BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-254O08
Chromosome7 (Build37)
Map Location 80,438,535 - 80,566,002
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930429H19Rik, LOC665588, Rgma
Upstream geneMctp2, LOC100042880, LOC233391, LOC665570, LOC100042029, EG384643, LOC625243
Downstream geneChd2, 1810026B05Rik, EG665610, LOC244061, A830073O21Rik, St8sia2, LOC100042127, LOC100042140, LOC546979, Slco3a1, EG665308
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-254O08.bB6Ng01-254O08.g
ACCGA061242GA061243
length1,198571
definitionB6Ng01-254O08.b B6Ng01-254O08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,564,806 - 80,566,002)(80,438,535 - 80,439,110)
sequence
gaattcttgtgggttaaatttaggagcctgaaaaaaattccaagccccac
atatttttttggcaagtgtcacatggcactttcatctgatggagagtgaa
ggactttttgcctgggcctggcttttccacagtctgtccagcgtgtggct
cgggccaatggccccgccattgctatgctgttcccctgggattgttttct
ttaacaatcccactgaccactgggggggccaggcctttggtgactgacaa
tgcaggagagtgggtgcatttagctctttcctcctagatcaacccttcag
ggtctttgtttaagagcctgtggttttgcttgtttctttgtttcaagcaa
ggctcttgaacattctctctctcctcacatctggtgctgaggttgtgtgt
ccggtgggcataaatgctctctggatttctcctcttactggcctttcgtc
tcctccccagtcttgcgggttcctctcctctggggagcagatgaagacat
tgctgggagctgttgggagcctcagagggttaagtgacttgaccaagctt
acttatctgggacttaaacttgacttgaacagagtatcacaagcaaaatt
gacctaggtgtatgccttggctctgcccttgacagggagggcatggtaca
ggggggcacatctcacacagatcttcaatctgttaaatggtttgggtccc
gtgacactgaatcacggcgacaacatgtgcccgtagtcagcagggagcct
ggctttgcacacgtctggacagtggtgctatcagagcacatcactgggcc
cctaggctgggtgctaagggatgttgaaggggtcgagttgtggctggggc
ttctcggtcatgcttggcttggatgaagccatttatggaccgcagaccct
cctccattccagacttctgttctagaacaacagctctcagccctttcatc
gtataacatcggtctgccctgacgttgcccagagcaaggggaaacggacc
aacaagtccttctaacggctcaggcataggaaggagagaggtaatctcag
tcccgaaggccatggtggttaacagctgcatctcaagcttcacacacctt
gggcccacacagcccggtctgacacactttggtagtggggacccattcca
cccaaccaatctatcctttccacccgtaagtacaagtctgtttcgaaa

tctgagatcaaagcacgaggcttgtttgctcagcgttcaacagaacacct
taaattctcagcctgcaagggggctgaagctaagtcaaagcattctattg
ttgggaagcctgaacccagcaagacacaaccagagtattaccagaccagc
caccatcatctccctgagcttcagggtcctgtgaagtgagagacgccccc
tcccaacccaagtcaaatacaagaatctgatgagaagtcagccagaattc
tcctaggaggtcgctctgagttgattcgggcaatatatgctggttgtgga
atggaaaacaggggcttcggtcactatccaaagagttggccttcaaatta
aaatgtgtctgtctattctgggccacgcttctgatctgacctcttcttcc
ttcccttggccttagctcatgatattatacgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgcttaaaaggtcatgtagactggagaatttcaaact
atttggcaacagaaaaaaatttagagcaaaaccttaatgggactctttat
acaaaacatataaagtttggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_80564806_80566002
seq2: B6Ng01-254O08.b_52_1249 (reverse)

seq1  TTTCGAAACAGACTTTGGTCCTTGCGGGGTGGAGAGGTGAG-GTGGGTGG  49
      |||||||||||||||  || ||| | ||||||| |||  ||  ||| |||
seq2  TTTCGAAACAGACTT--GTACTTAC-GGGTGGAAAGGATAGATTGGTTGG  47

seq1  GTGG-ATGTGTCCCCACTA-CAAAGTGTGTCAAGACGGGGCTGTGTGGGC  97
      |||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||
seq2  GTGGAATGGGTCCCCACTACCAAAGTGTGTC-AGACCGGGCTGTGTGGGC  96

seq1  CCAAGTTGTGTG-AGCTGTGAGATGCAGCTGTTTAACCACCATGGCCTTC  146
      ||||| |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGTGTGTGAAGCT-TGAGATGCAGCTG-TTAACCACCATGGCCTTC  144

seq1  GGGGACTGAGATTACCTCTCTTCCTTCCTATGCCTGAGCCGTTAGAAGGA  196
       ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GGGACTGAGATTACCTCTC-TCCTTCCTATGCCTGAGCCGTTAGAAGGA  192

seq1  CTTGGTTGGTCCGTTTCCCCTTGCTCTGGGC-ACGTCAGGGCAGACCGAT  245
      ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTT-GTTGGTCCGTTTCCCCTTGCTCTGGGCAACGTCAGGGCAGACCGAT  241

seq1  GTTATACGATGAAA-GGCTGAGAGCTGTTG-TCTAGAACAG-AGTCTGGA  292
      |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  GTTATACGATGAAAGGGCTGAGAGCTGTTGTTCTAGAACAGAAGTCTGGA  291

seq1  ATGGAGGAGGGTCTGCGGTCCAT-AATGGCTTCATCCAAGCC-AGCATGA  340
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATGGAGGAGGGTCTGCGGTCCATAAATGGCTTCATCCAAGCCAAGCATGA  341

seq1  CCGAGAAGCCCCAGCCACAACTCGACCCCTTCAACATCCCTTAGCACCCA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGAAGCCCCAGCCACAACTCGACCCCTTCAACATCCCTTAGCACCCA  391

seq1  GCCTAGGGGCCCAGTGATGTGCTCTGATAGCACCACTGTCCAGACGTGTG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGGGGCCCAGTGATGTGCTCTGATAGCACCACTGTCCAGACGTGTG  441

seq1  CAAAGCCAGGCTCCCTGCTGACTACGGGCACATGTTGTCGCCGTGATTCA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCCAGGCTCCCTGCTGACTACGGGCACATGTTGTCGCCGTGATTCA  491

seq1  GTGTCACGGGACCCAAACCATTTAACAGATTGAAGATCTGTGTGAGATGT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCACGGGACCCAAACCATTTAACAGATTGAAGATCTGTGTGAGATGT  541

seq1  GCCCCCCTGTACCATGCCCTCCCTGTCAAGGGCAGAGCCAAGGCATACAC  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCCTGTACCATGCCCTCCCTGTCAAGGGCAGAGCCAAGGCATACAC  591

seq1  CTAGGTCAATTTTGCTTGTGATACTCTGTTCAAGTCAAGTTTAAGTCCCA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTCAATTTTGCTTGTGATACTCTGTTCAAGTCAAGTTTAAGTCCCA  641

seq1  GATAAGTAAGCTTGGTCAAGTCACTTAACCCTCTGAGGCTCCCAACAGCT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGTAAGCTTGGTCAAGTCACTTAACCCTCTGAGGCTCCCAACAGCT  691

seq1  CCCAGCAATGTCTTCATCTGCTCCCCAGAGGAGAGGAACCCGCAAGACTG  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCAATGTCTTCATCTGCTCCCCAGAGGAGAGGAACCCGCAAGACTG  741

seq1  GGGAGGAGACGAAAGGCCAGTAAGAGGAGAAATCCAGAGAGCATTTATGC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGAGACGAAAGGCCAGTAAGAGGAGAAATCCAGAGAGCATTTATGC  791

seq1  CCACCGGACACACAACCTCAGCACCAGATGTGAGGAGAGAGAGAATGTTC  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCGGACACACAACCTCAGCACCAGATGTGAGGAGAGAGAGAATGTTC  841

seq1  AAGAGCCTTGCTTGAAACAAAGAAACAAGCAAAACCACAGGCTCTTAAAC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCCTTGCTTGAAACAAAGAAACAAGCAAAACCACAGGCTCTTAAAC  891

seq1  AAAGACCCTGAAGGGTTGATCTAGGAGGAAAGAGCTAAATGCACCCACTC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACCCTGAAGGGTTGATCTAGGAGGAAAGAGCTAAATGCACCCACTC  941

seq1  TCCTGCATTGTCAGTCACCAAAGGCCTGGCCCCCCCAGTGGTCAGTGGGA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCATTGTCAGTCACCAAAGGCCTGGCCCCCCCAGTGGTCAGTGGGA  991

seq1  TTGTTAAAGAAAACAATCCCAGGGGAACAGCATAGCAATGGCGGGGCCAT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTAAAGAAAACAATCCCAGGGGAACAGCATAGCAATGGCGGGGCCAT  1041

seq1  TGGCCCGAGCCACACGCTGGACAGACTGTGGAAAAGCCAGGCCCAGGCAA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCGAGCCACACGCTGGACAGACTGTGGAAAAGCCAGGCCCAGGCAA  1091

seq1  AAAGTCCTTCACTCTCCATCAGATGAAAGTGCCATGTGACACTTGCCAAA  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCTTCACTCTCCATCAGATGAAAGTGCCATGTGACACTTGCCAAA  1141

seq1  AAAATATGTGGGGCTTGGAATTTTTTTCAGGCTCCTAAATTTAACCCACA  1190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATGTGGGGCTTGGAATTTTTTTCAGGCTCCTAAATTTAACCCACA  1191

seq1  AGAATTC  1197
      |||||||
seq2  AGAATTC  1198


seq1: chr7_80438535_80439110
seq2: B6Ng01-254O08.g_67_643

seq1  GAATTCTCTGAGATCAAAGCACGAGGCTTGTTTGCTCAGCGTTCAACAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGAGATCAAAGCACGAGGCTTGTTTGCTCAGCGTTCAACAGA  50

seq1  ACACCTTAAATTCTCAGCCTGCAAGGGGGCTGAAGCTAAGTCAAAGCATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTTAAATTCTCAGCCTGCAAGGGGGCTGAAGCTAAGTCAAAGCATT  100

seq1  CTATTGTTGGGAAGCCTGAACCCAGCAAGACACAACCAGAGTATTACCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGTTGGGAAGCCTGAACCCAGCAAGACACAACCAGAGTATTACCAG  150

seq1  ACCAGCCACCATCATCTCCCTGAGCTTCAGGGTCCTGTGAAGTGAGAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCCACCATCATCTCCCTGAGCTTCAGGGTCCTGTGAAGTGAGAGAC  200

seq1  GCCCCCTCCCAACCCAAGTCAAATACAAGAATCTGATGAGAAGTCAGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCTCCCAACCCAAGTCAAATACAAGAATCTGATGAGAAGTCAGCCA  250

seq1  GAATTCTCCTAGGAGGTCGCTCTGAGTTGATTCGGGCAATATATGCTGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTAGGAGGTCGCTCTGAGTTGATTCGGGCAATATATGCTGGT  300

seq1  TGTGGAATGGAAAACAGGGGCTTCGGTCACTATCCAAAGAGTTGGCCTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAATGGAAAACAGGGGCTTCGGTCACTATCCAAAGAGTTGGCCTTC  350

seq1  AAATTAAAATGTGTCTGTCTATTCTGGGCCACGCTTCTGATCTGACCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAAATGTGTCTGTCTATTCTGGGCCACGCTTCTGATCTGACCTCT  400

seq1  TCTTCCTTCCCTTGGCCTTAGCTCATGATATTATACGTGTGTGTGTGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTTCCCTTGGCCTTAGCTCATGATATTATACGTGTGTGTGTGTGT  450

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTTAAAAGGTCATGTAGACTGGAGAATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTTAAAAGGTCATGTAGACTGGAGAATTT  500

seq1  CAAACTATTTGGCAACAGAAAAAAATTTAGAGCAAAACCTTAATGGGACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTATTTGGCAACAGAAAAAAATTTAGAGCAAAACCTTAATGGGACT  550

seq1  C-TAATACAAAACAGATAAAGTTGGGG  576
      | | |||||||||| |||||||| |||
seq2  CTTTATACAAAACATATAAAGTTTGGG  577


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |