BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-258H03
Chromosome7 (Build37)
Map Location 143,519,777 - 143,614,260
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneFoxi2, Clrn3, Ptpre, Mki67, LOC668764
Downstream geneLOC546009, EG621677, EG668771, Mgmt, EG621804, Ebf3, 9430038I01Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-258H03.bB6Ng01-258H03.g
ACCGA063882GA063883
length1,1181,159
definitionB6Ng01-258H03.b B6Ng01-258H03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,613,143 - 143,614,260)(143,519,777 - 143,520,961)
sequence
gaattctttgttcagctctgagctccattttttaatggggagaatggttc
ttaagttggatggcaagagacaactttacagtgggcagaggagggaccat
ccatatgcccttgagattccctgtccttcctaggctccagtgaaactatt
gaaagactatcgtgcaaggcatacacacacctcccaggcttgcttcccac
aatccttgctcccagatcctttccttaatgttcttccagtcccaagctat
ggcaggaagcacacctacaccaggtgggctacagaagctaggagcaccta
ggatctttgtggtagacagcatcacgtctctcacacccttatctaaggag
tgggtccctcactcctaggcatatgtggtaaaagtgttcctatttcccta
tggcctctctacgactcagccagcctctggggatcctgggtgggcctatg
agagcttttaggctttaaagaagaagcgttggtgggctctgccttgctaa
tcactgtggatcagcttctttggaccgccctttcatgagggagctttggg
ccaggtacagagcatcttactgtccagaagggaacattacatcatccata
aggacagagtggcaatcccaagactggtgctattagtgatcctgaccaga
gccagtgattagcagggcggcaggacaagggtgcactgcctaaggaaatc
ccattcccttctctggactctggcttgtctattctgggccttgctgtgca
gtctctagtgtgtcccttcgattggaccataccccagcagtaatgtgccc
ctttagtggggccatggcccagcagcctctgaggagggtgtgaggacaaa
gcttctcttttgttccggcctcagaagcagcttccgccagagaattcctg
agttgtgtttattttccctggcatccccatgggactccagcaagatgagc
tcagttttcatatccatggagagactggctacgatgcttgttctagctgc
agcagacagttattccttatgcccctgggaacttgttgttttatgcatga
caccccctccctgtggttcaccagatccctgtgtcttacacatggcatct
atgcagccatgaaggaca

gaattccaaacgacctggaagaaatcccaaatgaagagggacttggacct
ttacagtccaagctctgctcaggggcaacaagagagagagggggtacaag
cagagcaaggggacagaaaggaagttgaccttgcaactcatccctgcttc
atgaaccaagagagcagccctgaaaggacaagatgatcaatcatgtttac
tgtggcactgctaggaatggacacagcacacagaggtcccactcttcctg
gaggtacgctcttggctacgtcaaagaagcttggcacacagcgtgtgcac
tgttggcatctgcggtgggaatgcacaaccagcctcagtcttccctccat
cattctctgccttctgctttaggaatcttctagtgacattgagcctattc
cagcttgaaccactgtctcatctaaacagagttcaagtcatcagcaaagg
aactcaggctacccggtgacttcccatatagaaacaaccacagctctcac
ctgacttaatgctgtggtttctctctttgaaggaagtatttcattggaag
agcaggtgctaaaatgtcactaaaagtcccaggaacccagattcctgaat
gtagtaattcactctcactgaccctggtatacgagatctctgactagact
cacttaggtcctgaaaaattatttattattttttatgtatgtatgtgtgc
cttcgagagtttatgtgctctttgtgtgcaggtgccaaaagggtagaatt
gagtaacagatctcctggaactggagttacaggcattttgagccacaggt
cacaagggctgggattagaacctctaagagtagtaagtctatctctacag
cccctcacttgggcttctgagatgccaccttgtgcctaagcccagagcct
caaatgtagcatcctgggttatttctcagaatagccacctaggtgcttag
agagggcagctggagacccctctcacccaagatgggctcttggagatctg
gtgcacacatgccagtttcccacagggaactctgcagacactccatcact
tcactggaagtgagctcacagcagactagtgcaaggcctaggcctaggca
cttttttcagcatctcgaggactgccaccactagccacaggctcctttct
atccataga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_143613143_143614260
seq2: B6Ng01-258H03.b_42_1159 (reverse)

seq1  TGTCCCCTCATGTGCTGCCATAGATTGCCCATGTGTAAGGACACAGGGAT  50
      ||| || ||||| |||| |||||||   |||||||||| |||||||||||
seq2  TGT-CCTTCATG-GCTG-CATAGAT--GCCATGTGTAA-GACACAGGGAT  44

seq1  CT-GTGAAACACAGGGA-GGGGTGTCATGCCATAAACAACAAGTT-CCAG  97
      || ||||| |||||||| ||||||||||||   |||||||||||| ||||
seq2  CTGGTGAACCACAGGGAGGGGGTGTCATGCATAAAACAACAAGTTCCCAG  94

seq1  GGGCAT-AGGAATAACTTGTCTGCTGCAGCTAAGACAAGCATCGTAGCCA  146
      |||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||
seq2  GGGCATAAGGAATAAC-TGTCTGCTGCAGCTAGAACAAGCATCGTAGCCA  143

seq1  GTCTCTCCATGGATATGAAAACTGAGCTTCATCTTGCTGGAGT-CCATGG  195
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  GTCTCTCCATGGATATGAAAACTGAGC-TCATCTTGCTGGAGTCCCATGG  192

seq1  GGATGCCAGGGAAA--TAACACAACTCAGG-ATTCTCTGGCGGGAGCTGC  242
      ||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  GGATGCCAGGGAAAATAAACACAACTCAGGAATTCTCTGGCGGAAGCTGC  242

seq1  TTCTGAGGCCGGAACAAAAGAGAAGCTTTGTCCTCACACCCTCCTCAGAG  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGGCCGGAACAAAAGAGAAGCTTTGTCCTCACACCCTCCTCAGAG  292

seq1  GCTGCTGGGCCATGGCCCCACTAAAGGGGCACATTACTGCTGGGGTATGG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGGGCCATGGCCCCACTAAAGGGGCACATTACTGCTGGGGTATGG  342

seq1  TCCAATCGAAGGGACACACTAGAGACTGCACAGCAAGGCCCAGAATAGAC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATCGAAGGGACACACTAGAGACTGCACAGCAAGGCCCAGAATAGAC  392

seq1  AAGCCAGAGTCCAGAGAAGGGAATGGGATTTCCTTAGGCAGTGCACCCTT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAGAGTCCAGAGAAGGGAATGGGATTTCCTTAGGCAGTGCACCCTT  442

seq1  GTCCTGCCGCCCTGCTAATCACTGGCTCTGGTCAGGATCACTAATAGCAC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGCCGCCCTGCTAATCACTGGCTCTGGTCAGGATCACTAATAGCAC  492

seq1  CAGTCTTGGGATTGCCACTCTGTCCTTATGGATGATGTAATGTTCCCTTC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTTGGGATTGCCACTCTGTCCTTATGGATGATGTAATGTTCCCTTC  542

seq1  TGGACAGTAAGATGCTCTGTACCTGGCCCAAAGCTCCCTCATGAAAGGGC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAGTAAGATGCTCTGTACCTGGCCCAAAGCTCCCTCATGAAAGGGC  592

seq1  GGTCCAAAGAAGCTGATCCACAGTGATTAGCAAGGCAGAGCCCACCAACG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCAAAGAAGCTGATCCACAGTGATTAGCAAGGCAGAGCCCACCAACG  642

seq1  CTTCTTCTTTAAAGCCTAAAAGCTCTCATAGGCCCACCCAGGATCCCCAG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCTTTAAAGCCTAAAAGCTCTCATAGGCCCACCCAGGATCCCCAG  692

seq1  AGGCTGGCTGAGTCGTAGAGAGGCCATAGGGAAATAGGAACACTTTTACC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGGCTGAGTCGTAGAGAGGCCATAGGGAAATAGGAACACTTTTACC  742

seq1  ACATATGCCTAGGAGTGAGGGACCCACTCCTTAGATAAGGGTGTGAGAGA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGCCTAGGAGTGAGGGACCCACTCCTTAGATAAGGGTGTGAGAGA  792

seq1  CGTGATGCTGTCTACCACAAAGATCCTAGGTGCTCCTAGCTTCTGTAGCC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGATGCTGTCTACCACAAAGATCCTAGGTGCTCCTAGCTTCTGTAGCC  842

seq1  CACCTGGTGTAGGTGTGCTTCCTGCCATAGCTTGGGACTGGAAGAACATT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGGTGTAGGTGTGCTTCCTGCCATAGCTTGGGACTGGAAGAACATT  892

seq1  AAGGAAAGGATCTGGGAGCAAGGATTGTGGGAAGCAAGCCTGGGAGGTGT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAGGATCTGGGAGCAAGGATTGTGGGAAGCAAGCCTGGGAGGTGT  942

seq1  GTGTATGCCTTGCACGATAGTCTTTCAATAGTTTCACTGGAGCCTAGGAA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATGCCTTGCACGATAGTCTTTCAATAGTTTCACTGGAGCCTAGGAA  992

seq1  GGACAGGGAATCTCAAGGGCATATGGATGGTCCCTCCTCTGCCCACTGTA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGGGAATCTCAAGGGCATATGGATGGTCCCTCCTCTGCCCACTGTA  1042

seq1  AAGTTGTCTCTTGCCATCCAACTTAAGAACCATTCTCCCCATTAAAAAAT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGTCTCTTGCCATCCAACTTAAGAACCATTCTCCCCATTAAAAAAT  1092

seq1  GGAGCTCAGAGCTGAACAAAGAATTC  1118
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTCAGAGCTGAACAAAGAATTC  1118


seq1: chr7_143519777_143520961
seq2: B6Ng01-258H03.g_63_1221

seq1  GAATTCCAAACGACCTGGAAGAAATCCCAAATGAAGAGGGACTTGGACCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAACGACCTGGAAGAAATCCCAAATGAAGAGGGACTTGGACCT  50

seq1  TTACAGTCCAAGCTCTGCTCAGGGGCAACAAGAGAGAGAGGGGGTACAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGTCCAAGCTCTGCTCAGGGGCAACAAGAGAGAGAGGGGGTACAAG  100

seq1  CAGAGCAAGGGGACAGAAAGGAAGTTGACCTTGCAACTCATCCCTGCTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCAAGGGGACAGAAAGGAAGTTGACCTTGCAACTCATCCCTGCTTC  150

seq1  ATGAACCAAGAGAGCAGCCCTGAAAGGACAAGATGATCAATCATGTTTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACCAAGAGAGCAGCCCTGAAAGGACAAGATGATCAATCATGTTTAC  200

seq1  TGTGGCACTGCTAGGAATGGACACAGCACACAGAGGTCCCACTCTTCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCACTGCTAGGAATGGACACAGCACACAGAGGTCCCACTCTTCCTG  250

seq1  GAGGTACGCTCTTGGCTACGTCAAAGAAGCTTGGCACACAGCGTGTGCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTACGCTCTTGGCTACGTCAAAGAAGCTTGGCACACAGCGTGTGCAC  300

seq1  TGTTGGCATCTGCGGTGGGAATGCACAACCAGCCTCAGTCTTCCCTCCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGCATCTGCGGTGGGAATGCACAACCAGCCTCAGTCTTCCCTCCAT  350

seq1  CATTCTCTGCCTTCTGCTTTAGGAATCTTCTAGTGACATTGAGCCTATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTCTGCCTTCTGCTTTAGGAATCTTCTAGTGACATTGAGCCTATTC  400

seq1  CAGCTTGAACCACTGTCTCATCTAAACAGAGTTCAAGTCATCAGCAAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTGAACCACTGTCTCATCTAAACAGAGTTCAAGTCATCAGCAAAGG  450

seq1  AACTCAGGCTACCCGGTGACTTCCCATATAGAAACAACCACAGCTCTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGGCTACCCGGTGACTTCCCATATAGAAACAACCACAGCTCTCAC  500

seq1  CTGACTTAATGCTGTGGTTTCTCTCTTTGAAGGAAGTATTTCATTGGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTAATGCTGTGGTTTCTCTCTTTGAAGGAAGTATTTCATTGGAAG  550

seq1  AGCAGGTGCTAAAATGTCACTAAAAGTCCCAGGAACCCAGATTCCTGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGTGCTAAAATGTCACTAAAAGTCCCAGGAACCCAGATTCCTGAAT  600

seq1  GTAGTAATTCACTCTCACTGACCCTGGTATACGAGATCTCTGACTAGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTAATTCACTCTCACTGACCCTGGTATACGAGATCTCTGACTAGACT  650

seq1  CACTTAGGTCCTGAAAAATTATTTATTATTTTTTATGTATGTATGTGTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAGGTCCTGAAAAATTATTTATTATTTTTTATGTATGTATGTGTGC  700

seq1  CTTCGAGAGTTTATGTGCTCTTTGTGTGCAGGTGCCAAAAGGGTAGAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGAGAGTTTATGTGCTCTTTGTGTGCAGGTGCCAAAAGGGTAGAATT  750

seq1  GAGTAACAGATCTCCTGGAACTGGAGTTACAGGCATTTTGAGCCACAGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAACAGATCTCCTGGAACTGGAGTTACAGGCATTTTGAGCCACAGGT  800

seq1  CACAAGGGCTGGGATTAGAACCTCTAAGAGTAGTAAGTCTATCTCTACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGGGCTGGGATTAGAACCTCTAAGAGTAGTAAGTCTATCTCTACAG  850

seq1  CCCCTCACTTGGGCTTCTGAGATGCCACCTTGTGCCTAAGCCCAGAGCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCACTTGGGCTTCTGAGATGCCACCTTGTGCCTAAGCCCAGAGCCT  900

seq1  CAAATGTAGCATCCTGGGGTTATTTCTCAGAATAGCCACCCTAGGTGCTT  950
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CAAATGTAGCATCCT-GGGTTATTTCTCAGAATAGCCA-CCTAGGTGCTT  948

seq1  AGAGAAGGGCAGCTGGAGAACCCCTCCTCAACCCAAGATGGGCTCTTGGA  1000
      |||| ||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGAG-AGGGCAGCTGGAG-ACCCCT-CTC-ACCCAAGATGGGCTCTTGGA  994

seq1  GATCTGGTGCCACCACATGCCAGGTTTCCCACAGGGACCTCTGCCAGGAC  1050
      ||||||||||   ||||||||| |||||||||||||| ||||||   |||
seq2  GATCTGGTGC--ACACATGCCA-GTTTCCCACAGGGAACTCTGC--AGAC  1039

seq1  ACTCCATCACCTTTCACCTGAGAGTGAGCTCACAGCAGACTAAGGTTGCA  1100
      ||||||||||  |||| |||  ||||||||||||||||||||    ||||
seq2  ACTCCATCAC--TTCA-CTGGAAGTGAGCTCACAGCAGACTA---GTGCA  1083

seq1  GAGGCTTAGGCTAAGGCCAACTTTTTCCAGCATTCTTCCCAGAGGGACTG  1150
       |||| |||||  ||||  ||||||| ||||||     |  || ||||| 
seq2  -AGGCCTAGGCCTAGGC--ACTTTTTTCAGCAT-----CTCGA-GGACT-  1123

seq1  GGCCACCACTAGCCACA-GCTCCTTCCTAT-CATAGA  1185
       |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||
seq2  -GCCACCACTAGCCACAGGCTCCTTTCTATCCATAGA  1159


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |