BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-251O13
Chromosome7 (Build37)
Map Location 47,004,354 - 47,180,212
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG668540, 4930558N11Rik
Upstream geneLOC100038955, LOC100038967, LOC620018, LOC100038914, EG668531, EG628058, EG668618, EG330513, EG434168, 9430025M13Rik, LOC100038985, 3000002G13Rik, EG215208, LOC100039133, LOC100039050
Downstream geneEG628161, LOC100039094, 2900093B09Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-251O13.bB6Ng01-251O13.g
ACCGA059047GA059048
length1,0871,089
definitionB6Ng01-251O13.b B6Ng01-251O13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,004,354 - 47,005,435)(47,179,133 - 47,180,212)
sequence
gaattcatcattcgatgaatgccagattaatcattgcttgggggctttta
tttatttatttttattctttattcatatattataccccaactgcagttcc
cccttcttctctcaggcctgccctcatccccagaaccacctctccttcat
ttcccttcagtgaaagaaaagatagaagaaaagatgtttttgtcagattt
ttcagctttcagtttctgttgtagacatcacgtagttgaatggagagacg
ggctccaaatggctttagactcattctacagtggcctagacaggtaacat
tccagggaagagacagggttgtattgaaaacaatgagaaaagaccaggga
atagaaagtatgtctgaaatggactctttagtcctttcagagataaatgg
atcaagacagtagtaacctgaggacgagagacttcgatcagtgatgagaa
aaatcccttcataaagtgtgctggttgggatctgcagaggtgatagggta
cactcatggaagggtaagggagtagggaagatgtaagcctgggcccaggg
aagtcaggaagaaagacattaaataattggggaggcacctgttgaatgag
cttggcccagggagtggcactattagaaggtgtggccttgttggagtagg
tgtgtcattgtctgtgtgggctttaagacctttatcctagctgcctggaa
agccagtattctcctagcagccttcagatgaagatatagaactctcagct
cctcctgcaccatgcctgcctagatgctgccatgttcctgccttgatgat
aaaagactgaaccgctgaacctgtaagccagccctaattaaatgttgtcc
ttataagagttgtcttgggtcatggtgtctgttcacagcagcaaaccctt
aacaaagacacagttttaatgtaaattattccactctaggctcatgtgct
gtacatgtgttcttcatattgtgatggtgtttgggcagaggggtggaaaa
ctttagtgtcttgtaccagtcaggagaaaataggaccctgagtatgtcat
gcccggcccttttcctgaatatggccttctgcacatg
gaattccttcacctgtgaccatagcctttacattttgactcctctcccaa
aggctcaccaaagtctttatcatcaattcatcttcttgcacatttaggcc
aagagaatatctcaagatgacttgtccaagaaagagactctgaaatggac
attcactgggcatgacaataaatacatcctaacacttgggaggtggagaa
aagacttgaggacttcttggtttgcatagccaatttgaagccatctttat
ttacacaatgaggccttgtctaaatagacagacagacggacagcaggcag
acagacaggcaggcaggtgggaaggaagaaaggagggaggaaaggaagga
aagaaaaatgtgactcaagagctaggaggcatagcccagtaataggtgtc
taccttgggacaaagctctatatcccatcttcagcaaaacaaaaatttaa
atacataaaaatgtaaacactatcaagtgtacatccttaattcttaggaa
ggcggctcacaagaaagggtgtttaggaatcattccttacagaactggaa
ggaagtagaactgaaaaggaggttgaaatctaaaagactactgctgagtc
tatggagagtatggagagctgggaaatctaatgaccctggagagttggcc
caagaggcccaggcctcacagtctttgtaaaccttaggctctctgaatac
attgaattgtaggtaggccacctacccaacatgcttgaaaatgaatgcac
tcattcatttcctggctgacaaagcagctcctcatatcactctttcccaa
ctatctgtttagttccctcacacctgctcagctccatctctgggaaataa
caaacatccatcaataaatatgtcacaatttgcagggatttttccccatc
aaatgcaacctccctggaagtcttgaagttgggggagggatttgatcttg
ttaattatttatgagaaatcttgatgacttttctatgggaaacagacatc
atgagaaaataacaatcaaggactatgggttatgggctggagaaaatgac
tcagtggttagaggcttctgactgctcttccagaaggtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_47004354_47005435
seq2: B6Ng01-251O13.b_46_1132

seq1  GAATTCATCATTCGATGAATGCCAGATTAATCATTGCTTGGGGGCTTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCATTCGATGAATGCCAGATTAATCATTGCTTGGGGGCTTTTA  50

seq1  TTTATTTATTTTTATTCTTTATTCATATATTATACCCCAACTGCAGTTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTATTTTTATTCTTTATTCATATATTATACCCCAACTGCAGTTCC  100

seq1  CCCTTCTTCTCTCAGGCCTGCCCTCATCCCCAGAACCACCTCTCCTTCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTTCTCTCAGGCCTGCCCTCATCCCCAGAACCACCTCTCCTTCAT  150

seq1  TTCCCTTCAGTGAAAGAAAAGATAGAAGAAAAGATGTTTTTGTCAGATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTCAGTGAAAGAAAAGATAGAAGAAAAGATGTTTTTGTCAGATTT  200

seq1  TTCAGCTTTCAGTTTCTGTTGTAGACATCACGTAGTTGAATGGAGAGACG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCTTTCAGTTTCTGTTGTAGACATCACGTAGTTGAATGGAGAGACG  250

seq1  GGCTCCAAATGGCTTTAGACTCATTCTACAGTGGCCTAGACAGGTAACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCAAATGGCTTTAGACTCATTCTACAGTGGCCTAGACAGGTAACAT  300

seq1  TCCAGGGAAGAGACAGGGTTGTATTGAAAACAATGAGAAAAGACCAGGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGGAAGAGACAGGGTTGTATTGAAAACAATGAGAAAAGACCAGGGA  350

seq1  ATAGAAAGTATGTCTGAAATGGACTCTTTAGTCCTTTCAGAGATAAATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAAGTATGTCTGAAATGGACTCTTTAGTCCTTTCAGAGATAAATGG  400

seq1  ATCAAGACAGTAGTAACCTGAGGACGAGAGACTTCGATCAGTGATGAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGACAGTAGTAACCTGAGGACGAGAGACTTCGATCAGTGATGAGAA  450

seq1  AAATCCCTTCATAAAGTGTGCTGGTTGGGATCTGCAGAGGTGATAGGGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCCTTCATAAAGTGTGCTGGTTGGGATCTGCAGAGGTGATAGGGTA  500

seq1  CACTCATGGAAGGGTAAGGGAGTAGGGAAGATGTAAGCCTGGGCCCAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCATGGAAGGGTAAGGGAGTAGGGAAGATGTAAGCCTGGGCCCAGGG  550

seq1  AAGTCAGGAAGAAAGACATTAAATAATTGGGGAGGCACCTGTTGAATGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAGGAAGAAAGACATTAAATAATTGGGGAGGCACCTGTTGAATGAG  600

seq1  CTTGGCCCAGGGAGTGGCACTATTAGAAGGTGTGGCCTTGTTGGAGTAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCCCAGGGAGTGGCACTATTAGAAGGTGTGGCCTTGTTGGAGTAGG  650

seq1  TGTGTCATTGTCTGTGTGGGCTTTAAGACCTTTATCCTAGCTGCCTGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCATTGTCTGTGTGGGCTTTAAGACCTTTATCCTAGCTGCCTGGAA  700

seq1  AGCCAGTATTCTCCTAGCAGCCTTCAGATGAAGATATAGAACTCTCAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGTATTCTCCTAGCAGCCTTCAGATGAAGATATAGAACTCTCAGCT  750

seq1  CCTCCTGCACCATGCCTGCCTAGATGCTGCCATGTTCCTGCCTTGATGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGCACCATGCCTGCCTAGATGCTGCCATGTTCCTGCCTTGATGAT  800

seq1  AAAAGACTGAACCGCTGAACCTGTAAGCCAGCCCTAATTAAATGTTGTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGACTGAACCGCTGAACCTGTAAGCCAGCCCTAATTAAATGTTGTCC  850

seq1  TTATAAGAGTTGTCTT-GGTCATGGTGTCTGTTCACAGCAGCAAAACCTT  899
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTATAAGAGTTGTCTTGGGTCATGGTGTCTGTTCACAGCAGCAAACCCTT  900

seq1  AACAAAGACACAGTTTTAATGTAAATTATTCCACTCTAGGCTCATGTGCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGACACAGTTTTAATGTAAATTATTCCACTCTAGGCTCATGTGCT  950

seq1  GTACATGTGTTCTTCATATTGTGATGGTGTTTTGGCAGA-GGGTGGAAAA  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
seq2  GTACATGTGTTCTTCATATTGTGATGGTGTTTGGGCAGAGGGGTGGAAAA  1000

seq1  CTTTAGTGTCTTGTACCCAGTCA-GAGAAAATAGGACCCTGAGTATGTCA  1047
      ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGTGTCTTGTA-CCAGTCAGGAGAAAATAGGACCCTGAGTATGTCA  1049

seq1  TGCCCGG-CCTTTTCCTG-ATATGG-CTTCTGCACATG  1082
      ||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  TGCCCGGCCCTTTTCCTGAATATGGCCTTCTGCACATG  1087

seq1: chr7_47179133_47180212
seq2: B6Ng01-251O13.g_69_1157 (reverse)

seq1  GACC-TCTGGAAGAGCAGTCAG-AGCTCTTAACCACTGAGTCA-TCTCTC  47
      |||| ||||||||||||||||| |||   |||||||||||||| | ||||
seq2  GACCTTCTGGAAGAGCAGTCAGAAGCCTCTAACCACTGAGTCATTTTCTC  50

seq1  CAGCCCATTAACCATAGT-CTTGA-TGTTA-TTTCTCATGATGTCTGTTT  94
      |||||||| | ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCATAACCCATAGTCCTTGATTGTTATTTTCTCATGATGTCTGTTT  100

seq1  CCCATAGAAAAGTCATCAAGATTTCTCATAAAT-ATTAACAAGATCAAAT  143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCCATAGAAAAGTCATCAAGATTTCTCATAAATAATTAACAAGATCAAAT  150

seq1  CCCT-CCCCAACTTCAAGACTTCCAGGGAGGTTGCATTTGATGGGGAAAA  192
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCCCAACTTCAAGACTTCCAGGGAGGTTGCATTTGATGGGGAAAA  200

seq1  ATCCCTGCAAATTGTGACATATTTATTGATGGATGTTTGTTA-TTCCCAG  241
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATCCCTGCAAATTGTGACATATTTATTGATGGATGTTTGTTATTTCCCAG  250

seq1  AGATGGAGCTGAGCAGGTGTGAGGGAACTAAACAGATAGTTGGGAAAGAG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGAGCTGAGCAGGTGTGAGGGAACTAAACAGATAGTTGGGAAAGAG  300

seq1  TGATATGAGGAGCTGCTTTGTCAGCCAGGAAATGAATGAGTGCATTCATT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATGAGGAGCTGCTTTGTCAGCCAGGAAATGAATGAGTGCATTCATT  350

seq1  TTCAAGCATGTTGGGTAGGTGGCCTACCTACAATTCAATGTATTCAGAGA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGCATGTTGGGTAGGTGGCCTACCTACAATTCAATGTATTCAGAGA  400

seq1  GCCTAAGGTTTACAAAGACTGTGAGGCCTGGGCCTCTTGGGCCAACTCTC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAAGGTTTACAAAGACTGTGAGGCCTGGGCCTCTTGGGCCAACTCTC  450

seq1  CAGGGTCATTAGATTTCCCAGCTCTCCATACTCTCCATAGACTCAGCAGT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTCATTAGATTTCCCAGCTCTCCATACTCTCCATAGACTCAGCAGT  500

seq1  AGTCTTTTAGATTTCAACCTCCTTTTCAGTTCTACTTCCTTCCAGTTCTG  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTTTAGATTTCAACCTCCTTTTCAGTTCTACTTCCTTCCAGTTCTG  550

seq1  TAAGGAATGATTCCTAAACACCCTTTCTTGTGAGCCGCCTTCCTAAGAAT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAATGATTCCTAAACACCCTTTCTTGTGAGCCGCCTTCCTAAGAAT  600

seq1  TAAGGATGTACACTTGATAGTGTTTACATTTTTATGTATTTAAATTTTTG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGATGTACACTTGATAGTGTTTACATTTTTATGTATTTAAATTTTTG  650

seq1  TTTTGCTGAAGATGGGATATAGAGCTTTGTCCCAAGGTAGACACCTATTA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTGAAGATGGGATATAGAGCTTTGTCCCAAGGTAGACACCTATTA  700

seq1  CTGGGCTATGCCTCCTAGCTCTTGAGTCACATTTTTCTTTCCTTCCTTTC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCTATGCCTCCTAGCTCTTGAGTCACATTTTTCTTTCCTTCCTTTC  750

seq1  CTCCCTCCTTTCTTCCTTCCCACCTGCCTGCCTGTCTGTCTGCCTGCTGT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTCCTTTCTTCCTTCCCACCTGCCTGCCTGTCTGTCTGCCTGCTGT  800

seq1  CCGTCTGTCTGTCTATTTAGACAAGGCCTCATTGTGTAAATAAAGATGGC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTCTGTCTGTCTATTTAGACAAGGCCTCATTGTGTAAATAAAGATGGC  850

seq1  TTCAAATTTGCTATGCAAACCAAGAAGTCCTCAAGTCTTTTCTCCACCTC  891
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATTGGCTATGCAAACCAAGAAGTCCTCAAGTCTTTTCTCCACCTC  900

seq1  CCAAGTGTTAGGATGTATTTATTGTCATGCCCAGTGAATGTCCATTTCAG  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTGTTAGGATGTATTTATTGTCATGCCCAGTGAATGTCCATTTCAG  950

seq1  AGTCTCTTTCTTGGACAAGTCATCTTGAGATATTCTCTTGGCCTAAATGT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCTTTCTTGGACAAGTCATCTTGAGATATTCTCTTGGCCTAAATGT  1000

seq1  GCAAGAAGATGAATTGATGATAAAGACTTTGGTGAGCCTTTGGGAGAGGA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAAGATGAATTGATGATAAAGACTTTGGTGAGCCTTTGGGAGAGGA  1050

seq1  GTCAAAATGTAAAGGCTATGGTCACAGGTGAAGGAATTC  1080
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAATGTAAAGGCTATGGTCACAGGTGAAGGAATTC  1089