BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242E13
Chromosome7 (Build37)
Map Location 116,301,671 - 116,424,579
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLmo1, Stk33
Upstream geneOlfr485, Olfr486, Olfr487, Olfr1538-ps1, Olfr488, LOC546990, Olfr489-ps1, Olfr490, LOC626881, Olfr491, Olfr492, Olfr493, Olfr494, Olfr495, Olfr496-ps1, Olfr497, Olfr498, Olfr499-ps1, Olfr500-ps1, Olfr501-ps1, Olfr502, LOC269980, Olfr503, Olfr504, Olfr505-ps1, Olfr506, Olfr507, Olfr508, Olfr509, Olfr510, Olfr511-ps1, Olfr512, Olfr513, Olfr514, Olfr515-ps1, Olfr516, Olfr517, Olfr518, Olfr519, Nlrp10, Eif3s5, BC049265, Tub, Ric3
Downstream geneEG668320, 1700095J03Rik, Trim66, Rpl27a, St5, LOC100042582, D930014E17Rik, BC051019, Ascl3, Tmem9b, 4930431P19Rik, Nrip3, Scube2, Phxr5, Rab6ip1, Tmem41b, Ipo7, AA474408, Zfp143, Wee1, Swap70
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242E13.bB6Ng01-242E13.g
ACCGA051970GA051971
length1,1061,091
definitionB6Ng01-242E13.b B6Ng01-242E13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,423,472 - 116,424,579)(116,301,671 - 116,302,758)
sequence
gaattcaatggaggaaatttgcatattttcttgagaagagtaaacaacct
tttacatttcaaactttatataatttttttcaagacataggacatcttag
cgtgttgcctgaccaagaatcagtcctgtagtgtcaggcctgagggatgt
tctgaggaagccctacttcaggagtgtctacaacacacacccgtcagcac
acctccttttgaaatacagtacctgggtaaagatgccctaaagttttgct
gcagccctaggaacttctgttcattagacaaatgcataagtttcgtatcc
caaaaggcaggaagatcaagaaaacacctgagcaatttgtctagtgcctt
gtgtggtctttcccactctttgaaaacagtgctctctaaaatgttgcatg
catgccctttcccgtgtcgttctgtgtaggtgaaagcttgctctgacctg
ctttgcaggtcccctgggacagtccctgctctttagaactctctgctcag
cctcacttaattaaaatgatcactctttaaatgagcctaaggtcaaagcg
aaccttgtctccctgtgactgtaggactatagcctgcttcttcttgtccc
acagggtgggatgacctgagagaacaaggtcacctcagcctaatgctttc
ctgctgaaaaacctgtacagttctctcagtgagcgctactcattcccatg
aagtgaacattcaaatattgttttacccctttcaccagtgaggagttgag
actcacagaagtccacaaagctgcccacctgactggcaagagaagcctgt
ccctggagtgagtgcagaggagggcttgagagtgtgagggccggccaagt
gcagccactttgcactcatgttgggaagagtaatgacactgcagatgtct
gtaagtctgaagagatgggaatgatggtgtgtttgtgtccaggtgggcgt
cctgtgcagaccttcagagcctttagtgagtttccctcagcagaacttta
aatattaagatttcatcataacaagctctgaacacttgggtctcaaggaa
agtagttagaagaagcttgattcttgtattaccgagcctctggacatgcc
cctgca
gaattcttcttaggtcctgaggagctgaggaccgagatgtcagaggaaag
gtggccggagttatgataggtactcctgggtttccaaaaccaccaacagt
tcctcagtcttgaaatttgtgtagggaacaccaagcatgctctaggccct
aatttatttttaaggaagccaaggatcagagaggttaagtggaatgccca
gggtcaccatgcagtgggcaaaagaacaattccctgagatctcacagaca
gaggctggcagagcaggcatgggacaaaggttgtgcttgccacctcctaa
gccagcaaaccacctccgcagcaactcgtcggacctgcatggaactgtta
tttcttttaaagaatctgcagtgtctggacccatgaccttaaaggttctc
tctccttgaggctagacattagcacacctccttcataatcaaaccaggcc
cctttccactgcctcctccataggcccagggtgcaagctaggaaggaagc
caaaggaaggaacaaaggacacgtgggcagaggagtggagcgtgatcgtc
gcagagccggaagagggtcccttcctcccactgcaagctccacggtctgc
ttctagcctccttccttcagtccgttctcacagagtagcccaagtgatcg
gataaagcatcctgactctgcccacagccctccacgttctcccactgacc
tccacacgaatcttcaacccttaccaaggcatagccatagctcacaatag
tgtgtttccgtcaatgattaacgctgtggtcatacccacgatgctctgag
ctttagttctgagccacctctttagccaccacctcatcctgggacaaatg
aatctatgattttgcattgacctttccactctggaacccccttcacctgt
tggttcagttgaccaatggactaacctttctattgggatcttgctcttga
cccctgcattttcataatactatgccagtggtagtgggtttaatttaaga
aagtaattcttaaataagcttcattggggccattggattcttgatcaaat
tttcctgttcacaactatgaagcagccacacctccaattta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_116423472_116424579
seq2: B6Ng01-242E13.b_49_1154 (reverse)

seq1  TGCAGGGGCATGGCCCAGA-GCTCGGGTAATAC-AGATCAAAGCCTCTTC  48
      ||||||||||| | ||||| |||| |||||||| |||   |||| |||||
seq2  TGCAGGGGCAT-GTCCAGAGGCTC-GGTAATACAAGAATCAAGCTTCTTC  48

seq1  T-ACTACTTTCC-TGAGAACCAAGGTGTTCAGAGCTTGTTATGATGAAAC  96
      | |||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TAACTACTTTCCTTGAGACCCAA-GTGTTCAGAGCTTGTTATGATGAAA-  96

seq1  CCTTAATTATTTAAAGTTCTGCTGAGGGAAACTCACTAAAGGCTCTTGAA  146
       ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCTTAA-TATTTAAAGTTCTGCTGAGGGAAACTCACTAAAGGCTC-TGAA  144

seq1  GGTCTGCACAGGGACGCCCACCTGGACACAAACACACCATCATT-CCATC  195
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGTCTGCACA-GGACGCCCACCTGGACACAAACACACCATCATTCCCATC  193

seq1  TCTTCAGACTTACAGACATCTGCAGTGTCATTACTCTTCCCAACATGAGT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGACTTACAGACATCTGCAGTGTCATTACTCTTCCCAACATGAGT  243

seq1  GCAAAGTGGCTGCACTTGGCCGGCCCTCACACTCTCAAGCCCTCCTCTGC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGTGGCTGCACTTGGCCGGCCCTCACACTCTCAAGCCCTCCTCTGC  293

seq1  ACTCACTCCAGGGACAGGCTTCTCTTGCCAGTCAGGTGGGCAGCTTTGTG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACTCCAGGGACAGGCTTCTCTTGCCAGTCAGGTGGGCAGCTTTGTG  343

seq1  GACTTCTGTGAGTCTCAACTCCTCACTGGTGAAAGGGGTAAAACAATATT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTGTGAGTCTCAACTCCTCACTGGTGAAAGGGGTAAAACAATATT  393

seq1  TGAATGTTCACTTCATGGGAATGAGTAGCGCTCACTGAGAGAACTGTACA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTTCACTTCATGGGAATGAGTAGCGCTCACTGAGAGAACTGTACA  443

seq1  GGTTTTTCAGCAGGAAAGCATTAGGCTGAGGTGACCTTGTTCTCTCAGGT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTTCAGCAGGAAAGCATTAGGCTGAGGTGACCTTGTTCTCTCAGGT  493

seq1  CATCCCACCCTGTGGGACAAGAAGAAGCAGGCTATAGTCCTACAGTCACA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCACCCTGTGGGACAAGAAGAAGCAGGCTATAGTCCTACAGTCACA  543

seq1  GGGAGACAAGGTTCGCTTTGACCTTAGGCTCATTTAAAGAGTGATCATTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGACAAGGTTCGCTTTGACCTTAGGCTCATTTAAAGAGTGATCATTT  593

seq1  TAATTAAGTGAGGCTGAGCAGAGAGTTCTAAAGAGCAGGGACTGTCCCAG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAAGTGAGGCTGAGCAGAGAGTTCTAAAGAGCAGGGACTGTCCCAG  643

seq1  GGGACCTGCAAAGCAGGTCAGAGCAAGCTTTCACCTACACAGAACGACAC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCTGCAAAGCAGGTCAGAGCAAGCTTTCACCTACACAGAACGACAC  693

seq1  GGGAAAGGGCATGCATGCAACATTTTAGAGAGCACTGTTTTCAAAGAGTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAGGGCATGCATGCAACATTTTAGAGAGCACTGTTTTCAAAGAGTG  743

seq1  GGAAAGACCACACAAGGCACTAGACAAATTGCTCAGGTGTTTTCTTGATC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGACCACACAAGGCACTAGACAAATTGCTCAGGTGTTTTCTTGATC  793

seq1  TTCCTGCCTTTTGGGATACGAAACTTATGCATTTGTCTAATGAACAGAAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGCCTTTTGGGATACGAAACTTATGCATTTGTCTAATGAACAGAAG  843

seq1  TTCCTAGGGCTGCAGCAAAACTTTAGGGCATCTTTACCCAGGTACTGTAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAGGGCTGCAGCAAAACTTTAGGGCATCTTTACCCAGGTACTGTAT  893

seq1  TTCAAAAGGAGGTGTGCTGACGGGTGTGTGTTGTAGACACTCCTGAAGTA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAAGGAGGTGTGCTGACGGGTGTGTGTTGTAGACACTCCTGAAGTA  943

seq1  GGGCTTCCTCAGAACATCCCTCAGGCCTGACACTACAGGACTGATTCTTG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTCCTCAGAACATCCCTCAGGCCTGACACTACAGGACTGATTCTTG  993

seq1  GTCAGGCAACACGCTAAGATGTCCTATGTCTTGAAAAAAATTATATAAAG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGCAACACGCTAAGATGTCCTATGTCTTGAAAAAAATTATATAAAG  1043

seq1  TTTGAAATGTAAAAGGTTGTTTACTCTTCTCAAGAAAATATGCAAATTTC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAATGTAAAAGGTTGTTTACTCTTCTCAAGAAAATATGCAAATTTC  1093

seq1  CTCCATTGAATTC  1108
      |||||||||||||
seq2  CTCCATTGAATTC  1106

seq1: chr7_116301671_116302758
seq2: B6Ng01-242E13.g_66_1156

seq1  GAATTCTTCTTAGGTCCTGAGGAGCTGAGGACCGAGATGTCAGAGGAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTTAGGTCCTGAGGAGCTGAGGACCGAGATGTCAGAGGAAAG  50

seq1  GTGGCCGGAGTTATGATAGGTACTCCTGGGTTTCCAAAACCACCAACAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCGGAGTTATGATAGGTACTCCTGGGTTTCCAAAACCACCAACAGT  100

seq1  TCCTCAGTCTTGAAATTTGTGTAGGGAACACCAAGCATGCTCTAGGCCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGTCTTGAAATTTGTGTAGGGAACACCAAGCATGCTCTAGGCCCT  150

seq1  AATTTATTTTTAAGGAAGCCAAGGATCAGAGAGGTTAAGTGGAATGCCCA  200
      |||||                 ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNGGATCAGAGAGGTTAAGTGGAATGCCCA  200

seq1  GGGTCACCATGCAGTGGGCAAAAGAACAATTCCCTGAGATCTCACAGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCACCATGCAGTGGGCAAAAGAACAATTCCCTGAGATCTCACAGACA  250

seq1  GAGGCTGGCAGAGCAGGCATGGGACAAAGGTTGTGCTTGCCACCTCCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTGGCAGAGCAGGCATGGGACAAAGGTTGTGCTTGCCACCTCCTAA  300

seq1  GCCAGCAAACCACCTCCGCAGCAACTCGTCGGACCTGCATGGAACTGTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCAAACCACCTCCGCAGCAACTCGTCGGACCTGCATGGAACTGTTA  350

seq1  TTTCTTTTAAAGAATCTGCAGTGTCTGGACCCATGACCTTAAAGGTTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTAAAGAATCTGCAGTGTCTGGACCCATGACCTTAAAGGTTCTC  400

seq1  TCTCCTTGAGGCTAGACATTAGCACACCTCCTTCATAATCAAACCAGGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTGAGGCTAGACATTAGCACACCTCCTTCATAATCAAACCAGGCC  450

seq1  CCTTTCCACTGCCTCCTCCATAGGCCCAGGGTGCAAGCTAGGAAGGAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCACTGCCTCCTCCATAGGCCCAGGGTGCAAGCTAGGAAGGAAGC  500

seq1  CAAAGGAAGGAACAAAGGACACGTGGGCAGAGGAGTGGAGCGTGATCGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGAAGGAACAAAGGACACGTGGGCAGAGGAGTGGAGCGTGATCGTC  550

seq1  GCAGAGCCGGAAGAGGGTCCCTTCCTCCCACTGCAAGCTCCACGGTCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGCCGGAAGAGGGTCCCTTCCTCCCACTGCAAGCTCCACGGTCTGC  600

seq1  TTCTAGCCTCCTTCCTTCAGTCCGTTCTCACAGAGTAGCCCAAGTGATCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGCCTCCTTCCTTCAGTCCGTTCTCACAGAGTAGCCCAAGTGATCG  650

seq1  GATAAAGCATCCTGACTCTGCCCACAGCCCTCCACGTTCTCCCACTGACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAGCATCCTGACTCTGCCCACAGCCCTCCACGTTCTCCCACTGACC  700

seq1  TCCACACGAATCTTCAACCCTTACCAAGGCATAGCCATAGCTCACAATAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACACGAATCTTCAACCCTTACCAAGGCATAGCCATAGCTCACAATAG  750

seq1  TGTGTTTCCGTCAATGATTAACGCTGTGGTCATACCCACGATGCTCTGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTCCGTCAATGATTAACGCTGTGGTCATACCCACGATGCTCTGAG  800

seq1  CTTTAGTTCTGAGCCACCTCTTTAGCCACCACCTCATCCTGGGACAAATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGTTCTGAGCCACCTCTTTAGCCACCACCTCATCCTGGGACAAATG  850

seq1  AATCTATGA-TTTGCATTGACC-TTCCACTCTGG-ACCCCCTTCACCTGT  897
      ||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AATCTATGATTTTGCATTGACCTTTCCACTCTGGAACCCCCTTCACCTGT  900

seq1  TGGTTCAGTTGACCAAATGGACTAACC-TTCTATTGGGATCTTGCTCTTG  946
      |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCAGTTGACC-AATGGACTAACCTTTCTATTGGGATCTTGCTCTTG  949

seq1  ACCCCTGCATTTTCATAATAACTATGCCAGTGGTAGTGGGTTTAA-TTAA  995
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACCCCTGCATTTTCATAAT-ACTATGCCAGTGGTAGTGGGTTTAATTTAA  998

seq1  GAAAGTAATTCTT-AATAAGCTTCATTGGGCCAATTGGATTTCTTGATC-  1043
      ||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||| ||||||||| 
seq2  GAAAGTAATTCTTAAATAAGCTTCATTGGGGCCATTGGA-TTCTTGATCA  1047

seq1  AATTTTTCTGTTCAACACTATGAAGCCAGCCACACCCCCAATTTA  1088
      |||||| |||||||  ||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  AATTTTCCTGTTCACAACTATGAAG-CAGCCACACCTCCAATTTA  1091