACCCTTCCTGAGT-GTGT  1092
      |||||||   ||||||||||| ||| ||||||| |||||  |||| ||||
seq2  AGCTGGG--TGAAACACTGGAAGTGTTTGCACA-CCTTCTGGAGTGGTGT  1094

seq1  AGAGTTG  1099
      |||||||
seq2  AGAGTTG  1101


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |