BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-236B18
Chromosome7 (Build37)
Map Location 139,245,287 - 139,378,146
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCpxm2
Upstream geneDmbt1, 4933402N03Rik, 5430419D17Rik, LOC546006, LOC100043173, Cuzd1, 1700007K09Rik, 1700063I17Rik, 2310057M21Rik, Pstk, Ikzf5, Acadsb, Hmx3, Hmx2, Bub3, LOC677073, LOC100043679, Gpr26
Downstream gene4631426J05Rik, LOC100043682, LOC100043683, Oat, Nkx1-2, 2310007H09Rik, A930008G19Rik, 2010208K18Rik, C430003P19Rik, Zranb1, Ctbp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-236B18.bB6Ng01-236B18.g
ACCGA047408GA047409
length9171,085
definitionB6Ng01-236B18.b B6Ng01-236B18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(139,377,231 - 139,378,146)(139,245,287 - 139,246,366)
sequence
gaattctcagccattgtctgccaggtatttcctgctccactcacgatagc
gcctttctcccatgggtagtcttctactttaagctttctggtttaatcct
tggattttggcttagcctcttaccaagcagcgggaggcagctgcacggat
gaccccagttccttgcagggtctaggcagcttccctggtctctctggaat
gacttccacccctgcctcctggttagtgctgtgatgtcacaaggacccca
gatcccatggcatgaaacatccaccccttatgctcaaagggtagtggatg
gggagtctggacagagatgaggccttgctggttcctgcactttggatcta
aggactctgggaaggataggatggctgtactttggtgtcatctgcaggct
catttactagtgtctgatacctgaggctggctctggcctgggtcctcctt
tagggctatgacatgagtatatgagcatgtgacaactccagtggctgctt
ctgcttcctcacaacgtgatggcctgcttccagggtggtatgtcccagca
gagcatagatgcattttctgttcatctgcttgtcattgtggtcacaagaa
caagatatcaccacctgaaggagcagtgtcaaggtcatgtgatccgaaca
tgtggtgacatagagtatttttggcagtgttggggacctaacctaggacc
ttgtgcaaacacgatgtattactgagttacaaccgcaaccttaattcact
ttaaaaaacaaaacaaaacaaaaaacttctttgtgaagattcaattcaca
cagaataaaactggggcacattacacaaacactgaatcttggaagataac
acacctactctaaggtctactttgggttgtcttcttgttttgctgttttt
tggggagaggggggtgg
gaattcagtaagaccggtaaaggacagtctgtggggaatgccgaggccag
tgctttggaagccattgctaaccatactgaccctaatgacaagaaggagt
ttgatagctaatctttgccaactttactatgtctagaattatttaaaacc
caaacaactggccacacctgtgagggaatgtcttgactggatcttttgag
gtgagaagatgtactctaaatctgggccacaccttctgatggtagcccac
atgaagggaaatggaagaaggaaacttttgctctttgcctgcttgcctta
ctcttactggcaagtgcatctatcctgtcattgaaatatcttttgctggt
attagaacctgtgtcttcaggattccaacatagactgaaaaccaacagat
ctttgagaattccctatgcctttctgtcaggagaaagtcctactcagaca
cacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacattca
gcctattagttccattcttttagaaaatgctgactaatagaaaggggaca
tatggcagagaggcctggggttaactctggactagaatctatgattatta
atattgacaacttgacaggatctacaatcctcctaagagacacacccctg
aatatgtctgtgatgggttagctagactgttaattaagatgagaaaaccc
aactgtggataccaccatgtgttaggctgaacaacaagaaaaaaggcaac
tgagtatcagtatccatctctctctacttccagactatgtacacgcacac
acacatgcacagacacatatgcatacaccttacacgcatgcacgtatgca
cacatgcacacacatgcatgtgcattacacatgcacacacatgcacacac
acatatgcatacacctgtacatgcatgcacacatgcacacacatgcatgt
gcattacacatgcacacacacacacgcacacacatgtgcacacagccaca
catgcatgtgcatgccttaaattgcctcttgtcagatgtttttgtcacag
caacagaaaacgttacctagtgcaatcaatccgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_139377231_139378146
seq2: B6Ng01-236B18.b_45_961 (reverse)

seq1  CCACCCCCCTCTCCCCAAAAAACAGCAAAACAAGAAGACAA-CCAAAGTA  49
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCACCCCCCTCTCCCCAAAAAACAGCAAAACAAGAAGACAACCCAAAGTA  50

seq1  GACCTTAGAGTAGGTGTGTTATCTTCCAAGATTCAGTGTTTGTGTAATGT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTAGAGTAGGTGTGTTATCTTCCAAGATTCAGTGTTTGTGTAATGT  100

seq1  GCCCCAGTTTTATTCTGTGTGAATTGAATCTTCACAAAGAAGTTTTTTGT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAGTTTTATTCTGTGTGAATTGAATCTTCACAAAGAAGTTTTTTGT  150

seq1  TTTGTTTTGTTTTTTAAAGTGAATTAAGGTTGCGGTTGTAACTCAGTAAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTGTTTTTTAAAGTGAATTAAGGTTGCGGTTGTAACTCAGTAAT  200

seq1  ACATCGTGTTTGCACAAGGTCCTAGGTTAGGTCCCCAACACTGCCAAAAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCGTGTTTGCACAAGGTCCTAGGTTAGGTCCCCAACACTGCCAAAAA  250

seq1  TACTCTATGTCACCACATGTTCGGATCACATGACCTTGACACTGCTCCTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTATGTCACCACATGTTCGGATCACATGACCTTGACACTGCTCCTT  300

seq1  CAGGTGGTGATATCTTGTTCTTGTGACCACAATGACAAGCAGATGAACAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGGTGATATCTTGTTCTTGTGACCACAATGACAAGCAGATGAACAG  350

seq1  AAAATGCATCTATGCTCTGCTGGGACATACCACCCTGGAAGCAGGCCATC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGCATCTATGCTCTGCTGGGACATACCACCCTGGAAGCAGGCCATC  400

seq1  ACGTTGTGAGGAAGCAGAAGCAGCCACTGGAGTTGTCACATGCTCATATA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTGTGAGGAAGCAGAAGCAGCCACTGGAGTTGTCACATGCTCATATA  450

seq1  CTCATGTCATAGCCCTAAAGGAGGACCCAGGCCAGAGCCAGCCTCAGGTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGTCATAGCCCTAAAGGAGGACCCAGGCCAGAGCCAGCCTCAGGTA  500

seq1  TCAGACACTAGTAAATGAGCCTGCAGATGACACCAAAGTACAGCCATCCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACACTAGTAAATGAGCCTGCAGATGACACCAAAGTACAGCCATCCT  550

seq1  ATCCTTCCCAGAGTCCTTAGATCCAAAGTGCAGGAACCAGCAAGGCCTCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTCCCAGAGTCCTTAGATCCAAAGTGCAGGAACCAGCAAGGCCTCA  600

seq1  TCTCTGTCCAGACTCCCCATCCACTACCCTTTGAGCATAAGGGGTGGATG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTCCAGACTCCCCATCCACTACCCTTTGAGCATAAGGGGTGGATG  650

seq1  TTTCATGCCATGGGATCTGGGGTCCTTGTGACATCACAGCACTAACCAGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATGCCATGGGATCTGGGGTCCTTGTGACATCACAGCACTAACCAGG  700

seq1  AGGCAGGGGTGGAAGTCATTCCAGAGAGACCAGGGAAGCTGCCTAGACCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGGGTGGAAGTCATTCCAGAGAGACCAGGGAAGCTGCCTAGACCC  750

seq1  TGCAAGGAACTGGGGTCATCCGTGCAGCTGCCTCCCGCTGCTTGGTAAGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGGAACTGGGGTCATCCGTGCAGCTGCCTCCCGCTGCTTGGTAAGA  800

seq1  GGCTAAGCCAAAATCCAAGGATTAAACCAGAAAGCTTAAAGTAGAAGACT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAGCCAAAATCCAAGGATTAAACCAGAAAGCTTAAAGTAGAAGACT  850

seq1  ACCCATGGGAGAAAGGCGCTATCGTGAGTGGAGCAGGAAATACCTGGCAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATGGGAGAAAGGCGCTATCGTGAGTGGAGCAGGAAATACCTGGCAG  900

seq1  ACAATGGCTGAGAATTC  916
      |||||||||||||||||
seq2  ACAATGGCTGAGAATTC  917

seq1: chr7_139245287_139246366
seq2: B6Ng01-236B18.g_68_1152

seq1  GAATTCAGTAAGACCGGTAAAGGACAGTCTGTGGGGAATGCCGAGGCCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTAAGACCGGTAAAGGACAGTCTGTGGGGAATGCCGAGGCCAG  50

seq1  TGCTTTGGAAGCCATTGCTAACCATACTGACCCTAATGACAAGAAGGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGGAAGCCATTGCTAACCATACTGACCCTAATGACAAGAAGGAGT  100

seq1  TTGATAGCTAATCTTTGCCAACTTTACTATGTCTAGAATTATTTAAAACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAGCTAATCTTTGCCAACTTTACTATGTCTAGAATTATTTAAAACC  150

seq1  CAAACAACTGGCCACACCTGTGAGGGAATGTCTTGACTGGATCTTTTGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAACTGGCCACACCTGTGAGGGAATGTCTTGACTGGATCTTTTGAG  200

seq1  GTGAGAAGATGTACTCTAAATCTGGGCCACACCTTCTGATGGTAGCCCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAAGATGTACTCTAAATCTGGGCCACACCTTCTGATGGTAGCCCAC  250

seq1  ATGAAGGGAAATGGAAGAAGGAAACTTTTGCTCTTTGCCTGCTTGCCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGGGAAATGGAAGAAGGAAACTTTTGCTCTTTGCCTGCTTGCCTTA  300

seq1  CTCTTACTGGCAAGTGCATCTATCCTGTCATTGAAATATCTTTTGCTGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTACTGGCAAGTGCATCTATCCTGTCATTGAAATATCTTTTGCTGGT  350

seq1  ATTAGAACCTGTGTCTTCAGGATTCCAACATAGACTGAAAACCAACAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAACCTGTGTCTTCAGGATTCCAACATAGACTGAAAACCAACAGAT  400

seq1  CTTTGAGAATTCCCTATGCCTTTCTGTCAGGAGAAAGTCCTACTCAGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAGAATTCCCTATGCCTTTCTGTCAGGAGAAAGTCCTACTCAGACA  450

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATTCA  500

seq1  GCCTATTAGTTCCATTCTTTTAGAAAATGCTGACTAATAGAAAGGGGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATTAGTTCCATTCTTTTAGAAAATGCTGACTAATAGAAAGGGGACA  550

seq1  TATGGCAGAGAGGCCTGGGGTTAACTCTGGACTAGAATCTATGATTATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCAGAGAGGCCTGGGGTTAACTCTGGACTAGAATCTATGATTATTA  600

seq1  ATATTGACAACTTGACAGGATCTACAATCCTCCTAAGAGACACACCCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGACAACTTGACAGGATCTACAATCCTCCTAAGAGACACACCCCTG  650

seq1  AATATGTCTGTGATGGGTTAGCTAGACTGTTAATTAAGATGAGAAAACCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTCTGTGATGGGTTAGCTAGACTGTTAATTAAGATGAGAAAACCC  700

seq1  AACTGTGGATACCACCATGTGTTAGGCTGAACAACAAGAAAAAAGGCAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTGGATACCACCATGTGTTAGGCTGAACAACAAGAAAAAAGGCAAC  750

seq1  TGAGTATCAGTATCCATCTCTCTCTACTTCCAGACTATGTACACGCACAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTATCAGTATCCATCTCTCTCTACTTCCAGACTATGTACACGCACAC  800

seq1  ACACATGCACAGACACATATGCATACACCTTACACGCATGCACGTATGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGCACAGACACATATGCATACACCTTACACGCATGCACGTATGCA  850

seq1  CACATGCACACACATGCATGTGCATTACACATGCACACACATGCACACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGCACACACATGCATGTGCATTACACATGCACACACATGCACACAC  900

seq1  ACATATGCATACACCTGTACATGCATGCACACATGCACACACATGCATGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGCATACACCTGTACATGCATGCACACATGCACACACATGCATGT  950

seq1  GCATTACACATGCACACACACACACGCACACACATGTGCACACAGCCACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTACACATGCACACACACACACGCACACACATGTGCACACAGCCACA  1000

seq1  CATGCATGTGCATGCCTTAAATTG-CTCTTGTCAGATG-TTTTGTCACAG  1048
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
seq2  CATGCATGTGCATGCCTTAAATTGCCTCTTGTCAGATGTTTTTGTCACAG  1050

seq1  CAACAGGAAACG-TAACTAGTGC-ATC-ATCCGTA  1080
      |||||| ||||| || ||||||| ||| |||||||
seq2  CAACAGAAAACGTTACCTAGTGCAATCAATCCGTA  1085