BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-258I03
Chromosome7 (Build37)
Map Location 102,935,889 - 103,076,125
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFrda-ps
Upstream geneLOC100040132, LOC666823
Downstream geneEG666836, Odz4, LOC670727, LOC666858
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-258I03.bB6Ng01-258I03.g
ACCGA063930GA063931
length1,1771,198
definitionB6Ng01-258I03.b B6Ng01-258I03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,074,948 - 103,076,125)(102,935,889 - 102,937,079)
sequence
gaattcagaccaaggtctttgaacttgctagccactcagcctatgctcct
tttctacccctcatttctttaaacactagacccaaattatcaaattcaaa
ttccaactctatgacttactgttctgggtaagttaaagcaagatgcttgc
taattcttacctcactttctcatctggaaaaatggcaataataattttca
actcttaggcatgctataagatcaggcacatccaacctgttcacattgca
acaggttactgctatgacataagttcattgctgagagctgagcagtctag
taatcggattttaaaaatcttatgctttaagtaagcttctcattttgtat
tggcatatattgggagctatacaggggcacacaaaatccatagggctgaa
ctgggcaagtctgaaccttgaatggtgctaggcaggaaacatattccaga
tgattctgagctggccactcgtctggatccacagtctaccctgtgcctgg
tttaggaggccctcattttaattataattttttttttgagtgaatgaata
catacactctggttcttttcctcttgcatgcctggatgtcaacagggttg
aatggcttctctaggagtagactaggctgttgctgttttgatgtgcacag
actttcctacctggcatgaatgggtcggtctcatgcagcagagaggcagt
ttctcagctgtgttgtcctgaggaagcaccctgggggacagggactgatt
gaatcagcagaagctggcagccaggccagagctcctcccaccactcagca
gcctttgccacttcatcaagtccacttagcagaggctgacccagagacca
gaaaaccacttcctttccagtatcaccaaagcccaggccattgtctttct
tgactgggtacaagatttaccttgtcttttggcagactcacttagcggat
gccctgcttggctggcagtgagagaggattctgtgctctattttgtgggt
ctaatcccttgatcatatttgtttcccacccccatcttgttacagatagt
gactgctgagcttctttcttggcatctcttgagcagacaaaggataaagt
cttgcaaaaggacttgggacatagaaagaagaactgccttgatgaaattc
ttacaagtcaggactcactttctagca

gaattctcagggaggggaggatagactggggattgtaaaaatgaactgga
cacacattatcattggcctagcagagtagacagtattagctctggagcta
gacttcttctctatccttttaccttaactaaaggacacttaactctcttg
cattcactcctcacaaaaaaacaacttctaagcttttgaatgacttctta
tttctctggaaattattttaagaaaatttctccctgaaatgtgccagaat
ttcacaattgccttctttaatcactggctcttagaatagaaggtaagtgt
gtggctctgagcggccctcaggcaaagactgtgtgttctctgggactctg
tgcaagtcacatgtggaatcacatctcagaggcagaacccactgatgtga
gggcacattttccctgtgacaatatcagggcaaaaattaaacattcatac
tatggtaatgaagagctgaataatttactctaaaccaataaagtagaagt
tggtactgtgatagctctgaaatgaaacataggggaggaaaaataacatt
gtgttcattaactaaagccaggactcagccatgacaaatgaagcatgtgt
cctttgctgtgattaaaatttagagaaagcatgcactcccaaacactggc
attcaacagcaatgatgtcataggaggagaatgacaggagattaggaatc
cagtgtagtatcctgtaattaggtatcctttagataagctaagagaacag
actcgttattcaaaatatgtgacgctttgtttccaaacctgatattgaag
ttaactaatttctgtccaaccactcacataagtttatgtcaaaagagaca
ataatgtgttactgtcataccaagcatacagtagcctcacgggaagtctc
attagtgtcagatgctactgtgctttcttggtagacactaagtgctcttc
agtggagctgatctactttcccatcatcctcaggtcataggacaggaaaa
tgagaatatcagaataaagcaagtgagttggaagcctggtggaaaacaat
tgtcctgatatttacagaatattctgggagtcccatcatcatcaagggac
attgtcagaacccatcaccgtggaactgataagagaccgagcaaagaatt
tgtgcttctcttattccttcagaaggaatctctaaaagtgggccatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_103074948_103076125
seq2: B6Ng01-258I03.b_47_1223 (reverse)

seq1  TGCTAGAAAGTGAAGTCCTGACTTGTTAGGATGTCATCCAGGCAGTTCTT  50
      |||||||||||| ||||||||||||| || || ||||| |||||||||||
seq2  TGCTAGAAAGTG-AGTCCTGACTTGTAAGAATTTCATCAAGGCAGTTCTT  49

seq1  CTTTCTATGTCCCCAGTCCCTTTTGC-AGAC-TTATCCTTGTTTCTTGCC  98
      ||||||||||||| ||| |||||||| |||| |||||||| | || ||| 
seq2  CTTTCTATGTCCCAAGT-CCTTTTGCAAGACTTTATCCTT-TGTC-TGCT  96

seq1  TCAGAGATGCC-AGAA--GAGCTCAGCAGTCACTATCTGTAAACAGATGG  145
        ||||||||| ||||   |||||||||||||||||||||||  ||||||
seq2  CAAGAGATGCCAAGAAAGAAGCTCAGCAGTCACTATCTGTAACAAGATGG  146

seq1  GGGTGGG-AACAAATATTGATTCAAGGGATTAGACCCACAAAATAGAGCA  194
      ||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGGAAACAAATA-TGA-TCAAGGGATTAGACCCACAAAATAGAGCA  194

seq1  CAGAATCCTCTCTCACTGCCAGCCAAGCAGGGCATCCGCTAAGTGAGTCT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATCCTCTCTCACTGCCAGCCAAGCAGGGCATCCGCTAAGTGAGTCT  244

seq1  GCCAAAAGAACAAGGTAAATCTTGTACCCAGTCAAGAAAGACAATGGCCT  294
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAAG-ACAAGGTAAATCTTGTACCCAGTCAAGAAAGACAATGGCCT  293

seq1  GGGCCTTGGTGATACTGGAAAGGAAGTGGTTTTCTGGTCTCTGGGTCAGC  344
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTTGGTGATACTGGAAAGGAAGTGGTTTTCTGGTCTCTGGGTCAGC  343

seq1  CTCTGCTAAGTGGACTTGATGAAGTGGCAAAGGCTGCTGAGTGGTGGGAG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTAAGTGGACTTGATGAAGTGGCAAAGGCTGCTGAGTGGTGGGAG  393

seq1  GAGCTCTGGCCTGGCTGCCAGCTTCTGCTGATTCAATCAGTCCCTGTCCC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCTGGCCTGGCTGCCAGCTTCTGCTGATTCAATCAGTCCCTGTCCC  443

seq1  CCAGGGTGCTTCCTCAGGACAACACAGCTGAGAAACTGCCTCTCTGCTGC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGTGCTTCCTCAGGACAACACAGCTGAGAAACTGCCTCTCTGCTGC  493

seq1  ATGAGACCGACCCATTCATGCCAGGTAGGAAAGTCTGTGCACATCAAAAC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGACCGACCCATTCATGCCAGGTAGGAAAGTCTGTGCACATCAAAAC  543

seq1  AGCAACAGCCTAGTCTACTCCTAGAGAAGCCATTCAACCCTGTTGACATC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACAGCCTAGTCTACTCCTAGAGAAGCCATTCAACCCTGTTGACATC  593

seq1  CAGGCATGCAAGAGGAAAAGAACCAGAGTGTATGTATTCATTCACTCAAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCATGCAAGAGGAAAAGAACCAGAGTGTATGTATTCATTCACTCAAA  643

seq1  AAAAAAATTATAATTAAAATGAGGGCCTCCTAAACCAGGCACAGGGTAGA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATTATAATTAAAATGAGGGCCTCCTAAACCAGGCACAGGGTAGA  693

seq1  CTGTGGATCCAGACGAGTGGCCAGCTCAGAATCATCTGGAATATGTTTCC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGATCCAGACGAGTGGCCAGCTCAGAATCATCTGGAATATGTTTCC  743

seq1  TGCCTAGCACCATTCAAGGTTCAGACTTGCCCAGTTCAGCCCTATGGATT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTAGCACCATTCAAGGTTCAGACTTGCCCAGTTCAGCCCTATGGATT  793

seq1  TTGTGTGCCCCTGTATAGCTCCCAATATATGCCAATACAAAATGAGAAGC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGCCCCTGTATAGCTCCCAATATATGCCAATACAAAATGAGAAGC  843

seq1  TTACTTAAAGCATAAGATTTTTAAAATCCGATTACTAGACTGCTCAGCTC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTAAAGCATAAGATTTTTAAAATCCGATTACTAGACTGCTCAGCTC  893

seq1  TCAGCAATGAACTTATGTCATAGCAGTAACCTGTTGCAATGTGAACAGGT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAATGAACTTATGTCATAGCAGTAACCTGTTGCAATGTGAACAGGT  943

seq1  TGGATGTGCCTGATCTTATAGCATGCCTAAGAGTTGAAAATTATTATTGC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGTGCCTGATCTTATAGCATGCCTAAGAGTTGAAAATTATTATTGC  993

seq1  CATTTTTCCAGATGAGAAAGTGAGGTAAGAATTAGCAAGCATCTTGCTTT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTCCAGATGAGAAAGTGAGGTAAGAATTAGCAAGCATCTTGCTTT  1043

seq1  AACTTACCCAGAACAGTAAGTCATAGAGTTGGAATTTGAATTTGATAATT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTACCCAGAACAGTAAGTCATAGAGTTGGAATTTGAATTTGATAATT  1093

seq1  TGGGTCTAGTGTTTAAAGAAATGAGGGGTAGAAAAGGAGCATAGGCTGAG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCTAGTGTTTAAAGAAATGAGGGGTAGAAAAGGAGCATAGGCTGAG  1143

seq1  TGGCTAGCAAGTTCAAAGACCTTGGTCTGAATTC  1178
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAGCAAGTTCAAAGACCTTGGTCTGAATTC  1177


seq1: chr7_102935889_102937079
seq2: B6Ng01-258I03.g_69_1266

seq1  GAATTCTCAGGGAGGGGAGGATAGACTGGGGATTGTAAAAATGAACTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGGGAGGGGAGGATAGACTGGGGATTGTAAAAATGAACTGGA  50

seq1  CACACATTATCATTGGCCTAGCAGAGTAGACAGTATTAGCTCTGGAGCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATTATCATTGGCCTAGCAGAGTAGACAGTATTAGCTCTGGAGCTA  100

seq1  GACTTCTTCTCTATCCTTTTACCTTAACTAAAGGACACTTAACTCTCTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTTCTCTATCCTTTTACCTTAACTAAAGGACACTTAACTCTCTTG  150

seq1  CATTCACTCCTCACAAAAAAACAACTTCTAAGCTTTTGAATGACTTCTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCACTCCTCACAAAAAAACAACTTCTAAGCTTTTGAATGACTTCTTA  200

seq1  TTTCTCTGGAAATTATTTTAAGAAAATTTCTCCCTGAAATGTGCCAGAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTGGAAATTATTTTAAGAAAATTTCTCCCTGAAATGTGCCAGAAT  250

seq1  TTCACAATTGCCTTCTTTAATCACTGGCTCTTAGAATAGAAGGTAAGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAATTGCCTTCTTTAATCACTGGCTCTTAGAATAGAAGGTAAGTGT  300

seq1  GTGGCTCTGAGCGGCCCTCAGGCAAAGACTGTGTGTTCTCTGGGACTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTCTGAGCGGCCCTCAGGCAAAGACTGTGTGTTCTCTGGGACTCTG  350

seq1  TGCAAGTCACATGTGGAATCACATCTCAGAGGCAGAACCCACTGATGTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGTCACATGTGGAATCACATCTCAGAGGCAGAACCCACTGATGTGA  400

seq1  GGGCACATTTTCCCTGTGACAATATCAGGGCAAAAATTAAACATTCATAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACATTTTCCCTGTGACAATATCAGGGCAAAAATTAAACATTCATAC  450

seq1  TATGGTAATGAAGAGCTGAATAATTTACTCTAAACCAATAAAGTAGAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTAATGAAGAGCTGAATAATTTACTCTAAACCAATAAAGTAGAAGT  500

seq1  TGGTACTGTGATAGCTCTGAAATGAAACATAGGGGAGGAAAAATAACATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACTGTGATAGCTCTGAAATGAAACATAGGGGAGGAAAAATAACATT  550

seq1  GTGTTCATTAACTAAAGCCAGGACTCAGCCATGACAAATGAAGCATGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCATTAACTAAAGCCAGGACTCAGCCATGACAAATGAAGCATGTGT  600

seq1  CCTTTGCTGTGATTAAAATTTAGAGAAAGCATGCACTCCCAAACACTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGCTGTGATTAAAATTTAGAGAAAGCATGCACTCCCAAACACTGGC  650

seq1  ATTCAACAGCAATGATGTCATAGGAGGAGAATGACAGGAGATTAGGAATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAACAGCAATGATGTCATAGGAGGAGAATGACAGGAGATTAGGAATC  700

seq1  CAGTGTAGTATCCTGTAATTAGGTATCCTTTAGATAAGCTAAGAGAACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTAGTATCCTGTAATTAGGTATCCTTTAGATAAGCTAAGAGAACAG  750

seq1  ACTCGTTATTCAAAATATGTGACGCTTTGTTTCCAAACCTGATATTGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGTTATTCAAAATATGTGACGCTTTGTTTCCAAACCTGATATTGAAG  800

seq1  TTAACTAATTTCTGTCCAACCACTCACATAAGTTTATGTC-AAAGAGACA  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTAACTAATTTCTGTCCAACCACTCACATAAGTTTATGTCAAAAGAGACA  850

seq1  ATAATGTGTTACTGTCATACCAAGCATACAGTAGCCTCACGGGAAGTCTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGTGTTACTGTCATACCAAGCATACAGTAGCCTCACGGGAAGTCTC  900

seq1  ATTAGTGTCAGATGCTACTGTGCTTTCTTGGTAGACACTAAGTGCTCTTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTGTCAGATGCTACTGTGCTTTCTTGGTAGACACTAAGTGCTCTTC  950

seq1  AGTGGAGCTGATCTACTTTCCCATCATCCTCAGGTCATAGGAACAGGAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGTGGAGCTGATCTACTTTCCCATCATCCTCAGGTCATAGG-ACAGGAAA  999

seq1  ATGAGATAATCAG-ATAAAGCAGGTGAGTTGGAAGCCTGTGGAAAAACCA  1048
      ||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||  | ||||| |
seq2  ATGAGAATATCAGAATAAAGCAAGTGAGTTGGAAGCCTGGTGGAAAACAA  1049

seq1  TTGTCCCTGATAATTACAG-ATA-TCT-GGAGTCCCATCATCATCAA-GG  1094
      |||| ||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| ||
seq2  TTGT-CCTGATATTTACAGAATATTCTGGGAGTCCCATCATCATCAAGGG  1098

seq1  ACA-TGTCAGAACCCATCACCGTGAGACTGATAAGAGACCGAGC-AAGAA  1142
      ||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||
seq2  ACATTGTCAGAACCCATCACCGTGGAACTGATAAGAGACCGAGCAAAGAA  1148

seq1  -TTGTGCTTTCCTCTTATTCCTCACAGAAGAAATC-CT-AAAGTGGG-CA  1188
       ||||||||  |||||||||||  |||||| |||| || |||||||| ||
seq2  TTTGTGCTT--CTCTTATTCCT-TCAGAAGGAATCTCTAAAAGTGGGCCA  1195

seq1  TGA  1191
      |||
seq2  TGA  1198


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |