BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-252G23
Chromosome7 (Build37)
Map Location 37,184,886 - 37,297,113
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCcdc123, Slc7a9, 2410004F06Rik, Nudt19, Rgs9bp, Ankrd27, Pdcd5, Dpy19l3, zfp507, LOC100043872, EG668988, LOC668507
Downstream geneTshz3, LOC100043874, Zfp536
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-252G23.bB6Ng01-252G23.g
ACCGA059432GA059433
length1,145476
definitionB6Ng01-252G23.b B6Ng01-252G23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,184,886 - 37,186,038)(37,296,632 - 37,297,113)
sequence
gaattcaaatgctcttcaaagcatctctcagtggcatcacatgacatttg
tgcttttccttatggcctgtgtgcttgctgtcaagccttattcatgttct
agtatgtgtcaagactagttcctgctaattcattggtggacatttaggtt
agacacatacacacaaacatataccactgaagacatacttggtatacata
taatctgggccaattacaggtgcatgtatttctcaggatttctgaatttc
tcaggatctacttggagactgatatatctgaatcaataactcttgttcca
tctgattaaactgggtgcctatgagagactccacaccaggaggtaactct
tcattccgtagggtggaggcatgctggcaatgggactttttgtagaatga
gtagcttaacaggcaggccattgctggttagtgttttaggtagggataac
atccctacaaagacaaccagggactatgaagttggtaagtgtgactgaag
cgtgtttgtatgttcacagtggtctgtacataggctgtgtgttcacagca
ggctgtcctggtggaaatgggtaaatgatcaacctagaaaaataagccaa
ggacaacatttacgtagctatctcttgagatcacagcaaagttcttaaaa
cctaaaagaagtacatattcttttctcacgcatagagacttagcatatat
atttttatgggcatatggtctttgtgatttgatgatacattatgcttaca
tgcattttttgatatccatgtacaggagtttcctgttgtcagtggccctt
atagtttcctggtgctgtgttcatggatgtaccagagtctaattaatgac
ttccctgcagctagatatttagctggtttaccaatgaggttcttaccagc
aacactaatgaacaagcttgcagagatatcacttaccatgagtgtgagtc
tgaccagaagaccaacttcccccggtaatgattgacaggtcaaagggtat
gtgcatgtgtaatttttctagtgcactcacaagatgacaccaatccccca
cagcacattctgtgagatctacgtgtcagtgctcgaagtcctatcaactt
ttggttctttctgttcagtgggggacacatgcatcatagatagtg

ttgggattattacccagttgagaatgaaaacatggattgccagggatgga
ttttacattgaccccgagtttataaaaacttctggtggcattcactcttg
gtgtatgtgtagtacattgctgcttgctgcatgctttcttccaattaggt
ggcatcatttaaccttccccatagcccagagtctgggtccaacaagtctc
atttgatttgaaaggaaatggaggctcagagagtctaaaaatcttggcgg
gatcaaatggctgaggagtaggtgtgtggtcatgcgaaccagatgggacc
acatcaggggtccttgctttgtgtttatgttgtacccatgaggaagtttc
tgggactagtagacttgatgcacaatttgaagctcaacagagcccgagat
ctgtgcactgttttcaaaagttatgcaaatcatttgaatcaattaaatgg
tagtggtggtggtggtggtagtagta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_37184886_37186038
seq2: B6Ng01-252G23.b_49_1193

seq1  GAATTCAAATGCTCTTCAAAGCATCTCTCAGTGGCATCACATGACATTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATGCTCTTCAAAGCATCTCTCAGTGGCATCACATGACATTTG  50

seq1  TGCTTTTCCTTATGGCCTGTGTGCTTGCTGTCAAGCCTTATTCATGTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTCCTTATGGCCTGTGTGCTTGCTGTCAAGCCTTATTCATGTTCT  100

seq1  AGTATGTGTCAAGACTAGTTCCTGCTAATTCATTGGTGGACATTTAGGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGTGTCAAGACTAGTTCCTGCTAATTCATTGGTGGACATTTAGGTT  150

seq1  AGACACATACACACAAACATATACCACTGAAGACATACTTGGTATACATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACATACACACAAACATATACCACTGAAGACATACTTGGTATACATA  200

seq1  TAATCTGGGCCAATTACAGGTGCATGTATTTCTCAGGATTTCTGAATTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTGGGCCAATTACAGGTGCATGTATTTCTCAGGATTTCTGAATTTC  250

seq1  TCAGGATCTACTTGGAGACTGATATATCTGAATCAATAACTCTTGTTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGATCTACTTGGAGACTGATATATCTGAATCAATAACTCTTGTTCCA  300

seq1  TCTGATTAAACTGGGTGCCTATGAGAGACTCCACACCAGGAGGTAACTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATTAAACTGGGTGCCTATGAGAGACTCCACACCAGGAGGTAACTCT  350

seq1  TCATTCCGTAGGGTGGAGGCATGCTGGCAATGGGACTTTTTGTAGAATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCCGTAGGGTGGAGGCATGCTGGCAATGGGACTTTTTGTAGAATGA  400

seq1  GTAGCTTAACAGGCAGGCCATTGCTGGTTAGTGTTTTAGGTAGGGATAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTTAACAGGCAGGCCATTGCTGGTTAGTGTTTTAGGTAGGGATAAC  450

seq1  ATCCCTACAAAGACAACCAGGGACTATGAAGTTGGTAAGTGTGACTGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTACAAAGACAACCAGGGACTATGAAGTTGGTAAGTGTGACTGAAG  500

seq1  CGTGTTTGTATGTTCACAGTGGTCTGTACATAGGCTGTGTGTTCACAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTTTGTATGTTCACAGTGGTCTGTACATAGGCTGTGTGTTCACAGCA  550

seq1  GGCTGTCCTGGTGGAAATGGGTAAATGATCAACCTAGAAAAATAAGCCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTCCTGGTGGAAATGGGTAAATGATCAACCTAGAAAAATAAGCCAA  600

seq1  GGACAACATTTACGTAGCTATCTCTTGAGATCACAGCAAAGTTCTTAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAACATTTACGTAGCTATCTCTTGAGATCACAGCAAAGTTCTTAAAA  650

seq1  CCTAAAAGAAGTACATATTCTTTTCTCACGCATAGAGACTTAGCATATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAAAGAAGTACATATTCTTTTCTCACGCATAGAGACTTAGCATATAT  700

seq1  ATTTTTATGGGCATATGGTCTTTGTGATTTGATGATACATTATGCTTACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTATGGGCATATGGTCTTTGTGATTTGATGATACATTATGCTTACA  750

seq1  TGCATTTTTTGATATCCATGTACAGGAGTTTCCTGTTGTCAGTGGCCCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTTTTTGATATCCATGTACAGGAGTTTCCTGTTGTCAGTGGCCCTT  800

seq1  ATAGTTTCCTGGTGCTGTGTTCATGGATGTACCAGAGTCTAATTAATGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTTCCTGGTGCTGTGTTCATGGATGTACCAGAGTCTAATTAATGAC  850

seq1  TTCCCTGCAGCTAGATATTTAGCTGGTTTACCAATGAGGTTCTTACCAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTGCAGCTAGATATTTAGCTGGTTTACCAATGAGGTTCTTACCAGC  900

seq1  AACACTAATGAACAAGCTTGCAGAGATATCACTTACCATGAGTGTGAGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTAATGAACAAGCTTGCAGAGATATCACTTACCATGAGTGTGAGTC  950

seq1  TGACCAGAAGACCAACTCCCCCCGGTAATGATTGACAGGTCAAAGGGTAT  1000
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAGAAGACCAACTTCCCCCGGTAATGATTGACAGGTCAAAGGGTAT  1000

seq1  GTGCATGTGTAATTTTTCTAGGTGCACTCCACAAGGGTGACACCAATCCC  1050
      |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| | |||||||||||||
seq2  GTGCATGTGTAATTTTTCTA-GTGCACT-CACAA-GATGACACCAATCCC  1047

seq1  CACCAGCACA-TCTGTGAGATCTACGTGTTCAGTGCCTCGAGGTCTCATC  1099
      |  ||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||  |||
seq2  CCACAGCACATTCTGTGAGATCTACGTG-TCAGTG-CTCGAAGTCCTATC  1095

seq1  AACCTTTTGGGTTCTTTCTGTTTCAGTGGGGGACAATGGCATCATAAGAT  1149
      |||  ||| ||||||||||| ||||||||||||||   ||||||| ||||
seq2  AAC--TTTTGGTTCTTTCTG-TTCAGTGGGGGACACATGCATCAT-AGAT  1141

seq1  AGTG  1153
      ||||
seq2  AGTG  1145


seq1: chr7_37296632_37297113
seq2: B6Ng01-252G23.g_67_548 (reverse)

seq1  TACTACTACCACCACCACCACCACTACCATTTAATTGATTCAAATGATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTACTACCACCACCACCACCACTACCATTTAATTGATTCAAATGATTT  50

seq1  GCATAACTTTTGAAAACAGTGCACAGATCTCGGGCTCTGTTGAGCTTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAACTTTTGAAAACAGTGCACAGATCTCGGGCTCTGTTGAGCTTCAA  100

seq1  ATTGTGCATCAAGTCTACTAGTCCCAGAAACTTCCTCATGGGTACAACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGCATCAAGTCTACTAGTCCCAGAAACTTCCTCATGGGTACAACAT  150

seq1  AAACACAAAGCAAGGACCCCTGATGTGGTCCCATCTGGTTCGCATGACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACAAAGCAAGGACCCCTGATGTGGTCCCATCTGGTTCGCATGACCA  200

seq1  CACACCTACTCCTCAGCCATTTGATCCCGCCAAGATTTTTAGACTCTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCTACTCCTCAGCCATTTGATCCCGCCAAGATTTTTAGACTCTCTG  250

seq1  AGCCTCCATTTCCTTTCAAATCAAATGAGACTTGTTGGACCCAGACTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCCATTTCCTTTCAAATCAAATGAGACTTGTTGGACCCAGACTCTG  300

seq1  GGCTATGGGGAAGGTTAAATGATGCCACCTAATTGGAAGAAAGCATGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATGGGGAAGGTTAAATGATGCCACCTAATTGGAAGAAAGCATGCAG  350

seq1  CAAGCAGCAATGTACTACACATACACCAAGAGTGAATGCCACCAGAAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAGCAATGTACTACACATACACCAAGAGTGAATGCCACCAGAAGTT  400

seq1  TTTATAAACTCGGGGTCAATGTAAAATCCATCCCTGGCAATCCATGTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAACTCGGGGTCAATGTAAAATCCATCCCTGGCAATCCATGTTTT  450

seq1  CATTCTCAACTGGGTAATAATCCCAAGAATTC  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTCAACTGGGTAATAATCCCAAGAATTC  482


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |