BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250H04
Chromosome7 (Build37)
Map Location 47,180,207 - 47,336,927
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100038955, LOC100038967, LOC620018, LOC100038914, EG668531, EG628058, EG668618, EG330513, EG434168, 9430025M13Rik, LOC100038985, 3000002G13Rik, EG215208, LOC100039133, LOC100039050, EG668540, 4930558N11Rik
Downstream geneEG628161, LOC100039094, 2900093B09Rik, 4930433I11Rik, EG233164
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250H04.bB6Ng01-250H04.g
ACCGA057991GA057992
length1,1591,181
definitionB6Ng01-250H04.b B6Ng01-250H04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,335,760 - 47,336,927)(47,180,207 - 47,181,393)
sequence
gaattccaggcaatggaaacccaagtagcaaaatagagaggtacaaaggt
acggaatacatctgccagggtgggggttagcaagctacacagcagcatag
gaaagaggggaagatgaagtcagaacccaaagagttgcgaatgccaatct
aaaagctttgactttggtaactacattagttagtttttgttgctgtgatg
aaagtgaccaaaagtgacttatagaagaatcagtttactttggcttatag
ttacagggagatgaagttcataatgataagggcacgtgctaatggcagga
gcaggaagctggctgattacatcctcaaccataaaagccaaacagagagc
aaactggaacaagaaaggatataaaatctcaaagcaatccgtaaagatgt
gcctcctccagcaagtttactgctcctaaaggtttcatgacatccccaaa
cagtgctaccaactcgggaccaagtattcaagtacaagagtctaggggga
ccattcctcattgaaactaccacagtaatcaaatactattggcaaaggtg
gaaggaagaaagaggtcagttagcagtcttttaaggcagtctgggtttct
tcagtttgatcccaatccagtgggtgtgaggcttaggtccaggagcaaaa
aagaagaaacaagatttagtgcctgtgaatgggcagtgaggttttgagcc
taagttttttaaaaaggtaataaatatgaaccttcttttggattaatgag
gtgtaaacagcaggtaccgaggggcagacaaaaaattccgtaagttcaat
gttattttctttaaaactaaaagattgttttagacattagctgcagagtt
ctataatatccaattggaaaatgcaagtttatttcatcatcttacaaact
tcttactcagtaaaagctgacctttttacctttgtgtgacattgggatgc
ctaattgattctgctacaaggggttcggctactctgtgcacggctctata
ggccacatagagactaaactgaagtactgtgtgcccagcctcacgtgaga
cctggctcgcagaagctcagtcagtgtctgctatattatgcaatgggatg
aatattaagatcatgaaatcctgctgtcactactgctctcaccaaggctt
catacagct
gaattcagtgatggctgcagggagagaggagcccagcctctctgctgtct
gactgctcttcctgctgtctggcttcagccaaccccaactgcaatttgga
gagttgaggagtatggtaaggcagcccccaaatggctacttcatacagca
gagagctgacaagacatggtggagtggtagttaatctagagggcataaag
gcagaagctccagctcaggtgagtgctgttgttggtgctcctccctagat
gagaaaaggagagatgaggtgacatgagacatacgttttcaaagagcctg
taagagacggagtcagaaatgagatgttggagctagagaaatggctcaga
gattaggacgcttgctatcctcacagaggaccttagttcagtccctagca
tccaatttgagtagctgacaagtgcctgtcactccagctctgaggaatct
gacacctttttgtgcctcttcaggtaactgcatacacatgtgtgagcaca
tgtataacacacacacacacacaccaaataaaaaagatcttaagaataaa
tcagtttggttctggaagggcatgggtgtggatatcaagacttgtgctct
taaacatcattccatgtgtctgctgttttccttctagacatctctgagta
cctgggctggaatttctggttccttcttttctgtctcactccttcattca
aagttcaagagaaggtgtacctgttaagcgtctatgagactttgctagtg
tccacagagctgtgaatattcggattggatttcacatttcaacaggaccc
gagagcccaggggaagaagtagcaattgaatgagcactgtcaccatctcc
ttgctgtgtctgtccatgtccacagctctgggtgaatcctgttttaattc
actaacagctttattttcagaaataaaatatggaagctgttgggttgact
gtgaaattctaattatttgaatgtcagatgtgaactccagcctagatctt
cccttggtggtgacgcttctgagtcgggagtgtttgtcactggaaagcga
ggcaagattagtatggaccgagacctgtgacatgtcgtggcttatgctct
tatcgatctgcctgcctgtacttaatgctagctgagcctcagtctaaggc
ctttcaatggagggtgggcccctcacacaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_47335760_47336927
seq2: B6Ng01-250H04.b_43_1201 (reverse)

seq1  AGCTGATATGAAGCCTTGGTGAGAGCAAGTAGTGACAGGCAAGATTTCAT  50
      ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||
seq2  AGCTG-TATGAAGCCTTGGTGAGAGC-AGTAGTGACA-GCAGGATTTCAT  47

seq1  GATCTTAATA-TCATCACAATTGCAATAATAATAGCAGACACTGACTGAA  99
      |||||||||| ||||| | ||||| ||||| ||||||||||||||||| |
seq2  GATCTTAATATTCATC-CCATTGC-ATAAT-ATAGCAGACACTGACTG-A  93

seq1  GCCTCTGGCGAGCCAGGTCTCACGTGAGGCCTTGGGCACACAGTACTTCA  149
      || ||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||
seq2  GCTTCT-GCGAGCCAGGTCTCACGTGAGGC--TGGGCACACAGTACTTCA  140

seq1  GTTTAGTCTCTATGTGGCCTATAGAGCCGTGCACAGAGTAGCCGAACCCC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGTCTCTATGTGGCCTATAGAGCCGTGCACAGAGTAGCCGAACCCC  190

seq1  TTGTAGCAGAATCAATTAGGCATCCCAATGTCACACAAAGGTAAAAAGGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGCAGAATCAATTAGGCATCCCAATGTCACACAAAGGTAAAAAGGT  240

seq1  CAGCTTTTACTGAGTAAGAAGTTTGTAAGATGATGAAATAAACTTGCATT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTTTACTGAGTAAGAAGTTTGTAAGATGATGAAATAAACTTGCATT  290

seq1  TTCCAATTGGATATTATAGAACTCTGCAGCTAATGTCTAAAACAATCTTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAATTGGATATTATAGAACTCTGCAGCTAATGTCTAAAACAATCTTT  340

seq1  TAGTTTTAAAGAAAATAACATTGAACTTACGGAATTTTTTGTCTGCCCCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTTAAAGAAAATAACATTGAACTTACGGAATTTTTTGTCTGCCCCT  390

seq1  CGGTACCTGCTGTTTACACCTCATTAATCCAAAAGAAGGTTCATATTTAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTACCTGCTGTTTACACCTCATTAATCCAAAAGAAGGTTCATATTTAT  440

seq1  TACCTTTTTAAAAAACTTAGGCTCAAAACCTCACTGCCCATTCACAGGCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTTTTAAAAAACTTAGGCTCAAAACCTCACTGCCCATTCACAGGCA  490

seq1  CTAAATCTTGTTTCTTCTTTTTTGCTCCTGGACCTAAGCCTCACACCCAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATCTTGTTTCTTCTTTTTTGCTCCTGGACCTAAGCCTCACACCCAC  540

seq1  TGGATTGGGATCAAACTGAAGAAACCCAGACTGCCTTAAAAGACTGCTAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTGGGATCAAACTGAAGAAACCCAGACTGCCTTAAAAGACTGCTAA  590

seq1  CTGACCTCTTTCTTCCTTCCACCTTTGCCAATAGTATTTGATTACTGTGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCTCTTTCTTCCTTCCACCTTTGCCAATAGTATTTGATTACTGTGG  640

seq1  TAGTTTCAATGAGGAATGGTCCCCCTAGACTCTTGTACTTGAATACTTGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTCAATGAGGAATGGTCCCCCTAGACTCTTGTACTTGAATACTTGG  690

seq1  TCCCGAGTTGGTAGCACTGTTTGGGGATGTCATGAAACCTTTAGGAGCAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGAGTTGGTAGCACTGTTTGGGGATGTCATGAAACCTTTAGGAGCAG  740

seq1  TAAACTTGCTGGAGGAGGCACATCTTTACGGATTGCTTTGAGATTTTATA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTTGCTGGAGGAGGCACATCTTTACGGATTGCTTTGAGATTTTATA  790

seq1  TCCTTTCTTGTTCCAGTTTGCTCTCTGTTTGGCTTTTATGGTTGAGGATG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCTTGTTCCAGTTTGCTCTCTGTTTGGCTTTTATGGTTGAGGATG  840

seq1  TAATCAGCCAGCTTCCTGCTCCTGCCATTAGCACGTGCCCTTATCATTAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCAGCCAGCTTCCTGCTCCTGCCATTAGCACGTGCCCTTATCATTAT  890

seq1  GAACTTCATCTCCCTGTAACTATAAGCCAAAGTAAACTGATTCTTCTATA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTCATCTCCCTGTAACTATAAGCCAAAGTAAACTGATTCTTCTATA  940

seq1  AGTCACTTTTGGTCACTTTCATCACAGCAACAAAAACTAACTAATGTAGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACTTTTGGTCACTTTCATCACAGCAACAAAAACTAACTAATGTAGT  990

seq1  TACCAAAGTCAAAGCTTTTAGATTGGCATTCGCAACTCTTTGGGTTCTGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAAGTCAAAGCTTTTAGATTGGCATTCGCAACTCTTTGGGTTCTGA  1040

seq1  CTTCATCTTCCCCTCTTTCCTATGCTGCTGTGTAGCTTGCTAACCCCCAC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATCTTCCCCTCTTTCCTATGCTGCTGTGTAGCTTGCTAACCCCCAC  1090

seq1  CCTGGCAGATGTATTCCGTACCTTTGTACCTCTCTATTTTGCTACTTGGG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCAGATGTATTCCGTACCTTTGTACCTCTCTATTTTGCTACTTGGG  1140

seq1  TTTCCATTGCCTGGAATTC  1168
      |||||||||||||||||||
seq2  TTTCCATTGCCTGGAATTC  1159

seq1: chr7_47180207_47181393
seq2: B6Ng01-250H04.g_66_1246

seq1  GAATTCAGTGATGGCTGCAGGGAGAGAGGAGCCCAGCCTCTCTGCTGTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGATGGCTGCAGGGAGAGAGGAGCCCAGCCTCTCTGCTGTCT  50

seq1  GACTGCTCTTCCTGCTGTCTGGCTTCAGCCAACCCCAACTGCAATTTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCTCTTCCTGCTGTCTGGCTTCAGCCAACCCCAACTGCAATTTGGA  100

seq1  GAGTTGAGGAGTATGGTAAGGCAGCCCCCAAATGGCTACTTCATACAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGAGGAGTATGGTAAGGCAGCCCCCAAATGGCTACTTCATACAGCA  150

seq1  GAGAGCTGACAAGACATGGTGGAGTGGTAGTTAATCTAGAGGGCATAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCTGACAAGACATGGTGGAGTGGTAGTTAATCTAGAGGGCATAAAG  200

seq1  GCAGAAGCTCCAGCTCAGGTGAGTGCTGTTGTTGGTGCTCCTCCCTAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGCTCCAGCTCAGGTGAGTGCTGTTGTTGGTGCTCCTCCCTAGAT  250

seq1  GAGAAAAGGAGAGATGAGGTGACATGAGACATACGTTTTCAAAGAGCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAAGGAGAGATGAGGTGACATGAGACATACGTTTTCAAAGAGCCTG  300

seq1  TAAGAGACGGAGTCAGAAATGAGATGTTGGAGCTAGAGAAATGGCTCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGACGGAGTCAGAAATGAGATGTTGGAGCTAGAGAAATGGCTCAGA  350

seq1  GATTAGGACGCTTGCTATCCTCACAGAGGACCTTAGTTCAGTCCCTAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGGACGCTTGCTATCCTCACAGAGGACCTTAGTTCAGTCCCTAGCA  400

seq1  TCCAATTTGAGTAGCTGACAAGTGCCTGTCACTCCAGCTCTGAGGAATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATTTGAGTAGCTGACAAGTGCCTGTCACTCCAGCTCTGAGGAATCT  450

seq1  GACACCTTTTTGTGCCTCTTCAGGTAACTGCATACACATGTGTGAGCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCTTTTTGTGCCTCTTCAGGTAACTGCATACACATGTGTGAGCACA  500

seq1  TGTATAACACACACACACACACACCAAATAAAAAAGATCTTAAGAATAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAACACACACACACACACACCAAATAAAAAAGATCTTAAGAATAAA  550

seq1  TCAGTTTGGTTCTGGAAGGGCATGGGTGTGGATATCAAGACTTGTGCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTGGTTCTGGAAGGGCATGGGTGTGGATATCAAGACTTGTGCTCT  600

seq1  TAAACATCATTCCATGTGTCTGCTGTTTTCCTTCTAGACATCTCTGAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACATCATTCCATGTGTCTGCTGTTTTCCTTCTAGACATCTCTGAGTA  650

seq1  CCTGGGCTGGAATTTCTGGTTCCTTCTTTTCTGTCTCACTCCTTCATTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGCTGGAATTTCTGGTTCCTTCTTTTCTGTCTCACTCCTTCATTCA  700

seq1  AAGTTCAAGAGAAGGTGTACCTGTTAAGCGTCTATGAGACTTTGCTAGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCAAGAGAAGGTGTACCTGTTAAGCGTCTATGAGACTTTGCTAGTG  750

seq1  TCCACAGAGCTGTGAATATTCGGATTGGATTTCACATTTCAACAGGACCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAGAGCTGTGAATATTCGGATTGGATTTCACATTTCAACAGGACCC  800

seq1  GAGAGCCCAGGGGAAGAAGTAGCAATTGAATGAGCACTGTCACCATCTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCCCAGGGGAAGAAGTAGCAATTGAATGAGCACTGTCACCATCTCC  850

seq1  TTGCTGTGTCTGTCCATGTCCACAGCTCTGGGTGAATCCTG-TTTAATTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTGCTGTGTCTGTCCATGTCCACAGCTCTGGGTGAATCCTGTTTTAATTC  900

seq1  ACTAACAGCTTTATTTTCAGAAATAAAATAT-GAAGCTGTTGGTTGAACT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||
seq2  ACTAACAGCTTTATTTTCAGAAATAAAATATGGAAGCTGTTGGGTTGACT  950

seq1  GTGAAATTCTAATTATTTGAAATGTCAGATGTGAACTCCCAGCCTAGATC  998
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTGAAATTCTAATTATTTG-AATGTCAGATGTGAACT-CCAGCCTAGATC  998

seq1  TTCCCTTGGGTGGTGACGCTTCTGAGTCGGAAGTGTTTGTCACT-GAAAG  1047
      ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
seq2  TTCCCTT-GGTGGTGACGCTTCTGAGTCGGGAGTGTTTGTCACTGGAAAG  1047

seq1  CGAGGCAAGATAAGTATTGACAGAGGAACTGTGAACATTGTCCTTGCTCA  1097
      ||||||||||| ||||| ||| || || ||||| ||| |||| | ||| |
seq2  CGAGGCAAGATTAGTATGGACCGA-GACCTGTG-ACA-TGTCGTGGCTTA  1094

seq1  TGGCTCCTTATCGATCTGCCCTGCTGTACTTACATGCTCAGCCTGAGCCT  1147
      | ||| ||||||||||||||   ||||||||| ||||| || ||||||||
seq2  T-GCT-CTTATCGATCTGCCTGCCTGTACTTA-ATGCT-AG-CTGAGCCT  1139

seq1  TCCAGTCATAGCGCTTTCATTGAA--GTGGG--CCTCACACAGA  1187
        |||||  ||  |||||| || |  |||||  |||||||||||
seq2  --CAGTCTAAGGCCTTTCAATGGAGGGTGGGCCCCTCACACAGA  1181