BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-256J08
Chromosome7 (Build37)
Map Location 12,891,811 - 13,035,708
singlet/doubletdoublet
Overlap geneV1rg8, V1rg11, Zfp551, EG666065
Upstream geneZscan4e, LOC665857, LOC665861, Zscan4f, LOC673742, LOC665887, LOC637541, LOC100042361, Zscan4-ps2, LOC675782, LOC100042386, LOC665926, LOC637571, LOC100043042, LOC628853, V1rg1, V1rg2, EG628898, V1rg5, V1rg6, LOC665999, V1rg4, LOC100042423, LOC628946, LOC100043075, LOC100042433, V1rg7, LOC100042437, V1rg3, LOC100042446, LOC100043092, V1rg9, V1rg12
Downstream geneZfp606, 2900092C05Rik, EG637908, EG666085, Vmn2r55, LOC629079, LOC629081, EG232875, LOC100043128, LOC100042515, Zfp329, Zfp110, Zfp128, Zscan22, Rps5, 2310014L17Rik, 1810019N24Rik, Zfp324, Zfp446, Slc27a5, ZBTB45, LOC100042553, Trim28, Chmp2a, Ube2m, Mzf1, V1rj3, LOC100043156, V1rk1, LOC666177, EG232887, V1rj2, 6330408A02Rik, Lig1, Pla2g4c, LOC666225, Cabp5, LOC666232
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-256J08.bB6Ng01-256J08.g
ACCGA062505GA062506
length9601,150
definitionB6Ng01-256J08.b B6Ng01-256J08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,891,811 - 12,892,775)(13,034,553 - 13,035,708)
sequence
gaattcaggcaatttcagaacaactttgtatgactgattcttagtcctct
cgaaatgatccttaagccatcttctaacagcatttttattccagaactgc
atgcagagcatggacattgttagcaagtgtatagacctgtaaatctgtaa
aaattataacttaatttgaataatattatttcagttaggtgcaatgtagg
tggccaagaaaaaaaaatatgctttgcattggtccggttgaaggttcaag
atagcatttcataatagtatatactagttacagatttattctcaatattt
aaaattacatacctgtgtgtaaatatatagtcatgtgtgtgaatgctcgt
gagaccttgggacataggaatcccttgaaattggagttataggtgattgt
aaactgctcaacgtaggggcttcaaaccaaacttgagtactctgcaaggg
cagtataagcccttaaccactgatccatctctccagacccacagtactat
attttaactctctgaagtgactattctagggagtgattgttaagtgacaa
gtatttcttgttcaacactttcctggaagccccaaacagctgccagtttc
aaaagatcagttgtgtctacttgcaaaatatcatcacacatgggtttgtt
gactgctgacattctataaagaaaggaagggaaggtccaatcactgcttt
ttcttgtcctcagtctccaacctgtcctttcagctggttgtatgctactc
tgccatctcacacctgctctattaataagccaaataaattccttggttct
ccagtggttggattgagctttggtttgtctttggaatcacagaatgaggg
gaattgatgctgcctagttctgaacccccaggcaaaaattcttgagcata
ctaaaaagtatattccaagaagtggggaaaggaagttggaagggaaggga
ggggatttct
gaattcaaattggtccatatttatcaccttgtacaaaactcaattctaag
tggattaaggacttcaacataaaaccagatacactgaatctaatggaaga
gaaaatgggaaataatcttgaacatatttgcacaggaaaaattacctgaa
cagaacaccaatggctcaggctttaagatcaacagctgacaagtgggaat
tcatgaaaccaaatgacactgttaatgggataaaatggcaacatacagat
tgggaaaagaatctcatgaaccctacatctgatagaaggctaatgacagc
ttcagggagtgcacacaggagatgctcaaagtagactggctagcaggatg
agccataacaataacttctgggtttgagtgaggcaccatgtatgaaagaa
tatggtagaagagtgattgaagggtaatttctcatatcatcctcagacct
tcccacatgtatgcacacacctgtgactatcctccacatgggccggaatg
cctgcacacatatgattctacactgattaatcaatcagtcaattaaccaa
gcaagcaagcaagcaagcaagcaagcaagcaagcaagcaaccaaccaacc
aaccaaccaaccaaccaaccaaccaaccaaccaactaaccaatgacattt
gctatctgttagaaattctgatttgcatcatacctattctaaaaatcatc
ctctgtttatgaaaaccccaatttggggacagtagaaaaatgtaatatta
tctgtaaaggactgggatcacctgagatcacacacacagcatgatatctt
atccaatgcagttctgagatgcctctcagttgagaggatgagacatcctt
gatgaagcatatggtctgctatacctctatagcttagtataaaccattgt
ttcctgctccctgtcacccctgatcatccatcctacacacgtctctttta
cctgccaggctgaaagtcctggggagtctgtacatttcccatctgctgct
cagaggatattcatatcatgtagggcatgagcgatgctgtagacagctgc
ataagccagcatcatttacctcacttctggaaggaatgtgcctgttttca
acttcactccggaacgacctggaaaccttctgtcactgtgctgttttggt

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_12891811_12892775
seq2: B6Ng01-256J08.b_46_1005

seq1  GAATTCAGGCAATTTCAGAACAACTTTGTATGACTGATTCTTAGTCCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGCAATTTCAGAACAACTTTGTATGACTGATTCTTAGTCCTCT  50

seq1  CGAAATGATCCTTAAGCCATCTTCTAACAGCATTTTTATTCCAGAACTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAATGATCCTTAAGCCATCTTCTAACAGCATTTTTATTCCAGAACTGC  100

seq1  ATGCAGAGCATGGACATTGTTAGCAAGTGTATAGACCTGTAAATCTGTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGAGCATGGACATTGTTAGCAAGTGTATAGACCTGTAAATCTGTAA  150

seq1  AAATTATAACTTAATTTGAATAATATTATTTCAGTTAGGTGCAATGTAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATAACTTAATTTGAATAATATTATTTCAGTTAGGTGCAATGTAGG  200

seq1  TGGCCAAGAAAAAAAAATATGCTTTGCATTGGTCCGGTTGAAGGTTCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCAAGAAAAAAAAATATGCTTTGCATTGGTCCGGTTGAAGGTTCAAG  250

seq1  ATAGCATTTCATAATAGTATATACTAGTTACAGATTTATTCTCAATATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCATTTCATAATAGTATATACTAGTTACAGATTTATTCTCAATATTT  300

seq1  AAAATTACATACCTGTGTGTAAATATATAGTCATGTGTGTGAATGCTCGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTACATACCTGTGTGTAAATATATAGTCATGTGTGTGAATGCTCGT  350

seq1  GAGACCTTGGGACATAGGAATCCCTTGAAATTGGAGTTATAGGTGATTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCTTGGGACATAGGAATCCCTTGAAATTGGAGTTATAGGTGATTGT  400

seq1  AAACTGCTCAACGTAGGGGCTTCAAACCAAACTTGAGTACTCTGCAAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGCTCAACGTAGGGGCTTCAAACCAAACTTGAGTACTCTGCAAGGG  450

seq1  CAGTATAAGCCCTTAACCACTGATCCATCTCTCCAGACCCACAGTACTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATAAGCCCTTAACCACTGATCCATCTCTCCAGACCCACAGTACTAT  500

seq1  ATTTTAACTCTCTGAAGTGACTATTCTAGGGAGTGATTGTTAAGTGACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAACTCTCTGAAGTGACTATTCTAGGGAGTGATTGTTAAGTGACAA  550

seq1  GTATTTCTTGTTCAACACTTTCCTGGAAGCCCCAAACAGCTGCCAGTTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTCTTGTTCAACACTTTCCTGGAAGCCCCAAACAGCTGCCAGTTTC  600

seq1  AAAAGATCAGTTGTGTCTACTTGCAAAATATCATCACACATGGGTTTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATCAGTTGTGTCTACTTGCAAAATATCATCACACATGGGTTTGTT  650

seq1  GACTGCTGACATTCTATAAAGAAAGGAAGGGAAGGTCCAATCACTGCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCTGACATTCTATAAAGAAAGGAAGGGAAGGTCCAATCACTGCTTT  700

seq1  TTCTTGTCCTCAGTCTCCAACCTGTCCTTTCAGCTGGTTGTATGCTACTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTCCTCAGTCTCCAACCTGTCCTTTCAGCTGGTTGTATGCTACTC  750

seq1  TGCCATCTCACACCTGCTCTATTAATAAGCCAAATAAATTCCTTGGTTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATCTCACACCTGCTCTATTAATAAGCCAAATAAATTCCTTGGTTCT  800

seq1  CCAGTGGTTGGATTGAGCTTTGGTTTGTCTTTGGAATCACAGAATGAGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGGTTGGATTGAGCTTTGGTTTGTCTTTGGAATCACAGAATGAGGG  850

seq1  GAATTGATGCTGCCTAGTTCTGAAACCCCCAGGCAAAAATTCTTGAGGCA  900
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   
seq2  GAATTGATGCTGCCTAGTTCTG-AACCCCCAGGCAAAAATTCTTGAG--C  897

seq1  ATACTAAAAAGTATATTCCAAAGAAGTGGGGGAAAGGAAGTTGGAAGGGA  950
      ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTAAAAAGTATATTCC-AAGAAGT-GGGGAAAGGAAGTTGGAAGGGA  945

seq1  AGGGAGGGGATTTTT  965
      ||||||||||||| |
seq2  AGGGAGGGGATTTCT  960

seq1: chr7_13034553_13035708
seq2: B6Ng01-256J08.g_65_1214 (reverse)

seq1  ACCAAAACAGCACAGTGACAGAAGGTGTCCAGTTCTGTTCAGGAAATGAA  50
      |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| || | ||||
seq2  ACCAAAACAGCACAGTGACAGAAGGTTTCCAGGTC-GTTCCGG-AGTGAA  48

seq1  AGTTTGAAAAACAAGCCACATCCTTTCCCAGAAGTGAGTAAAATTGATGC  100
         |||||||   || ||||| | || |||||||||||  ||| ||||||
seq2  --GTTGAAAA--CAGGCACATTCCTT-CCAGAAGTGAGGTAAA-TGATGC  92

seq1  T-GCTTATGCAGCTGTCTACAGCATCGCTCATGCCCTACATGATATG-AT  148
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGGCTTATGCAGCTGTCTACAGCATCGCTCATGCCCTACATGATATGAAT  142

seq1  ATCCTCTGAGCACCAGGATGGGAAATGTACAGACT-CCCAGGACTTTCAG  197
      |||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATCCTCTGAGCAGCA-GATGGGAAATGTACAGACTCCCCAGGACTTTCAG  191

seq1  CCCTGGCAGGTAAAAGAGACGTGTGTAGGATGGATGATTCAGGGGTGACA  247
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  -CCTGGCAGGTAAAAGAGACGTGTGTAGGATGGATGA-TCAGGGGTGACA  239

seq1  GGGAGCAGG-AACAATGGTTTATACTAAGCTATAGAGGTATAGCAGACCA  296
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCAGGAAACAATGGTTTATACTAAGCTATAGAGGTATAGCAGACCA  289

seq1  TATGCTTCATCAAGGATGTCTCATCCTCTCAACTGAGAGGCATCTCAGAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTTCATCAAGGATGTCTCATCCTCTCAACTGAGAGGCATCTCAGAA  339

seq1  CCTGCATTGGATAAGATATCATGCTGTGTGTGTGATCTCAGGTGATCCCA  396
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CTGCATTGGATAAGATATCATGCTGTGTGTGTGATCTCAGGTGATCCCA  388

seq1  GTCC-TTACAGATAATATTACATTTTTCTACTGT-CCCAAATTGGGGTTT  444
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GTCCTTTACAGATAATATTACATTTTTCTACTGTCCCCAAATTGGGGTTT  438

seq1  TCATAAACAGAGGATGATTTTTAGAATAGGTATGATGCAAATCAGAATTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAACAGAGGATGATTTTTAGAATAGGTATGATGCAAATCAGAATTT  488

seq1  CTAACAGATAGCAAATGTCATTGGTTAGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAGATAGCAAATGTCATTGGTTAGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTT  538

seq1  GGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGCTTGCTTGCTTGCTTGCTTGCTTGC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGCTTGCTTGCTTGCTTGCTTGCTTGC  588

seq1  TTGCTTGCTTGCTTGGTTAATTGACTGATTGATTAATCAGTGTAGAATCA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTGCTTGCTTGGTTAATTGACTGATTGATTAATCAGTGTAGAATCA  638

seq1  TATGTGTGCAGGCATTCCGGCCCATGTGGAGGATAGTCACAGGTGTGTGC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTGCAGGCATTCCGGCCCATGTGGAGGATAGTCACAGGTGTGTGC  688

seq1  ATACATGTGGGAAGGTCTGAGGATGATATGAGAAATTACCCTTCAATCAC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGTGGGAAGGTCTGAGGATGATATGAGAAATTACCCTTCAATCAC  738

seq1  TCTTCTACCATATTCTTTCATACATGGTGCCTCACTCAAACCCAGAAGTT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTACCATATTCTTTCATACATGGTGCCTCACTCAAACCCAGAAGTT  788

seq1  ATTGTTATGGCTCATCCTGCTAGCCAGTCTACTTTGAGCATCTCCTGTGT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTATGGCTCATCCTGCTAGCCAGTCTACTTTGAGCATCTCCTGTGT  838

seq1  GCACTCCCTGAAGCTGTCATTAGCCTTCTATCAGATGTAGGGTTCATGAG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCCCTGAAGCTGTCATTAGCCTTCTATCAGATGTAGGGTTCATGAG  888

seq1  ATTCTTTTCCCAATCTGTATGTTGCCATTTTATCCCATTAACAGTGTCAT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTTCCCAATCTGTATGTTGCCATTTTATCCCATTAACAGTGTCAT  938

seq1  TTGGTTTCATGAATTCCCACTTGTCAGCTGTTGATCTTAAAGCCTGAGCC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTCATGAATTCCCACTTGTCAGCTGTTGATCTTAAAGCCTGAGCC  988

seq1  ATTGGTGTTCTGTTCAGGTAATTTTTCCTGTGCAAATATGTTCAAGATTA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTGTTCTGTTCAGGTAATTTTTCCTGTGCAAATATGTTCAAGATTA  1038

seq1  TTTCCCATTTTCTCTTCCATTAGATTCAGTGTATCTGGTTTTATGTTGAA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCATTTTCTCTTCCATTAGATTCAGTGTATCTGGTTTTATGTTGAA  1088

seq1  GTCCTTAATCCACTTAGAATTGAGTTTTGTACAAGGTGATAAATATGGAC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTAATCCACTTAGAATTGAGTTTTGTACAAGGTGATAAATATGGAC  1138

seq1  CAATTTGAATTC  1156
      ||||||||||||
seq2  CAATTTGAATTC  1150