BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242A03
Chromosome7 (Build37)
Map Location 53,538,469 - 53,736,917
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOtog, Myod1, Kcnc1, Sergef
Upstream gene1700039E15Rik, Trpm4, LOC100040970, Hrc, 2410127E16Rik, Mtag2, Lin7b, Snrp70, Kcna7, Ntf5, LOC100040019, Lhb, Ruvbl2, Gys1, Ftl1, Bax, Dhdh, Nucb1, Tulp2, Myd116, Plekha4, Hsd17b14, Bcat2, Fgf21, Fut1, Izumo1, Rasip1, 5430432N15Rik, Fut2, Sec1, Gm484, Car11, Dbp, Sphk2, Rpl18, 4930403C10Rik, Spaca4, Sult2b1, EG545963, Lmtk3, Pscd2, Kcnj14, Grwd1, Grin2d, Kdelr1, Syngr4, Tmem143, Emp3, BC013491, LOC677321, Abcc6, Nomo1, Kcnj11, Abcc8, Ush1c
Downstream geneTph1, Saal1, Saa3, Saa4, LOC100040106, Saa1, Saa2, Hps5, Gtf2h1, EG668838, EG384622, Ldha, Ldhc, Tsg101, Uevld, C86187, LOC384623, ENSMUSG00000056509, Spty2d1, LOC100040174, Tmem86a, Ptpn5, LOC100041710, Mrgpra6, EG668725, Gm660, Mrgpra1, LOC668846, LOC100040217, LOC668727, Mrgpra2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242A03.bB6Ng01-242A03.g
ACCGA051774GA051775
length944879
definitionB6Ng01-242A03.b B6Ng01-242A03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,735,977 - 53,736,917)(53,538,469 - 53,539,346)
sequence
gaattcttcatccagcagtcctttggcaagggcctcatctggcctagtct
cctggggggcagtgagtagaggcagcctggtccctagaggcaacccagtc
ccattcttttgtctctcacaggaggcagatgtagagaggtgaatctggaa
gcaaaggggagggaaggtgggagctcaaaagacagagttagcttttccta
atgttgtggaaagtcttcagacaacatcctagaaaagacaatttccagaa
tttgtaaaggctcagaatcctgggaaaagacacatgtcttagggttttac
tgctgtgagcagacaccataaccaaagacaacatttaattggggctggtt
tacaggttcagaggttcagtccagtatcaaggcaggactatggcaacatc
caggcaggcatggtgtagaaggagctgagagttctacatcttggtctgaa
ggtccttaggagaagactgacttcgaagcagctaggagggaggtctcaaa
gcccacaccacaggccacacctcctccaacaaggccacacctcttaatag
ggccaaacatatttaagcaccataacatgtgtccaagaaatagagccagg
tcctggtggcatatgtctagaatctcaggaccttggaagctgaggcagat
gatagtgagtttggaaccaacctataatacatagtggttccaggccaatg
taagacctacatagtgagagcctttctgataaagagaggagggatttgta
aatacctcttgtggcttagatagagattatgtgctggcatgtcatcagtc
agctttctgtcactgtaacaaagagcctgacgcaagagtgtataatagta
aagcttttgctttggcgtcagtaacttatcagctggccctgttggaattg
agactattgcacattagcacatatcagcaaggtaagcagaaaga
gaattccagtgtgacaggaccccttgtggggtagagggcaaagcaggggt
ccagtatggcagagccctgaattaaagctgtgctcttaagactctgtctt
ggggatgaggaaagccacaggggacagtttctaggaaggtgacccagaca
cctatgggacacagcagaggcaggaaaaccatttattgagctgtcacaaa
tgtctaggacacctacatgccttccaccctctacccacagctccatctcc
tccaaacacaaacaagacatgtgtatgaaatacacagatacaaactgagc
tctgggctcttgactgtcatccctcaggacgaggtgggcagagaccagtg
tattgtattttcccaaaggcaactctgacaaaacaatgtctgctatggta
atggcccatgctttcagaggtgactgtcatgggctccctgtgcaatggct
taagcacagagggagggtctgtctcctttgggactgctagcctggggatc
ctgtctcttcagatctactaaggctcctgtaagccatcaagaggccctct
ccagcaccctgactcttctgaacttctgatcagaacttctgatcagtaca
tgtgagttggcggtgacacttgtgacagagacttttctctccagcgctag
gtaagggtccctaccagctgtccagtgtggcggctggcggtactcttgtg
gccacgaaggcagtagacagtgacatagcccttgtgagggcagaggatct
ggcgccaggggacatttcaagcttcctgctgacagctgctctgtacaagg
ccaaggcccatggtaaggcccaccctttggctcctgtccagccgtctcag
aaaaggcggtgttgatggggggtgtgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_53735977_53736917
seq2: B6Ng01-242A03.b_48_991 (reverse)

seq1  TCTTTCTGCTT-CCCTGCTGTAATGTGCTAATGTGCAATAGTCTCAA-TC  48
      ||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCTTTCTGCTTACCTTGCTGATATGTGCTAATGTGCAATAGTCTCAATTC  50

seq1  CAACAGGGCCAGCTGATAAGTTACTGACGCCAAAGC-AAAGCTTTACTAT  97
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CAACAGGGCCAGCTGATAAGTTACTGACGCCAAAGCAAAAGCTTTACTAT  100

seq1  TATACACTCTTGCGTCAGGCTCTTTGTTACAGTGACAGAAAGCTGACTGA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACACTCTTGCGTCAGGCTCTTTGTTACAGTGACAGAAAGCTGACTGA  150

seq1  TGACATGCCAGCACATAATCTCTATCTAAGCCACAAGAGGTATTTACAAA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATGCCAGCACATAATCTCTATCTAAGCCACAAGAGGTATTTACAAA  200

seq1  TCCCTCCTCTCTTTATCAGAAAGGCTCTCACTATGTAGGTCTTACATTGG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCTCTCTTTATCAGAAAGGCTCTCACTATGTAGGTCTTACATTGG  250

seq1  CCTGGAACCACTATGTATTATAGGTTGGTTCCAAACTCACTATCATCTGC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAACCACTATGTATTATAGGTTGGTTCCAAACTCACTATCATCTGC  300

seq1  CTCAGCTTCCAAGGTCCTGAGATTCTAGACATATGCCACCAGGACCTGGC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTTCCAAGGTCCTGAGATTCTAGACATATGCCACCAGGACCTGGC  350

seq1  TCTATTTCTTGGACACATGTTATGGTGCTTAAATATGTTTGGCCCTATTA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTCTTGGACACATGTTATGGTGCTTAAATATGTTTGGCCCTATTA  400

seq1  AGAGGTGTGGCCTTGTTGGAGGAGGTGTGGCCTGTGGTGTGGGCTTTGAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTGTGGCCTTGTTGGAGGAGGTGTGGCCTGTGGTGTGGGCTTTGAG  450

seq1  ACCTCCCTCCTAGCTGCTTCGAAGTCAGTCTTCTCCTAAGGACCTTCAGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCCTCCTAGCTGCTTCGAAGTCAGTCTTCTCCTAAGGACCTTCAGA  500

seq1  CCAAGATGTAGAACTCTCAGCTCCTTCTACACCATGCCTGCCTGGATGTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGATGTAGAACTCTCAGCTCCTTCTACACCATGCCTGCCTGGATGTT  550

seq1  GCCATAGTCCTGCCTTGATACTGGACTGAACCTCTGAACCTGTAAACCAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATAGTCCTGCCTTGATACTGGACTGAACCTCTGAACCTGTAAACCAG  600

seq1  CCCCAATTAAATGTTGTCTTTGGTTATGGTGTCTGCTCACAGCAGTAAAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAATTAAATGTTGTCTTTGGTTATGGTGTCTGCTCACAGCAGTAAAA  650

seq1  CCCTAAGACATGTGTCTTTTCCCAGGATTCTGAGCCTTTACAAATTCTGG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAAGACATGTGTCTTTTCCCAGGATTCTGAGCCTTTACAAATTCTGG  700

seq1  AAATTGTCTTTTCTAGGATGTTGTCTGAAGACTTTCCACAACATTAGGAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTCTTTTCTAGGATGTTGTCTGAAGACTTTCCACAACATTAGGAA  750

seq1  AAGCTAACTCTGTCTTTTGAGCTCCCACCTTCCCTCCCCTTTGCTTCCAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAACTCTGTCTTTTGAGCTCCCACCTTCCCTCCCCTTTGCTTCCAG  800

seq1  ATTCACCTCTCTACATCTGCCTCCTGTGAGAGACAAAAGAATGGGACTGG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACCTCTCTACATCTGCCTCCTGTGAGAGACAAAAGAATGGGACTGG  850

seq1  GTTGCCTCTAGGGACCAGGCTGCCTCTACTCACTGCCCCCCAGGAGACTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCCTCTAGGGACCAGGCTGCCTCTACTCACTGCCCCCCAGGAGACTA  900

seq1  GGCCAGATGAGGCCCTTGCCAAAGGACTGCTGGATGAAGAATTC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGATGAGGCCCTTGCCAAAGGACTGCTGGATGAAGAATTC  944

seq1: chr7_53538469_53539346
seq2: B6Ng01-242A03.g_70_948

seq1  GAATTCCAGTGTGACAGGACCCCTTGTGGGGTAGAGGGCAAAGCAGGGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTGTGACAGGACCCCTTGTGGGGTAGAGGGCAAAGCAGGGGT  50

seq1  CCAGTATGGCAGAGCCCTGAATTAAAGCTGTGCTCTTAAGACTCTGTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTATGGCAGAGCCCTGAATTAAAGCTGTGCTCTTAAGACTCTGTCTT  100

seq1  GGGGATGAGGAAAGCCACAGGGGACAGTTTCTAGGAAGGTGACCCAGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATGAGGAAAGCCACAGGGGACAGTTTCTAGGAAGGTGACCCAGACA  150

seq1  CCTATGGGACACAGCAGAGGCAGGAAAACCATTTATTGAGCTGTCACAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGGGACACAGCAGAGGCAGGAAAACCATTTATTGAGCTGTCACAAA  200

seq1  TGTCTAGGACACCTACATGCCTTCCACCCTCTACCCACAGCTCCATCTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAGGACACCTACATGCCTTCCACCCTCTACCCACAGCTCCATCTCC  250

seq1  TCCAAACACAAACAAGACATGTGTATGAAATACACAGATACAAACTGAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAACACAAACAAGACATGTGTATGAAATACACAGATACAAACTGAGC  300

seq1  TCTGGGCTCTTGACTGTCATCCCTCAGGACGAGGTGGGCAGAGACCAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGCTCTTGACTGTCATCCCTCAGGACGAGGTGGGCAGAGACCAGTG  350

seq1  TATTGTATTTTCCCAAAGGCAACTCTGACAAAACAATGTCTGCTATGGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTATTTTCCCAAAGGCAACTCTGACAAAACAATGTCTGCTATGGTA  400

seq1  ATGGCCCATGCTTTCAGAGGTGACTGTCATGGGCTCCCTGTGCAATGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCCATGCTTTCAGAGGTGACTGTCATGGGCTCCCTGTGCAATGGCT  450

seq1  TAAGCACAGAGGGAGGGTCTGTCTCCTTTGGGACTGCTAGCCTGGGGATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCACAGAGGGAGGGTCTGTCTCCTTTGGGACTGCTAGCCTGGGGATC  500

seq1  CTGTCTCTTCAGATCTACTAAGGCTCCTGTAAGCCATCAAGAGGCCCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCTTCAGATCTACTAAGGCTCCTGTAAGCCATCAAGAGGCCCTCT  550

seq1  CCAGCACCCTGACTCTTCTGAACTTCTGATCAGAACTTCTGATCAGTACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCACCCTGACTCTTCTGAACTTCTGATCAGAACTTCTGATCAGTACA  600

seq1  TGTGAGTTGGCGGTGACACTTGTGACAGAGACTTTTCTCTCCAGCGCTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGTTGGCGGTGACACTTGTGACAGAGACTTTTCTCTCCAGCGCTAG  650

seq1  GTAAGGGTCCCTACCAGCTGTCCAGTGTGGCGGCTGGCGGTACTCTTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGGTCCCTACCAGCTGTCCAGTGTGGCGGCTGGCGGTACTCTTGTG  700

seq1  GCCACGAAGGCAGTAGACAGTGACATAGCCCTTGTGAGGGCAGAGGATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACGAAGGCAGTAGACAGTGACATAGCCCTTGTGAGGGCAGAGGATCT  750

seq1  GGCGCCAGGGGACATTTCAAGCTTCCTGCTGACAGCTGCTCTGTACAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGCCAGGGGACATTTCAAGCTTCCTGCTGACAGCTGCTCTGTACAAGG  800

seq1  CCAAGGCCCATGGTAAGGCCCACCCTTTGGCTCCTGTCCAGCCGTCTCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGCCCATGGTAAGGCCCACCCTTTGGCTCCTGTCCAGCCGTCTCAG  850

seq1  AAAAGGCGGTGTTGAT-GGGGGTGTGGGG  878
      |||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAAAGGCGGTGTTGATGGGGGGTGTGGGG  879