BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-233J22
Chromosome7 (Build37)
Map Location 103,780,531 - 103,926,810
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOdz4
Upstream geneFrda-ps, EG666836, LOC670727, LOC666858
Downstream geneNars2, Gab2, LOC100040457, Usp35, EG622320, Alg8, Ndufc2, Thrsp, Kctd14, Ints4, 1810020D17Rik, Rsf1, LOC622994, LOC100040211, Clns1a, Aqp11, LOC100040594
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-233J22.bB6Ng01-233J22.g
ACCGA045622GA045623
length1,1541,196
definitionB6Ng01-233J22.b B6Ng01-233J22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,780,531 - 103,781,684)(103,925,626 - 103,926,810)
sequence
gaattcattgctgttggaagacacaccctgaatgtgaacaccatcggagt
ctgtgagctgaggtccagggctgggtaccagcacacacctccctgcttcc
cagctgggtagatacaatgcagcctgctgcctcaagttccagctgccctg
tcttccccactgtggtgggctccatcttcaaactatgaatgaaaataaat
cctgcctatcctaagttgcctttgttcaccacagcagctgaggaaggatg
ccctggccccgcctatttcttgattttcagatttgaatagtattggttca
atagggactaacggcttttgcgaacactgtggcaaagcacacctaaaaag
ctcaaaagaatgttccatgcaccagaggcctgtggtaaatgtccttctca
cacaaaagctcctttccctacacgatgcagttgagagtaaaaagtaagtc
tgtttctccatcacgttcttccttaaaacctgatcaaggattccttttga
aaacctccctctggggctaccctggatgagacaaagtcactgggaaacga
gactgagcaacctgtctactctgcccctaagtgtttctcttgatttttca
aggcagatctctggagctcgctggccagcctagcctaagagtgtgggctt
aggacccatcaaagaacggtccacagcccatcctggcacccaccatctta
gtaaccttgagcatcttgcttaaacatcctattctacatctgtcagcggg
tctacagactgaaaggtgatgattcacttaaaaatggttccatagagctg
gacacacagtagtgctccattactgtcagtaaccactctaccctccagca
gctagctctttgcccccagggcttccatatctcttgcctcttccctctag
gccctagatccccacatctgagtagcgggcctggcaatcgggttatgctc
ttcctcgcttatgaggcctaggatgttgcagctgtgtaaatggagtggga
gaagcaatatctgagacacagccccaggaagtaataaatgatgttgagca
gctgttggcagtgcttcataaatcacatctcagagtagaagttaagctgc
cccaggcctcactgaatagagccagaagctctctctggtagccagattgt
ttga
gaattcattctctcatcattctggttagagctatgcagaaatgcccagta
caacacagtttagaatcccaaggctgaacaaggggagggtgtaagttttt
aaattatctgctcaccaagaggaaaggcatcaaagattagaatgtaaggg
caaggaagaggaaatgagtccacagcaggaggagtttgcagttagggcca
cacccccaccagtgctgaaaggttaaattgtaacagtcgaacccaccctc
caccctcgccaaccctttccccggtatttaccaatggaacagtcgtgtcc
agtccagcttgggtcacagttgcaaagtcctgtgtctgggaggaaggttc
cgtggcctgagcactggtccaagcatgtggccctgggtgtctcgcagttg
gtgcctccccatcccacagagcagtggcactcgcctctgacacagacacc
cctgctggaacatgtggggtccatgcagtccactgtgacagggaaggaag
atggtacagtgagtattgggacagcagtgtgagactcttgggaaggacaa
cactgttaatctgtccactaggggaggtaacaggttcagtaaagagtagg
atttcagtgaatggtggacctgagttcccagttctccaagactgtttcgt
cacctgaaaaatgtggctacaagtccctgccctttggcttgtgaggtaaa
ctgagtattaatgtccaacaagcatcagcatggcacccagagcctaccat
gtttgcaaaaactgcaacgagggaggaggagtctcagatgggggaactag
ggttcagaaaggacacacagataaaatcgatcagaaaggattttcctcta
atgcgtatgtgtgtatgcacccaattgtgcacatgtgtgtgagtgagcac
atctctctctgtgtgtgttgtatgtatatacaagtcgactagagcagatg
ctggcaagatgctgggtgccttcctctactgttttctgcttattgtatta
agatagaatcttcattaaatagaagctctggagctttctaactatgaaac
agacacccgtcaagaattccctaccattcttgactgctacaggagcccag
gcagtggtacagtgagggttcagaaagagacttatttgaccttagcctac
tcagtacgtatttttacatcctcttcaggagcactttgatatagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_103780531_103781684
seq2: B6Ng01-233J22.b_45_1198

seq1  GAATTCATTGCTGTTGGAAGACACACCCTGAATGTGAACACCATCGGAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGCTGTTGGAAGACACACCCTGAATGTGAACACCATCGGAGT  50

seq1  CTGTGAGCTGAGGTCCAGGGCTGGGTACCAGCACACACCTCCCTGCTTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGCTGAGGTCCAGGGCTGGGTACCAGCACACACCTCCCTGCTTCC  100

seq1  CAGCTGGGTAGATACAATGCAGCCTGCTGCCTCAAGTTCCAGCTGCCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGGTAGATACAATGCAGCCTGCTGCCTCAAGTTCCAGCTGCCCTG  150

seq1  TCTTCCCCACTGTGGTGGGCTCCATCTTCAAACTATGAATGAAAATAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCCCACTGTGGTGGGCTCCATCTTCAAACTATGAATGAAAATAAAT  200

seq1  CCTGCCTATCCTAAGTTGCCTTTGTTCACCACAGCAGCTGAGGAAGGATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCTATCCTAAGTTGCCTTTGTTCACCACAGCAGCTGAGGAAGGATG  250

seq1  CCCTGGCCCCGCCTATTTCTTGATTTTCAGATTTGAATAGTATTGGTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGCCCCGCCTATTTCTTGATTTTCAGATTTGAATAGTATTGGTTCA  300

seq1  ATAGGGACTAACGGCTTTTGCGAACACTGTGGCAAAGCACACCTAAAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGACTAACGGCTTTTGCGAACACTGTGGCAAAGCACACCTAAAAAG  350

seq1  CTCAAAAGAATGTTCCATGCACCAGAGGCCTGTGGTAAATGTCCTTCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAAGAATGTTCCATGCACCAGAGGCCTGTGGTAAATGTCCTTCTCA  400

seq1  CACAAAAGCTCCTTTCCCTACACGATGCAGTTGAGAGTAAAAAGTAAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAAGCTCCTTTCCCTACACGATGCAGTTGAGAGTAAAAAGTAAGTC  450

seq1  TGTTTCTCCATCACGTTCTTCCTTAAAACCTGATCAAGGATTCCTTTTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTCCATCACGTTCTTCCTTAAAACCTGATCAAGGATTCCTTTTGA  500

seq1  AAACCTCCCTCTGGGGCTACCCTGGATGAGACAAAGTCACTGGGAAACGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTCCCTCTGGGGCTACCCTGGATGAGACAAAGTCACTGGGAAACGA  550

seq1  GACTGAGCAACCTGTCTACTCTGCCCCTAAGTGTTTCTCTTGATTTTTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAGCAACCTGTCTACTCTGCCCCTAAGTGTTTCTCTTGATTTTTCA  600

seq1  AGGCAGATCTCTGGAGCTCGCTGGCCAGCCTAGCCTAAGAGTGTGGGCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGATCTCTGGAGCTCGCTGGCCAGCCTAGCCTAAGAGTGTGGGCTT  650

seq1  AGGACCCATCAAAGAACGGTCCACAGCCCATCCTGGCACCCACCATCTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCCATCAAAGAACGGTCCACAGCCCATCCTGGCACCCACCATCTTA  700

seq1  GTAACCTTGAGCATCTTGCTTAAACATCCTATTCTACATCTGTCAGCGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACCTTGAGCATCTTGCTTAAACATCCTATTCTACATCTGTCAGCGGG  750

seq1  TCTACAGACTG-AAGGTGATGATTCACTTAAAAATGGTTCCATAGAGCTG  799
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAGACTGAAAGGTGATGATTCACTTAAAAATGGTTCCATAGAGCTG  800

seq1  GACACACAGTAGGTGCTCCATTACTGTCAGTAACCACTCTACCCTCCAGC  849
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACACAGTA-GTGCTCCATTACTGTCAGTAACCACTCTACCCTCCAGC  849

seq1  AGCTAGCTCTTTGCCCCCAGGGCTTCCATATCTCTTGCCTCTTCCCTCTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGCTCTTTGCCCCCAGGGCTTCCATATCTCTTGCCTCTTCCCTCTA  899

seq1  GGCCCTAGATCCCCCACATCTGAGTAGCGGGCCTGGCAATCGGGTTATGC  949
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTAGAT-CCCCACATCTGAGTAGCGGGCCTGGCAATCGGGTTATGC  948

seq1  TCTTCCTCGCTTATGAGGCCTAGGATGTTGCAGCTGTGTAAATGGAGTGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTCGCTTATGAGGCCTAGGATGTTGCAGCTGTGTAAATGGAGTGG  998

seq1  GAGAAGGCAAATATCTGGAGACACAGCCCCAGGAAGTAATAAATGATGTT  1049
      ||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAG--CAATATCT-GAGACACAGCCCCAGGAAGTAATAAATGATGTT  1045

seq1  GAGCAGCTGTTTGGAAGTGCTTTCTTAATCACATCTCAGAGTAGAAGTTA  1099
      ||||||||| |||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGCTG-TTGGCAGTGCTTCATAAATCACATCTCAGAGTAGAAGTTA  1094

seq1  AGCTGCCCCA-GCCTCCCTG-ATAGAG-CAG-AGCTCTCTCT-GTAGCCA  1144
      |||||||||| ||||| ||| |||||| ||| |||||||||| |||||||
seq2  AGCTGCCCCAGGCCTCACTGAATAGAGCCAGAAGCTCTCTCTGGTAGCCA  1144

seq1  GATTGTTTGA  1154
      ||||||||||
seq2  GATTGTTTGA  1154

seq1: chr7_103925626_103926810
seq2: B6Ng01-233J22.g_65_1260 (reverse)

seq1  CACTA-CTCAAAG---TCCTG-AGAGGATGTAAAAATAACCCTCTTTG-A  44
      |||||  ||||||   ||||| ||||||||||||||| ||   ||  | |
seq2  CACTATATCAAAGTGCTCCTGAAGAGGATGTAAAAAT-ACGTACTGAGTA  49

seq1  TGCTATAGTTCATAT-AGTCTC-TTCTG-ACCCTCACTGT--CACTGC--  87
       |||| || ||| || |||||| ||||| |||||||||||  ||||||  
seq2  GGCTA-AGGTCAAATAAGTCTCTTTCTGAACCCTCACTGTACCACTGCCT  98

seq1  TGGCTCCTTGTAGCAGTC-AGAATGGTAGGG-ATTCTTGAC-GGTGTCTG  134
       |||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  GGGCTCC-TGTAGCAGTCAAGAATGGTAGGGAATTCTTGACGGGTGTCTG  147

seq1  TTTCATAGTTAGAAAGCT-CAGAGCTTCTATTTAATGAAGAATTCTATCT  183
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTTCATAGTTAGAAAGCTCCAGAGCTTCTATTTAATGAAG-ATTCTATCT  196

seq1  TAATACAATAAAGCAGAAAACAGTAGAGGAAGGCACCCAGCATCTTGCCA  233
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACAAT-AAGCAGAAAACAGTAGAGGAAGGCACCCAGCATCTTGCCA  245

seq1  GCATCTTGCTCTTAGTCGACTTGTATATACATACAACACACACAGAGAGA  283
      ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATC-TGCTC-TAGTCGACTTGTATATACATACAACACACACAGAGAGA  293

seq1  GATGTGCTCACTCACACACATGTGCACAATTGGGTGCATACACACATACG  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGCTCACTCACACACATGTGCACAATTGGGTGCATACACACATACG  343

seq1  CATTAGAGGAAAATCCTTTCTGATCGATTTTATCTGTGTGTCC-TTCTGA  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CATTAGAGGAAAATCCTTTCTGATCGATTTTATCTGTGTGTCCTTTCTGA  393

seq1  ACCCTAGTTCCCCCATCTGAGACTCCTCCTCCCTCGTTGCAGTTTTTGCA  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTAGTTCCCCCATCTGAGACTCCTCCTCCCTCGTTGCAGTTTTTGCA  443

seq1  AACATGGTAGGCTCTGGGTGCCATGCTGATGCTTGTTGGACATTAATACT  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGGTAGGCTCTGGGTGCCATGCTGATGCTTGTTGGACATTAATACT  493

seq1  CAGTTTACCTCACAAGCCAAAGGGCAGGGACTTGTAGCCACATTTTTCAG  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTACCTCACAAGCCAAAGGGCAGGGACTTGTAGCCACATTTTTCAG  543

seq1  GTGACGAAACAGTCTTGGAGAACTGGGAACTCAGGTCCACCATTCACTGA  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACGAAACAGTCTTGGAGAACTGGGAACTCAGGTCCACCATTCACTGA  593

seq1  AATCCTACTCTTTACTGAACCTGTTACCTCCCCTAGTGGACAGATTAACA  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTACTCTTTACTGAACCTGTTACCTCCCCTAGTGGACAGATTAACA  643

seq1  GTGTTGTCCTTCCCAAGAGTCTCACACTGCTGTCCCAATACTCACTGTAC  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGTCCTTCCCAAGAGTCTCACACTGCTGTCCCAATACTCACTGTAC  693

seq1  CATCTTCCTTCCCTGTCACAGTGGACTGCATGGACCCCACATGTTCCAGC  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTCCTTCCCTGTCACAGTGGACTGCATGGACCCCACATGTTCCAGC  743

seq1  AGGGGTGTCTGTGTCAGAGGCGAGTGCCACTGCTCTGTGGGATGGGGAGG  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTGTCTGTGTCAGAGGCGAGTGCCACTGCTCTGTGGGATGGGGAGG  793

seq1  CACCAACTGCGAGACACCCAGGGCCACATGCTTGGACCAGTGCTCAGGCC  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAACTGCGAGACACCCAGGGCCACATGCTTGGACCAGTGCTCAGGCC  843

seq1  ACGGAACCTTCCTCCCAGACACAGGACTTTGCAACTGTGACCCAAGCTGG  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGAACCTTCCTCCCAGACACAGGACTTTGCAACTGTGACCCAAGCTGG  893

seq1  ACTGGACACGACTGTTCCATTGGTAAATACCGGGGAAAGGGTTGGCGAGG  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGACACGACTGTTCCATTGGTAAATACCGGGGAAAGGGTTGGCGAGG  943

seq1  GTGGAGGGTGGGTTCGACTGTTACAATTTAACCTTTCAGCACTGGTGGGG  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGGGTGGGTTCGACTGTTACAATTTAACCTTTCAGCACTGGTGGGG  993

seq1  GTGTGGCCCTAACTGCAAACTCCTCCTGCTGTGGACTCATTTCCTCTTCC  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGCCCTAACTGCAAACTCCTCCTGCTGTGGACTCATTTCCTCTTCC  1043

seq1  TTGCCCTTACATTCTAATCTTTGATGCCTTTCCTCTTGGTGAGCAGATAA  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCTTACATTCTAATCTTTGATGCCTTTCCTCTTGGTGAGCAGATAA  1093

seq1  TTTAAAAACTTACACCCTCCCCTTGTTCAGCCTTGGGATTCTAAACTGTG  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAACTTACACCCTCCCCTTGTTCAGCCTTGGGATTCTAAACTGTG  1143

seq1  TTGTACTGGGCATTTCTGCATAGCTCTAACCAGAATGATGAGAGAATGAA  1182
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACTGGGCATTTCTGCATAGCTCTAACCAGAATGATGAGAGAATGAA  1193

seq1  TTC  1185
      |||
seq2  TTC  1196