BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-259E01
Chromosome7 (Build37)
Map Location 78,337,042 - 78,395,488
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneNr2f2, LOC100042833, B130024G19Rik, LOC100042838, LOC665486, LOC100041957
Downstream geneLOC665535, Mctp2, LOC100042873
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-259E01.bB6Ng01-259E01.g
ACCGA064482GA064483
length1,1771,133
definitionB6Ng01-259E01.b B6Ng01-259E01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,394,303 - 78,395,488)(78,337,042 - 78,338,175)
sequence
gaattccacacttcaggataaagctaaggggaaaaaataggcactttctc
ccagtgtgttataattacaacacgttatttctgttaatgagcttctagga
gaaagacatttggctcagtctcaagacaagcagactctggttgtaagagg
ccagagcttgcaaggtatccagagaaggctttatcaggtcacacaaccag
atacacaaaagggtaatttctctctctctgcattaaccctcaactgggaa
tacctgtaggaaggtcccgctcttcacagacactccaggacaaggtgata
agaagattacaagtcaaacctctctttagctaatccacatctactgccag
acagagcaagttaaattacagggctggccacaaatgcattgatcatccac
tcagcttgtactacccagagcctccaagatctatgcctaggatcagcaaa
aatcatctcagctaagctcattttagtatggaggtctaacccaattcagg
gaggtgaggtcggggcctggaccttactggccaatgttgaactcaagtga
tatatgatcttcatcaatgaagatttcagtccacaaaaggtgttgaaagg
actgaacacacagatgacagagcccctgctctaaaaggactcatgtctga
ctccatcagctcttgggctcctccctcatcttgtaaattaccagattgaa
accacagacggcattgctaagctcgtccttttcctgctcagaattcctat
gtgagcattcaggatgacacattgaataagtcctgctacacttcagattc
ccttcccttatttatgaatatgattttttttttgtttggacacattgttc
ccttaccctttagttaccctcttttgacctataaaatataccatgctctc
taacaaagacataaattctttaaatggttttgatagcccagtcttcttac
aaataagataagcctttctgaggctgtaacagaagaaagaaaagataaat
catttggaaccctttaaattctgtacatgatacctctttattaaaaggac
cattgtaattgggaaagtcggagtctttctgggtgaggggagaatgaata
taatgacatcactggggtcattgacttagccactggccacttcaggatgg
aattgactgggagatcgaatgagccca

gaattcttaagtgttcagggaggccttctcctttggaggggagttgactg
actgtcctgtgcatctgtgagtttctttaggtatgagaatgaggactgtg
atcgtgcctggatattatggagaaattcaatgtccaggtggcctatatag
tgatgggctaaagaagccagcctagaatattctcagaacctcacatccac
tattatagctcagcagtgaaggcttcccatgtaatattgaacgtttttat
ttactctaaagcgctaaacatttcaaataaacaaatgcagaggacaccgt
gctataatataaatggtcctgacatatcaggactgggtagcagaaaattc
atgaagctgaggaaaagctgcttccatttcatggattgctctcatatgaa
cctcaaacacaaaaactcctcatggtacccgattgagaaccaaggaacgc
ctctacacctaacactggattggtcctccaaggtggcctgtgtgaacagg
gttggactgtaagcatttgctgccttatgatgggtacttggaattgtcat
ctttgaggttccagggccactctgatggtcgcataccttcagaagcacta
actgaacatcttcaaagctcataccatccagtcccccccccttttttttt
acctgcagattagcccacccacctccaaggaacccagatttgccaattgc
tagaagatttcaagtggcaaacatggaaaacaggaataaagaagaggatt
aataaaggtggcagatcaactactcaagaaatgtgaatgattcttgactg
tccctcctttcttttcatgtctaatccattattttgagcgaaatgcacac
acagttgtaacaaaagcagggagaggcaagggaggcactgacagcctcag
agcctcaaagcactgtaaacaaacgaaacaacaacaaaagcccatcagag
gggaaaggtaacggtaacgcccccagcctgtcattttcatacctttcacc
acatgagtagatctcagtggtggaaacatgttggcttctgctgccacaaa
cactgtttgggctgccctttcggtctttctggcctggcccctgcttatca
agctcctcattaaccccaccggcggatgagcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_78394303_78395488
seq2: B6Ng01-259E01.b_44_1220 (reverse)

seq1  TGGGCTCATCTGATCTCTCCCAGTCAATTTCATCCTGGAAAGTGGCCAGT  50
      |||||||||  ||  |||||||||||||| |||||||  |||||||||||
seq2  TGGGCTCATTCGA--TCTCCCAGTCAATTCCATCCTG--AAGTGGCCAGT  46

seq1  GGGCCTAGTTCATGA-CCCAGTGATGTCATTATAATTCATTCT-CCCTCA  98
       |||  |||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
seq2  -GGCTAAGTCAATGACCCCAGTGATGTCATTAT-ATTCATTCTCCCCTCA  94

seq1  -CCAGAAAGACTTCGGAACTTTCCAATTTACAATGGTCCTTTTTAATAAA  147
       ||||||||||| ||  ||||||| | |||||||||||| ||||||||||
seq2  CCCAGAAAGACTCCG--ACTTTCCCAATTACAATGGTCC-TTTTAATAAA  141

seq1  GAAGGGTATCATGTACAGAATTTTAAAGGGTTTCAAATGATTTATCTTTT  197
      ||  |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GA--GGTATCATGTACAGAA-TTTAAAGGGTTCCAAATGATTTATCTTTT  188

seq1  CTTTCTTTCTGTTACAGCCTCAGAAAGGCTTATCTTATTTGTAAGAAGAC  247
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTC-TTCTGTTACAGCCTCAGAAAGGCTTATCTTATTTGTAAGAAGAC  237

seq1  TGGGCTATCAAAACCATTTAAAGAATTTATGTCTTTGTTAGAGAGCATGG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTATCAAAACCATTTAAAGAATTTATGTCTTTGTTAGAGAGCATGG  287

seq1  TATATTTTATAGGTCAAAAGAGGGTAACTAAAGGGTAAGGGAACAATGTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTTATAGGTCAAAAGAGGGTAACTAAAGGGTAAGGGAACAATGTG  337

seq1  TCCAAAC-AAAAAAAAATCATATTCATAAATAAGGGAAGGGAATCTGAAG  396
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAACAAAAAAAAAATCATATTCATAAATAAGGGAAGGGAATCTGAAG  387

seq1  TGTAGCAGGACTTATTCAATGTGTCATCCTGAATGCTCACATAGGAATTC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCAGGACTTATTCAATGTGTCATCCTGAATGCTCACATAGGAATTC  437

seq1  TGAGCAGGAAAAGGACGAGCTTAGCAATGCCGTCTGTGGTTTCAATCTGG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAGGAAAAGGACGAGCTTAGCAATGCCGTCTGTGGTTTCAATCTGG  487

seq1  TAATTTACAAGATGAGGGAGGAGCCCAAGAGCTGATGGAGTCAGACATGA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTACAAGATGAGGGAGGAGCCCAAGAGCTGATGGAGTCAGACATGA  537

seq1  GTCCTTTTAGAGCAGGGGCTCTGTCATCTGTGTGTTCAGTCCTTTCAACA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTTTAGAGCAGGGGCTCTGTCATCTGTGTGTTCAGTCCTTTCAACA  587

seq1  CCTTTTGTGGACTGAAATCTTCATTGATGAAGATCATATATCACTTGAGT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTGTGGACTGAAATCTTCATTGATGAAGATCATATATCACTTGAGT  637

seq1  TCAACATTGGCCAGTAAGGTCCAGGCCCCGACCTCACCTCCCTGAATTGG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACATTGGCCAGTAAGGTCCAGGCCCCGACCTCACCTCCCTGAATTGG  687

seq1  GTTAGACCTCCATACTAAAATGAGCTTAGCTGAGATGATTTTTGCTGATC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGACCTCCATACTAAAATGAGCTTAGCTGAGATGATTTTTGCTGATC  737

seq1  CTAGGCATAGATCTTGGAGGCTCTGGGTAGTACAAGCTGAGTGGATGATC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCATAGATCTTGGAGGCTCTGGGTAGTACAAGCTGAGTGGATGATC  787

seq1  AATGCATTTGTGGCCAGCCCTGTAATTTAACTTGCTCTGTCTGGCAGTAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCATTTGTGGCCAGCCCTGTAATTTAACTTGCTCTGTCTGGCAGTAG  837

seq1  ATGTGGATTAGCTAAAGAGAGGTTTGACTTGTAATCTTCTTATCACCTTG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGATTAGCTAAAGAGAGGTTTGACTTGTAATCTTCTTATCACCTTG  887

seq1  TCCTGGAGTGTCTGTGAAGAGCGGGACCTTCCTACAGGTATTCCCAGTTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGAGTGTCTGTGAAGAGCGGGACCTTCCTACAGGTATTCCCAGTTG  937

seq1  AGGGTTAATGCAGAGAGAGAGAAATTACCCTTTTGTGTATCTGGTTGTGT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTAATGCAGAGAGAGAGAAATTACCCTTTTGTGTATCTGGTTGTGT  987

seq1  GACCTGATAAAGCCTTCTCTGGATACCTTGCAAGCTCTGGCCTCTTACAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGATAAAGCCTTCTCTGGATACCTTGCAAGCTCTGGCCTCTTACAA  1037

seq1  CCAGAGTCTGCTTGTCTTGAGACTGAGCCAAATGTCTTTCTCCTAGAAGC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGTCTGCTTGTCTTGAGACTGAGCCAAATGTCTTTCTCCTAGAAGC  1087

seq1  TCATTAACAGAAATAACGTGTTGTAATTATAACACACTGGGAGAAAGTGC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAACAGAAATAACGTGTTGTAATTATAACACACTGGGAGAAAGTGC  1137

seq1  CTATTTTTTCCCCTTAGCTTTATCCTGAAGTGTGGAATTC  1186
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTTTTCCCCTTAGCTTTATCCTGAAGTGTGGAATTC  1177


seq1: chr7_78337042_78338175
seq2: B6Ng01-259E01.g_68_1200

seq1  GAATTCTTAAGTGTTCAGGGAGGCCTTCTCCTTTGGAGGGGAGTTGACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAAGTGTTCAGGGAGGCCTTCTCCTTTGGAGGGGAGTTGACTG  50

seq1  ACTGTCCTGTGCATCTGTGAGTTTCTTTAGGTATGAGAATGAGGACTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCCTGTGCATCTGTGAGTTTCTTTAGGTATGAGAATGAGGACTGTG  100

seq1  ATCGTGCCTGGATATTATGGAGAAATTCAATGTCCAGGTGGCCTATATAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGTGCCTGGATATTATGGAGAAATTCAATGTCCAGGTGGCCTATATAG  150

seq1  TGATGGGCTAAAGAAGCCAGCCTAGAATATTCTCAGAACCTCACATCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGGCTAAAGAAGCCAGCCTAGAATATTCTCAGAACCTCACATCCAC  200

seq1  TATTATAGCTCAGCAGTGAAGGCTTCCCATGTAATATTGAACGTTTTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATAGCTCAGCAGTGAAGGCTTCCCATGTAATATTGAACGTTTTTAT  250

seq1  TTACTCTAAAGCGCTAAACATTTCAAATAAACAAATGCAGAGGACACCGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCTAAAGCGCTAAACATTTCAAATAAACAAATGCAGAGGACACCGT  300

seq1  GCTATAATATAAATGGTCCTGACATATCAGGACTGGGTAGCAGAAAATTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATAATATAAATGGTCCTGACATATCAGGACTGGGTAGCAGAAAATTC  350

seq1  ATGAAGCTGAGGAAAAGCTGCTTCCATTTCATGGATTGCTCTCATATGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGCTGAGGAAAAGCTGCTTCCATTTCATGGATTGCTCTCATATGAA  400

seq1  CCTCAAACACAAAAACTCCTCATGGTACCCGATTGAGAACCAAGGAACGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAACACAAAAACTCCTCATGGTACCCGATTGAGAACCAAGGAACGC  450

seq1  CTCTACACCTAACACTGGATTGGTCCTCCAAGGTGGCCTGTGTGAACAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACACCTAACACTGGATTGGTCCTCCAAGGTGGCCTGTGTGAACAGG  500

seq1  GTTGGACTGTAAGCATTTGCTGCCTTATGATGGGTACTTGGAATTGTCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGACTGTAAGCATTTGCTGCCTTATGATGGGTACTTGGAATTGTCAT  550

seq1  CTTTGAGGTTCCAGGGCCACTCTGATGGTCGCATACCTTCAGAAGCACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAGGTTCCAGGGCCACTCTGATGGTCGCATACCTTCAGAAGCACTA  600

seq1  ACTGAACATCTTCAAAGCTCATACCATCCAGTCCCCCCCCCTTTTTTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAACATCTTCAAAGCTCATACCATCCAGTCCCCCCCCCTTTTTTTTT  650

seq1  ACCTGCAGATTAGCCCACCCACCTCCAAGGAACCCAGATTTGCCAATTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCAGATTAGCCCACCCACCTCCAAGGAACCCAGATTTGCCAATTGC  700

seq1  TAGAAGATTTCAAGTGGCAAACATGGAAAACAGGAATAAAGAAGAGGATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGATTTCAAGTGGCAAACATGGAAAACAGGAATAAAGAAGAGGATT  750

seq1  AATAAAGGTGGCAGATCAACTACTCAAGAAATGTGAATGATTCTTGACTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAGGTGGCAGATCAACTACTCAAGAAATGTGAATGATTCTTGACTG  800

seq1  TCCCTCCTTTCTTTTCATGTCTAATCCATTATTTTGAGCGAAATGCACAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCTTTCTTTTCATGTCTAATCCATTATTTTGAGCGAAATGCACAC  850

seq1  ACAGTTGTAACAAAAGCAGGGAGAGGCAAGGGAGGCACTGACAGCCTCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTGTAACAAAAGCAGGGAGAGGCAAGGGAGGCACTGACAGCCTCAG  900

seq1  AGCCTCAAAGCACTGTAAACAAACGAAACAACAACAAAAAGCCCATCAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGCCTCAAAGCACTGTAAACAAACGAAACAACAAC-AAAAGCCCATCAGA  949

seq1  -GGGAAAGGTAACGGTAACGCCCCCAGCCTGTCATTTTCAATACTTTTCA  999
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
seq2  GGGGAAAGGTAACGGTAACGCCCCCAGCCTGTCATTTTC-ATACCTTTCA  998

seq1  CCACATGAGTAGATCTCAGTG--TGAAACATGTTGGC-TCTGCCTGCCAC  1046
      |||||||||||||||||||||   ||||||||||||| |||| |||||||
seq2  CCACATGAGTAGATCTCAGTGGTGGAAACATGTTGGCTTCTG-CTGCCAC  1047

seq1  AAACACTGTTT-GGCTGCCCCTTCGGGTCCTTTCTGCCCTGCCCCCTGCT  1095
      ||||||||||| |||||||| |||||   ||||||| |||| ||||||| 
seq2  AAACACTGTTTGGGCTGCCCTTTCGG--TCTTTCTGGCCTGGCCCCTGC-  1094

seq1  TTTATCAGGCT-CTCATTAACACCACCGCCAGATGAGCAC  1134
       |||||| ||| ||||||||| |||||| | |||||||||
seq2  -TTATCAAGCTCCTCATTAACCCCACCGGCGGATGAGCAC  1133


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |