BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-260E17
Chromosome7 (Build37)
Map Location 10,911,756 - 11,034,401
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042206, Nlrp4d, LOC100042214, V1re10
Upstream geneV2r4, LOC100042848, LOC100042096, LOC100042870, LOC100042105, LOC100042859, LOC100042113, LOC100042120, LOC100042126, LOC100042139, LOC100042894, Vmn2r47, 2810047C21Rik, LOC665625, LOC545911, EG625580, LOC100042163, LOC625605, EG434117, EG628152, LOC100042921, Vmn2r52, LOC665663, V1re11, LOC628521, LOC628525
Downstream geneZik1, EG628580, V1re9, V1rl1, EG628596, Nlrp4b, LOC333184, V1re13, BQ559217, LOC637237, LOC236479, EG665879, Zscan4b, LOC665793, EG665798, Gm397, Zscan4-ps1, LOC635187, LOC100042997, LOC100042293, Zscan4d, LOC628737, LOC676750, LOC672893, LOC546931, LOC675762, Zscan4e, LOC665857, LOC665861, Zscan4f, LOC673742, LOC665887
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-260E17.bB6Ng01-260E17.g
ACCGA065252GA065253
length1,0001,133
definitionB6Ng01-260E17.b B6Ng01-260E17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,911,756 - 10,912,561)(11,033,259 - 11,034,401)
sequence
gaattctttaacttcataaattccttcttgtttaattcttccaagtacca
cataagaccaacatcaaaaaagaatgatgccatcatgtctaatgaaagtg
tctcatcttcagagagctgaataccaggattaggaaacagacaggatctg
tgggaaaatcaggtaagcagttgcattgcaaaaattaattagttaattaa
aattaaaaagaggccagagggcttgggaatggtcaactcataaagtgttt
atgcttccaagtgtaaggatgtaggcttcttctttgcattcttgtaagaa
gcagggtacgcagtcaaataaccttcaacttactatatgtttttctggca
aaatatgcacgagttatggtgatatagaacttgtgggagtggctaaccag
gtactggtaaaaattgagggggtacccacaagtgccactacatggatggc
taggaatctttggttggtaagtctagagatcccacaagagaaccaaccac
aacaatcaagaaagtcgatgaaactattcctacagatttttgtgctatgt
tcttagattagtgcatgtcctaataatcaccagaggcataatctagaagc
tgagaggaacagatgcagagaccaaagccaaaaagtaagtgaagttatgg
taaccccatagaagaggcagaaaaagtagttcagaaggcagaggggtcaa
ggacattatgagaatacaacaaacagaatcaagtagtcagggctcatagc
ggctcacagcaactgaaaagacaattatggaacctgcatgtgcctgcact
aggtcctctgaatatatgttatggtagtatagcgtggtgttttgtgggac
ctctagccatcaaagtggtagcagtctcagaatcttttgcctgcacttaa
cccttttcctcctattgggttccctcattcagtctgcatgagactctgtg
cctagtcttattttattttgttatgctgtattcagttgctattcctggta

gaattcttgctcagaccaaagttctgtacatttcaaagagctacagacag
aacaatcatgatgtagccatagaactttgcttagggttctacactttgag
tagcaattatattttatacccatattcaccagaaataaaaataaattggc
aacattgaaaattaaaatattattgcatatcttctgttttaaattctgga
tccttcatctgcccatcacctaatattacatttcaaggtatgctttagaa
atgttataactaaagttaccctttgcctatatacacctagacattatagg
atagaatctgcatgaaggagaacatgtaatcatttttctttctgatttgg
acaatgtggattattttatccattagcaatcaatcaatcaatcaatcaat
caattttcctacatactttgtgataccatttttcactgtggtagttttat
agaccattttgtatgtcaaaaattgaatatttgatttatctgtttatgga
tctgtaggagagatatgcttcattgctattataaacagatcagcgatggt
tactgataggcaaatatttctatattatgatatggagttttgtaagtata
ggcccaggaatagaagaactgatcaaatagtagtttcatttttcacatcc
tgagagaccacaaaacttgtttctataatgtctatattaatttattcaaa
gctcttttgatgaagatagcattagtgtgatgccaaccagataaaaaact
gaataacaacaaaggaaatttataatcaaatatccctgatgatgaaaaat
ctctcaaaaatatattatccagcaaacttcaaatcatgtcaaaaaacatc
attcattttgaattaatgtttgtattaggtaaaagatgtaaccatctttt
aataggcatgaatcagctacagaaactaacatagcaccagagcatcctga
agatgagttcttggccattcatggtttgagttttctttctttttagatgt
agaccctcagctgtctgtgaaattcttagtagccaagctgccttaaagat
cacacaccagacgtcagtttatttgccagctttttttttctgttctcgtt
gtacatcgatagccaaagaagactcttggagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_10911756_10912561
seq2: B6Ng01-260E17.b_38_843

seq1  GAATTCTTTAACTTCATAAATTCCTTCTTGTTTAATTCTTCCAAGTACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAACTTCATAAATTCCTTCTTGTTTAATTCTTCCAAGTACCA  50

seq1  CATAAGACCAACATCAAAAAAGAATGATGCCATCATGTCTAATGAAAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGACCAACATCAAAAAAGAATGATGCCATCATGTCTAATGAAAGTG  100

seq1  TCTCATCTTCAGAGAGCTGAATACCAGGATTAGGAAACAGACAGGATCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATCTTCAGAGAGCTGAATACCAGGATTAGGAAACAGACAGGATCTG  150

seq1  TGGGAAAATCAGGTAAGCAGTTGCATTGCAAAAATTAATTAGTTAATTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAAATCAGGTAAGCAGTTGCATTGCAAAAATTAATTAGTTAATTAA  200

seq1  AATTAAAAAGAGGCCAGAGGGCTTGGGAATGGTCAACTCATAAAGTGTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAAAAGAGGCCAGAGGGCTTGGGAATGGTCAACTCATAAAGTGTTT  250

seq1  ATGCTTCCAAGTGTAAGGATGTAGGCTTCTTCTTTGCATTCTTGTAAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTCCAAGTGTAAGGATGTAGGCTTCTTCTTTGCATTCTTGTAAGAA  300

seq1  GCAGGGTACGCAGTCAAATAACCTTCAACTTACTATATGTTTTTCTGGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGTACGCAGTCAAATAACCTTCAACTTACTATATGTTTTTCTGGCA  350

seq1  AAATATGCACGAGTTATGGTGATATAGAACTTGTGGGAGTGGCTAACCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGCACGAGTTATGGTGATATAGAACTTGTGGGAGTGGCTAACCAG  400

seq1  GTACTGGTAAAAATTGAGGGGGTACCCACAAGTGCCACTACATGGATGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGGTAAAAATTGAGGGGGTACCCACAAGTGCCACTACATGGATGGC  450

seq1  TAGGAATCTTTGGTTGGTAAGTCTAGAGATCCCACAAGAGAACCAACCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAATCTTTGGTTGGTAAGTCTAGAGATCCCACAAGAGAACCAACCAC  500

seq1  AACAATCAAGAAAGTCGATGAAACTATTCCTACAGATTTTTGTGCTATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATCAAGAAAGTCGATGAAACTATTCCTACAGATTTTTGTGCTATGT  550

seq1  TCTTAGATTAGTGCATGTCCTAATAATCACCAGAGGCATAATCTAGAAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGATTAGTGCATGTCCTAATAATCACCAGAGGCATAATCTAGAAGC  600

seq1  TGAGAGGAACAGATGCAGAGACCAAAGCCAAAAAGTAAGTGAAGTTATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGAACAGATGCAGAGACCAAAGCCAAAAAGTAAGTGAAGTTATGG  650

seq1  TAACCCCATAGAAGAGGCAGAAAAAGTAGTTCAGAAGGCAGAGGGGTCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCCCATAGAAGAGGCAGAAAAAGTAGTTCAGAAGGCAGAGGGGTCAA  700

seq1  GGACATTATGAGAATACAACAAACAGAATCAAGTAGTCAGGGCTCATAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATTATGAGAATACAACAAACAGAATCAAGTAGTCAGGGCTCATAGC  750

seq1  GGCTCACAGCAACTGAAAAGACAATTATGGAACCTGCATGTGCCTGCACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCACAGCAACTGAAAAGACAATTATGGAACCTGCATGTGCCTGCACT  800

seq1  AGGTCC  806
      ||||||
seq2  AGGTCC  806

seq1: chr7_11033259_11034401
seq2: B6Ng01-260E17.g_62_1194 (reverse)

seq1  CACT-CAAGAGTCTTCCTTTTGCTAATCCGATGTACAAACGAG-ACAGAA  48
      |||| |||||||||| |||| ||||   |||||||| |||||| ||||||
seq2  CACTCCAAGAGTCTT-CTTTGGCTA--TCGATGTAC-AACGAGAACAGAA  46

seq1  AAAAAAAGCTGGCAATAAAACTGACCTTCTTGGTGTGTTGATCTTTTAAG  98
      |||||||||||||||  |||||||| |   ||||||| ||||| ||||||
seq2  AAAAAAAGCTGGCAAATAAACTGACGT--CTGGTGTG-TGATC-TTTAAG  92

seq1  GCAGCTTGGCTACTAAGAATTTCACAGACAGCCTGAGGGTCCTACATCTA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  GCAGCTTGGCTACTAAGAATTTCACAGACAG-CTGAGGGT-CTACATCTA  140

seq1  AAAAGAAAGAAAACTCAAACCATGAATGGCCAAGAACTCATTCTTCAGGA  198
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AAAAGAAAGAAAACTCAAACCATGAATGGCCAAGAACTCA-TCTTCAGGA  189

seq1  TGCTCTGGTGCTATGTTAGTTTCTGTAGCCTGATTCATGCCTATTAAAAG  248
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTGGTGCTATGTTAGTTTCTGTAG-CTGATTCATGCCTATTAAAAG  238

seq1  ATGGTTACATCTTTTACCTAATACAAACATTAATTCAAAATGAATGATGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTACATCTTTTACCTAATACAAACATTAATTCAAAATGAATGATGT  288

seq1  TTTTTGACATGATTTGAAGTTTGCTGGATAATATATTTTTGAGAGATTTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGACATGATTTGAAGTTTGCTGGATAATATATTTTTGAGAGATTTT  338

seq1  TCATCATCAGGGATATTTGATTATAAATTTCCTTTGTTGTTATTCAGTTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCATCAGGGATATTTGATTATAAATTTCCTTTGTTGTTATTCAGTTT  388

seq1  TTTATCTGGTTGGCATCACACTAATGCTATCTTCATCAAAAGAGCTTTGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTGGTTGGCATCACACTAATGCTATCTTCATCAAAAGAGCTTTGA  438

seq1  ATAAATTAATATAGACATTATAGAAACAAGTTTTGTGGTCTCTCAGGATG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTAATATAGACATTATAGAAACAAGTTTTGTGGTCTCTCAGGATG  488

seq1  TGAAAAATGAAACTACTATTTGATCAGTTCTTCTATTCCTGGGCCTATAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAATGAAACTACTATTTGATCAGTTCTTCTATTCCTGGGCCTATAC  538

seq1  TTACAAAACTCCATATCATAATATAGAAATATTTGCCTATCAGTAACCAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAAACTCCATATCATAATATAGAAATATTTGCCTATCAGTAACCAT  588

seq1  CGCTGATCTGTTTATAATAGCAATGAAGCATATCTCTCCTACAGATCCAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGATCTGTTTATAATAGCAATGAAGCATATCTCTCCTACAGATCCAT  638

seq1  AAACAGATAAATCAAATATTCAATTTTTGACATACAAAATGGTCTATAAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGATAAATCAAATATTCAATTTTTGACATACAAAATGGTCTATAAA  688

seq1  ACTACCACAGTGAAAAATGGTATCACAAAGTATGTAGGAAAATTGATTGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACCACAGTGAAAAATGGTATCACAAAGTATGTAGGAAAATTGATTGA  738

seq1  TTGATTGATTGATTGATTGCTAATGGATAAAATAATCCACATTGTCCAAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTGATTGATTGATTGCTAATGGATAAAATAATCCACATTGTCCAAA  788

seq1  TCAGAAAGAAAAATGATTACATGTTCTCCTTCATGCAGATTCTATCCTAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAAGAAAAATGATTACATGTTCTCCTTCATGCAGATTCTATCCTAT  838

seq1  AATGTCTAGGTGTATATAGGCAAAGGGTAACTTTAGTTATAACATTTCTA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTAGGTGTATATAGGCAAAGGGTAACTTTAGTTATAACATTTCTA  888

seq1  AAGCATACCTTGAAATGTAATATTAGGTGATGGGCAGATGAAGGATCCAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATACCTTGAAATGTAATATTAGGTGATGGGCAGATGAAGGATCCAG  938

seq1  AATTTAAAACAGAAGATATGCAATAATATTTTAATTTTCAATGTTGCCAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAAAACAGAAGATATGCAATAATATTTTAATTTTCAATGTTGCCAA  988

seq1  TTTATTTTTATTTCTGGTGAATATGGGTATAAAATATAATTGCTACTCAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTTATTTCTGGTGAATATGGGTATAAAATATAATTGCTACTCAA  1038

seq1  AGTGTAGAACCCTAAGCAAAGTTCTATGGCTACATCATGATTGTTCTGTC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAGAACCCTAAGCAAAGTTCTATGGCTACATCATGATTGTTCTGTC  1088

seq1  TGTAGCTCTTTGAAATGTACAGAACTTTGGTCTGAGCAAGAATTC  1143
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCTCTTTGAAATGTACAGAACTTTGGTCTGAGCAAGAATTC  1133