BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-243E21
Chromosome7 (Build37)
Map Location 80,785,130 - 80,945,088
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC244061, A830073O21Rik
Upstream geneLOC100042880, LOC233391, LOC665570, LOC100042029, EG384643, LOC625243, 4930429H19Rik, LOC665588, Rgma, Chd2, 1810026B05Rik, EG665610
Downstream geneSt8sia2, LOC100042127, LOC100042140, LOC546979, Slco3a1, EG665308, EG665641
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-243E21.bB6Ng01-243E21.g
ACCGA052726GA052727
length1,0791,096
definitionB6Ng01-243E21.b B6Ng01-243E21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,944,011 - 80,945,088)(80,785,130 - 80,786,215)
sequence
gaattcatcctgtacccttggcatgcctggagataagtttcatgaggcat
tgcttggcctactctgtgcactatcatcttagcattgtctaagacccact
acattatttgacaactcctgtttggagctcacctatggaagggcttgagt
agtggcccttgggtgacccagcaccctggcagcctcttcttgggggtgag
aaatcacctgaggtggcacatgctcatgaaggacttccatccagcttgtt
ctttgtgatgtatcataacaaacacccagaactctagcagaggccccatc
tcaaaaaaggagccgaagtttggacaacctacatgtagacaataagtcaa
gcctggactgagaggcgtcaggagagcacccttacggagcctccagaatc
tcacccttgtctccctaccactcacccctgcatactttctgtcacttttt
aggtagagaggccaaatgttaaggtctctggataaaaagcatgagcggtg
atgcccctgggaaagacatttagagagggggagtttctggggtgtacagt
tgtggggaaagcaaacacttttctcatccctggctcttatctaggtcaaa
agccaaattttccagtaggaactttactctttaagcccctcgcatgcacc
actcctttctcttcttgctgacaaacacattttacccccataggacagtt
gctcagggagtcctggaatttccacaggtcactgcatttcaaacagaggg
ctcactgggcacttctggaattgagagcagctgggagtcctttcagttcc
agcttgcagagggtaaatctgagcccctttgacactcaagaactaaagga
ctctcctacctggcccacctttttctacctttcctaagacaagaagtctt
atctggacatttctgaaggcatggtgattgctcaagttaggggaagtggc
ctcatcttgtcttgagaatgatgttgttctacaaactgagctgtgttcac
agctcctcacaaccctgaattccagactctgattgaaaccaggcactact
ggtccaattgtagctaacaatgttacaga
gaattcagggcctgatgtgtgctagccaactgtttaatccctgaaaacat
cttggctcttattattttttccttccttccctctttcttcctcctcttcc
tcttcctcttgagataggagatgaggttttgttatgaggaagtagggaag
ggcattaggctcaggaggtttacaaggccatgaaaggtacaaggctcctc
ctctagcagtaaccaatggctggggagaagagactctgggggagctgcct
gcaggttcaaagatgcagcttccacgagtcctcatcactgctgtggcggg
ccttttgatgacataactgcctttaactagccatgctcctgcaaggcacc
ccactgaagatgggccgtggtgacccacacttttagacccagcactggag
actcaaaggtcagtctctgagttcaaggccagtctggtctacagagtgag
ttccaggataggcagggctacgccgagaagcactgtcacaaacaaaacaa
aaaacagaaatacaagcagcagcagcagcagcagcagcagtaacagcagc
agcaacaagaaaacccccaaacaaacaaacaaacaagaaacctccatgac
atgaccagttcaccaagttagatgtgagtggaatcaatttatccatctgt
ttgggtgtccagtctaggcaggtctgttcatagctacccaggaaatgtcg
caaagcgagttgctaaattcccttcacaagagatttctgatttctttcta
atttccagagattgtaatcctcttcccctcagctttgcatgtagttggaa
ttgcgggtgtggaccactattgttggtatttatgtctggactccaccccc
acagttacctggcagcagccccagttaccaggcaacggccaggtaggccc
tggaccacttaaaaagggctgctttggctcctcctcctctctctccttgt
cctctcttgtactctgtctctctctctggctcccctaattcccccctctt
ctttccccctctcacacgtggtcatggccggcctctacttctctatttct
ctctgcctttctctgccttctgctaaccctctttaactcccttccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_80944011_80945088
seq2: B6Ng01-243E21.b_48_1126 (reverse)

seq1  TCTGTAACA-TGTTAGCTACAA-TGGACCAGTAGTGCCTGG-TTCAATCA  47
      ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCTGTAACATTGTTAGCTACAATTGGACCAGTAGTGCCTGGTTTCAATCA  50

seq1  GAGTCTGGAAATTCCAGGGTGTGAGGAGCTGTGGAACACAGCTCAGTTGG  97
      |||||||| |||||  || ||||||||||||| ||||||||||||||| |
seq2  GAGTCTGG-AATTCAGGGTTGTGAGGAGCTGT-GAACACAGCTCAGTTTG  98

seq1  TAGAACAACATCATTCTCAAGACAAGATGAGGCCACTTCCCCTAACTTGA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACAACATCATTCTCAAGACAAGATGAGGCCACTTCCCCTAACTTGA  148

seq1  GCAATCACCATGCCTTCAGAAATGTCCAGATAAGACTTCTTGTCTTAGGA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATCACCATGCCTTCAGAAATGTCCAGATAAGACTTCTTGTCTTAGGA  198

seq1  AAGGTAGAAAAAGGTGGGCCAGGTAGGAGAGTCCTTTAGTTCTTGAGTGT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTAGAAAAAGGTGGGCCAGGTAGGAGAGTCCTTTAGTTCTTGAGTGT  248

seq1  CAAAGGGGCTCAGATTTACCCTCTGCAAGCTGGAACTGAAAGGACTCCCA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGGGCTCAGATTTACCCTCTGCAAGCTGGAACTGAAAGGACTCCCA  298

seq1  GCTGCTCTCAATTCCAGAAGTGCCCAGTGAGCCCTCTGTTTGAAATGCAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTCTCAATTCCAGAAGTGCCCAGTGAGCCCTCTGTTTGAAATGCAG  348

seq1  TGACCTGTGGAAATTCCAGGACTCCCTGAGCAACTGTCCTATGGGGGTAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTGTGGAAATTCCAGGACTCCCTGAGCAACTGTCCTATGGGGGTAA  398

seq1  AATGTGTTTGTCAGCAAGAAGAGAAAGGAGTGGTGCATGCGAGGGGCTTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGTTTGTCAGCAAGAAGAGAAAGGAGTGGTGCATGCGAGGGGCTTA  448

seq1  AAGAGTAAAGTTCCTACTGGAAAATTTGGCTTTTGACCTAGATAAGAGCC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTAAAGTTCCTACTGGAAAATTTGGCTTTTGACCTAGATAAGAGCC  498

seq1  AGGGATGAGAAAAGTGTTTGCTTTCCCCACAACTGTACACCCCAGAAACT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATGAGAAAAGTGTTTGCTTTCCCCACAACTGTACACCCCAGAAACT  548

seq1  CCCCCTCTCTAAATGTCTTTCCCAGGGGCATCACCGCTCATGCTTTTTAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTCTCTAAATGTCTTTCCCAGGGGCATCACCGCTCATGCTTTTTAT  598

seq1  CCAGAGACCTTAACATTTGGCCTCTCTACCTAAAAAGTGACAGAAAGTAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGACCTTAACATTTGGCCTCTCTACCTAAAAAGTGACAGAAAGTAT  648

seq1  GCAGGGGTGAGTGGTAGGGAGACAAGGGTGAGATTCTGGAGGCTCCGTAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGGTGAGTGGTAGGGAGACAAGGGTGAGATTCTGGAGGCTCCGTAA  698

seq1  GGGTGCTCTCCTGACGCCTCTCAGTCCAGGCTTGACTTATTGTCTACATG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCTCTCCTGACGCCTCTCAGTCCAGGCTTGACTTATTGTCTACATG  748

seq1  TAGGTTGTCCAAACTTCGGCTCCTTTTTTGAGATGGGGCCTCTGCTAGAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTGTCCAAACTTCGGCTCCTTTTTTGAGATGGGGCCTCTGCTAGAG  798

seq1  TTCTGGGTGTTTGTTATGATACATCACAAAGAACAAGCTGGATGGAAGTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGTGTTTGTTATGATACATCACAAAGAACAAGCTGGATGGAAGTC  848

seq1  CTTCATGAGCATGTGCCACCTCAGGTGATTTCTCACCCCCAAGAAGAGGC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATGAGCATGTGCCACCTCAGGTGATTTCTCACCCCCAAGAAGAGGC  898

seq1  TGCCAGGGTGCTGGGTCACCCAAGGGCCACTACTCAAGCCCTTCCATAGG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGGGTGCTGGGTCACCCAAGGGCCACTACTCAAGCCCTTCCATAGG  948

seq1  TGAGCTCCAAACAGGAGTTGTCAAATAATGTAGTGGGTCTTAGACAATGC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTCCAAACAGGAGTTGTCAAATAATGTAGTGGGTCTTAGACAATGC  998

seq1  TAAGATGATAGTGCACAGAGTAGGCCAAGCAATGCCTCATGAAACTTATC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATGATAGTGCACAGAGTAGGCCAAGCAATGCCTCATGAAACTTATC  1048

seq1  TCCAGGCATGCCAAGGGTACAGGATGAATTC  1078
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGCATGCCAAGGGTACAGGATGAATTC  1079

seq1: chr7_80785130_80786215
seq2: B6Ng01-243E21.g_66_1161

seq1  GAATTCAGGGCCTGATGTGTGCTAGCCAACTGTTTAATCCCTGAAAACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGGCCTGATGTGTGCTAGCCAACTGTTTAATCCCTGAAAACAT  50

seq1  CTTGGCTCTTATTATTTTTTCCTTCCTTCCCTCTTTCTTCCTCCTCTTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCTCTTATTATTTTTTCCTTCCTTCCCTCTTTCTTCCTCCTCTTCC  100

seq1  TCTTCCTCTTGAGATAGGAGATGAGGTTTTGTTATGAGGAAGTAGGGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTCTTGAGATAGGAGATGAGGTTTTGTTATGAGGAAGTAGGGAAG  150

seq1  GGCATTAGGCTCAGGAGGTTTACAAGGCCATGAAAGGTACAAGGCTCCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTAGGCTCAGGAGGTTTACAAGGCCATGAAAGGTACAAGGCTCCTC  200

seq1  CTCTAGCAGTAACCAATGGCTGGGGAGAAGAGACTCTGGGGGAGCTGCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGCAGTAACCAATGGCTGGGGAGAAGAGACTCTGGGGGAGCTGCCT  250

seq1  GCAGGTTCAAAGATGCAGCTTCCACGAGTCCTCATCACTGCTGTGGCGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTTCAAAGATGCAGCTTCCACGAGTCCTCATCACTGCTGTGGCGGG  300

seq1  CCTTTTGATGACATAACTGCCTTTAACTAGCCATGCTCCTGCAAGGCACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTGATGACATAACTGCCTTTAACTAGCCATGCTCCTGCAAGGCACC  350

seq1  CCACTGAAGATGGGCCGTGGTGACCCACACTTTTAGACCCAGCACTGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGAAGATGGGCCGTGGTGACCCACACTTTTAGACCCAGCACTGGAG  400

seq1  ACTCAAAGGTCAGTCTCTGAGTTCAAGGCCAGTCTGGTCTACAGAGTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAAGGTCAGTCTCTGAGTTCAAGGCCAGTCTGGTCTACAGAGTGAG  450

seq1  TTCCAGGATAGGCAGGGCTACGCCGAGAAGCACTGTCACAAACAAAACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGGATAGGCAGGGCTACGCCGAGAAGCACTGTCACAAACAAAACAA  500

seq1  AAAACAGAAATACAAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGTAACAGCAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGAAATACAAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGTAACAGCAGC  550

seq1  AGCAACAAGAAAACCCCCAAACAAACAAACAAACAAGAAACCTCCATGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACAAGAAAACCCCCAAACAAACAAACAAACAAGAAACCTCCATGAC  600

seq1  ATGACCAGTTCACCAAGTTAGATGTGAGTGGAATCAATTTATCCATCTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCAGTTCACCAAGTTAGATGTGAGTGGAATCAATTTATCCATCTGT  650

seq1  TTGGGTGTCCAGTCTAGGCAGGTCTGTTCATAGCTACCCAGGAAATGTCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTGTCCAGTCTAGGCAGGTCTGTTCATAGCTACCCAGGAAATGTCG  700

seq1  CAAAGCGAGTTGCTAAATTCCCTTCACAAGAGATTTCTGATTTCTTTCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCGAGTTGCTAAATTCCCTTCACAAGAGATTTCTGATTTCTTTCTA  750

seq1  ATTTCCAGAGATTGTAATCCTCTTCCCCTCAGCTTTGCATGTAGTTGGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCAGAGATTGTAATCCTCTTCCCCTCAGCTTTGCATGTAGTTGGAA  800

seq1  TTGCGGGTGTGGACCACTATTGTTGGTA-TTATGTCTGGACTCCACCCCC  849
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTGCGGGTGTGGACCACTATTGTTGGTATTTATGTCTGGACTCCACCCCC  850

seq1  ACAGTTACCTGGCAGCAGCCCCAGTTACCAGGCAACGGCCAGGTAGG-CC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACAGTTACCTGGCAGCAGCCCCAGTTACCAGGCAACGGCCAGGTAGGCCC  900

seq1  TGGACCACTTAAAAGGGGCTGC-TTGGCTCCTCCTCCTCTCTCT-CTTGT  946
      |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGGACCACTTAAAAAGGGCTGCTTTGGCTCCTCCTCCTCTCTCTCCTTGT  950

seq1  -CTCTCTTGTACTCTTGTCTCTCTCTCTTGCTCCCTTA--TTCCCCCTC-  992
       ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||  | ||||||| 
seq2  CCTCTCTTGTACTC-TGTCTCTCTCTCTGGCTCCCCTAATTCCCCCCTCT  999

seq1  TCTTTCCCCCTCTCACCACGTGGTCATGGCCGGCCTCTACTTCTCTA-TT  1041
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCTTTCCCCCTCTCA-CACGTGGTCATGGCCGGCCTCTACTTCTCTATTT  1048

seq1  CTCTCTGCCTTTCTCTGCC-TCTGCT-ACCCTC-TTAACTCCCCTCCC  1086
      ||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||| ||||
seq2  CTCTCTGCCTTTCTCTGCCTTCTGCTAACCCTCTTTAACTCCCTTCCC  1096