BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-249D10
Chromosome7 (Build37)
Map Location 125,605,215 - 125,734,705
singlet/doubletdoublet
Overlap geneE030018N11Rik, Coq7, Tmc7
Upstream geneXylt1, LOC669758, Rps15a, Arl6ip1, 2610207I05Rik, LOC100043339, Syt17, LOC100042845
Downstream geneB230311B06Rik, Tmc5, Mir16, 6330503K22Rik, 9030624J02Rik, 2310008H09Rik, Iqck, Gprc5b, Gpr139, LOC100042871, Gp2, Umod, 1700007B13Rik, C730027J19Rik, Acsm2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-249D10.bB6Ng01-249D10.g
ACCGA057092GA057093
length1,1591,095
definitionB6Ng01-249D10.b B6Ng01-249D10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(125,605,215 - 125,606,378)(125,733,612 - 125,734,705)
sequence
gaattccagagggctgggatgcgactcaatggtagggcttttgcttagca
tgtacacgaccctgggtcggatccacagcagcacagaagtaggaaaatgt
aagggtggaggctccgttcctgttttctacgtcatgtctgttgaacaatg
cttaaaagctacactgttttcactccaagcagcaaggggtaactgcttaa
agtaacagtgtggagccgtgatgtcctcacaacagaagcagatagatctt
cagctgccaagctccactgtcaagtgaatgaactaatagaccccctaagg
gattagaaaagcacacttgtgggtgtttacagagaaggctccatctcgaa
gctctgacctaagcgatgtttaacttgttgatagaccaagcagactgtag
ctggctggacactgggagagctatggcaggtgaagcctgtgggaagattg
caaaccactggggagtggctttaaagggcacagcctgctctgactccttt
ctgtctctgcctgcttcctgtccacctccaagtacagaatctcctcccac
acactcccaccaccataatgctttgcctcaccatggtcccacaatcagca
aagccaaggactatgaaccaaggtctctaaaaccatgagccatgataaac
cttttatgttgtttatgtctggcatcctgtcacagtgttgagaaaaccaa
gcacagacccacatgtcacacagttccagaaggtaccaccaacagcccga
gtgctgagccatctctcttgcactcatgttaaaaataaatttaaattttt
cttttcataatatttatttcttgagagaaatgtttagcacacacgtggac
gtcagaggcagcttgtaagcatctgttctctttcacggtgtgggtcctga
ggactgaacttgggtcgtaagccttggcaacaaacacctttgaccccaca
gccattttcaccaactccggtatttctatttataaagcaacacagaccac
acacaggcacacacacacacacacacacacacacacacacccacagggca
cttatttgctcagcaacagatattacctcacaataagtgttagtttctga
cctcagctactcatgtgtgtatattagatgacatggtaagtcatctggag
tcctttggg
gaattccaataccagtaaaatgaatgaatgagtaatagttattgagcaat
ctctgagagaaagagtctcccctcctccatccattaattcccacaagcct
aatgaacttcttggtgatctgccatgaccacagaccattcctaccatggg
acttacgttctgttgtactggggtaggctgacagccacaataatgccaca
attaccaggaaggcaagctgttaaagaatggtaaatgccacaagagaagg
aggcctagagaagagggtcaagggtcaaggagggtagggaatgcatgcag
gtctgccaggaaaaaggccaggtgtgttatttgtcttattgctgtggtca
aaatgtataacaatgaaggaggaaagagttgcttgggctcatggtttcaa
agggatttcagcccaccacggtagactggcatggtagactgacacggtag
actggcacggtagactggcatggtaggctggcatggtaggctggcatggt
agactagactggcatggtagactagactggcatggtagactggcatggta
gactggcatgtagtggtaggagggagtagctcagtcacgtagtgattgtc
ttagttagggttttactgctgtgagcagacaccatgaccaaggcaactct
tataaaggacaatatttaactggggctatcttacaggtttagaggttcag
tccattatcatgaaggtgggagcatggtagcatccaggcaggcatggtac
aggagaagctgagaggctacatcttcatctgacagctgcttgctacaaga
aagcttgtttccaggcagctaggataaggatttttttttttttttttttg
agacagggtttctctgtgtaagccctggctgtcctgaaacctcacttttg
taggacgaggctgggcctcgaactcaggaattcgcctgtcctctgcctcc
catagttgcttgtgattaaagccttattgccatctgctcgccttaggatt
atatccttaaagctcatgacactggtgacctcatatttcacaggtcacaa
tttcttatagtgcatctcgggccaatgcacttcaaccatcacaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_125605215_125606378
seq2: B6Ng01-249D10.b_45_1203

seq1  GAATTCCAGAGGGCTGGGATGCGACTCAATGGTAGGGCTTTTGCTTAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAGGGCTGGGATGCGACTCAATGGTAGGGCTTTTGCTTAGCA  50

seq1  TGTACACGACCCTGGGTCGGATCCACAGCAGCACAGAAGTAGGAAAATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACACGACCCTGGGTCGGATCCACAGCAGCACAGAAGTAGGAAAATGT  100

seq1  AAGGGTGGAGGCTCCGTTCCTGTTTTCTACGTCATGTCTGTTGAACAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTGGAGGCTCCGTTCCTGTTTTCTACGTCATGTCTGTTGAACAATG  150

seq1  CTTAAAAGCTACACTGTTTTCACTCCAAGCAGCAAGGGGTAACTGCTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAAGCTACACTGTTTTCACTCCAAGCAGCAAGGGGTAACTGCTTAA  200

seq1  AGTAACAGTGTGGAGCCGTGATGTCCTCACAACAGAAGCAGATAGATCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACAGTGTGGAGCCGTGATGTCCTCACAACAGAAGCAGATAGATCTT  250

seq1  CAGCTGCCAAGCTCCACTGTCAAGTGAATGAACTAATAGACCCCCTAAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGCCAAGCTCCACTGTCAAGTGAATGAACTAATAGACCCCCTAAGG  300

seq1  GATTAGAAAAGCACACTTGTGGGTGTTTACAGAGAAGGCTCCATCTCGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGAAAAGCACACTTGTGGGTGTTTACAGAGAAGGCTCCATCTCGAA  350

seq1  GCTCTGACCTAAGCGATGTTTAACTTGTTGATAGACCAAGCAGACTGTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGACCTAAGCGATGTTTAACTTGTTGATAGACCAAGCAGACTGTAG  400

seq1  CTGGCTGGACACTGGGAGAGCTATGGCAGGTGAAGCCTGTGGGAAGATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGGACACTGGGAGAGCTATGGCAGGTGAAGCCTGTGGGAAGATTG  450

seq1  CAAACCACTGGGGAGTGGCTTTAAAGGGCACAGCCTGCTCTGACTCCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCACTGGGGAGTGGCTTTAAAGGGCACAGCCTGCTCTGACTCCTTT  500

seq1  CTGTCTCTGCCTGCTTCCTGTCCACCTCCAAGTACAGAATCTCCTCCCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCTGCCTGCTTCCTGTCCACCTCCAAGTACAGAATCTCCTCCCAC  550

seq1  ACACTCCCACCACCATAATGCTTTGCCTCACCATGGTCCCACAATCAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCCCACCACCATAATGCTTTGCCTCACCATGGTCCCACAATCAGCA  600

seq1  AAGCCAAGGACTATGAACCAAGGTCTCTAAAACCATGAGCCATGATAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAAGGACTATGAACCAAGGTCTCTAAAACCATGAGCCATGATAAAC  650

seq1  CTTTTATGTTGTTTATGTCTGGCATCCTGTCACAGTGTTGAGAAAACCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATGTTGTTTATGTCTGGCATCCTGTCACAGTGTTGAGAAAACCAA  700

seq1  GCACAGACCCACATGTCACACAGTTCCAGAAGGTACCACCAACAGCCCGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGACCCACATGTCACACAGTTCCAGAAGGTACCACCAACAGCCCGA  750

seq1  GTGCTGAGCCATCTCTCTTGCACTCATGTTAAAAATAAATTTAAATTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGAGCCATCTCTCTTGCACTCATGTTAAAAATAAATTTAAATTTTT  800

seq1  CTTTTCATAATATTTATTTCTTGAGAGAAATGTTTAGCACACACGTGGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCATAATATTTATTTCTTGAGAGAAATGTTTAGCACACACGTGGAC  850

seq1  GTCAGAGGCAGCTTGTAAGCATCTGTTCTCTTTCACGGTGTGGGTCCTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAGGCAGCTTGTAAGCATCTGTTCTCTTTCACGGTGTGGGTCCTGA  900

seq1  GGACTGAACTTGGGTCGTAAGCCTTGGCAACAAACACCTTTGACCCCACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGAACTTGGGTCGTAAGCCTTGGCAACAAACACCTTTGACCCCACA  950

seq1  GCCA-TTTCACCAACTCCGGTATTTCTATTTATAAAGCAACCACAGACCA  999
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GCCATTTTCACCAACTCCGGTATTTCTATTTATAAAGCAA-CACAGACCA  999

seq1  CACACAGGCACACACACACACACACACACACACACACACACCCCACAGGG  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CACACAGGCACACACACACACACACACACACACACACACA-CCCACAGGG  1048

seq1  CAC-TAATTGCTCAGCAACAGATATTAACTCACAATAAGTGTTAAGGTTT  1098
      ||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||
seq2  CACTTATTTGCTCAGCAACAGATATTACCTCACAATAAGTGTTA--GTTT  1096

seq1  CTGACCCTCAGCTACCTCATGTGT-AATA-TAGATGACCATTGTAGAGTC  1146
      |||| ||||||||| |||||||||  ||| ||||||| ||| ||| ||||
seq2  CTGA-CCTCAGCTA-CTCATGTGTGTATATTAGATGA-CATGGTA-AGTC  1142

seq1  ATCCTGAAGTCCTTTGGG  1164
      || ||| |||||||||||
seq2  AT-CTGGAGTCCTTTGGG  1159

seq1: chr7_125733612_125734705
seq2: B6Ng01-249D10.g_66_1160 (reverse)

seq1  ATTGTGTGGTGGGTTGAAGATGC-TTGGCCCAGAGATTGGCACTATTAGG  49
      |||||   |  |||||||| ||| ||||||| |||||  ||||||| || 
seq2  ATTGT---GATGGTTGAAG-TGCATTGGCCC-GAGAT--GCACTATAAGA  43

seq1  AATTGTGGCCCTGTTGAAATATGTGTGTCACTGTGGTCATGAGCTTTAAG  99
      |||||| | |||| ||||||||| | |||||    |||||||||||||||
seq2  AATTGT-GACCTG-TGAAATATGAG-GTCACCAGTGTCATGAGCTTTAAG  90

seq1  ATCCTTATCCTAAGCCGAGCAAGATGGC-ATAAGCCTTTAATC-CCAGC-  146
          | |||||||| ||||| ||||||| ||||| |||||||| | ||| 
seq2  GATATAATCCTAAGGCGAGC-AGATGGCAATAAGGCTTTAATCACAAGCA  139

seq1  ACT-TGGGAGGCAGAGG-CAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGG-CCAGCCTC  193
      ||| ||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||||
seq2  ACTATGGGAGGCAGAGGACAGGCGAATTCCTGAGTTCGAGGCCCAGCCTC  189

seq1  GT-CTAC-AAAGTGA-GTTTCAGGACAGCCAGGGC-TACACAGAGAAACC  239
      || |||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GTCCTACAAAAGTGAGGTTTCAGGACAGCCAGGGCTTACACAGAGAAACC  239

seq1  CTGTCTC-AAAAAAAAAAAAAAAAAATCCTTATCCTAGCTGCCTGGAAAC  288
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCTTATCCTAGCTGCCTGGAAAC  289

seq1  AAGCTTTCTTGTAGCAAGCAGCTGTCAGATGAAGATGTAGCCTCTCAGCT  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTCTTGTAGCAAGCAGCTGTCAGATGAAGATGTAGCCTCTCAGCT  339

seq1  TCTCCTGTACCATGCCTGCCTGGATGCTACCATGCTCCCACCTTCATGAT  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGTACCATGCCTGCCTGGATGCTACCATGCTCCCACCTTCATGAT  389

seq1  AATGGACTGAACCTCTAAACCTGTAAGATAGCCCCAGTTAAATATTGTCC  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGACTGAACCTCTAAACCTGTAAGATAGCCCCAGTTAAATATTGTCC  439

seq1  TTTATAAGAGTTGCCTTGGTCATGGTGTCTGCTCACAGCAGTAAAACCCT  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAGAGTTGCCTTGGTCATGGTGTCTGCTCACAGCAGTAAAACCCT  489

seq1  AACTAAGACAATCACTACGTGACTGAGCTACTCCCTCCTACCACTACATG  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAGACAATCACTACGTGACTGAGCTACTCCCTCCTACCACTACATG  539

seq1  CCAGTCTACCATGCCAGTCTACCATGCCAGTCTAGTCTACCATGCCAGTC  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCTACCATGCCAGTCTACCATGCCAGTCTAGTCTACCATGCCAGTC  589

seq1  TAGTCTACCATGCCAGCCTACCATGCCAGCCTACCATGCCAGTCTACCGT  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTACCATGCCAGCCTACCATGCCAGCCTACCATGCCAGTCTACCGT  639

seq1  GCCAGTCTACCGTGTCAGTCTACCATGCCAGTCTACCGTGGTGGGCTGAA  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTCTACCGTGTCAGTCTACCATGCCAGTCTACCGTGGTGGGCTGAA  689

seq1  ATCCCTTTGAAACCATGAGCCCAAGCAACTCTTTCCTCCTTCATTGTTAT  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTTTGAAACCATGAGCCCAAGCAACTCTTTCCTCCTTCATTGTTAT  739

seq1  ACATTTTGACCACAGCAATAAGACAAATAACACACCTGGCCTTTTTCCTG  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTGACCACAGCAATAAGACAAATAACACACCTGGCCTTTTTCCTG  789

seq1  GCAGACCTGCATGCATTCCCTACCCTCCTTGACCCTTGACCCTCTTCTCT  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACCTGCATGCATTCCCTACCCTCCTTGACCCTTGACCCTCTTCTCT  839

seq1  AGGCCTCCTTCTCTTGTGGCATTTACCATTCTTTAACAGCTTGCCTTCCT  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTCCTTCTCTTGTGGCATTTACCATTCTTTAACAGCTTGCCTTCCT  889

seq1  GGTAATTGTGGCATTATTGTGGCTGTCAGCCTACCCCAGTACAACAGAAC  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATTGTGGCATTATTGTGGCTGTCAGCCTACCCCAGTACAACAGAAC  939

seq1  GTAAGTCCCATGGTAGGAATGGTCTGTGGTCATGGCAGATCACCAAGAAG  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTCCCATGGTAGGAATGGTCTGTGGTCATGGCAGATCACCAAGAAG  989

seq1  TTCATTAGGCTTGTGGGAATTAATGGATGGAGGAGGGGAGACTCTTTCTC  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTAGGCTTGTGGGAATTAATGGATGGAGGAGGGGAGACTCTTTCTC  1039

seq1  TCAGAGATTGCTCAATAACTATTACTCATTCATTCATTTTACTGGTATTG  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGATTGCTCAATAACTATTACTCATTCATTCATTTTACTGGTATTG  1089

seq1  GAATTC  1094
      ||||||
seq2  GAATTC  1095