BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242C06
Chromosome7 (Build37)
Map Location 82,416,549 - 82,561,454
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1500012K07Rik, LOC100042171
Upstream geneSlco3a1, EG665308, EG665641, 0610006L08Rik, Sv2b
Downstream geneAkap13, Klhl25, LOC100042210, LOC434200, EG244071
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242C06.bB6Ng01-242C06.g
ACCGA051864GA051865
length1,1781,105
definitionB6Ng01-242C06.b B6Ng01-242C06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,560,285 - 82,561,454)(82,416,549 - 82,417,641)
sequence
gaattcttttaatcttgttttgggagctgtccatatagtgtgctccatag
ccaaaggatgcttcagaccagatctcttcctgggacgtggtctgtggaga
gtccaaggtcattcagtgcagccggtgctttctgggttctcctgtcacca
agaaggatgtgtgagcagcagcatctctgaaccatgagattggtcggaca
tgtggctttggcctgtgacctcttgcgcttcctccttgagcttcagtgaa
ccacatcagagaaagtgtccaatattttcagtgtcagaagctcatagatt
ttagaatcttgatgcactcagactaacctgtatggcacgagacactagaa
ccctctaaagacagcaccctaaaccacgaagtgtgcattttatttaatct
cctattttctactctgcttccgtattagttctggggtgaggttgtgattc
cattacctaagacctgtgggctgaagaacaagtcatgtgacttcctggtc
ttcagctttctcatttgaatctcaggactgtaagctgaatcaataaatgg
ggtgtggtgttgcacacttgtaattcctgaagtgaggcaggaaggtcaga
aaaccaagatcttcagccatctagccagttgaatccagcttgggctttac
caggcaggctctgtctcaaaacacaaaaccaaaacaaaaaccatgaaggg
cctagaaacagcctggttactgggaaagggctagtaactacctggttacc
acaagggatcagtaaactatgctctttccctttgttgctgtcattcagtc
cacgtgctcccttttcaaagctattatcagacttccctggagtctgtgtt
acgcaatttacagataagccagtcaaacagaaaagggaatgaaagggatg
ggccagaaaaccatgggacagagcctcgggacaggcagtggagtggaaaa
ccttgggctttggaattccactgggccttgagtctcactttccattagtt
ctcagacaggaaagctttggggcaattccttcatatcccagacaagtcaa
tctcatatgataaaacagttattgttgatggtgtactggtgaggataata
aaaacaggaatggtcttcaaggtaccttaggcactctcagttaagctttc
acttggtttagagaaaggtcaacatagc

gaattctttggaaacagggttcaaatagtcaggggtatgtgtggtacatg
cacttgtgcatgtaggtacatgattatgcacatgcacgtggagacaaaga
ggtcaatgttaggagtctttccttgacacctatctttagtttttgagaca
gattctctcacagaacctaaagcttatctatctaactggactggctggac
aatgagcttcagagttccacccctaccctaatgctgtggttacatgcata
tggccaccctgactttttatgtgggtactgggatccaaactcaagatctc
attttgaacagcaaggactctgctgtctgagtcatttccccagccccaga
agtctacaaataatactgccagttccagatgagggcattaagaacatgtg
attctctgccattccccaccctgccaccttagagcttgtagcacgtccaa
cttccatcacaatgatagttctattttaagagaacttgggggaagtgtgg
agaatctcagagttagcatatgttcaactgagacagcagggaattctgca
cagtgcctgtggccataagaaagcagagttctatcactccagatgtcaac
tctcagcaaggctacaattaatgagggacttggccaattatgcttaatac
aaagtgatatgcaggcgatgaagcatggcaagaattttgctagggctagt
acgagcacacctttggcagaaggagatgttttgagacacaaacatatctg
gtgcatgcagcaaaaccaattctgattggtccaggaagcccagtgtggaa
agcaatgtacagcagctctcttctctatattattttagaagggcaaagaa
agtggacagtaatgatctgagaaacagataaagcaggtgacagacaccca
atgcatgagctagtgcctgcttagaactagctccaaccagaagtgtgtga
gaatttaaccacaaggatcttccacaaaccaatattacaggagagaacat
atatgcccaattaaagcctactttcaagggaaaaattctctgccctattc
ctcaaaaaaaattttaaattctttctccgtcttctctccctctcccttct
ctatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_82560285_82561454
seq2: B6Ng01-242C06.b_48_1225 (reverse)

seq1  GCTATGTTGAC--TTTTCTAAACAAAGTGAAAGCCTTACT--GAGTGC--  44
      |||||||||||  || ||||||| |||||||||| | |||  ||||||  
seq2  GCTATGTTGACCTTTCTCTAAACCAAGTGAAAGCTTAACTGAGAGTGCCT  50

seq1  TAGGTTCCTTGTAGA-CATCCCTGTTTTATTTATCCTCA-CAGTAACAAC  92
       |||| ||||| ||| ||| ||||||||  ||||||||| |||||   ||
seq2  AAGGTACCTTGAAGACCATTCCTGTTTTTATTATCCTCACCAGTA--CAC  98

seq1  CATCAACAATAACTGGTTTTATCATTATTGAGATTGAC-TGTCTGGGATA  141
      |||||||||||||| ||||||||||   |||||||||| |||||||||||
seq2  CATCAACAATAACT-GTTTTATCAT--ATGAGATTGACTTGTCTGGGATA  145

seq1  TGAAGGAATTGCCCCAAAGCTTT-CTGTCTGAGAACTAATGG-AAGTGAG  189
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGAAGGAATTGCCCCAAAGCTTTCCTGTCTGAGAACTAATGGAAAGTGAG  195

seq1  ACTCAAGG-CCAGTGGAATTCCAAAGCCCAAGGTTTTCCACTCCACTGCC  238
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAGGCCCAGTGGAATTCCAAAGCCCAAGGTTTTCCACTCCACTGCC  245

seq1  TGTCCCGAGGCTCTGTCCCATGGTTTTCTGGCCCATCCCTTTCATT-CCT  287
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGTCCCGAGGCTCTGTCCCATGGTTTTCTGGCCCATCCCTTTCATTCCCT  295

seq1  TTTCTGTTTGACTGGCTTATCTGTAAATTGCGTAACACAGACTCCAGGGA  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTTTGACTGGCTTATCTGTAAATTGCGTAACACAGACTCCAGGGA  345

seq1  AGTCTGATAATAGCTTTGAAAAGGGAGCACGTGGACTGAATGACAGCAAC  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGATAATAGCTTTGAAAAGGGAGCACGTGGACTGAATGACAGCAAC  395

seq1  AAAGGGAAAGAGCATAGTTTACTGATCCCTTGTGGTAACCAGGTAGTTAC  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGAAAGAGCATAGTTTACTGATCCCTTGTGGTAACCAGGTAGTTAC  445

seq1  TAGCCCTTTCCCAGTAACCAGGCTGTTTCTAGGCCCTTCATGGTTTTTGT  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCTTTCCCAGTAACCAGGCTGTTTCTAGGCCCTTCATGGTTTTTGT  495

seq1  TTTGGTTTTGTGTTTTGAGACAGAGCCTGCCTGGTAAAGCCCAAGCTGGA  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTTTTGTGTTTTGAGACAGAGCCTGCCTGGTAAAGCCCAAGCTGGA  545

seq1  TTCAACTGGCTAGATGGCTGAAGATCTTGGTTTTCTGACCTTCCTGCCTC  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACTGGCTAGATGGCTGAAGATCTTGGTTTTCTGACCTTCCTGCCTC  595

seq1  ACTTCAGGAATTACAAGTGTGCAACACCACACCCCATTTATTGATTCAGC  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAGGAATTACAAGTGTGCAACACCACACCCCATTTATTGATTCAGC  645

seq1  TTACAGTCCTGAGATTCAAATGAGAAAGCTGAAGACCAGGAAGTCACATG  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGTCCTGAGATTCAAATGAGAAAGCTGAAGACCAGGAAGTCACATG  695

seq1  ACTTGTTCTTCAGCCCACAGGTCTTAGGTAATGGAATCACAACCTCACCC  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTTCTTCAGCCCACAGGTCTTAGGTAATGGAATCACAACCTCACCC  745

seq1  CAGAACTAATACGGAAGCAGAGTAGAAAATAGGAGATTAAATAAAATGCA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACTAATACGGAAGCAGAGTAGAAAATAGGAGATTAAATAAAATGCA  795

seq1  CACTTCGTGGTTTAGGGTGCTGTCTTTAGAGGGTTCTAGTGTCTCGTGCC  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCGTGGTTTAGGGTGCTGTCTTTAGAGGGTTCTAGTGTCTCGTGCC  845

seq1  ATACAGGTTAGTCTGAGTGCATCAAGATTCTAAAATCTATGAGCTTCTGA  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGGTTAGTCTGAGTGCATCAAGATTCTAAAATCTATGAGCTTCTGA  895

seq1  CACTGAAAATATTGGACACTTTCTCTGATGTGGTTCACTGAAGCTCAAGG  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAAAATATTGGACACTTTCTCTGATGTGGTTCACTGAAGCTCAAGG  945

seq1  AGGAAGCGCAAGAGGTCACAGGCCAAAGCCACATGTCCGACCAATCTCAT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCGCAAGAGGTCACAGGCCAAAGCCACATGTCCGACCAATCTCAT  995

seq1  GGTTCAGAGATGCTGCTGCTCACACATCCTTCTTGGTGACAGGAGAACCC  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCAGAGATGCTGCTGCTCACACATCCTTCTTGGTGACAGGAGAACCC  1045

seq1  AGAAAGCACCGGCTGCACTGAATGACCTTGGACTCTCCACAGACCACGTC  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCACCGGCTGCACTGAATGACCTTGGACTCTCCACAGACCACGTC  1095

seq1  CCAGGAAGAGATCTGGTCTGAAGCATCCTTTGGCTATGGAGCACACTATA  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAAGAGATCTGGTCTGAAGCATCCTTTGGCTATGGAGCACACTATA  1145

seq1  TGGACAGCTCCCAAAACAAGATTAAAAGAATTC  1170
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAGCTCCCAAAACAAGATTAAAAGAATTC  1178


seq1: chr7_82416549_82417641
seq2: B6Ng01-242C06.g_67_1171

seq1  GAATTCTTTGGAAACAGGGTTCAAATAGTCAGGGGTATGTGTGGTACATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGGAAACAGGGTTCAAATAGTCAGGGGTATGTGTGGTACATG  50

seq1  CACTTGTGCATGTAGGTACATGATTATGCACATGCACGTGGAGACAAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGTGCATGTAGGTACATGATTATGCACATGCACGTGGAGACAAAGA  100

seq1  GGTCAATGTTAGGAGTCTTTCCTTGACACCTATCTTTAGTTTTTGAGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAATGTTAGGAGTCTTTCCTTGACACCTATCTTTAGTTTTTGAGACA  150

seq1  GATTCTCTCACAGAACCTAAAGCTTATCTATCTAACTGGACTGGCTGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTCTCACAGAACCTAAAGCTTATCTATCTAACTGGACTGGCTGGAC  200

seq1  AATGAGCTTCAGAGTTCCACCCCTACCCTAATGCTGTGGTTACATGCATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGCTTCAGAGTTCCACCCCTACCCTAATGCTGTGGTTACATGCATA  250

seq1  TGGCCACCCTGACTTTTTATGTGGGTACTGGGATCCAAACTCAAGATCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCACCCTGACTTTTTATGTGGGTACTGGGATCCAAACTCAAGATCTC  300

seq1  ATTTTGAACAGCAAGGACTCTGCTGTCTGAGTCATTTCCCCAGCCCCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGAACAGCAAGGACTCTGCTGTCTGAGTCATTTCCCCAGCCCCAGA  350

seq1  AGTCTACAAATAATACTGCCAGTTCCAGATGAGGGCATTAAGAACATGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTACAAATAATACTGCCAGTTCCAGATGAGGGCATTAAGAACATGTG  400

seq1  ATTCTCTGCCATTCCCCACCCTGCCACCTTAGAGCTTGTAGCACGTCCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCTGCCATTCCCCACCCTGCCACCTTAGAGCTTGTAGCACGTCCAA  450

seq1  CTTCCATCACAATGATAGTTCTATTTTAAGAGAACTTGGGGGAAGTGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCATCACAATGATAGTTCTATTTTAAGAGAACTTGGGGGAAGTGTGG  500

seq1  AGAATCTCAGAGTTAGCATATGTTCAACTGAGACAGCAGGGAATTCTGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCTCAGAGTTAGCATATGTTCAACTGAGACAGCAGGGAATTCTGCA  550

seq1  CAGTGCCTGTGGCCATAAGAAAGCAGAGTTCTATCACTCCAGATGTCAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCCTGTGGCCATAAGAAAGCAGAGTTCTATCACTCCAGATGTCAAC  600

seq1  TCTCAGCAAGGCTACAATTAATGAGGGACTTGGCCAATTATGCTTAATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGCAAGGCTACAATTAATGAGGGACTTGGCCAATTATGCTTAATAC  650

seq1  AAAGTGATATGCAGGCGATGAAGCATGGCAAGAATTTTGCTAGGGCTAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGATATGCAGGCGATGAAGCATGGCAAGAATTTTGCTAGGGCTAGT  700

seq1  ACGAGCACACCTTTGGCAGAAGGAGATGTTTTGAGACACAAACATATCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGCACACCTTTGGCAGAAGGAGATGTTTTGAGACACAAACATATCTG  750

seq1  GTGCATGCAGCAAAACCAATTCTGATTGGTCCAGGAAGCCCAGTGTGGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGCAGCAAAACCAATTCTGATTGGTCCAGGAAGCCCAGTGTGGAA  800

seq1  AGCAATGTACAGCAGCTCTCTTCTCTATATTATTTTAGAAGGGCAAAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGTACAGCAGCTCTCTTCTCTATATTATTTTAGAAGGGCAAAGAA  850

seq1  AGTGGACAGTAATGATCTGAGAAACAGAT-AAGCAGGTGACAGACACCCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGACAGTAATGATCTGAGAAACAGATAAAGCAGGTGACAGACACCCA  900

seq1  ATGCATGAGCTAGTGCCTGCTTAGAACTAGCTCCAACCAGAAGTGTGTGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATGAGCTAGTGCCTGCTTAGAACTAGCTCCAACCAGAAGTGTGTGA  950

seq1  GAATTTAACCAC-AGGATC-TCCACAAACCAATA-TACAGGAGAG-ACAT  995
      |||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  GAATTTAACCACAAGGATCTTCCACAAACCAATATTACAGGAGAGAACAT  1000

seq1  ATATGCCCAATTAAAGCCTAC-TTCAAGG--AAAAATCTCTGCCCTATTC  1042
      ||||||||||||||||||||| |||||||  |||| ||||||||||||||
seq2  ATATGCCCAATTAAAGCCTACTTTCAAGGGAAAAATTCTCTGCCCTATTC  1050

seq1  CTCAAAAAAAATTT--AATTCTTTCTCCCTC-TCTCTCCCTCTCCC-TCT  1088
      ||||||||||||||  |||||||||||| || |||||||||||||| |||
seq2  CTCAAAAAAAATTTTAAATTCTTTCTCCGTCTTCTCTCCCTCTCCCTTCT  1100

seq1  CTATT  1093
      |||||
seq2  CTATT  1105


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |