BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-254B21
Chromosome7 (Build37)
Map Location 132,192,200 - 132,331,348
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG545999
Upstream geneEG628779
Downstream geneLOC670828, 4933440M02Rik, LOC100043014, Jmjd5, Nsmce1, EG244214, Il4ra, Il21r, Gtf3c1, D430042O09Rik, Gsg1l, Xpo6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-254B21.bB6Ng01-254B21.g
ACCGA060669GA060670
length1,1631,140
definitionB6Ng01-254B21.b B6Ng01-254B21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(132,192,200 - 132,193,372)(132,330,215 - 132,331,348)
sequence
gaattcagggtgatccctttaggagacctgttaggcccggttgtttatgt
tccacaatttcatcaaagaaggctcaattgtccattgtaagaacaacacc
catgtcttctaatatgtctctgccccaaagtgtgtgagggatgtcagtga
caacaggtatgaaagaaccctggttgtcatctaaatccttcaaatgccca
acatcatcctagtggtttgctggcctttaacaaccataatggcagggccc
gatttgaacttccagtggggaaacatcaaggcctcattttcagtgttaat
ggtaaagtccacacagtatctaccagcccttttaaaaggaatcccatcta
ggcgtagagtcatcatgtgtgagtgtggaaaaacaaggagagtccaatat
acccttttgggtttaagtcatcctgagtttatcagagttctgagacctgc
agtcttgtgcccagagaaatcctctattacagtgaggccactttgttcct
ggcctagcaggagcaatcaggcaggcctccctgcaagagtctgttgctga
atctttgcctatcagccaacaagggcatcaagagaagcagtcaggactgt
tataggacctgcccaagggtcaaggtctctggtggccacttcccatttat
gaaagtcatcattatggactgccaccattacactgtgagtgagggcatta
agaccctcccaagccatttgtttagcaaacatgtcttgagtgggtcctaa
atcaacccatttcttcaccacctcagaaacccttgtgaggaagtctgtga
aggactctcctgattgtttacagaagaaggttacagaagtaggcagaagg
atctgtgggagtgcaggccttaagggccttgaaagacagatcagccacct
ggttgaagtaggcatgttggatgatagtagcttaggtaactgggtcatgt
atgccccgtggccagtcatcatgtctagggtgatgttaaggtatattcaa
gatttaggcctgcctgactctcagccagtcctgatatgctgactgccagt
tcaaacatggcaggacccaggaccgcctttaagaagattctgcagtcata
ataggtttgtaaggtgcaagtaaggaggctcaattcatggctaccttcta
ataagcgaagtca

gaattctttcaggacaatgtttcccttctccattcccaattggtaaagct
gagttagggtgcctgtgtgtctctagcttcaggtctgcaatgcaggtgtg
tgctacactgatggagcgaactcctgagcaggacgaactcctgagcaggg
cgatgcaaagccacttcattctggcctccaaatgatgtgggataagtgca
agtccagagctggtggcagcctccaaaagccgatgccaatggagaaggca
gagaaccaaggagaggctgccatacagcagcgagcccagacttggcctgg
tcttcagacagcagctgtgcttttcaggtccacggaacagagtccctgtg
tggctgttgtgacagctgccattgctactgtcattatgattagtgaccgt
cttcttttcatttctgttccagtgttgtggtgaaatattgacagagtatt
tccctgtatttcgaagtacaggggagagaggcggttagtggactgcacat
gagggcagctgagccaggacctctgccactttctttaggagcctttgttc
ttttgggccccattttgtcttagtgggtgacttggaggttggacctgaag
tgaacttggcaaaaatgtaaggtgggggatggggagcagcgaagaaagct
gcagcttggtagtggtttgtggtttcctgtcactattttgaccagtgatt
ctcaacctgtgggtctcaacccctatggaaattggccaaccctttcacag
gggtcattcatagccatcagaaaaacacagatatttatattatggctcat
aatggtagcaatattacagttatgaagtaacaaataattttatggttggg
gtcaccataacaaaagggtctgagcattaggaaaggttgagaaccattgc
tctagacagtgccaagacagatgggtttgcggaggagaagtagttatgga
gtctcaaaggagcagactctctcctttcaattgttcctagaaattagaaa
atcagagtgtagctctggatccttctgggggagtcagtatagctctggac
cttctgagaagtcagcgacacatcatggcttgctagacataagctggtgg
aaggtttagagcttaagtcacctcccccacccttgctctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_132192200_132193372
seq2: B6Ng01-254B21.b_50_1212

seq1  GAATTCAGGGTGATCCCTTTAGGAGACCTGTTAGGCCCGGTTGTTTATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGGTGATCCCTTTAGGAGACCTGTTAGGCCCGGTTGTTTATGT  50

seq1  TCCACAATTTCATCAAAGAAGGCTCAATTGTCCATTGTAAGAACAACACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAATTTCATCAAAGAAGGCTCAATTGTCCATTGTAAGAACAACACC  100

seq1  CATGTCTTCTAATATGTCTCTGCCCCAAAGTGTGTGAGGGATGTCAGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCTTCTAATATGTCTCTGCCCCAAAGTGTGTGAGGGATGTCAGTGA  150

seq1  CAACAGGTATGAAAGAACCCTGGTTGTCATCTAAATCCTTCAAATGCCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGGTATGAAAGAACCCTGGTTGTCATCTAAATCCTTCAAATGCCCA  200

seq1  ACATCATCCTAGTGGTTTGCTGGCCTTTAACAACCATAATGGCAGGGCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATCCTAGTGGTTTGCTGGCCTTTAACAACCATAATGGCAGGGCCC  250

seq1  GATTTGAACTTCCAGTGGGGAAACATCAAGGCCTCATTTTCAGTGTTAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGAACTTCCAGTGGGGAAACATCAAGGCCTCATTTTCAGTGTTAAT  300

seq1  GGTAAAGTCCACACAGTATCTACCAGCCCTTTTAAAAGGAATCCCATCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAAGTCCACACAGTATCTACCAGCCCTTTTAAAAGGAATCCCATCTA  350

seq1  GGCGTAGAGTCATCATGTGTGAGTGTGGAAAAACAAGGAGAGTCCAATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGTAGAGTCATCATGTGTGAGTGTGGAAAAACAAGGAGAGTCCAATAT  400

seq1  ACCCTTTTGGGTTTAAGTCATCCTGAGTTTATCAGAGTTCTGAGACCTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTTTGGGTTTAAGTCATCCTGAGTTTATCAGAGTTCTGAGACCTGC  450

seq1  AGTCTTGTGCCCAGAGAAATCCTCTATTACAGTGAGGCCACTTTGTTCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTGTGCCCAGAGAAATCCTCTATTACAGTGAGGCCACTTTGTTCCT  500

seq1  GGCCTAGCAGGAGCAATCAGGCAGGCCTCCCTGCAAGAGTCTGTTGCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTAGCAGGAGCAATCAGGCAGGCCTCCCTGCAAGAGTCTGTTGCTGA  550

seq1  ATCTTTGCCTATCAGCCAACAAGGGCATCAAGAGAAGCAGTCAGGACTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGCCTATCAGCCAACAAGGGCATCAAGAGAAGCAGTCAGGACTGT  600

seq1  TATAGGACCTGCCCAAGGGTCAAGGTCTCTGGTGGCCACTTCCCATTTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGACCTGCCCAAGGGTCAAGGTCTCTGGTGGCCACTTCCCATTTAT  650

seq1  GAAAGTCATCATTATGGACTGCCACCATTACACTGTGAGTGAGGGCATTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTCATCATTATGGACTGCCACCATTACACTGTGAGTGAGGGCATTA  700

seq1  AGACCCTCCCAAGCCATTTGTTTAGCAAACATGTCTTGAGTGGGTCCTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCTCCCAAGCCATTTGTTTAGCAAACATGTCTTGAGTGGGTCCTAA  750

seq1  ATCAACCCATTTCTTCACCACCTCAGAAACCCTTGTGAGGAAGTCTGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACCCATTTCTTCACCACCTCAGAAACCCTTGTGAGGAAGTCTGTGA  800

seq1  AGGACTCTCCTGATTGTTTACAGAAGAAGGTTACAGAAGTAGGCAGAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTCTCCTGATTGTTTACAGAAGAAGGTTACAGAAGTAGGCAGAAGG  850

seq1  ATCTGTGGGAGTGCAGGCCTTAAGGGCCTTGAAAGACAGATCAGCCACCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGGGAGTGCAGGCCTTAAGGGCCTTGAAAGACAGATCAGCCACCT  900

seq1  GGTTGAAGTAGGCATGTTGGATGATAGTAGCTTAGGTAACTGGGTCAATG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GGTTGAAGTAGGCATGTTGGATGATAGTAGCTTAGGTAACTGGGTC-ATG  949

seq1  TATGCCCCGTGGCCAGTCATCATGTCTAGGGTGATGTTAAGGTTATATTC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TATGCCCCGTGGCCAGTCATCATGTCTAGGGTGATGTTAAGG-TATATTC  998

seq1  AAGATTTAAGCCTGCCTGACTCTCAGCCAAGTCCTGATATGCTGACTGCC  1050
      |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTTAGGCCTGCCTGACTCTCAGCC-AGTCCTGATATGCTGACTGCC  1047

seq1  AGTTTCAAAACATGGCAGGACCCAGGACCG-CTTTAAGAAGATTCTGCCA  1099
      ||||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  AGTT--CAAACATGGCAGGACCCAGGACCGCCTTTAAGAAGATTCTG-CA  1094

seq1  GTCATAATAGGTTTGTAA-GTGCAAAGTAGGGAGGCCCCAATTCATTGGC  1148
      |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| | ||||||| ||||
seq2  GTCATAATAGGTTTGTAAGGTGC-AAGTAAGGAGG-CTCAATTCA-TGGC  1141

seq1  TACCTTTCTAATTAAAGCGAGGTCA  1173
      |||| |||||||  |||||| ||||
seq2  TACC-TTCTAAT--AAGCGAAGTCA  1163


seq1: chr7_132330215_132331348
seq2: B6Ng01-254B21.g_65_1204 (reverse)

seq1  CAGAGCAAGGGTGGGGGAGGTGACTGTGAGCTCTAAAACTTTCCACAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||| |||||| |||
seq2  CAGAGCAAGGGTGGGGGAGGTGACT-TAAGCTCT-AAACCTTCCACCAGC  48

seq1  -TATGTCCTGACAGCCCAATGAAGTGTCGCTGACTCTCCAGAAGGTTCCA  99
       ||||||  |  ||||  |||| ||||||||||||   ||||||| ||||
seq2  TTATGTCTAGCAAGCC--ATGATGTGTCGCTGACTTCTCAGAAGG-TCCA  95

seq1  GAGCTATACTGACT-CCCCAGAAGGATCCAGGGCTACACTTCTGA-TTTC  147
      |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||
seq2  GAGCTATACTGACTCCCCCAGAAGGATCCAGAGCTACAC-TCTGATTTTC  144

seq1  TA--TTCTAGGAAC-ATTGAAAGGAGAGAGTCTGCT-CTTTG-GACTCC-  191
      ||  |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| 
seq2  TAATTTCTAGGAACAATTGAAAGGAGAGAGTCTGCTCCTTTGAGACTCCA  194

seq1  TAACT-CTTCTCCTCCGCAAACCCATCTGTCTTGGCACTGTCTAGAGCAA  240
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTACTTCTCCTCCGCAAACCCATCTGTCTTGGCACTGTCTAGAGCAA  244

seq1  TGGTTCTCAACC-TTCCTAATGCTCAGACCCTTTTGTTATGGTGACCCCA  289
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCTCAACCTTTCCTAATGCTCAGACCCTTTTGTTATGGTGACCCCA  294

seq1  ACCATAAAATTATTTGTTACTTCATAACTGTAATATTGCTACCATTATGA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATAAAATTATTTGTTACTTCATAACTGTAATATTGCTACCATTATGA  344

seq1  GCCATAATATAAATATCTGTG-TTTTCTGATGGCTATGAATGACCCCTGT  388
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATAATATAAATATCTGTGTTTTTCTGATGGCTATGAATGACCCCTGT  394

seq1  GAAAGGGTTGGCCAATTTCCATAGGGGTTGAGACCCACAGGTTGAGAATC  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGTTGGCCAATTTCCATAGGGGTTGAGACCCACAGGTTGAGAATC  444

seq1  ACTGGTCAAAATAGTGACAGGAAACCACAAACCACTACCAAGCTGCAGCT  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTCAAAATAGTGACAGGAAACCACAAACCACTACCAAGCTGCAGCT  494

seq1  TTCTTCGCTGCTCCCCATCCCCCACCTTACATTTTTGCCAAGTTCACTTC  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCGCTGCTCCCCATCCCCCACCTTACATTTTTGCCAAGTTCACTTC  544

seq1  AGGTCCAACCTCCAAGTCACCCACTAAGACAAAATGGGGCCCAAAAGAAC  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCAACCTCCAAGTCACCCACTAAGACAAAATGGGGCCCAAAAGAAC  594

seq1  AAAGGCTCCTAAAGAAAGTGGCAGAGGTCCTGGCTCAGCTGCCCTCATGT  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTCCTAAAGAAAGTGGCAGAGGTCCTGGCTCAGCTGCCCTCATGT  644

seq1  GCAGTCCACTAACCGCCTCTCTCCCCTGTACTTCGAAATACAGGGAAATA  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCCACTAACCGCCTCTCTCCCCTGTACTTCGAAATACAGGGAAATA  694

seq1  CTCTGTCAATATTTCACCACAACACTGGAACAGAAATGAAAAGAAGACGG  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTCAATATTTCACCACAACACTGGAACAGAAATGAAAAGAAGACGG  744

seq1  TCACTAATCATAATGACAGTAGCAATGGCAGCTGTCACAACAGCCACACA  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTAATCATAATGACAGTAGCAATGGCAGCTGTCACAACAGCCACACA  794

seq1  GGGACTCTGTTCCGTGGACCTGAAAAGCACAGCTGCTGTCTGAAGACCAG  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTCTGTTCCGTGGACCTGAAAAGCACAGCTGCTGTCTGAAGACCAG  844

seq1  GCCAAGTCTGGGCTCGCTGCTGTATGGCAGCCTCTCCTTGGTTCTCTGCC  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGTCTGGGCTCGCTGCTGTATGGCAGCCTCTCCTTGGTTCTCTGCC  894

seq1  TTCTCCATTGGCATCGGCTTTTGGAGGCTGCCACCAGCTCTGGACTTGCA  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCATTGGCATCGGCTTTTGGAGGCTGCCACCAGCTCTGGACTTGCA  944

seq1  CTTATCCCACATCATTTGGAGGCCAGAATGAAGTGGCTTTGCATCGCCCT  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCCCACATCATTTGGAGGCCAGAATGAAGTGGCTTTGCATCGCCCT  994

seq1  GCTCAGGAGTTCGTCCTGCTCAGGAGTTCGCTCCATCAGTGTAGCACACA  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGGAGTTCGTCCTGCTCAGGAGTTCGCTCCATCAGTGTAGCACACA  1044

seq1  CCTGCATTGCAGACCTGAAGCTAGAGACACACAGGCACCCTAACTCAGCT  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCATTGCAGACCTGAAGCTAGAGACACACAGGCACCCTAACTCAGCT  1094

seq1  TTACCAATTGGGAATGGAGAAGGGAAACATTGTCCTGAAAGAATTC  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCAATTGGGAATGGAGAAGGGAAACATTGTCCTGAAAGAATTC  1140


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |